조세심판원 심사청구 양도소득세

공부상 주택을 사실상 교회의 부속시설로 사용한 경우 주택이 아님

사건번호 심사양도2011-0284 선고일 2011.12.26

청구인이 당해 아파트 양도당시 당해 아파트에 거주하고 있었고, 당해 아파트에 거주하는 동안 교회건물의 2층을 임대한 사실이 없는 점 등에 비추어 당해 아파트 양도 당시 교회건물의 2층은 교회의 부속시설로 사용한 것으로 보는 것이 타당함

주 문

AA세무서장이 2011.

6.

13. 청구인에게 경정․고지한 2006년 과세연도 양도소득세 6,920,820원의 부과처분은 이를 취소합니다.

1. 처분내용

청 구 인은 기독교 대한감리회 중부연회 LL남지방 소속 “PPP교회”를 운 영 하는 대표자로서, LL광역시 NN구 MM동 1042번지 KK아파트 103동 903 호 (이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2006.

12.

13. 양도한 후 2007.

5.

31. 양도소득

세 확정신고시에 쟁점아파트가 1세대1주택 비과세에 해당한다고 보아 비과세로 신 고하였다. 처 분청은 청구인의 배우자 OO례(이하 “OO례”라 한다) 명의로 되어 있는 LL 광역시 N구 DD 동 104-21번지 제1, 2층 제3호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 주택으로 보아 쟁점아 파트에 대한 1세대1주 택 비과세 신고내용을 부인하고 2008.

9. 양도소득세 5,328,580원을 결정․고지 하였으나, 청 구인은 쟁점아파트에 대한 양도소득세 고지서를 송달받지 못하였다는 진정서를 2011.

6.

3. 제출하였으며, 처분청은 20

6.

8. 당초 고지세액을 결정취소한 후 2011.

13. 쟁점아파트에 대한 2006 년 과세연도 양도소득세 6,920,820원 을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011.

7.

18. 이의신청을 거쳐 2011.

11.

29. 이 건 심사청구를

제기하였다.

2. 청구주장

쟁점부동산은 시장의 근린시설 건물로서, 1층을 사용해야만 2층도 사용할 수 있는 출입문이 하나 밖에 없는 구조로 주택이 분리되어 있지 아니한 교단 에 등록된 교회로, 2007년 처분청의 현지확인시 쟁검건물 2층에 방 이 2개 있다고 되 어 있으나 서재, 목회실, 면접실, 상담, 소모임 등의 용도로 사용하고 있고 싱 크대는 교회 식사용으로 사용하므로 교회건물로 보아야 한다. 양도일 이후 청구인의 주거지가 쟁점부동산로 되어 있는 이유는 교단 의 지원을 받 지 못하여 생활의 어려움 때문에 불편함을 감수하고 교회 안으로 주소를 옮기게 된 것으로 집이 없으니 주소지를 이곳으로 할 수 밖에 없었고, 그 동안 의 비용 등 채무를 쟁점아파트를 처분하여 정리할 수 밖에 없었던 것이며, 1985.

11. 쟁점부동산 취득당시 청구인 세대가 거주한 것은 교회로 사용하기 이 전으로 처분청이 이 를 근거로 쟁점부동산을 주택으로 볼 수는 없다. 쟁점부동산의 2006년 재산세 과세내역은 주택분으로 과세되었으나, 구청에서 이미 부과한 세금고지서를 취소하려면 복잡하다고 이야기해서 이런 일이 있을 것이라고 예상을 하지 못했기 때문에 괜찮다고 그냥 고지서대로 세금을 납부한 것일 뿐이며, 2007년 이후에는 계속 교회건물로 재산세가 비과세되었다. 또한, 쟁점부동산은 OO례의 특별관리 건물로서, OO례는 혼인전 부터 1인 세대주였고, 국가유공자의 유일한 1인 유족으로서 재산관리자이 며, 국가공무원으로 쟁점부동산을 특별관리할 수 있는 자로 AA세무서로부터 취득당시 인정받은 사실이 있다. 따라서, 쟁점부동산은 교회 건물로 서 주택으로 볼 수 없으므로 쟁점아 파트에 대하여 1세대1주택 비과세를 부인하고 과세한 처분은 부당하다. 설령, 1세대 1주택 비과세대상이 아니라 하더라도 양도소득세 확정신고기한 내에 신고하였음에도 납부불성실가산 세를 2,122,029원을 부과한 것은 이해가 되지 아니하며, 취득세, 등록세, 중개수수료, 샷시 및 보일러 설치비용을 필요경비로 인정하지 아니한 것은 부당하다.

