쟁점토지는 비사업용토지에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제한 처분은 정당함

이 건 심사청구는 기각합니다.

가. 청구인은 1987.7.14. 경기도 ⧈⧈시 ⧍⧍동 187 답 355㎡(이하 “쟁점토지”라 한다.)를 취득한 후 2008.10.1(착공일자) 위 토 지 지상에 상가건물 731.79 ㎡(이하 쟁점토지와 상가건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다.)를 신축하던 중 청구외 이⧫⧫에게 토지가액 700백만원, 신축 중인 건물가액 272백만원에 2009.7.27. 양 도하고 쟁점토지를 사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 2009.8.31. 양도소 득세 137,471,130원을 예정신고 납부하였다.

• 나. ⧭⧭ 국세청장은 2011.4월 ⦾⦾세무 서 업무감사 시 쟁점 토 지에 대하여 사업 용토지 여부를 검토한바, 쟁점토지는 청구인이 취득 이전부터 개발제한구역 으로 지정된 농지이고 청구인이 재촌 자경요건을 충족하지 못한 농지이며 양도 직전 인 2009.7.3. 대지로 지목이 변경되고 2008.10.1. 건물 착공 후 2009.7.1 완공되어 2009.7.27양도하였기에 사업용토지의 판정기준 중 기간요건을 충족하지 못하므로 쟁점토지를 비사업용토지로 판단, 처분청에 장기보유특별공제를 배제하여 경정결정할 것을 처분지시 하 였고, 이에 처분청은 2011.11.7. 장기보유특별공제를 배제하여 양 도소득세 89,834,300원 을 경정 ․고지하였다. 이에 청구인은 2012.2.6. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 개발제한구역으로 지정된 토지를 취득한 후 건축이 불가능하 여 보유하던 중 개발제한구역 해제 및 지목변경이 가능하게 되어 2009.7.3 지목변경 후 쟁점부동산을 신축 중에 양도하였으며 처분청이 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지는 청구인이 취득 시 부터 양도일 직전까지 농지로서 사업용 토지에 해당하는 재촌 자경요건을 충족하지 못하였고, 취득 시부터 이미 개발제한구역으로 지정되어 있어 ‘토지를 취득한 후 법령 에 의하여 사용이 금지 또는 제한이 된 토지’에 해당되지 아니하며, 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 건설에 착공한 경우 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안 은 비사업용토지로 보지 아니하나 2008.10.1. 착공 이후 2년이 안된 상 태에서 양도되어 비사업용토 지로 보아 장기보유특별공제를 공제하지 아니한 당초 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지가 비사업용토지에 해당한다 하여 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2) 소득세법 제104조의 3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토 지” 라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다. (2005.12.31. 신설)

1. 논․밭 및 과수원(이하 이조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 경우.

• 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만 농지법이나 그 밖 의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. … (이하 중략)

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용금지나 그밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용토지로 보지 아니할 수 있다. (3) 소득세법 시행령 제168조 의 6 【사업용 토지의 기간 기준】 법 제104조의 3 제1항 각호외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각목의 모두에 해당하 는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (이하 생략) (4) 소득세법 시행령 제168조 의 14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의 3 제2항에 따라 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용토지에 해당하는지의 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간. 2〜3호 생략

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황, 취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (5) 소득세법 시행규칙 제83조의5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의 14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가․허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다) 면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간.

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가․허가․면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생, 그밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다) (6) 소득세법 시행령 제168조 의 8 【농지의 범위 등】

① 법 제104조의 3 제1항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적 공부 상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영 에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의 3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주하 지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”라 함은 농지의 소재지와 동일한 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부 터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실 상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 농지법 제2조 제5호 의 규정에 따른 자 경(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 매수인 이⧫⧫와의 쟁점부동산 매매계약서 내용 요약하면 다음과 같다.
• 가) 매매대금은 총 972,727,272원으로 하고 이 중 토지대금은 7억원, 건물가액은 공사기성에 따라 발급된 세금계산서 기준인 272,727,272원으로 한다.
• 나) 당사자는 신축중인 건물의 매매대금에 대하여는 세금계산서 수수는 생략하고 부가가치세법 제6조 제6항 에 의하여 현 상태 그대로 인도일에 양도 양수한다.
• 다) 당사자는 취득목적대로 건축공사를 계속할 수 있도록 2009.6.5부터 공사현장을 정리하여 매매목적물을 인도하기로 한다. (2) 청구인과 매수인 이⧫⧫와의 사업포괄양도양수 계약서 내용 요약
• 가) 청구인은 장부상 자산 및 부채 전부를 이복희에서 포괄양도 양수한다.
• 나) 청구인은 쟁점부동산을 2009.6.5까지 을에게 양도한다. (3) 쟁점부동산 건축물대장에 기재된 내용은 다음 같음
• 가) 건축허가일자: 2008.8.29
• 나) 착공일자: 2008.10.1
• 다) 사용승인일자: 2009.7.1
• 라) 소유자등록자 및 등록일: 이⧫⧫, 2009.7.1
• 라. 판단 비사업용토지의 범위를 규정하고 있는 소득세법 제104조 의 3 제1항에서 비사업용토지라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 일정 기간 동안 일정한 요건을 갖추지 못한 토지라고 규정하고 있는바, 쟁점토지가 일정 요건을 갖춘 사업용토지에 해당하여 장기보유특별공제 대상 토지인지 살펴본다. 소득세법 제104조 의 3 제2항 규정은 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖의 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 비사업용토지로 보지 아니할 수 있으나 청구인의 경우 법률에 따른 사용 금지 이후에 쟁점토지를 취득한 경우로 부득이한 사유에 해당되지 않아 사업용토지로 볼 수 없고, 달리 재촌 자경농지임을 주장하거나 이와 관련된 증빙을 제출한 사실이 없다. 소득세법 시행령 제168조의14 규정에 따른 동법 시행규칙 83조의 5 제1항 제5호 규정에서 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지의 경우 당해 토지 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용토지 판단 시 제외할 수 있으나 쟁점토지는 청구인이 1987.7.14 취득하여 2009.7.27 양도된 점, 쟁점부동산을 2008.10.1 건설에 착공하여 2009.7.1. 사용승인되어 완공된 점으로 보아, 총 토지 소유기간 중 사업용으로 볼 수 있는 기간이 100분의 80 이상이면 비사업용으로 보지 않겠다는 취지의 규정인 소득세법 시행령 제168조 의 6 제1호 규정에 해당하지 않으므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 경정한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.