1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함

• 가. 청구인은 비거주자로서 1997.4.28. 취득한 “00 00 00 5-번지 00○○○카운티 1**-701호”주택(이하 “쟁점주택”)을 2009.11.26. 양도하면서 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 양도소득세를 계산하고 동 세액을 동일자에 자진신고납부하였으나, 2011.9.25. 장기보유특별공제를 80% 적용하고 초과납부한 세액 65,063,410원을 경정(감)하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 이유로 2011.11.29. 청구인에게 경정청구 거부통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.22. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 법률검토

1. 구 소득세법 제95조 제1항 은 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제2항은 장기보유특별공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다고 규정하면서, 그 단서조항에서 “양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에는 표2에 따라 당해 주택의 보유기간이 10년 이상인 것은 양도차익의 100분의 80”이라고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제159조 의 2에서는 대통령령이 정하는 1세대 1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 규정하고 있다.

2. 그리고 여기서의 “1세대”에 관하여는 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 이 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”라고 규정하고 있으며, 구 소득세법 제121조 제2항 은 토지 또는 건물의 양도소득 등이 있는 비거주자에 대하여는 “거주자와 동일한 방법으로 과세한다”고 규정하고 있다.

• 나. 청구이유

1. 장기보유특별공제는 보유기간 동안의 물가상승분을 공제해 주겠다는 취지의 제도로 거주자에게만 한정할 특별한 이유가 없으며, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유없이 축소해석할 수 없다.

2. 구 소득세법 제121조 제2항 소정의 “거주자와 동일한 방법으로 과세한다”라고 함은 소득금액과 과세표준 및 세액 등을 산정함에 있어 비거주자에게 거주자와 동일한 방법을 적용해야 한다는 의미이며, 구 소득세법 제95조 제2항 의 단서조항은 양도소득금액의 산정시 공제되는 항목에 관한 규정이고, 비거주자도 그 요건을 갖출 수 있는 점 등을 종합하면, 구 소득세법 제95조 제2항 의 단서조항은 비거주자의 경우에도 그대로 적용된다고 해석함이 타당하다.

• 다. 결 론 따라서 비거주자인 청구인은 “쟁점주택”의 양도에 관하여 이 사건 단서조항의 요건을 충족하였으므로 그 양도소득금액을 산정함에 있어 구 소득세법 제95조 제2항 의 단서조항이 적용되어야 한다고 보고 이와 달리 구 소득세법 제95조 제2항 의 단서조항이 거주자의 경우에만 적용됨을 전제로 한 처분청의 경정청구거부처분은 위법하다고 판단된다.

소득세법 시행령 제154조 제1항 “1세대”를 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대’ 라고 규정하여 1세대가 거주자로 구성된다는 점을 명백히 하고 있는 바, 동법 시행령 제159조의 2에서의 1세대는 위에서 규정하고 있는 1세대와 동일한 의미이므로 비거주자에게는 최대 80%의 장기보유특별공제율이 적용되지 아니한다. 따라서 비거주자인 청구인에게는 거주자와 달리 구 소득세법 제95조 제2항 단서 조항에 따른 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하지 아니하는 것이 타당하다.

가. 쟁점 비거주자가 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 표1 표2 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 12 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 15 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 18 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 21 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 24 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 27 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 30 10년 이상 100분의 80

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제1조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제1조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2008. 12. 26. 개정) 2) 소득세법 제119조 【비거주자의 국내원천소득】 비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

3. 국내에 있는 부동산 또는 부동산상의 권리와 국내에서 취득한 광업권, 조광권, 지하수의 개발ㆍ이용권, 어업권, 토사석채취에 관한 권리의 양도ㆍ임대 기타 운영으로 인하여 발생하는 소득. 다만, 제9호에 규정한 양도소득은 제외한다. 3) 소득세법 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】

① 비거주자에 대하여 과세하는 소득세는 당해 국내원천소득을 종합하여 과세하는 경우와 당해 국내원천소득을 분리하여 과세하는 경우로 구분하여 계산한다.

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의 3부터 제156조의 5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다. (2008. 12. 26. 개정)

② 제120조에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의 3부터 제156조의 5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다. (2009. 12. 31. 개정) 4) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(00특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (단서 생략) 5) 소득세법 시행령 제159조 의 2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

• 다. 사실관계 1) 청구인은 1997.4.28. 쟁점주택을 각각 취득하여 2009.11.26. 쟁점아파트를 양도한 후 양도소득세를 신고하면서 일반적인 장기보유특별공제를 적용하였음이 등기부등본 및 양도소득세 신고서에 의하여 확인된다.

2. 청구인은 2011.9.25. 비거주자에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 거주자와 동일하게 적용해 달라는 취지로 2009년 과세연도 양도소득세에 대하여 경정청구를 하였으며, 이에 대하여 처분청은 비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 이유로 2011.1129. 경정 청구 거부통지를 하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

3. 청구인이 비거주자에 해당된다는 사실에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

4. 기획재정부에서 2010년에 발간한 ｢2009 간추린 개정세법｣에 따르면 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제의 비거주자 적용을 배제하도록 소득세법을 개정한 이유는 다음과 같다.

○ 우리부 예규(재재산-962, '08.12.10)는 1세대 1주택 비과세 등은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지인 점을 감안하여,

• 비거주자에 대해서는 최대 80%의 장기보유특별공제를 배제하고 최대 30%의 일반 장기보유특별공제만 허용

○ 비거주자에게 적용되지 아니한다는 것을 법령에 명확화

• 라. 판단 청구인은 비거주자도 거주자와 동일하게 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용해야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 소득세법 시행령 제154조 제1항 은 “1세대”를 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거주에서 생계를 같이 하는 가족”으로 정의하고 있고, 비거주자인 경우 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정한 소득세법 제121조 제2항 (2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것을 말함)의 개정취지가 국민의 주거생활의 안정 등 보장하기 위한 것임을 감안하여 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명확히 하기 위한 것으로 보인다. 따라서 처분청이 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 규정은 비거주자에게 적용되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.