농지대토감면을 위한 3년 자경요건 충족 여부

청구인은 2002.8.30. 취득한 서울시 ××구 ××동 398-1 답 1,012㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 2009.12.31. 한국토지주택공사에 수용됨에 따라, 2010.2.6. 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 조세특례제한법 제70조 (농지대토에 대한 양도소득세 감면)에 따라 감면세액 1억원을 공제하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 3년 이상 자경하지 않았다고 보아 위 감면세액을 부인하고, 2012.1.2. 2009년 과세연도 양도소득세 67,919,520원 및 농어촌특별세 9,902,090원 합계 77,821,610원을 결정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.3.27. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인의 근로소득발생에 대하여 청구인은 2005.5.16. 건 ××× (주)(서울시 × 구 ××× 동 120-13, 부동산임대 및 관리업, 이하 “건 ××× ”이라 한다)에 현재까지 사무직(정규직)으로 근무하고 있으며, 국세청 D/B자료와 같이 2006년부터 2009년까지 건×××에서 약 61,049천원의 급여를 받았지만 청구인이 ××구 ××동 484번지에 거주하면서 쟁점토지에서 화훼농사를 지으면서 틈틈이 건×××에 일주일에 1회 정도 오후에 출근하여 서류정리를 해주고 받은 급여로, 처분청 조사에서 확인되었듯이 건×××은 부동산 임대관리업체로 청구인이 상근할 만큼 업무량도 많지 않고 화훼농사 역시 청구인이 전념해야할 만큼 많은 시간을 요하지 않는다.
• 나. 지장물 보상금 제3자 수령건에 대하여 쟁점토지가 수용되면서 쟁점토지상의 비닐하우스 등 지장물에 대한 보상금을 박 ×× (쟁점토지의 임차인, 2007.10.27. 임대차계약서 작성)이 한국토지주택공 사로부터 지급받은 것은 사실이나, 이는 청구인이 질병으로 더 이상 화훼농사를 지을 수 없게 되자 박 ×× 에게 쟁점토지를 임대하면서 박××의 비용으로 비닐하우스를 수리하는 대신 지장물 보상금은 박××이 수령하기로 한 것이다. 청구인의 근로소득의 발생 및 지장물 보상금의 제3자 수령 등 사실로 청구인이 쟁점토지에서 3년 이상 경작하지 않은 것으로 판단하여 쟁점토지에 대한 세액감면을 부인하였으나, 이는 건×××의 업무량이나 화훼농사의 특성 및 청구인과 박××간의 상기와 같은 합의내용을 확인하지 않은 부당한 처분이다.

청구인은 건×××에 2005년 5월 16일부터 양도시까지(근로기간 4.07년) 근무하고 급여를 받은 사실을 인정하면서 위 급여는 1주일에 하루 출근하여 4시간 정도 서류정리를 해주고 받은 급여라고 주장하나, 위 주장대로라면 아래 <표1>과 같이 1일 4시간 급여액이 평균 320천원 이라는 것인데, 이는 사회통념상 서류정리 업무에 대한 급여로 보기에는 무리가 있어 신뢰성이 없다. < 표1> 시간당 급여액 <단위: 천원> 귀속연도 급여액 월평균급여 1일(4시간) 급여 비 고 2005년 9,094 1,299 325 2006년 15,428 1,286 322 2007년 15,460 1,288 322 2008년 15,491 1,291 323 2009년 14,673 1,223 306 합계 70,146 또한, 청구인은 쟁점토지 보유기간(2002.9.12∼2009.12.31 보유기간 7.04년) 중 아래 <표2>와 같이 2002년부터 2011년까지 계속하여 (주)글 ××××××× 코리아(서울시 ×× 구 ×× 동 28-26, 음식/커피전문점)와 건×××으로부터 계속해서 근로소득이 발생하고 있다. <표2> 근로소득 발생내역 <단위: 천원> 귀속연도 근무처 급여액 비고 2002년 (주) 글 ××××××× 코리아 18,000 2003년 18,000 2004년 18,000 2005년 (주) 글 ××××××× 코리아 3,000 건×××(주) 9,094 2006년 건×××(주) 15,428 2007년 15,460 2008년 15,491 2009년 14,673 2010년 15,655 2011년 16,007 합계 158,808 또한, 청구인은 2007.10.27부터 쟁점토지를 박 ×× 에게 대리경작토록 하고 이에 따른 영농보상 및 지장물보상금도 박××이 수령한 사실도 인정하고 있다. 따라서 처분청이 위 사실관계에 근거하여 청구인이 쟁점토지를 3년 이상 자경하지 않은 것으로 보아 조세특례제한법 제70조 (농지대토에 대한 양도소득세 감면)에 따른 감면세액을 부인하고 2009년 귀속 양도소득세 67,919,526원 및 농어촌특별세 9,902,094원을 과세한 당초 처분은 정당하다〔청구인이 제출한 2007.10.27자 부동산임대차계약서 참조〕. 쟁점사항과는 별론으로, 청구인은 2011.11.01. 대체농지인 경기도 ×× 시 ×× 동 100-2 전 1,071㎡를 538,000,000원에 취득하였으나(면적 및 가액요건 충족), 청구인이 심사청구시 제출한 진단서(현장확인시 미제출)를 보면 청구인은 현재 항암치료를 받고 있는 것으로 보여지는 바, 조세특례제한법시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】상의 요건 중 대체농지를 취득한 후 계속하여 3년 이상 자경하여야 한다는 요건을 충족하지 못하므로 위 감면세액을 부인하여야 할 것이다〔부동산거래-899,2011.10.20 참조〕.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점토지의 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건(농지소재지 주거 및 3년 이상 자경)요건을 충족하였는지 여부이다.
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제한다. <개정 2010.12.27, 2011.12.31>

② 제1항에 따라 양도하거나 취득하는 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령으로 정하는 토지의 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자를 말한다. <개정 2008.2.22, 2010.2.18, 2012.2.2>

1. 농지가 소재하는 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. <개정 2006.2.9, 2012.2.2>

③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득한 후 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

④ 제3항제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

⑤ 제3항제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 농지 소유자가 사망한 경우로서 상속인이 농지소재지에 거주하면서 계속 경작한 때에는 피상속인의 경작기간과 상속인의 경작기간을 통산한다.

