항공사진 등을 통해 농지가 아님이 확인되므로 8년 자경 감면 부인 정당함.

• 가. 청구인은 “○○시 00구 00동 7-*외 5필지 토지 및 건물”(이하 “쟁점부동산”이라 한다)이 AA2 국민임대주택단지 지구에 수용이 되면서 2010.1.25 CC공사에 소유권이전을 하고, 수용보상금은 2009.12.18에 19,059,769,150원을 수령하고 보상금에 이의를 제기하여 추가로 36,254,250원을 2010.07.26 수령, 행정소송을 통해 522,497,350원을 2011.02.22. 수령하고 양도시기를 2009.12.18.로 하여 양도소득세를 각 수령시점에서 신고 납부하였다.
• 나. 처분청은 소득세법시행령 제162조 에 의거 잔금청산일과 소유권이전일 중 빠른 날인 2010.1.25.를 양도시기로 보아 2011.7.7. 양도소득세 249,037,818원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.8.17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청은 쟁점부동산 중 “AA동 8-1, 9-1번지의 토지”에 대한 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청에 대하여 8년 이상 자경 감면 요건 중 거주 및 자경하였다고 추정되나 감면 신청한 당해 농지의 온나라지도 항공사진 및 포털 사이트의 거리뷰(2010.03촬영) 항공사진에 의하여 농지가 아닌 상품의 적재 장소로 사용되었음이 확인되어 감면요건 중 양도 당시 농지에 해당되지 않아 감면 신청을 배제하였다. 그러나 청구인의 소유 농지를 CC공사에서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 수용하면서 그 보상금액과 보상금액 산정의 기초가 되는 기준시가를 감정평가사가 농지로 감정하여 농지가액으로 보상하였으며 청구인의 이건 양도 농지는 개발제한구역 지정 및 관리에 관한 특별 조치법에 의하여 농지 이외의 지목으로 지목 변경이 불가능한 지역의 농지임을 처분청도 이를 알고 있으며, 청구인이 직접 농지 이외의 용도로 사용한 사실도 없고 청구인의 농지를 농지로 임차한 임차인이 청구인 소유 휴경농지를 임차인의 상품 적재장소로 사용하였다고 하여 양도 당시에 농지가 아니라면서 청구인의 감면신청을 배제한 것은 부당한 과세처분에 해당한다. 따라서 위 토지는 조세특례제한법 제69조 에 의한 자경 농지에 대한 양도소득세 등의 감면요건이 성립되므로 처분청은 2억원을 한도로 양도소득세를 감면하고 당초 신고․납부한 농어촌특별세는 환급되어야 한다.
• 나. 청구인이 1965.6.17부터 AA동 7-1에 축사를 신축하여 축산업을 경영한 축사 관리사를 처분청이 주민등록등․초본에 “근00”외 가족 3인이 1998.2.21부터 2009.4.2까지 거주한 사실을 확인하고 위 축사 관리사를 주택으로 인정하고 2008.4.29 취득한 ○○ 영등포구 000동 47 BB아파트 201-1***와 함께 1세대2주택에 해당한다고 보아 장기보유특별 공제를 배제하였다. 청구인은 처분청의 경정청구에 대한 조사 시 일반 건축물 대장을 제시하면서 한 울타리 내에 주택과 축사가 있는 경우 주택의 면적이 주택 외 (축사포함)의 건물면적보다 적을 경우 축사 와 그 부속토지는 주택과 그 부수토지로 보지 않는다는 관련 규정을 제시하였음에도 불구하고 처분청은 축사관리사를 주택으로 보아 그 부속 토지와 건물의 양도소득금액을 계산하면서 장기보유 특별공제를 배제하였고, 처분청이 독립적인 주택으로 간주한 축사관리사는 양도일로부터 44년이 경과한 목조 스레트 폐허된 건물로 임차인이 아파트 입주권을 얻기 위하여 임대차계약서 편리를 요구하여 입주한 것으로 주민등록 등재되어 있었으나 임차인 가족들 대부분은 사실상 거주하지 않았고 청구인은 폐허된 건물에 사람이 살지 않으면 우범주택지로 될까 보아 임차인을 거주하도록 편리를 제공하였던 바 처분청은 개발제한구역 내에 위치하고 폐허가 된 우범지역의 주택에 대한 토지와 건물을 811,000,000원으로 평가하였음은 과세 형평을 외면한 부당한 과세처분이므로 주택 부수 토지분에 대한 양도소득금액 계산 시 장기보유특별공제를 계산하여야 한다.
