신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면은 신축주택 취득하여 5년 이내에 양도하는 경우 적용됨

• 가. 청구인은 2000.8.11. 청구외 ○○연합주택조합(이하 “주택조합”이라 한다)으로부터 조합원권리를 취득한 후 2001.1.29. ○○ ○○ ○○ ○○ 1118번지(이하 “종전나대지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 주택조합으로부터 ○○ ○○ ○○ ○○ 1118 ○○홈타운 3차 2단지 505-1602호(이하 “신축주택”이라 한다)를 분양받아 2003.4.16. 사용승인을 받은 후, 2003.5.21. 소유권보존등기를 하였다. 청구인은 2006.11.17. 신축주택을 청구외 박○희, 청구회 석○화에게 528백만원에 양도하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3을 적용하여 양도소득금액 317,251,791원 전부를 감면대상으로 보아 2006.12.18. 처분청에 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 신축주택의 양도소득세 감면규정(조특법 제99조의3)을 적용함에 있어 자기가 건설한 신축주택(재건축·재개발 포함)의 경우 종전 주택(나대지 포함)의 취득일로부터 신축아파트 취득일 전일까지의 양도소득은 감면되지 않는다고 보아 2006년 과세연도 양도소득세 16,427,780원을 2012.4.23. 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.12. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 2000.8.11. 주택조합 조합원권리를 취득하여 2003.4.4. 사용승인받은 신축주택을 2006.11.17. 양도하였는바, 조합원 권리는 부동산을 취득할 수 있는 권리에 불과하므로 재건축기간에 대해 토지소유를 근거로 과세한 처분은 부당하고, 조특법 제99조의3 규정은 2001.8.14. 최초로 제정된 이래 일체의 어느 과세당국에서도 문제제기가 없다가 지금에서야 2009년 신설된 법에 의해 ‘재건축 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득은 양도소득세 감면대상이 아니다.’라고 주장하는 것은 부당하다.

납세지 관할세무서장은 ‘예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다’고 규정하고 있으므로 부과제척기간내의 경우 경정가능하다. 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일 (사용승인일: 2003.4.16.)로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액이므로 명문상 신축주택의 전일까지의 양도소득금액을 동 규정의 과세특례 대상에 포함시키기는 어렵고(부동산거래관리과-127, 2011.2.10., 심사양도2011-0307, 2012.3.30., 조심2011서4975, 2012.4.9.), 조특법 제99조의3 제1항의 소득세 감면대상은 전체 문언을 고려할 때 ‘신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대할 수 없다(서울행정법원2011구단27363, 2012.3.9.).

• 가. 쟁점 조특법 제99조의 3에 따른 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정 적용시 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득도 감면대상인지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 3) 조세특례제한법 시행령 제99조 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인과 처분청 사이에 다음 사실에 대하여 다툼이 없다.

• 가) 청구인은 2000.8.11. 주택조합으로부터 조합원권리를 16,700천원에 취득하였고, 2001.1.29. 종전 나대지를 주택조합으로부터 취득하여 보유하다가 신축주택을 분양받아 2003.4.16. 사용승인을 받은 후, 2003.5.21. 소유권보존등기를 하였다.
• 나) 청구인은 2006.11.17. 신축주택을 청구외 박○희, 청구회 석○화에게 528백만원에 양도하였고 조특법 제99조의3을 적용하여 양도소득세 101,610,644원 전부를 감면대상으로 보아 2006.12.18. 처분청에 양도소득세를 신고하였다.

2. 처분청이 작성한 ‘신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서(조특법 제99조의3)’ 사본에 의하면 청구인이 신고한 감면소득은 317,251,791원이나, 적정감면 소득은 279,150,459원이므로 차액인 38,101,332원에 대해서는 구 나대지 취득후 신축주택 완공전 양도소득으로 보아 감면을 배제한다는 내용이 기재되어 있다.

3. 2000.8.11. 작성된 ‘○○연합주택조합규약’ 사본에 의하면 조합원인 청구인의 총분담금은 167백만원이라고 기재되어 있다.

• 라. 판 단 청구인은 신축주택 취득일(2003.4.16.) 이전의 양도소득금액도 조특법 제99조의 3에 따라 양도소득세 면제 대상이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고(부동산거래관리과-127, 조심2011서4975, 2012.4.9., 서울행정법원2011구단27363, 2012.3.9. 등 같은 뜻임), 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 보이는 것(2011.2.10., 심사양도2011-0307, 2012.3.30. 같은 뜻임)인바, 살피건대, 청구인은 신축주택취득일인 2003.4.16. 이전의 양도소득금액에 대해서도 조특법 제99조의 3 규정의 적용을 주장하나, 조특법 제99조의 3 명문규정의 문언과 그 규정취지를 고려할 때 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다. 따라서 처분청이 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.