⑥ 법 제70조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 소득세법 제95조제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 계산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. <신설 2010.2.18> 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가)

⑦ 법 제70조제2항에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다} 지역에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역 안의 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑧ 법 제70조제3항의 규정에 따라 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2010.2.18>

• 다. 사실관계

1. 청구인의 주민등록등본 및 초본에 의하면 쟁점토지 보유기간 중 주소이전상황은 다음과 같다. 전입일 주 소 지 비 고 1996.12.12. 서울시 ××× 구 ×× 동 129-239(18/4) 2006.10.30. 서울시 ×× 구 ×× 동 484 (28/2) 2007.1.1. 서울시 ×× 구 ×× 동 484(35/2) 2007.10.27. 쟁점토지 박××에게 임대 2011.3.17. 경기도 ×× 시 ×× 동 176-4 (1/3) * 청구인은 2011.11.1. 대체농지인 경기도 ×× 시 ×× 동 100-2 전 1,071㎡를 538백만원에 취득하고(면적 및 가액요건 충족) 주소를 이전하였다., 청구인이 쟁점토지의 감면요건을 완전히 충족하기 위해서는 조세특례제한법 시행령 제67조의 요건에 따라 대체농지를 취득하여 3년 이상 자경하여야 하므로, 만일 감면이 된다면 사후관리 대상이 됨

2. 청구인이 제출한 쟁점토지에 대한 임대차 계약서에 의하면 쟁점토지는 2007.10.27. 청구외 박××(이하 “박××”이라 한다)에게 보증금 1백5십만원에 임대하였다.

3. 이 사건 심리를 위해 박××에 대한 사업이력 등을 국세통합전산망을 통해 조회한바, 박××은 청구인으로부터 쟁점토지를 임차하기 이전부터 쟁점토지 인근(서울시 서초구 우면동 338-9)에서 지금까지 화훼농사(금산농원, 21-9-6****, 2006.2.3.)를 짓고 있었고, 쟁점토지 및 박××의 사업장 소재지에 대해 사업장소재지별 조회한바, 동일 소재지에 다른 사업자는 없었던 것으로 확인된다. 4) 국세통합전산망의 DB자료 확인한바, 청구인의 근로소득자료는 다음과 같다. 귀속년도 법인명상호 총급여계 급여총액 상여총액 1999 (주) 글 ××××××× 코리아 4,400 4,400 0 2002 18,000 18,000 0 2003 18,000 18,000 0 2004 18,000 18,000 0 2005 건×××(주) 9,094 7,569 1,525 (주) 글 ××××××× 코리아 3,000 3,000 0 2006 건×××(주) 15,428 12,161 3,267 2007 건×××(주) 15,460 12,510 2,950 2008 건×××(주) 15,491 12,161 3,330 2009 건×××(주) 14,673 12,773 1,900 2010 건×××(주) 15,655 12,805 2,850 2011 건×××(주) 16,007 13,037 2,970

5. 청구인에 대한 사업이력을 조회한바, 화훼농업관련 사업이력은 물론 농업관련 사업소득이 발생한 사실이 없고, 서울 ××동과 ××동에 부동산임대사업을 하고 있는 것이 확인된다.

6. 청구인은 2010.2.1. 남서울농업협종조합장으로부터 발급받은 조합원증명서상에는 조합원가입일이 2007.3.30.로 되어있고, 청구인은 청구외 조×× 및 권××로부터 자경사실확인원을 받아 인감증명서와 함께 제출하였다.

7. 청구인은 서초구청장이 2006.6.8. 발급한 쟁점토지 지번내에 지하수개발이용준공필증(교부 번호 49902) 사본을 제출하였다.

• 라. 판단 청구인이 쟁점토지 소재지 인근에 주거를 하면서 3년 이상 자경을 하였는지 여부에 대하여 관련 법령과 위 사실관계를 종합하여 살펴본다. 청구인의 경우 쟁점토지의 취득이전부터 근로소득이 발생하고 있었고 그 소득의 발생정도가 청구인이 쟁점토지 인근에 주소지를 옮겨 농사를 지었다는 시기와 비교할 때 큰 차이가 없어 근로의 내용 역시 큰 변화가 없었던 것 으로 추정되고, 청구인이 제출한 조합원 증명서와 자경사실원만으로 근로소득이 있는 청구인이 근로사업장에 전념하면서 화훼작물의 경작 또는 재배에 상시 종사하는 자경농민에 해당하거나 농작업의 2분의1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였다고 볼만한 객관적 증빙자료라 할 수 없다. 또한, 청구인이 쟁점토지를 2002.8.30. 취득한 이후 쟁점토지에서 화훼농사에 종사함으로써 발생하는 농자재구매 증명자료, 농기계 보유현황, 화훼농작물 매출자료 등 상시 농업 종사자에게 일반적으로 발생하는 제경비와 수익에 관한 제증빙을 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라 2006.10.30. 쟁점토지 인근으로 주소지를 옮겼지만 질병으로 2007.10.27. 박××에게 쟁점토지를 임대하였다는 사실을 청구인 스스로가 인정하고 있다. 따라서 청구인이 쟁점토지의 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 사건 양도소득세를 부과한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.