• 다. 청구인은 CC공사로부터 수용보상금 지급안내를 수령하면서 2010년 1월 1일부터 시행되는 소득세법 부칙9897호(2009.12.31) 제16조의 개정내용을 미리알고 보상금을 즉시 수령하였고 소유권 이전등기서류를 등기권리자에 즉시 제출하였음에도 등기권리자인 CC공사가 일반적으로 소유권 이전등기를 접수하여 소유권 이전등기하고 보상금을 지급하면서 CC공사는 소유권 이전등기서류 수취 후 1개월 이상 지난 후 2010년 1월 25일 등기접수 하였음으로 양도자 청구인이 등기 권리자가 아니므로 청구인의 귀책이 아니다. 청구인이 최초 보상금 수령 당시 적용되는 양도의 시기는 소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기) 1호~7호의 경우 외에는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 규정되어 있고 처분청이 “양도시기”로 적용한 소득세법 시행령 제162조제1항 제7호 는 2010년 2월 18일 신설되었고 부동산거래관리과-378(2010.03.12)는 2010년 3월 12일에 적용되는 질의 회신 규정을 적용하였음은 처분청은 국세기본법 제18조 의 “소급과세 금지”의 규정을 위배한 부당한 과세처분이라 아니 할 수 없다. 따라서 청구인은 최초 보상금을 수령하면서 소유권이전 서류를 2009년 12월 11일 등기권리자에게 즉시 인계하였고 2009년 12월 18일 매수자 CC공사가 보상대금 전액을 청구인의 통장계좌로 송금하는 방법으로 해당 자산대금을 청산하였음으로 청구인의 양도 시기는 2009년 12월 18일로 보아야 할 것이고 처분청은 청구인의 납세의무 성립 후 새로운 세법에 따라 소급과세처분 이라 아니할 수 없다.
• 라. 처분청은 청구인이 최초 보상금을 2009년 12월 18일에 수령한 사실에 대하여 양도일을 2009년 12월 18일로 하여 예정신고 납부세액공제를 산출세액에서 납부할 세액의 100분의10에 상당하는 금액 432,041,788원을 계산하였다. 처분청은 양도일 소유권이전 등기 접수일 2010년 1월 25일로 변경하여 과다 공제한 예정신고 납부세액 216,020,894원에 납부불성실 가산세를 적용하였으나 청구인이 최초 보상금 수령액에 대하여 양도소득세 예정신고․납부하면서 양도물건의 환산취득가액 계산 시 수용보상금 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 시 기준시가로 보아 환산취득가액으로 계산하지 아니하였으나 청구인이 이를 경정청구 하였던바 처분청이 이를 경정하면서 환산취득가액을 재계산하여 납부하여야 할 세액에서 기 납부한 세액을 공제한 부족한 세액에 대하여 납부불성실 가산세를 부과 처분하여야 함에도 불구하고, 납부하여야 할 세액을 재계산하지 않고 청구인의 착오 계산하여 신고․납부한 세액에 대하여 납부불성실가산세를 결정고지하였다. 따라서 처분청은 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 납부하여야 할 세액을 재계산하여 납부한 세액에서 부족한 세액에 대하여 납부불성실 가산세를 결정고지하여야 한다.

