비거주자는 1세대 1주택 장기보유특별공제(최대80%)를 적용할 수 없음

조ㅇㅇ(이하 “청구인”이라 한다)은 비거주자로서 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 134-21 ㅇㅇ아파트 14-1205호(161.75㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2001.11.1. 취득하여 2009.7.28. 1,900백만원에 양도하고, 장기보유특별공제율 21%를 적용하여 2009.9.30. 양도소득세를 신고하였다. 청구인은 2011.8.31. 쟁점아파트에 대하여 소득세법 제95조 제2항 의 <표2>에 의한 장기보유특별공제율 56%를 적용하여 양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2011.11.11. 청구인에게 이 건 경정청구 거부처분을 하였다. 청 구인은 이에 불복하여 2012.2.7. 이의신청을 거쳐 이건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 장기보유특별공제는 보유기간 동안의 물가상승분을 공제해 주겠다는 취지의 제도로 거주자에게만 한정한 특별할 이유가 없으며, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 축소 해석할 수 없다고 할 것이다.
• 나. 구 소득세법 제121조 제2항 소정의 ‘거주자와 동일한 방법으로 과세한다’라고 함은 소득금액과 과세표준 및 세액 등을 산정함에 있어 비거주자에게 거주자와 동일한 방법을 적용해야 한다는 의미이며, 구 소득세법 제95조 제2항 의 단서조항은 양도소득금액 산정시 공제되는 항목에 관한 규정이고, 비거주자도 그 요건을 갖출 수 있는 점 등을 종합하면 구 소득세법 제95조 제2항 의 단서조항은 비거주자의 경우에도 그대로 적용된다고 해석함이 타당하다(대법원2009두21147, 2011.7.14. 같은 뜻)
• 다. 따라서 비거주자인 청구인은 쟁점아파트의 양도에 관하여 이 사건 단서조항의 요건을 충족하였으므로 양도소득금액 산정함에 있어 구 소득세법 제95조제2항 의 단서조항이 적용되어야 하나, 이와 달리 구 소득세법 제95조제2항 의 단서조항이 거주자의 경우에만 적용됨을 전제로 한 처분청의 경정청구 거부처분은 취소되어야 하고, 쟁점아파트에 대한 2009년 과세연도 양도소득세 계산시 장기보유특별공제율을 56%로 적용함이 타당하다.

• 가. 구 소득세법시행령 제154조 제1항 에서는 ‘1세대’를 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대’ 라고 규정하여 1세대가 거주자로 구성된다는 점을 명백히 하고 있는 바, 같은법 시행령 제159조의2에서의 1세대는 위에서 규정하고 있는 1세대와 동일한 의미이므로 비거주자에게는 최대 80%의 장기보유특별공제율이 적용되지 아니한다.
• 나. 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제 규정은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지이므로 비거주자에 대해서는 최대 80%의 장기보유특별공제 적용을 배제하고, 최대 30%의 장기보유특별공제만을 허용하는 것이 기획재정부 및 국세청의 일관된 입장이다.
• 다. 따라서, 처분청이 비거주자인 청구인에게 양도소득세 과세특례규정인 소득세법 제95조 제2항 단서 <표2>의 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 적용을 배제하여 경정청구를 거부처분 한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 비거주자의 1세대 1주택에 대하여 최고 80%(표2)의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하“양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액 (이하“양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서“장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 7년 이상 8년 미만 100분의 21 4년 이상 5년 미만 100분의 12 8년 이상 9년 미만 100분의 24 5년 이상 6년 미만 100분의 15 9년 이상 10년 미만 100분의 27 6년 이상 7년 미만 100분의 18 10년 이상 100분의 30 <표2> 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 7년 이상 8년 미만 100분의 56 4년 이상 5년 미만 100분의 32 8년 이상 9년 미만 100분의 64 5년 이상 6년 미만 100분의 40 9년 이상 10년 미만 100분의 72 6년 이상 7년 미만 100분의 48 10년 이상 100분의 80 3) 소득세법 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다(2009.12.31. 단서 신설) 4) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(ㅇㅇ특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 5) 소득세법 시행령 제159조의2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 비거주자로서 쟁점아파트를 2009.7.28. 양도하고 장기보유특별공제 21%를 적용하여 양도소득세 과세표준을 신고한 후, 비거주자에 대한 1세대 1주택 장기보유특별공제 56% 적용을 요구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 비거주자에게는 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별공제 특례 규정이 적용되지 않는다 하여 거부처분한 사실이 심리자료에 나타난다.

2. 기획재정부 발간(2010.6월) ‘2009 간추린 개정세법 해설책자’에 의하면, 1세대 1주택 비과세 등이 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지인 점을 감안하여 2009.12.31. 소득세법 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】제2항 단서를 신설하였는바, 이는 비거주자에 대해서는 최대 80%의 장기보유특별공제를 배제하고 최대 30%의 일반 장기보유특별공제만 허용한 것으로 하여 장기보유특별공제 <표2>의 공제율은 비거주자에게 적용되지 아니한다는 것을 법령에 명확화 하였다고 기술하고 있다.

• 라. 판단 청구인은 비거주자인 본인에게도 소득세법 제95조 제2항 〔표2〕에 의한 1세대 1주택 양도에 따른 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 주장인바, 소득세법 제95조 제2항 단서의 규정은 장기보유특별공제액 적용에 있어 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’ 해당하는 경우에는 특별히〔표2〕의 공제율을 적용하도록 하고 있는바, 여기에서 ‘1세대’는 소득세법 시행령 제159조의2 및 제154조 제1항에 따라 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’를 의미하는 것으로 해석되어지는 점, 또한, 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 소득세법 제121조 제2항 의 개정 취지가 거주자의 주거생활 안정 목적에서 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 않음을 명확히 하고 있는 점 등을 고려하여 보면, 비거주자인 청구인에게는 소득세법 제95조 제2항 단서를 적용하기 어려운 것으로 보여진다(조심2012서1155, 2012.04.16. 외 다수 같은 뜻). 따라서 처분청이 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제〔표2〕의 공제율은 비거주자에게 적용되지 아니한 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.