청구인이 부담한 임차인 명도비는 양도가액에서 제외할 수 없음

청구인은 2003.3.7. 〇〇도 〇〇시 〇〇구 〇〇동 505번지 공장용지 2,315㎡ 및 공장건물 1,244㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 (주)♥♥산업(이하 “전소유법인”이라 한다)으로부터 취득하고, 2009.7.21. 청구외 (주)◎◎◎◎(이하 “양수법인”이라 한다)에 양도한 후, 양도가액을 2,220,000천원으로, 취득가액을 1,305,501천원으로, 필요경비를 540,235천원으로 하여 2009.9.22. 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 신고․납부하였다. 처분청은 2012.3.15.〜2012.4.30. 기간 동안 쟁점부동산에 대한 양도소득세 조사를 실시하고, 취득가액을 1,297,471천원으로, 필요경비를 311,875천원으로 경정하여 2012.5.8. 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 89,010,600원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.4. 이 건 심사청구를 제기하였다.

1)청구인이 2003.2.21. 쟁점부동산을 취득할 당시 쟁점부동산 지붕공사가 70,000천원에 발주된 상태여서 공동 매수인 청구외 (주)〇〇연마(이하 “〇〇연마”라 한다)와 청구인이 50%씩 부담하기로 약정서를 작성하고 날인하였다. 계약이행 조건으로 서로 날인한 것이므로 영수증도 대신한다고 판단하여 별도의 영수증은 수취하지 않았다. 부동산 매입 계약이행 전제조건으로 약정하고, 금액을 지불한 지붕공사비 35,000천원은 쟁점부동산 취득가액으로 인정하여야 한다. 2)2009.4.15. 쟁점부동산 양도 계약당시에 임차법인에 대한 보상금액을 양수법인이 지불하기로 별도계약 하고, 2009.3.23. 임대계약 한 청구외 (주)★★미디어(이하 “★★미디어”라 한다)에 해약하는 조건으로 투자손실비용 30,000천원을 지급하고, 청구외 ☆☆코리아(주)(이하 “☆☆코리아”라 한다)에 9,000천원을 지급하였으나, 양수법인이 이 비용을 별도 회계처리할 수 없어 양도가액에 포함시킨 것이며, 이 금액은 부동산 매도 계약 당시에 기존 임차법인에 대한 보상금액을 별도로 지불할 것을 약속한 것으로 청구인의 양도차익이 아니므로 양도가액에서 제외하여야 한다.

3. 2011. 4. 처분청으로부터 양도소득세 신고내용에 대한 소명자료 요청이 있어 3차에 걸쳐 방문 후 자료보완을 하였으나, 처분청의 담당자 변경사유로 1차 세무조사(2011.8.17.〜2011.8.31.)로 전환되었다. 2011. 9. 8. 세무조사가 완료되었으나, 또 다시 담당자가 변경되고 동일안건에 대해 2차 세무조사(2012.3.15.〜2012.4.3.)를 실시하였다. 처분청은 추가 자료 제출 요구도 없이 설명만 다시 하고 조사를 마쳤으나, 2012. 5. 8. 가산세 21,140,846원이 포함된 양도소득세 89,010,600원이 과세되었다. 따라서 처분청의 담당자 교체에 따른 업무공백으로 인해 발생된 가산세 6개월분(2011.10.〜2012.3.)은 차감하여야 한다.

1)청구인은 쟁점부동산 공장건물 지붕공사 70백만원 중 35백만원을 부담하는 조건으로 쟁점부동산을 취득하였다고 주장하나, 약정서 외에는 다른 입증할 세금계산서나 영수증을 제시하지 못하고, 실제 지붕수리를 하였는지도 이후 화재로 멸실되어 더 이상 확인 할 수 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. 2)임대계약 해약 조건으로 ★★미디어와 ☆☆코리아에 지급한 39백만원을 양도가액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 소득세법제97조 및 같은 법 시행령 제163조에 열거된 항목에 한하는 것으로서, 토지․건물의 양도와 관련하여 지급한 임차법인에 대한 보상금이나 이사비용은 필요경비로 공제하지 않는다. 3)청구인은 처분청이 인사이동으로 중복하여 세무조사를 하였다고 주장하나, 청구인은 2011.8.25. 처분청에 직접 방문하여 2011.8.26〜2012.1.25.까지 세무조사 연기 신청서를 제출하였다. 처분청은 연기기간이 끝나자, 가장 우선하여 2012년 양도소득세 1차 조사대상자로 선정하였다.