• 가. 청구인은 지목상 농지인 “00 AA 8-1, 9-1”에 대해 개발제한구역내 소재하는 휴경농지로 임차인이 청구인의 의사와 관계없이 농지에 마대 등 상품을 적재하는 장소로 사용한 것이므로 양도(수용) 당시 농지라고 주장을 하나, 심사양도 1999-4399(1999.10.18) “공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하지 않는 것이 토지소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적인 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없다”와 항공사진 등에 의거 상기 토지는 휴경농지로 볼 수 없어 조세특례제한법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세등의 감면을 배제함이 타당하다.
• 나. 청구인은 ○○ 00 AA 7-1 소재 축사관리사를 주택이 아닌 축사의 부대시설로 보아 부수토지에 대해 장기보유특별공제를 적용할 것을 주장하나, 상기 축사관리사는 근00(560105-)외 가족 3인이 1998.02.21～2009.04.02 기간동안 거주한 사실이 주민등록 등․초본에 확인되고, 근00의 확인서에 의해서도 주택으로 사용됨이 확인되었으며, 00구 징수과의 “개별주택가격 조회 요청에 대한 회신(AA동 7-1)”에 의해서도 개별주택으로 고시되어 1세대2주택(2008.04.29 000 47 BB아파트 201-1 취득)이 적용됨에 따라 그 부수토지(고시된 주거용 면적 494.2㎡)에 대해 장기보유특별공제가 배제함이 타당하다. 또한, 청구인이 축사의 면적이 주택의 건물면적보다 넓은 경우 축사의 부수토지는 주택으로 보지 않으며, 이에 대해 장기보유특별공제를 적용해야 한다고 주장함은 이미 조사결정시 반영된 부분이다(재일 46014-876 1997.04.14).
• 다. 청구인은 최초보상금 수령일인 2009.12.18 이전에 소유권이전서류를 CC공사 등기권리자에게 인계(2009.12.11)하였으나, CC공사가 1개월이 지난 2010.1.25 소유권이전등기를 한 것이고 최초 보상금 수령 당시 적용되는 양도시기는 보상금 수령일인 2009.12.18이며 예정신고납부세액공제율도 10%라고 주장하며 처분청의 결정을 소급과세로 주장하나, 소송에 의하여 토지수용보상금이 증액된 경우의 양도시기는 재산세과-3416(2008.10.21) “토지수용에 있어 재결에 불복하여 이의신청등을 제기한 경우 당해 토지의 양도시기는 보상금확정일과 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날이 되는 것이다.” 및 서면4팀-2091 (2007.7.9), 서면4팀-1451(2007.5.2) 등 다수의 질의회신문에 의거 CC공사의 소유권이전등기일인 2010.1.25이 양도시기이며, 이에 따라 2009.12.31 삭제된 소득세법 제108조 【예정신고납부세액공제】에 대한 소득세법 부칙 제9897호(2009.12.31) 제16조【예정신고납부세액공제 폐지에 관한 특례】 제2항을 적용하여 예정신고납부세액공제를 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 5에 상당하는 금액을 공제함이 타당하다.
• 라. 양도시기의 변경으로 과다하게 공제된 예정신고납부세액공제액에 대한 납부불성실가산세를 적용하는 경우 최초 신고분(2009.12.18)에 대해 경정청00 인해 감소된 납부할 세액에서 기 자진납부한 세액을 차감한 추가 납부할 세액을 기준으로 납부불성실가산세를 계산하여야 함에도 착오계산하여 신고납부한 세액을 기준으로 납부불성실 가산세를 계산함은 불합리하다는 주장에 대해 양도시기가 이의재결정(2010.7.26)에 의해 2010.1.25로 변경됨에 따라 예정신고납부세액공제율도 10%에서 5%로 감소되어 예정신고납부세액공제액이 과다공제 되었다. 이에 대한 납부불성실가산세를 부과함에 있어 개정된 가산세 규정을 적용하여 수령일이 속한 예정신고기한 이후부터 적용함이 타당하여 이의재결정(2010.7.26)의 예정신고기한 이후인 2010.10.1.부터 과다공제한 예정신고납부세액에 대해 납부불성실가산세를 적용하여야 한다.

