구체적 증빙없는 상태에서 공사비 추정액만으로 필요경비를 공제할 수 없음

청구인은 2003.10.30. 취득한 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 산 138-2 임야 8,438㎡ 중 2,908㎡를 2004.6.11. 같은 리 726-1로 분할하고, 2004.7.15. 지목을 대지로 변경하였으며, 2010.9.9. 위 ○○리 726-1 대 2,908㎡(이하 “종전토지”라 한다)에서 다시 분할한 같은 리 726-4 대지 1,457㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 공공용지 협의취득을 원인으로 하여 2010.12.9. 경기도에 양도한 후, 재단법인 ○○경제연구원이 2004년 6월 산정한 개발비용산정보고서를 근거로 쟁점토지에 대한 조성공사비 52,925,475원(이하 “쟁점공사비”라 한다) 등 69,340,131원을 필요경비로 공제하여 2011.2.22. 양도소득세 예정신고를 하고 양도소득세 100,493,800원을 자진납부하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지의 필요경비에 포함하여 신고한 쟁점공사비는 구체적인 증빙서류가 없다는 이유로 이를 필요경비에서 제외하여 2012.3.1. 청구인에게 2010년 과세연도 양도소득세 14,324,660원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.

5.

30. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 2003.10.7. ○○군청으로부터 종전토지에 대한 형질변경 허가를 받아 토지조성공사를 하고, 산지전용 허가지에 대한 복구를 완료하여 2004.5.20. ○○군청으로부터 복구준공 통보를 받았다. 당초 임야였던 종전토지를 근린생활 시설용지로 형질변경하는 과정에서 청구인이 토지조성공사비를 투입한 사실이 명백하나, 이에 대한 지출증빙을 확보하지 못하여 부득이 2004년 6월경 재단법인 ○○경제연구원에 의뢰하여 산정한 종전토지에 대한 토지조성공사비 105,633,000원을 기초로 쟁점토지의 면적에 해당하는 쟁점공사비를 필요경비에 산입하여 양도차익을 계산하였다. 만약 처분청의 주장대로 쟁점공사비를 필요경비로 인정하지 아니한다면 결과적으로 개발행위에 대한 필요경비가 “0원”이 되어 사실과 다르게 되며, 대법원 판례(2007두15384, 2010.2.11) 등에서도 “필요경비의 발생이 명백한 경우에는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하므로, 지출증빙자료가 없어 추가공사비를 감정가액으로 산정하여 이를 필요경비에 산입하여 양도차익을 계산함이 타당하다”고 판시하여 실제 개발행위에 근거한 개발비용의 산정(추계)금액을 필요경비로 인정하였다. 따라서 쟁점토지에 대한 실제 개발행위가 관계기관의 공문서를 통하여 명백하고, 이에 따른 개발비용의 지출사실이 확실하며, 전문기관의 개발비용 산정이 합리적인 사실 등에 비추어 처분청이 지출증빙이 없다는 사유만으로 쟁점공사비를 필요경비로 인정하지 아니한 것은 부당하다.

자산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우에는 자산의 취득가액이나 양도가액 뿐만 아니라 그 필요경비도 실지거래가액 의하여야 함이 타당한바, 여기에서의 실지거래가액이라 함은 실지로 거래된 가액을 의미하므로, 청구인이 종전토지를 근린생활시설부지로 조성한 것과 관련하여 필요경비로 인정하여 달라면서 그 증거로 제시한 재단법인 한국종합경제연구원에서 작성한 개발비용산정보고서의 쟁점공사비는 실지로 지출된 금액이 아니라 표준단가 등에 의하여 작성된 추정금액이어서 실지로 필요경비를 지출하였다는 공사계약서, 세금계산서 등의 객관적인 증빙자료가 없는 한 이를 자본적 지출액의 실지거래가액으로 인정하기는 어렵다 할 것이다(조심2009중3361, 2010.3.19. 감심1999-0275, 1999.8.24. 다수 같은 뜻). 또한, 청구인은 쟁점토지를 취득할 무렵인 2003.9.20.

○○ 건설산업(건설/토목공사)을 개업하여 2009.6.30. 폐업할 때까지 운영하였고,

○○ 건설산업에 대하여 2004년 제1기 부가가치세 과세표준 105,913천원, 매입액 383,421천원으로 신고하여 부가가치세 27,750천원을 환급을 받았으며, 2004년 과세연도 종합소득세 확정신고시 총수입금액 798,103천원, 필요경비 789,089천원으로 신고하였다. 따라서 청구인이 쟁점공사비를

○○ 건설산업의 사업소득 계산함에 있어 필요경비로 공제받았다면 이를 쟁점토지의 필요경비에서 제외하여야 함이 타당하고, 건설업을 영위하는 청구인이 쟁점공사비를 쟁점토지의 양도소득 계산시 필요경비로 인정받을 수 있다는 사실을 인지하고 있었을 것인바, 쟁점공사비에 관한 지출증빙을 확보하지 못하여 개발비용의 산정을 재단법인