가. 쟁점

1. 쟁점부동산 취득 시 지출하였다는 지붕공사비 35백만원을 취득가액으로 인정할 수 있는지 여부와 임차법인 명도비 39백만원을 양도가액에서 제외할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

2. 세무조사가 지연되었다는 이유로 납부불성실 가산세를 경감하여야 한다는 주장의 당부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

② 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 따른다.

1. 제89조제1항제3호에 따른 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조제1항제2호가목에 따른 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우

3. 제104조제3항에 따른 미등기양도자산인 경우

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 거짓 계약서의 작성, 주민등록의 거짓 이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득하거나 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증명서류와 함께 제110조제1항에 따른 확정신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우

7. 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산인 경우

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지인 경우

9. 그 밖에 해당 자산의 종류, 보유기간, 보유 수(수), 거래 규모 및 거래방법 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우 2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[지적법에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권

3. (생략)

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 사업용 고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다) 3) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 4) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다) 5) 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

• 다. 사실관계

1. 청구인은 쟁점부동산 취득 시 지붕공사비 35백만원을 지출하였다는 증빙으로 계약이행 약정서 사본을 제출하였으며 그 내용은 아래와 같다. 계약이행 약정서 “갑”을 〇〇연마라 칭하고 “을”은 ◇◇산업(청구인)이라 한다. 이행내용

① “갑”과 “을”은 〇〇시 〇〇동 505번지 내에 있는 건축물(376평) 천장 지붕수리 및 건물 내에 있는 벽돌 칸막이 철거공사 총비용(70,000,000)을 공사 완료 후 “갑”과“을”이 1/2씩 부담하기로 약정한다. (이 하 생 략) 2) 청구인은 임차법인 ★★미디어에 명도비 39백만원을 지급하였다는 증빙으로 합의서를 제출하였으며 그 내용은 아래와 같다. 또한, ★★미디어에 30백만원을 송금한 영수증과, ☆☆코리아에 9백만원을 송금한 영수증을 제출하였다. 합 의 서 2009년 3월 23일 체결한 부동산 임대차 계약의 해지와 관련하여 아래의 쌍방은 다음과 같이 합의한다.

1. 기 체결된(2009년 3월 23일)임대차 계약은 2009년 6월 15일자로 해지한다.

2. 임대인은 임차인에게 임대보증금 2,000만원과 중도 해지에 따른 배상액 1,000만원을 4월 20일에 조기 지급한다.

3. 임차인은 2009년 6월 15일까지 해당 부동산을 현 상태대로 반환하며, 해지 시 까지의 임대료는 별도 지급하지 않는다. 임대인: 권○○(청구인) 임차인: 주식회사 ★★미디어

3. 청구인이 제출한 쟁점부동산 양도계약서에 첨부된 특약사항 사본은 아래와 같다. 특 약 사 항

1. 본 계약은 2009년4월15일 등기부등본(토지, 건물)의 내용을 확인하고 현 시설물 상태를 기준으로 계약한다.(중간 생략)

3. 총 매매대금 일금이십이억이천만(￦2,220,000,000)원 중, 토지대금 일금이십억이천만(￦2,020,000,000)원, 건물대금 일금이억(￦200,000,000)원으로 구분한다. 단 건물분 부가가치세 이천만원(￦20,000,000)은 잔금 시 지불한다.

4. 계약금 이억(￦200,000,000)원을 2009년4월15일 지불한다. 단, ★★미디어: 보증금 이천만원/월세 일백칩실만원 임대차기간 2009년3월24일〜2012년3월23일까지의 임대차기간을 2009년 6 월15일까지,(★★미디어의 공장 내 구축물 및 현 시설물 상태를 훼손 없이 유지한다)

• 입주 시 ★★미디어가 행한 인테리어 및 시설물 보완공사 완료상태를 유지한다. ☆☆코리아: 보증금 육천오백만원/월세 육백팔십만원 임대차기간 2007년10월27일부터 2009년10월26일까지의 임대차기간을 2009년7월30일까지 임차인을 이사완료 시키는 조건이며, 임차인을 비워주지 않을 시 계약금 이억원의 배액인 일금사억원을 매수인에게 배상하고 매수인은 계약을 해제한다.