• 가. 쟁점

1. 양도 당시 임차인이 상품의 적재장소로 사용한 부동산을 농지로 볼 수 있는지 여부.

2. 축사관리사가 주택인지 여부 및 그 부수토지에 대한 장기보유특별공제 적용 여부.

3. 증액된 보상금을 소유권이전일 이후 수령한 경우의 양도시기가 최초 보상금수령일인지, 소유권이전일인지 여부.

4. 예정신고세액공제가 과다 공제된 경우 위 과다 공제된 금액에 대한 납부불성실 가산세 적용 여부.

• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[비과세ㆍ감면 및 소액부징수(소액불징수) 대상을 포함한다]이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑥ 소득세법 제89조제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환ㆍ분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환ㆍ분합 및 대토전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.

⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가). 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. <개정 2008.12.31>

⑬ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. <신설 2006.2.9, 2009.2.4> 3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

4. 부칙<제9897호,2009.12.31> 제16조(예정신고납부세액공제 폐지에 관한 특례)

① 제108조의 개정규정에도 불구하고 거주자(부동산매매업자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)가 제104조제1항 제1호의 세율을 적용받는 자산을 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 양도하여 발생하는 소득에 대해서 예정신고와 함께 납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 다음 각 호에 따른 납부할 세액의 100분의 5에 상당하는 금액을 공제한다.

1. 과세표준이 4천 600만원 이하인 경우: 제106조에 따른 납부할 세액

2. 과세표준이 4천 600만원을 초과하는 경우: 산출세액을 582만원으로 하여 계산한 제106조에 따른 납부할 세액

② 제108조의 개정규정 및 제1항에도 불구하고 거주자가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 부동산으로서 사업인정고시일이 2009년 12월 31일 이전인 부동산을 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 사업시행자에게 양도하여 발생하는 소득에 대해서 예정신고와 함께 납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 5에 상당하는 금액을 공제한다.

• 다. 사실관계

1. 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사 종결보고서에 의하면,

• 가) 청구인은 1962.3.15.∼1973.12.18. AA동 7-1에 거주하면서 농지인 AA동 8-1 및 9-1에 8년 이상 자경한 사실이 있고, 양도일 현재 그린밸트 내 농지이므로 8년 자경감면 대상으로 보아 감면을 신청하였다. 조세특례제한법 제69조 의 8년 자경감면 요건 중 거주 및 자경요건에 대해서는 경정청구시 제시한 거주에 관한 증명서 및 을류 농지세 납부영수증으로 8년 이상 자경하였다고 추정되나, 감면 신청한 농지의 온나라 지도 항공사진 및 포탈사이트의 항공사진을 살펴보면 농지가 아닌 상품의 적재장소로 사용되었음이 확인되어 감면요건 중 양도당시 농지에 해당되지 않아 감면신청은 배제하였다.
• 나) 청구인은 1965.6.17.부터 AA동 7-1에 축사를 신축하여 양계 등 축산업을 경영한 사실이 있다면서 건축물대장상 주택으로 개재된 건물은 가축 및 축사의 관리인이 기숙사로 사용하던 건물을 주택이 아닌 기타건물로 주장하고 있다. 국세통합전산망에 청구인이 1962.3.5.∼1998.12.31. 동안 대지농장이라는 축산업을 경영한 사실이 있으나, 주민등록 등․초본에 근00외 가족 3인이 1998.2.21.∼2009.4.2. 동안 AA동 7-1에 거주한 사실이 있고, 25년 이상 가족과 함께 거주한 사실을 주택임차인인 근00이 진술하고 확인서를 제출하여 기숙사가 아닌 주택으로 봄이 타당하고 2008.4.29. 취득한 000 47 BBAPT 201-1***와 함께 1세대2주택에 해당되어 장기보유특별공제를 배제하였다.
• 다) 조사대상 물건의 양도일은 소득세법시행령 제162조 에 의거 잔금청산일과 소유권이전일 중 빠른 날로 2009.12.18. 최초 보상금을 수령하고 수령일을 양도일로 하여 2009.12.19. 신고하였으나, 최초 보상금 수령 후 보상금에 대해 이의를 제기하여 2010.7.26. 이의재결증액을 지급받았고, 이의재결증액에 대해서도 행정소송을 제기하여 보상금 증액 판결을 2011.2.22. 받은 바, 질의회신 부동산거래과-378(2010.3.12.)에 의거 소유권이전일인 2010.1.25. 양도일로 확정되며, 소득세법 부칙(2009.12.31.) 제16조[예정신고납부세액공제 폐지에 관한 특례] 제2항에 의거 예정신고납부세액공제를 산출세액에 납부할 세액의 100분의 5에 상당하는 금액을 공제하므로, 2009.12.29. 신고시 예정신고납부세액 공제액으로 공제한 432,041,788원 중 100분의 5를 초과하는 216,020,894원은 부당한 세액공제이므로 부인하였다.

