창고용도로 사용한 사실이 확인되므로 경작농지로 볼 수 없음

• 가. 청구인은 2007.3.19. 취득한 ○○도 ○○시 ○○동 520 전 2,066㎡ 에 2008.9.22. 버섯재배사(기타지붕) 396㎡ 건축하여(이하 “쟁점부동산”이라 한다) 2011.5.19. 양도한 후 2011.8.1. 양도소득세 46,035,480원을 신고납부 한 후 2011.5월 취득한 대토농지(○○ ○○면 ○○리 414 전 2,258㎡)에 의하여 2011.10.14. 양도소득세 감면을 신청하는 경정청구를 하였다.
• 나. ○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구인의 경정청구에 대하여 청구인이 쟁점부동산을 청구외 (주)○○산업에 창고로 임대한 사실을 확인하고 2011.11.22. 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.14. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 청구외 이○○ 소유였던 ○○시 ○○동 520번지 전 2,066㎡ 를 2007.3.19.자 매수대금 281,250,000원에 매입하였다. 동 토지 지상에 소관 ○○시의 버섯 재배용 건축허가를 득하여 건축비 금 144,000,000원을 투여하여 건물 가동 198㎡, 나동 198㎡를 신축하여 2008.9.22.자 소유권보존 등기를 하였다. 등기부 건물내역은 “일반 철골 구조 기타 지붕(샌드위치 판넬) 단층 동, 식물 관련 시설 198㎡ 버섯 재배사” 이다.
• 나. 청구인은 위 건물에서 버섯 재배를 함에 있어서는 지하 용수를 굴착 작업하여 정관(精管) 및 배관시설을 하고, 물을 흩어 뿌리는 스프링클러의 시설이 완비되어야 버섯 재배를 할 수 있다.
• 다. 쟁점토지 지상에서 버섯 재배용 지하 굴착 정관에서 뿜어 나오는 물의 수질에 철분(鐵分)이 분출되었다. 주위를 탐문한바 쟁점토지 주변 약 20㎞ 사방에는 철분이 분출된다고 하여 청구인은 건축허가 관청인 ○○시에 수질에 대하여 문의하였으나 그에 대한 답변은 없었다.
• 라. 또한 쟁점토지 주변으로 ○○시에서 ◎◎ ◎◎방면으로 진입하는 대교가 설치되고 톨게이트가 설치되었다. 이로 인하여 본건 건물은 버섯 재배사로 사용이 불가함은 물론 공장용지 등 다른 용도로의 변경도 불가함으로 부득이 청구외 (주)○○산업에 창고용으로 임대하였다.
• 마. 이와 같은 사실을 ○○시에서 확인하고 청구인을 고발 조치함으로 인천지방법원 ○○지원 2009고정2065호 농지법 위반으로 벌금 2,950,000원에 처하여 졌다. 이후 2009.9.18. 건물을 ○○산업으로부터 명도받아 쟁점토지와 함께 청구외 최○○에게 2011.2.18. 금 656,250,000원에 매각하였다.
• 바. 쟁점토지(건물포함)의 대토로 청구인은 청구외 민○○ 소유인 ○○시 ○○면 ○○리 414번지 전 2,258㎡ 를 2011.5.18.자 금 202,500,000원에 매수하였다.
• 사. 위와 같이 버섯 재배용으로 매입한 쟁점토지를 양도하고 대토농지를 취득하여 농지로 사용하고 있으므로 2011.8.1. 대토 감면에 의한 양도소득세를 감면하는 경정청구를 하였으나 처분청은 2011.11.22. 경정청구를 기각하였으므로 이를 취소하고 양도소득세를 감면하여야 한다.

• 가. 청구인은 쟁점부동산의 전을 매입한 후 버섯 재배를 목적으로 건축허가를 득하여 지상에 버섯재배사를 신축하고 보존등기를 하였으며 버섯재배에 필요한 정관을 설치 후 물의 수질에 철분이 포함되어 있어 버섯재배를 할 수 없게 되었고
• 나. 공장용지 등 다른 용지로의 변경이 불가하여 2009.2월 (주)○○산업에 창고용으로 임대하다 2011.5.19. 토지 및 건물을 656,250천원에 매각하고 양도소득세를 신고 납부하였다.
• 다. 쟁점부동산 양도 후 2011.5.18. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 414 전 2,258㎡ 를 매수하여 현재 농지로 사용하고 있으므로 양도소득세 감면 대상에 해당한다고 주장하고 있으나
• 라. 본 심사청구서의 청구이유에서 청구인이 버섯재배를 할 수 없었던 사유와 (주)○○산업에 버섯재배사를 창고용으로 임대하였음을 밝히고 있는 등 청구인 본인의사와는 무관하게 부득이한 상황이라 하더라도 실제 자경하지 않았음이 확인되므로 조세특례제한법 제70조 의 농지대토에 대한 감면요건에 해당하지 아니하므로 당초 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 대토농지 감면을 위한 직접 경작 요건에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 2) 조세특례제한법시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등 】

① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의 매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

④ 제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수 ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

⑤ 제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 농지 소유자가 사망한 경우로서 상속인이 농지소재지에 거주하면서 계속 경작한 때에는 피상속인의 경작기간과 상속인의 경작기간을 통산한다.

