신축주택 감면규정 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상이 아님

청구인은 1997.8.31. ○○시 ○○구 ○○동 1008 △△아파트 나동 305호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축조합으로부터 ○○시 ○○구 ○○동 1008-2 △△△아트힐 106동 2301호(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 분양받아 2004.12.14. 사용승인을 받은 후, 2005.3.30. 보존등기를 하였다. 청구인은 2009.7.15. 쟁점아파트를 엄○○에게 1,320,000천원에 양도하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3을 적용하여 양도소득세 169,107천원 전부를 감면대상으로 하여 2009.9.30. 양도소득세 예정신고를 하였다.

○○지방국세청 감사관이 2011년 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 감면을 적용함에 있어 종전 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 아니한다는 이유로 시정지시를 함에 따라 처분청은 2011.10.1. 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 107,322,460원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 조특법 제99조의3 제1항에서 “신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다.”고 규정하고 있고, 종전 국세청해석편람 99의3-1-1(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에서도 “… 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택으로서 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 신축주택은 그 취득일부터 5년 이내 양도시 양도소득세의 100%가 감면된다.”고 해석하였다. 따라서 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 100% 감면한다고 규정하고 있는 조특법 제99조의3 제1항 본문의 문언에 따라 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우 준공 전 양도소득을 포함하여 100% 감면함이 타당하다.
• 나. 처분청은 2009.1.20. 이후의 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20., 부동산거래관리과-607, 2010.4.28., 부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에서 조특법 시행령 제99조의3 제2항을 들어 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 해석한 것을 근거로 과세하였으나, 동 해석은 잘못된 것이므로 조특법 제99조3의 양도소득세 감면규정 본문은 다음과 같이 5년 이내 양도한 것인지, 5년 이후에 양도한 것인지를 먼저 구분한 후 적용하는 것이 타당하다. 먼저, 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도하는 분에 대해서는 100% 면제한다고 규정하고 있으므로 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 다음으로 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼야한다. 신축주택의 취득자에 대한 감면 관련하여 쟁점으로 부각된 사항은 질의회신(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에서 살펴보듯이 분모의 취득당시의 기준시가를 사용승인일(종전예규 서면4팀-2109, 2005.11.8.)로 볼 것인지 아니면 변경된 예규(재산-220, 2009.1.20.)에 따라 종전주택의 취득시기로 볼 것인지 여부이다. 그러나 이는 5년 이후에 양도하였을 경우 5년 간 발생한 양도소득금액을 합리적으로 배분하려는 것이지 5년 이전에 양도한 부분까지 안분하여야 하는 것은 아니다. 즉, 신축주택 취득일 이후 5년이 지나 양도한 경우에나 5년 간 발생한 양도소득금액을 안분하며, 5년 이전에 양도한 경우에는 조특법 시행령 제40조의 취득시의 기준시가를 구할 필요가 없다. 또한, 조특법 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례와 관련하여 기존 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)에서는 동 조항의 입법취지가 침체된 주택건설 경기부양의 일환으로 제정된 점을 감안하여 분모와 분자의 취득당시 기준시가 모두를 사용승인일 현재의 것으로 보고 감면소득금액을 계산하여야 한다고 해석하였는데, 그 해석이 올바르다.
• 다. 처분청은 종전 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 법문의 내용을 엄격하게 해석하면 신축주택의 취득으로 인하여 발생하는 소득에 대하여만 감면을 한다는 것이지 종전 주택의 보유로 인하여 발생된 소득에 대하여 감면하는 것은 아니라는 입장이나, 종전 예규에서도 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면대상에 해당하지 않는다고 명확히 하지 아니한 점과 신축주택의 취득자에 대한 감면대상 양도소득금액 산식에서의 “취득당시”와 “취득일”을 달리 보지 아니하고 모두 사용승인일로 보아 감면소득금액을 계산하여야 한다고 하였다. 또한, 종전주택을 재건축하여 신축주택을 양도하는 경우에 보유기간은 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 기간을 합산하여 산정하고 있는바, 이는 신축주택을 종전주택의 연장으로 보는데 그 취지가 있다.
• 라. 따라서 신축주택을 그 취득일로부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 100% 감면한다고 규정하고 있는 조특법 제99조의3 제1항 본문의 문언에 따라 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도하는 경우 신축주택의 준공일 전의 양도소득을 포함하여 100% 감면함이 타당하다.

청구인은 국세청의 종전 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)에서 감면대상 양도소득금액을 계산하는 산식의 ‘취득당시의 기준시가’를 분모와 분자 모두 동일하게 신축주택 취득시점의 기준시가를 적용하는 것으로 해석하였다고 주장하나, 동 예규의 내용을 살펴보면, 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 않고 있고, 법문의 내용을 엄격히 해석하면 신축주택의 취득으로 인하여 발생되는 소득에 대해서만 감면을 한다는 것이지 종전주택(종전토지 포함)의 보유로 인하여 발생된 소득에 대하여 감면한다는 것은 아니다. 따라서 청구인이 신고한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니므로 당초 처분은 정당하다

• 가. 쟁점 종전주택이 재건축 됨에 따라 취득한 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 감면대상인지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일 부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에 는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득 금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가)

• (취득당시의기준시가) (양도당시의 기준시가)

• (취득당시의 기준시가) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의 3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

• 다. 사실관계 1) 등기부등본 및 건축물대장 등에 의하여 쟁점아파트 양도까지의 진행사항을 요약하면 다음과 같다. 일 자 내 용 비 고 1997.08.31. 종전주택 취득

○○ 구

○○ 동 1008 △△ 아파트 나-305 2000.12.19. 관리처분계획 인가 2004.12.14. 쟁점아파트 취득 (사용승인일)

○○구 ○○동 1008-2 △△△아트힐 아파트 106-2301 2009.07.15. 쟁점아파트 양도 취득일부터 5년 이내 양도

2. 조특법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】에 관한 국세청의 예규에 의하면, 종전에는 청구인이 주장하는 방식으로 감면대상 양도소득금액을 계산하는 것으로 해석하다가(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.), 주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 2009.1.20. 종전의 해석을 변경(재산세과-220, 2009.1.20.)한 이후로 심리일 현재까지 그러한 해석을 유지하고 있으며, 이에 따라 처분청도 동 예규를 적용하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

• 라. 판단

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2012.2.9. 선고 2011두26053 판결 및 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

2. 청구인은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상이라고 주장하고 있으나, 조특법 제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점(조심 2012서0121, 2012.2.23., 2010서2935, 2011.6.30. 등 같은 뜻임), 국세청이 종전에는 청구인이 주장하는 방식으로 감면대상 양도소득금액을 계산하는 것으로 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.)하다가, 주택을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니한다고 종전 해석을 변경한 이후 일관되게 이를 유지하고 있는 점(재산세과-227, 2009.1.20., 부동산거래관리과-123, 2011.2.10. 참조), 조특법 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시켜 건설경기를 활성화할 목적에서 입법된 것으로서 자기건설주택의 경우 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하든, 5년이 경과하여 양도하든지 간에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면해주겠다는 취지로 보이는 점(국세청적부2010-0114, 2010.5.28.) 등을 감안할 때, 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다.

3. 따라서 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.