2. 쟁점부동산의 부동산등기부등본에 의하면 쟁점부동산은 2010.1.25. CC공사로 소유권이 이전되었다.

3. 국세통합시스템(개인별 총사업내역 조회)에 의하면 청구인은 ○○ 00 AA 7-1번지에서 1985.1.1.부터 1998.12.31.까지 ‘○○농장’ 이라는 명의로 축산업을 영위하였다.

4. 처분청의 청구인에 대한 현지확인복명서에 의하면 다음과 같은 사실이 나타나 있다.

• 가) ○○ 00 AA 7-1외 5필지 토지 및 건물의 사용 현황을 확인하기 우해 2011.5.20. 철거당시까지 해당 소재지에 거주한 근00의 현재 집 수소지인 경기 CC DD동 2**번지를 방문하여
• 나) 철거 당시까지의 주택 임차내역을 문의한 바, 임차인 근00은 ○○ 00 AA 7-1에서 가족과 함께 철거 시까지 25년 정도 거주하였고, 전세금은 4천만원으로 동사무소에 확정일자를 받았으나, 임대차계약서는 ○○으로 이사오면서 폐기하여 현재 존재하지 않는 것으로 진술함
• 다) 철거 당시까지의 주택 외 건물의 사용 내역에 대하여 문의한 바, 공부상 축사로 등재되어 있는 건물들은 전부 공장으로 사용되었으며, 근00 외 6∼7명이 임차하였고, 고무파킹 생산업체, 찬사장, 김○○, 양사장, ○○물산, ○○상사 등이 임차인으로 있었으며, 특히, ○○물산은 중국에서 마대(보온재)를 수입해서 국내에 판매하는 업체로 토지를 2천평 정도를 사용하였다고 진술함
• 라) 철거 당시까지의 토지 사용현황에 대하여 문의한 바, ○○으로 이사 오기 전까지는 AA동 7-1 외 5 필지의 토지가 농지로 사용된 사실이 없었으며, 대부분의 토지는 물건을 야적하기 위한 장소로 사용되었음을 진술함

5. 근00에 대한 주민등록표등초본에 의하면 근00은 1991.4.12.에 ○○ 00 AA 7-1에 전입하여 2009.4.2. 전출하였으며, 근00이 작성한 확인서에 의하면 근00은 ○○ 00구 AA동 7-1에서 가족과 25년 정도 살았다고 진술하고 있다.