3. 처분청 의견

쟁점부동산은 공부상 1층 근린생활시설(59.78㎡), 2층 주택(59.78㎡)으로 되어 있으며, 실제로도 청구인과 그 배우자가 형편상의 문제로 주소를 두고 주거를 한 사실이 있음에도 청구인은 쟁점부동산이 주택의 용도가 아니라 교회를 운영하면서 방은 서재, 목회실, 상담실 등의 용도로, 주방은 교인들의 식사 용 도로 이용하고 있음을 들어 주택수에서 제외하여야 한다고 주장하고 있다. 그러 나 국세정보통신망에 의하면, 청구인은 종교단체를 운영하면서 법인격 없는 단체 및 개인 명의로 사업자등록한 사실이 없고, 쟁점부동산 에 대한 2000〜2006년 귀속 재산세는 주택으로 부가되어 완납되었으며, 2007년 9월 이후 종교용으로 적용하여 재산세가 비과세되었음이 확인되는 바, 이는 양도시점 당시에 쟁점부동산이 근린생활시설 및 주택으로 과세되었음을 확인할 수 있다. 청 구인은 쟁점부동산에 대해 교회의 고유번호를 등록하지 아니하였으며, 주 민등록상 청구인 및 그 배우자가 과거에도 거주한 사실이 확인되는 점, 동 건물 방 내부의 침대, 장롱 등과 주방의 싱크대, 냉장고 등 그 구조, 기능이 주거용에 적합한 상태인 점 등을 통해 주택으로 분류하여 이 건 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다. 또한, 이 건 양도소득세 과세시 납부불성실가산 세를 부과한 것은 이해가 되지 아니하며, 취득세, 등록세, 중개수수료, 샷시 및 보일러 설치비용을 필요경비로 인정하지 아니한 것은 부당하다고 주장하나, 신고 기한내에 납부하지 아니하여 납부불성실가산세를 적용한 것이며, 청구인이 주장하는 필요경비 관련 증명서류를 제시하지 아니하여 이를 공제하지 아니한 것이므로 당초처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 쟁점부동산이 주택으로 사용되었는지 여부를 가리는데 있다.

② 이 건 양도소득세 부과처분시 납부불성실가산세를 적용한 것과 취득세 및 등록세 등의 필요경비를 공제하지 아니한 것이 정당한지 여부를 가리는 데 있다,

  • 나. 관련법령 1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초 과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구 로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주 택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유 하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보 유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.(각호 생략)

3. 지방세법제186조 【용도구분에 의한 비과세】 다음 각호에 규정하는 재산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한 다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령 이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산. 이 경우 그 사 업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우와 건축허가후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다. 4) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 5) 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

  • 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
  • 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
  • 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
  • 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용 6) 소득세법 기본통칙 97-0…3 【 양도차익계산시 취득가액에 산입하는 필요경비의 범위 】

① 취득세는 납부영수증이 없는 경우에도 양도소득금액계산시 필요경비로 공제한다. 다만,지방세법등에 의하여 취득세가 감면된 경우의 당해 세액은 공제하지 아니한다.

② 양도차익계산시 산입되는 취득가액에는 취득시 쟁송으로 인한 명도비용, 소송비용, 인지대 등 취득에 소요된 모든 비용을 포함한다. 이 경우 소송비용은민사소송법이 정하는 소송비용과 변호사의 보수 등 자산의 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 일체의 경비를 말한다. 7) 국세기본법 제47조 의 5【납부․환급불성실가산세】

① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다(단서 생략) 납부하지 아니한세액 또는 부족한세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율 8) 국세기본법시행령 제27조 의 4【납부․환급불성실가산세】

① 법 제47조의 5 제1항 또는 제2항에서 “대통령령이 정하는 이자율”이란 1일 1만분의 3의 율을 말한다.

  • 다. 사실관계

1. 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 철근콘크리트 및 벽돌조 복식건물로 1층 근린생활시설 59.78㎡, 2층 주택 59.78㎡으로 되어 있고, 소유주는 청구인의 배우자 OO례이며, 1985.

11.

11. 취득하여 1997.

6. 5.자로 청구인에게 전세 권 을 설정해 주었다가 2008.

7.

25. 해제한 사실이 확인된다.

2. 쟁점부동산 양도일(2006.12.13.) 이후 2

4.

23. 처분청이 작성한 쟁점부동산에 대한 양도소득세 현지확인 복 명서에 의하면, 쟁점부동산의 1층은 교회시설이 갖추어져 있고, 2층은 청구인 과 가족이 거주하고 있으며, 구조, 시설 등이 주거용에 적합하여 주택으로 보 아야 한다고 기재되어 있으며, 이를 입증하는 사진이 첨부되어 있다.

3. 200

3.

