1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 규정은 비거주자에게 적용 안됨

비거주자인 청구인은 2009.9.9. ○○시 ○○구 ○○동 번지 ○○아파트 동 **호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 양도하고 2009.9.9. 양도소득세 신고 시 일반적인 장기보유특별공제를 적용하였으나, 2012.12.28. 비거주자에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 거주자와 동일하게 적용할 것을 주장하며 양도소득세 194,218,920원의 감액을 요구하는 경정청구를 하였다. 처분청은 비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 이유로 2012.2.3. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

행정법원 및 대법원판례에서와 같이 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 구 소득세법 제121조 제2항 “거주자와 동일한 방법으로 과세한다.”라 함은 소득금액과 과세표준 및 세액 등을 산정함에 있어서 거주자와 동일한 방법을 적용해야 한다는 의미로 보아야 하며, 장기보유특별공제를 해주는 취지가 물가상승률에 대한 공제라는 측면에서도 비거주자와 거주자의 차이를 둘 이유가 없으므로 비거주자에게도 거주자와 같은 공제율을 적용해야 한다.

비거주자인 청구인에게는 거주자와 달리 구 소득세법 제95조 제2항 단서 조항에 따른 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하지 아니하는 것이 타당하다.

가. 쟁점 비거주자가 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 표1 표2 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 12 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 15 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 18 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 21 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 24 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 27 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 30 10년 이상 100분의 80

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2008. 12. 26. 개정) 2) 소득세법 제119조 【비거주자의 국내원천소득】 비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

3. 국내에 있는 부동산 또는 부동산상의 권리와 국내에서 취득한 광업권, 조광권, 지하수의 개발ㆍ이용권, 어업권, 토사석채취에 관한 권리의 양도ㆍ임대 기타 운영으로 인하여 발생하는 소득. 다만, 제9호에 규정한 양도소득은 제외한다. 3) 소득세법 제121조 【비거주자에 대한 과세방법】

① 비거주자에 대하여 과세하는 소득세는 당해 국내원천소득을 종합하여 과세하는 경우와 당해 국내원천소득을 분리하여 과세하는 경우로 구분하여 계산한다.

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의 3부터 제156조의 5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다. (2008. 12. 26. 개정)

② 제120조에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의 3부터 제156조의 5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 과세한다. 다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다. (2009. 12. 31. 개정) 4) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (단서 생략) 5) 소득세법 시행령 제159조 의 2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

• 다. 사실관계 1) 청구인은 1996.4.15. 및 2001.8.27. 쟁점아파트 지분 2분의 1을 각각 취득하여 2009.9.9. 쟁점아파트를 양도한 후 2009.9.9 양도소득세를 신고하면서 일반적인 장기보유특별공제를 적용하였음이 등기부등본 및 양도소득세 신고서에 의하여 확인된다.

2. 청구인은 2011.12.28. 비거주자에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 거주자와 동일하게 적용해 달라는 취지로 2009년 과세연도 양도소득세에 대하여 경정청구를 하였으며, 이에 대하여 처분청은 2012.2.3. 경정청구 거부통지를 하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

3. 청구인이 비거주자에 해당된다는 사실에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

4. 기획재정부에서 2010년에 발간한 ｢2009 간추린 개정세법｣에 따르면 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제의 비거주자 적용을 배제하도록 소득세법을 개정한 이유는 다음과 같다.

○ 우리부 예규(재재산-962, '08.12.10)는 1세대 1주택 비과세 등은 국민의 주거생활 안정과 거주이전의 자유를 보장하려는 취지인 점을 감안하여,

• 비거주자에 대해서는 최대 80%의 장기보유특별공제를 배제하고 최대 30%의 일반 장기보유특별공제만 허용

○ 비거주자에게 적용되지 아니한다는 것을 법령에 명확화

• 라. 판단 청구인은 비거주자도 거주자와 동일하게 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용해야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 소득세법 시행령 제154조 제1항 은 “1세대”를 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거주에서 생계를 같이 하는 가족”으로 정의하고 있고, 비거주자인 경우 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정한 소득세법 제121조 제2항 (2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것을 말함)의 개정취지가 국민의 주거생활의 안정 등을 보장하기 위한 것임을 감안하여 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명확히 하기 위한 것으로 보인다. 따라서 처분청이 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 규정은 비거주자에게 적용되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.