4. 청구인은 쟁점부동산 매매를 중개한 공인중개사 이제건으로부터 쟁점부동산의 양도가액은 당초 2,190백만원이었으나, 임차법인인 ★★미디어와 ☆☆코리아의 명도상의 애로점이 발생되어 일금 삼천만원을 지불하는 조건으로 매매금액을 2,220백만원으로 증액하여 매매계약을 체결하였다는 확인서를 수취하여 제출하였다.

5. 처분청은 청구인이 2011.8.25. 제출한 세무조사 연기신청서 사본을 제출하였으며, 연기신청서에 당초 조사기간은 2011.8.17.〜2011.8.31.로 기재되어 있고, 연기를 원하는 기간은 2011.8.26.〜2012.1.25.로 기재되어 있으며, 청구인의 진료소견서가 첨부되어 있다.

• 라. 판단 청구인은 쟁점부동산 취득 시 지붕수리비로 35백만원을 지출하였으므로 이를 필요경비로 공제하여야 하고, 임차법인 명도비 39백만원을 양도가액에서 제외하여야 하며, 처분청의 인사이동으로 세무조사가 지연된 기간 동안 발생한 납부불성실가산세는 취소하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점부동산 취득 시 지붕수리비 35백만원을 지출하였다는 증빙으로 쟁점부동산의 토지를 공동매수한 〇〇연마와 지붕공사비 70백만원을 공동으로 부담한다고 작성한 계약이행약정서 사본을 제출하였을 뿐, 지붕공사와 관련된 공사계약서, 견적서, 지출증빙 등 공사가 실제 시공되었는지 확인할 수 있는 근거자료는 제시하지 못하고 있다. 따라서, 쟁점부동산 공장건물과 직접적인 관련이 없는 〇〇연마와 작성한 약정서만으로 청구인이 주장하는 지붕공사비 35백만원은 취득가액으로 인정하기 어렵다고 할 것이다. 또한, 청구인은 쟁점부동산 임차법인을 명도하는 비용을 양수법인이 부담하기로 하고 양도가액을 당초 2,190백만원에서 2,220백만원으로 증액하였으므로 임차법인 명도비 39백만원은 양도가액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구인이 ★★미디어와 작성한 합의서에 의하면 ★★미디어에 송금한 명도비 30백만원 중 20백만원은 임대보증금을 반환한 것으로, 청구인이 임차법인에 명도비로 지급한 금액은 ☆☆코리아에 지급한 9백만원을 합하여 19백만원에 불과하여, 양수법인이 임차법인에 명도비를 지급하기 위해 양도가액 30백만원을 증액하였다는 주장은 설득력이 부족하다. 오히려, 매매계약서에 첨부된 별첨에 토지대금 2,020백만원, 건물대금 200백만원, 건물 부가가치세 20백만원으로 구분하여 기재된 점, ★★미디어는 2009.6.15., ☆☆코리아는 2009.7.30.까지 이사완료 시키는 조건이며, 임차인을 비워주지 않을 시 계약금 이억원의 배액인 일금사억원을 매수인에게 배상한다고 기재된 점 등에 비추어 청구인이 체결한 임대차계약을 양수법인이 승계하지 않는 조건으로 계약 당사자 간에 쟁점부동산 양도대가를 2,220백만원으로 결정한 것으로 봄이 타당하다. 한편, 청구인이 2011.8.25. 처분청에 제출한 세무조사연기신청서에 의하면 청구인의 건강상의 이유로 쟁점부동산 양도소득세 조사를 2012.1.25.까지 연기신청한 사실이 확인되므로 처분청의 인사이동으로 세무조사가 지연되어 청구인이 부담할 납부불성실가산세가 증가되었다는 주장은 설득력이 없다. 따라서, 처분청이 청구인에게 부과한 이 건 양도소득세는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.