• 라. 판단
• 가. 청구인은 지목상 농지인 “00 AA 8-1, 9-1”에 대해 개발제한구역내 소재하는 휴경농지로 임차인이 청구인의 의사와 관계없이 농지에 마대 등 상품을 적재하는 장소로 사용한 것이므로 양도(수용) 당시 농지라고 주장한다. 살피건대, 공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하지 않는 것이 토지소유자의 자의에 의한 것이든 타의에 의한 것이든 일시적인 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없는 것인데, 항공사진 및 현지확인 등에 의하면 위 토지가 농지가 아님이 확인되므로 위 농지에 대하여 조세특례제한법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세 등의 감면을 부인하는 것이 타당하다.
• 나. 청구인은 00 AA 7-1 소재 축사관리사를 주택이 아닌 축사의 부대시설로 보아 부수토지에 대해 장기보유특별공제를 적용하여야 하다고 주장하나, 위 축사관리사는 근00외 가족 3인이 1998.02.21～2009.4.2. 기간 동안 거주한 사실이 주민등록 등․초본에 확인되고, 근00의 확인서에 의해서도 주택으로 사용됨이 확인되었으며, 00구 징수과의 “개별주택가격 조회 요청에 대한 회신(AA동 7-1)”에 의해서도 개별주택으로 사용되고 있음이 확인되므로 위 축사관리사는 주택에 해당하고, 청구인은 2008.04.29 000 47 BB아파트 201-1*** 취득하였으므로 1세대2주택이 적용됨에 따라 그 부수토지(고시된 주거용 면적 494.2㎡)에 대해 장기보유특별공제가 배제함이 타당하다. 또한, 축사의 면적이 주택의 건물면적보다 넓은 경우 축사의 부수토지는 주택으로 보지 않으며, 이에 대해 장기보유특별공제를 적용해야 한다는 청구인의 주장은 이미 조사결정시 반영되었다.
• 다. 청구인은 최초보상금 수령일인 2009.12.18 이전에 소유권이전서류를 CC공사 등기권리자에게 인계(2009.12.11)하였으나, CC공사가 1개월이 지난 2010.1.25 소유권이전등기를 한 것이고 최초 보상금 수령 당시 적용되는 양도시기는 보상금 수령일인 2009.12.18이며 예정신고납부세액공제율도 10%라고 주장하며 처분청의 결정을 소급과세로 주장한다. 살피건대, 토지수용에 있어 재결에 불복하여 이의신청, 행정소승 등을 제기하여 토지수용보상금이 증액된 경우 당해 토지의 양도시기는 보상금확정일과 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날이다. 따라서 CC공사의 소유권이전등기일인 2010.1.25이고 보상금증액판결일은 2011.2.22.이므로 양도시기는 소유권이전등기일인 2010.1.25.이며, 이에 따라 2009.12.31 삭제된 소득세법 제108조 【예정신고납부세액공제】에 대한 소득세법 부칙 제9897호(2009.12.31) 제16조【예정신고납부세액공제 폐지에 관한 특례】 제2항을 적용하여 예정신고납부세액공제를 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 5에 상당하는 금액을 공제함이 타당하다.
• 라. 청구인은 양도시기가 변경함에 따라 예정신고 납부세액공제이 예정신고납부할 세액의 10%에서 5%로 변경됨에 따라 과다 공제한 예정신고 납부세액 216,020,894원은 납부불성실 가산세를 적용하여서는 아니된다고 주장한다. 살피건대, 양도시기가 청구인의 이의재결정, 보상금증액판결 등에 의해 2010.1.25로 변경됨에 따라 예정신고납부세액공제율도 10%에서 5%로 감소되었으므로 청구인은 초과 공제한 부분에 대하여 납부할 의무가 있다. 또한 청구인은 납부불성실가산세를 부과함에 있어 개정된 가산세 규정을 적용하여야 하므로 초과 공제된 부분을 수령일이 속한 예정신고기한내에 납부하였어야 하므로 예정신고기간 이후부터는 납부불성실가산세가 부과된다. 따라서 이의재결정으로 수령한 보상금(2010.7.26. 수령)의 예정신고기한 이후인 2010.10.1.부터 과다공제한 예정신고납부세액에 대해 납부불성실가산세를 적용한 이 건 처분은 정당하다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.