⑦ 법 제70조 제3항의 규정에 따라 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 3) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조제1항, 제96조제2항제6호 및 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2011.5월 쟁점부동산을 양도한 후 2011.8.1. 양도소득세 46,035,480원을 신고납부 한 후 2011.5월 취득한 대토농지(○○ ○○면 ○○리 414 전 2,258㎡)에 의하여 2011.10.14. 양도소득세 감면을 신청하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 청구외 (주)○○산업에 창고로 임대한 사실을 확인하고 청구인의 경정청구를 2011.11.22. 거부통지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. 구분 양도가액 취득가액 양도차익 장기보유특별공제 과세표준 산출세액 (감면세액) 당초신고 656,250 452,854 198,395 21,793 174,101 46,035 경정청구 656,250 452,854 198,395 21,793 174,101 (46,035) 단위: 천원

2. 처분청의 청구인에 대한 경정청구 검토복명서 내용이 아래와 같이 확인된다.

• 가) 신고내용: 쟁점부동산은 청구인이 2007.3월에 전 2,066㎡ 취득한 후 동 지상에 버섯재배사(기타지붕) 396㎡ 건축하여 2008.9.22. 보존등기 하였고, 버섯재배를 위해 정관을 설치하여 수질을 확인하였으나 철분이 포함되어 용수로 사용할 수 없었으며, 주변일대에 톨게이트 및 대교가 설치되면서 버섯재배는 물론 공장용지 등으로 변경이 불가능하여 불가피하게 2009.2월 (주)○○산업에 창고용으로 임대하였다. 따라서 부득이하게 경작에 사용할 수 없었으므로 대토감면을 인정하여야 한다.
• 나) 검토내용: 경정청구에 대하여 버섯재배업은 농지에 해당하나 경정청구 내용 중 청구인이 버섯재배를 할 수 없었던 사유와 (주)○○산업에 창고로 임대하였음을 밝히고 있으므로 청구인 본인의사와 무관하더라도 실제 자경하지 않는 것은 조세특례제한법 제70조 의 농지대토에 대한 감면 요건에 해당하지 아니하여 경정청구를 거부함이 타당함 2011.11월 검토자 6급 성@@

3. 청구인이 쟁점부동산의 토지(전 2,066㎡)를 2007.3.19. 청구외 이○○으로부터 281,250천원에 취득한 사실이 계약서 사본에 의하여 확인된다.

4. 청구인이 쟁점부동산의 버섯재배사 건축을 위하여 2007.9.1. @@건설(137-08-*)와 160,000천원에 공사도급계약서를 작성한 사실 및 세금계산서를 수수한 사실이 계약서 및 세금계산서 사본에 의하여 확인된다.

5. 청구인은 ○○시의 건축허가에 따라 쟁점부동산에 버섯재배사를 건축하여 버섯을 재배하려 하였으나 철분이 포함된 용수 등 환경이 버섯을 재배할 수 없게 되어 부득이하게 창고로 임대하였으므로 쟁점부동산을 경작한 것으로 보아 대토농지에 따른 양도소득세 감면을 해주어야 한다고 주장하고 있다.

• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계를 종합해 보면, 조세특례제한법 제70조 에 의하면 농지소재지에 거주하는 자가 3년 동안 직접 경작한 토지를 양도하고 다른 농지를 취득하여 3년 동안 직접 경작한 경우에는 동 양도농지에 대하여 양도소득세를 감면해 주고 있는바, 청구인의 경우는 전 을 취득한 후 동 농지위에 버섯재배사를 건축하여 당초 목적대로 버섯을 재배하였다면 이는 경작에 해당되므로 양도소득세 감면 대상에 해당되나 농지에 철분이 포함된 용수 등의 환경으로 버섯을 재배할 수 없게 되어 부득이하게 창고로 임대하다 양도하였으므로 이는 경작에 해당되지 아니한다 할 것이다. 따라서, 처분청이 이를 근거로 쟁점부동산의 자경을 인정하지 아니하고 청구인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.