쟁점토지가 비사업용토지인지와 필요경비인정 여부

청구인은 쟁점 토지를 1991.11.19. 매매로 취득하고 2010.3.3.부터 2010.12.23.까지 송○○외 5명에게 쟁점토지를 각 양도 후, 양도가액 1,234,410,694원, 양도소득세 377,477,743원을 예정신고․납부 후, 2011.05.27. 확정신고시 장기보유특별공제와 실제 지출한 경비 등을 추가로 필요경비로 공제하여 기납부한 세액 중 31,214,700원의 환급 신고를 하였다, 처분청은 청구인의 양도소득세 확정신고내용에 대하여 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하고 취득가액을 환산가액으로 신고하였으므로 장기보유특별공제 및 실제 지출 경비를 양도소득세 필요경비에서 부인하여 2011.10.15. 양도소득세 2,109,650원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011.11.9. 이의신청을 거쳐 2011.12.16. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점토지의 경우 순수 나대지가 아니고, 목조아연지붕창고 68.1㎡의 건축물이 있는 토지로 청구인이 토지와 같이 취득하였으므로 쟁점토지의 경우 장기보유특별공제 대상에 해당되며, 개발제한구역, 택지개발예정지구에 해당되어 건축이 제한되었으므로 비사업용 토지로 볼 수 없다.
• 나. 측량비와 양도 중개비는 쟁점토지의 양도와 관련하여 발생한 것으로 자본적지출이나 소득세법 제97조 제1항 제4호 의 양도비에 해당되며, 소득세법시행령 제163조 제3항 의 양도비는 모법의 양도비를 구체화한 예시적인 규정으로 보아야 하며, 그렇지 아니하면 모법에서 해석상 양도비에 해당됨에도 불구하고 시행령이 모법의 양도비를 부당하게 제한한 것으로 모법의 위임취지를 벗어나서 무효가 될 것이다.
• 다. 신고불성실가산세는 청구인이 정당한 소득금액을 보다 과소하게 소득금액을 신고한 경우이므로, 청구인이 양도소득세 예정신고한 소득금액은 1,124,410,694원, 과세표준은 1,121,910,694원으로 377,477,743원을 납부하였고, 주무과에서 결정한 소득금액은 1,119,599,893원, 산출세액은 376,668,962원이다. 그러므로 청구인의 환급청구를 받아들이지 않고 신청인이 소득금액 산정과정에서 오류가 있었다고 하더라도 377,477,743원에서 376,668,962원을 차감한 808,781원을 환급해야하고, 가산세를 부과할 것은 아니므로 청구인의 예정신고서상의 신고소득금액을 무시하고, 환급신청한 확정신고서상의 소득금액과 결정소득금액을 비교하여 신고불성실가산세를 부과한 것은 위법하다.

• 가. 청구주장 ‘가’와 관련하여 소득세법시행령 제168조 의 14 제1항 제1호에 의거 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지여야 하나 쟁점토지는 1971.12.29.자 건설부고시 제728호에 의거 개발제한구역에 지정된 토지로서 신청인의 취득 이전부터 이미 부득이한 사유가 발생하여 비사업용에서 제외되는 토지의 적용대상이 아니며, 당해 토지 위 건축물을 소유하고 있다고 하더라도 2000년~2009년까지 건물시가표준액이 토지 시가표준액의 3% 미만으로 지자체에서 종합합산토지로 재산세 과세되어 비사업용토지에 해당되므로 장기보유특별공제 적용대상이 아니다.
• 나. 청구주장 ‘나’와 관련하여 취득가액을 환산가액으로 하는 경우 필요경비는 소득세법 제97조 제2항 제2호 에 의거 동법시행령 제163조 제6항에서 규정한 개산공제액을 필요경비로 가산하는 것으로 신청인이 추가로 제출한 양도중개비 등은 공제대상이 아니며 청구인이 확정신고 시 제시한 대법원판례는 이와 관련이 없고, 당해 건은 환산취득가액으로 신고하였으므로 실제 지출한 필요경비를 부인함이 타당하다.
• 다. 청구주장 ‘다’와 관련하여 양도소득세 예정신고 시 신고한 소득금액이 세법에 따라 신고하여야 할 세액에 미달하지 아니하더라도 예정신고와 달리 확정신고 시 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우 당연히 초과환급가산세 부과대상이므로 예정신고 시 과소신고 소득이 없다고 하여 확정신고 시 초과환급 신고에 대한 신고불성실가산세가 부당하다는 청구인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 쟁점1. 쟁점토지가 비사업용토지인지의 여부와 쟁점2. 환산취득가액 적용시 실지 소요된 필요경비를 인정할 것인지 여부 및 쟁점3. 초과환급신고가산세 적용시 예정신고 기준으로 할 것인지 확정신고기준으로 할 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 등

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정 신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조에 따른 가액에 따라야 한다.