○○ 경제연구원에 의뢰하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 없으므로 쟁점공사비를 필요경비에서 제외하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지조성공사비에 대한 증빙자료가 없는 상태에서 제3자에게 의뢰하여 산정한 공사비추정액으로 필요경비를 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 2) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액

③ 법 제97조제1항제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

• 다. 사실관계 1) 재단법인 ○○경제연구원이 산정한 개발비용산정보고서를 살펴보면 아래와 같다.
• 가) 보고서 작성시기가 2004년 6월로 기재되어 있을 뿐 재단법인 ○○경제연구원의 사업장소재지 및 사업자등록번호, 보고서 작성번호 등은 표시되어 있지 아니하다. 나) 청구인의 위촉에 의하여

○○ 도

○○ 군

○○ 면

○○ 리 산 138-2(726-1) 임야 2,908㎡에 대한 ‘근린생활시설부지조성’에 대한 개발비용을 105,633,000원으 로 산정하였다고 설명되어 있다. 다) 각 비용항목별 계산내역이 첨부되어 있으나, 조성공사비의 구체적인 계산방법이나 비용을 추정한 근거에 대한 상세한 내용은 나타나 있지 아니하다.

2. ○○ 군수가 2003.10.7. 청구인에게 통보한 산림의 형질변경 허가신청에 따른 부담금 납부통보(농축52363-12816)에는 아래와 같은 내용이 나타난다.

○ 허가신청 및 부담금 납부내역

• 신청위치: ○○ 도

○○ 군

○○ 면

○○ 리 산 138-2

• 신청면적: 2,908㎡, - 신청목적: 근린생활 시설부지

• 형질변경기간: 2003. 10. ～ 2004.4.30.

○ 부담금 납부내역 (단위: 원) 지적복구비 면허세 지역개발공채 대체조림비 국고분 지방분 7,651,000 6,000 1,760,000 4,440,520 444,050

3. 또한, ○○군수는 2004.5.20. 청구인에게 아래와 같이 산지전용 허가지 복구준공 통보(농림축산과-6745)를 하였음이 관련공문에 의하여 확인된다. 위 치 수허가자 허가목적 허가면적 준공면적

○○ 군

○○ 면

○○ 리 산 138-2 2,908㎡ 2,908㎡ 청구인 근린생활시설

4. 양도소득세 예정신고서 및 양도소득세 경정결의서에 의하면, 청구인은 2011.2.22. 쟁점토지에 대하여 취득가액 42,497천원, 양도가액 646,908천원, 필요경비 69,134천원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으며, 처분청은 청구인이 공제한 필요경비 중 쟁점공사비는 객관적인 지출증빙이 없어 인정할 수 없다고 보아 필요경비공제액에서 제외하였음이 나타난다.

5. 국세통합전산망에 의하면, 아래와 같은 내용이 나타난다.

• 가) 청구인은 2003.9.20.부터 2009.6.30.까지 ○○건설산업(128-24-*, 건설/토목공사 등)을 운영하였다. 나) 청구인은

○○ 건설산업에 대한 2004년 제1기 부가가치세 신고시 매출액 105,913천원, 매입액 383,421천원으로 하여 부가가치세 27,750천원의 환급을 받았다.

• 다) 청구인은 2004년 과세연도 종합소득세를 간편장부에 의하여 총수입금액 798,103천원, 필요경비 789,089천원, 소득금액 9,013천원으로 신고하였다.

6. 청구인은 쟁점공사비와 관련한 공사도급계약서, 세금계산서, 대금지급에 관한 증빙 및 거래상대방의 인적사항 등을 확인할 수 있는 증빙서류를 제시하지 아니하고 있다.

• 라. 판 단 청구인이 재단법인 ○○종합경제연구원이 산정한 개발비용산정보고서를 근거로 쟁점공사비를 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. 양도소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다 하겠다(대법원 2007.10.28. 선고 2006두16137 판결 등 참조). 자산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우에는 자산의 취득가액이나 양도가액뿐만 아니라 그 필요경비도 실지거래가액에 의하여야 할 것이고, 여기에서 실지거래가액이라 함은 실지로 거래된 가액을 의미하는 것임에도 쟁점공사비는 실지로 지출된 금액이 아니라 청구인의 의뢰에 따라 재단법인 한국종합경제연구원이 추정한 금액에 불과하고, 그 산정근거가 불분명한 점, 산지전용 허가지에 대한 복구가 2004.5.20. 준공되었으므로 청구인이 당시에 토지조성공사비 관련 증빙서류를 충분히 확보할 수 있었을 것임에도 특별한 이유 없이 2004년 6월에 재단법인 ○○종합경제연구원에 토지조성공사비 산정을 의뢰한 점, 청구인이 실제로 쟁점공사비 상당액을 지급한 사실을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점, 건설업을 영위하였던 청구인의 부가가치세 및 소득세 신고내용에 비추어 토지조성공사를 청구인이 직접 수행하고, 관련비용을 사업소득의 필요경비에 포함하였을 가능성이 높아 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인의 주장을 인정하기는 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점공사비를 필요경비에서 제외하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.