7. LL광역시 NN청장의 회신에서 확인된 청구인의 배우자 O O례에 대한 쟁점부동산의 재산세 과세내역 및 참고사항은 다음과 같다. <재산세 과세내역> 년도 세 목 과세물건 과세표준액(원) 부과세액(원) 면적(㎡) 2006 재산세-건축물 DD동 104-21 3호 11,898,910 63,090 59.78 2006 재산세-주택 DD동 104-21 3호 28,500,000 94,020 59.78 2006 재산세-토지 DD동 104-21 3호 17,191,350 67,030 45.30 2007 재산세-건축물 DD동 104-21 3호 12,388,807 65,850 59.78 2007 재산세-주택 DD동 104-21 3호 34,500,000 48,510 59.78 <참고사항> 2007년 8월 지방세 제186조의 용도(교회)사용에 의한 재산세 비과세신청에 따라 2007년 9월 주택, 토지분 비과세처리함. (2007년 재산세 과세기준일 기준일자 확인함)

4. 청 구인은 국가유공자(유족)확인원 및 UU우체국에서 발행한 경력증명서 를 제출하여 쟁점부동산은 배우자 OO례의 특별관리 건물로, 배우자 OO례는 혼 인전 부터 1인 세대주였으며, 국가유공자의 유일한 1인 유족으로서 재산관리자이 며 국가공무원으로 쟁점부동산을 특별관리할 수 있는 자임을 인천세무서로부터 취 득당시 인정받은 사실이 있음을 주장하고 있다.

5. 청구인은 쟁점부동산을 교회로 사용했음을 주장하며, 2007.

5.

23. 기독교 대한감리회 중부연회에서 발행한 쟁점부동산을 편안한 교회로 사용하고 있음을 증 명하는 건물사용목적증명서 및 소속증명서와 2007.

9.

28. 동일기관에서 발

행한 청구인이 PPP교회의 대표자라는 대표자증명서를 제출하였다.

6. 처분청은 청구인이 제출한 교회관련 증명서에 대하여 확인하기 위하여

7.

25. 기독교대한감리회 중부연회와 유선(02-46-0**0)통화한 바, 쟁점부동산 소재 PPP교회는 2007.

4.

3. 설립신청이 접수되었으며 청구인은 2007년〜2009년 동안 PPP교회의 대표였음을 확인하였다.

7. 청구인이 제시한 2011.

7.

14. LL광역시 N구 DD2․3동장이 발급한 청 구인의 배 우자 OO례의 세목별 과세(납세)증명서에 의하면, 쟁점부동산에 대하여 2008년〜2011년 재산세(건축물, 토지, 주택)를 과세한 사실이 없는 것으로 보아 쟁점부동산 전체를 교회용도로 비과세처리한 사실을 알수있다.

8. 청구 인과 배우자의 주민등록정보에 의하면, 청구인과 배우자는 쟁점부동산 에서

11. 23.〜1990.

4.

22. 약 5년 5개월간 거주한 사실이 있으며, 2006.

12. 13.부터 2011.11.30.까지 거주하고 있었음이 확인되나, 쟁점아파트 양도당시에는 쟁점아파트에 거주하고 있었으며, 1992.10.20.부터 쟁점아파트에 거주하는 기간동안 쟁점부동산의 2층을 타인에게 임대한 사실이 없는 것으로 DD2․3동의 전입세대열람내역서에 의하여 확인된다.

9. 국세정보통신망에 의하면 쟁점아파트 양도당시 쟁점부동산에 법인격 없는 단체 및 개인 명의로 사업자등록이 되어 있지 아니함이 확인된다. 10) 처분청에서 제출한 쟁점아파트에 대한 양도소득세 결정결의서에 의하면, 신고불성실가산세는 부과되지 아니하였고, 납부불성실가산세 2,122,029원을 부과한 사실이 확인된다.

11. 처분청이 LL광역시 NN구청장으로부터 회신받은 공문에 의하면, 쟁점아파트에 대한 취득세 및 등록세 등의 과세내역은 과세자료 보존기간이 만료되어 확인이 불가능하다고 회신하였다.

  • 라. 판 단 먼저, 쟁점아파트 양도 당시 쟁점부동산의 2층을 주택으로 사용되었는지 여부에 대하여 살펴본다. 1세대1주택을 적용함에 있어서 주택의 구분은 양도 당시 사실상 용도에 의하는 것인바, 쟁점아파트 양도당시 청구인 부부는 쟁점아파트에 거주하고 있었고, 쟁점아파트에 거주하는 기간동안 쟁점부동산을 타인에게 임대한 사실도 없으며, 쟁점부동산의 2층이 주거용이라고 확인한 처분청의 현지확인은 쟁점아파트 양도일(2006년 12월) 이후 2008년 4월에 실시한 것으로 양도당시의 현황으로 볼 수 없는 점, 쟁점부동산의 2층은 1층 교회를 거쳐야 통행할 수 있는 구조로 교회의 부속시설로 사용할 수 밖에 없고, LL광역시 NN청장이 2007년 9월 청구인이 거주할 당시와 처분청의 2008년 4월 현지확인 당시에도 교회의 부속시설로 보아 재산세를 비과세한 것으로 보아 쟁점아파트 양도 후 거주할 곳이 없어 임시로 이 곳에 거주하였다는 청구인의 주장이 신빙성이 있는 점 등에 비추어 쟁점아파트 양도 당시 쟁점부동산의 2층은 교회의 부속시설로 사용한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인의 쟁점아파트의 양도에 대하여 1세대 2주택자의 양도로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못되었다고 판단된다. 그리고, 쟁점아파트의 양도를 1세대1주택의 양도로 본 이상 나머지 청구는 심리실익이 없어 심리를 생략한다.
5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한

붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)