○ 소득세법 제104조 의 3【비사업용 토지의 범위】

① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1~3. 생략

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가.지방세법또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

• 나. 지방세법 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도 합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○ 소득세법시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의3제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세 기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항과 제2항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액(제2항에 해당하는 경우에는 같은 항에 따른 금액)에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항제1호가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득 세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액

○ 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

⑥ 법 제97조제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

취득당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100 (법 제104조제3항에 규정된 미등기 양도자산의 경우에는 3／1000)

• 가. 법 제99조제1항제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조제1항제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100 (법 제104조제3항에 규정된 미등기 양도자산의 경우에는 3／1000)
• 나. 가목외의 건물 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액×3／100 (법 제104조제3항에 규정된 미등기 양도자산의 경우에는 3／1000)

○ 국세기본법 제47조 의3 【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제18조제1항, 같은 조 제2항 단서, 제19조제1항 및 제27조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 소득세, 법인세, 상속세ㆍ증여세, 증권거래세, 종합부동산세의 과세표준을 과소신고한 경우: 다음 계산식에 따라 계산한 금액. 이 경우 종합부동산세의 산출세액은 종합부동산세법 제9조제1항 또는 제14조제1항ㆍ제4항에 따른 세액에서 같은 법 제9조제3항부터 제7항까지의 규정 또는 제14조제3항ㆍ제6항에 따른 공제액을 뺀 금액으로서 각각 같은 법 제10조 또는 제15조에 따른 금액 이내의 금액으로 한다. 산출세액 × 과소신고분 과세표준 / 과세표준

2. 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 과소신고분 납부세액과 초과신고분(신고하여야할 금액을 초과한 금액을 말한다. 이하 같다) 환급세액을 합한 금액

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 소득세, 법인세, 상속세ㆍ증여세, 증권거래세 및 종합부동산세의 과세표준의 전부 또는 일부를 과소신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

• 가. 부정행위로 인한 과소신고분 과세표준(이하 "부정과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부정과소신고가산세액"이라 한다). 다만, 부정행위로 과소신고(소득세법 제70조 및 제124조 또는 법인세법 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고만 해당한다)한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우에는 부정과소신고가산세액과 부정과소신고과세표준 관련 수입금액(이하 "부정과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.
• 나. 과소신고분 과세표준에서 부정과소신고과세표준을 뺀 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액(이하 "일반과소신고산출세액"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 부정행위로 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 주세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액. 다만, 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제18조제1항, 같은 조 제2항 단서, 제19조제1항 및 제27조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 다음 각 목의 금액을 합한 금액에 그 과소신고분 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액으로 한다.

• 가. 부정행위로 인한 과소신고분 납부세액(이하 "부정과소신고납부세액"이라 한다)과 부정행위로 인한 초과신고분 환급세액(이하 "부정초과신고환급세액"이라 한다)을 합한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액
• 나. 과소신고분 납부세액에서 부정과소신고납부세액을 뺀 금액과 초과신고분 환급세액에서 부정초과신고환급세액을 뺀 금액을 합한 금액(이하 "일반과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액 (이하 생략)
• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 쟁점부동산을 지분을 나누어 아래와 같이 양도하고 양도차익예정신고납부를 하였다. (단위:원) 양 도 일 매 수 인 양도소득금액(원) 납 부 세 액(원)

2010. 3. 2. 송 aa 216,404,519 59,966,581

2010. 4. 30. 김 bb 9,177,926 2,921,274

2010. 7. 26. 이 cc 387,776,401 135,721,741 2010.11. 23. 송 aa 17,436,600 6,102,810 2010.12. 23. 주 dd 102,971,288 36,039,951 2010.12. 23. 김 ee 390,643,960 136,725,386 합 계 1,124,410,694 377,477,743 2) 쟁점토지는 대지 876㎡ 와 전 8,794㎡이며 지상에 는 목조아연지붕창고 68.1㎡ 건물이 있으며, 청구인은 이 건물을 토지취득 시에 같이 취득하였다. 쟁점토지는 1971.12.29.자 건설부고시 제728호에 의거 개발제한구역에 지정된 토지이며 2000년~2009년까지 건물시가표준액이 토지 시가표준액의 3%미만으로서 종합합산토지로 재산세 과세되었다.

3. 청구인은 당초 예정신고시에 과다납부하였다며 ① 취득가액과소계산 ② 측량비 3,441,900원 ③ 양도시 중개비 14,150,000원을 공제하여 초과납부한 세금의 환급을 구하는 확정신고 를 한 바 있다.

4. 청구인의 확정신고서를 살펴보면 접수일자가 2011.05.27.이고, 첨부된 환급발생 사유서에는 가등기일자를 취득시기로 착오하여 취득 가액을 과소 산정하였기에 취득시기를 본등기일자로 수정하여 취득가액을 새로이 계산하고, 예정신고 시 불공제한 중개수수료 및 누락된 쟁점토지의 경계 측량비를 추가로 필요경비에 합산하여 31,214,703원이 환급된다고 하고 있으며, 경계측량에 대한 세금계산서 및 중개수수료 영수증을 첨부하였다, 가) 국세통합시스템에는 본 건과 관련한 신고에 대하여 2011.05.27.자 확정 신고(접수번호 606-2011-0*)로 접수 및 입력되어 있으며, 환급신고한 금액 31,214,703원에 대하여는 환급되지 않은 것으로 확인된다.

• 나) 이 사건에서 청구인은 예정신고납부에서 소득금액을 1,124,410,694원, 과세표준 1,121,910,694원으로 신고하고, 금 377,477,743원을 납부하였으며, 처분청은 소득금액 1,119,599,893원(과세표준 1,119,599,893원), 산출세액은 376,668,962원을 결정하였다. 이에 대하여 청구인은 청구인의 환급청구를 받아들이지 않고 청구인이 소득금액산정과정에서 오류가 있었다고 하더라도 신고하고 납부한 세액이 정당한 소득금액과 산출세액이 과다하므로 마땅히 808,781원(377,477,743원 - 376,668,962원)을 환급해야 하고, 가산세를 부과할 것은 아니라고 주장한다.
• 라. 판단 청구인의 주장내용에 대하여 쟁점별로 검토해 보면,

1. 쟁점1과 관련하여 소득세법 제104조 의 3 제1항 제4호는 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 지방세법 에 따른 재산세 별도합산 과세대상 또는 분리과세대상 토지를 제외한 경우에는 비사업용토지에 해당한다고 규정되어 있고, 소득세법시행령 제168조 의 14 제1 항 제1호는 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지인 경우에 비사업용토지에서 제외된다고 규정되어 있다. 쟁 점토지는 청구인의 취득일 이전인 1971.12.29.자 건설부고시 제728호에 의거 개발제한구역으로 지정된 토지임이 확인되는 바, 취득 당시부터 이미 법령에 의해 사용이 금지 또는 제한된 토지의 경우는 그 적용대상이 아니라 할 것이며, 쟁점토지 지상 건물의 경우 2000년부터 2009년까지 건물시가표준액이 토지 시가표준액의 3% 미만이라서 종합합산토지로 재산세 과세된 바 있으므로 쟁점토지가 비사업용토지가 아니라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

2. 쟁점2와 관련하여 소득세법 제97조제3항 제2호 에 따르면 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없어 대통령령으로 정하는 환산가액으로 산정하는 경우에는 그 필요경비로 동법시행령 제163조제6항에 의거 취득당시의 개별공시지가의 3%를 적용하도록 규정하고 있다. 이 사건의 경우 청구인은 쟁점토지의 취득가액을 환산가액으로 신고하였으므로, 처분청이 위 법령에 따라 필요경비를 개산공제액을 적용한 것은 타당하다고 판단된다.

3. 쟁점3과 관련하여, 납세자가 예정신고한 내용에 오류·탈루가 있는 경우에는 납세자로서는 확정신고를 할 때 그 내용을 함께 신고할 수 있고, 예정신고 자체에 과세표준과 세액을 확정하는 효력은 없으며, 확정신고에 의하여 예정신고에서 신고한 과세표준과 납부세액이 확정적으로 정산되는 것이다. 위 사실관계에서 살펴본 바와 같이 청구인은 쟁점부동산에 대한 예정신고를 하였으나 2011.5.27. 확정신고시 과다하게 환급세액을 신고한 사실이 인정된다 하겠는데 신고납부로 과세표준과 납부세액이 정해지는 양도소득세의 경우 확정신고에 의하여 그 과세표준과 납부세액이 확정되는 것이므로, 청구인이 확정신고시 과다하게 신고한 환급세액 상당액에 대하여 처분청이 국세기본법 제47조 의 3 제1항 제1호의 규정에 따른 초과환급신고가산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.