수도권 밖의 주택으로서 양도 당시 3억원 이하의 주택은 장기보유특별공제 배제 시 주택 수 계산에서 제외됨

• 가. 청구인은 ▽▽ ○○구 ◈◈동 89번지 ○○○아파트 3**동 205호(이하 “청구인 주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 ▽▽동부지원의 임의경매로 인하여 2009.9.29 경락되어 소유권이전 됨에 따라, 양도소득세 확정신고시 양도가액은 929,000,000원, 취득가액은 128,000,000원으로 하여 양도차익을 계산하고 여기에 장기보유특별공제를 798,500,000원으로 적용하여 과세표준을 “0”으로 신고하였다.
• 나. 처분청은, 청구인 주택 양도당시 청구인의 배우자가 ●●시 중구 ●●동 8-1 ♧♧타운 1동 401호(이하 “배우자 주택”라 한다)를 소유하고 있어 청구인 주택 양도는 1세대2주택 중과대상에 해당되므로 장기보유특별공제를 배제하고 양도가액 929,000,000원, 취득가액은 환산가액인 163,764,437원으로 산정하여 양도소득세 318,813,510원(이하 “이 건 처분”이라 한다)을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.6.7. 심사청구(이하 “이 건 심사청구”라 한다)를 제기하였다.

처분청은 청구인의 배우자가 배우자 주택을 소유하고 있다는 이유로 소득세법상 1세대 2주택의 규정을 적용하여 이 건 처분을 하였다. 그러나 배우자 주택은 기준시가가 약 6천만원 정도 밖에 되지 않을 뿐만 아니라 아파트 전세값에도 미치지 못하는 소규모 주택임에 비추어 볼 때, 처분청이 청구인 주택 양도에 대해 1세대 2주택 규정을 적용하여 과혹하게 양도소득세를 부과하는 것은 부동산 투기 방지를 위해 제정한 입법취지에 맞지 않고, 청구인은 청구인 주택을 장기간 보유․거주하고 있으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

청구인 주택과 배우자 주택은 수도권 및 광역시 소재 주택이므로 양도당시 1세대 2주택 중과대상으로 장기보유특별공제를 배제한 이건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 배우자 소유 주택을 포함하여 1세대 2주택으로 판단하여 장기보유특별공제를 배제한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제88조 【양도의 정의】

① 제4조제1항제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(부담부증여)(상속세 및 증여세법 제47조제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(수증자)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. 2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 【표1】 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 4년 이상 5년 미만 100분의 20 ∼ 생 략∼ 9년 이상 10년 미만 100분의 27 10년 이상 100분의 30 3) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50 4) 소득세법 시행령(2008.10.07 시행령 21062호로 개정된 것) 제167조 의5 【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제1항제2호의5에서 "대통령령이 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역 및 수도권 밖의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

• 가. 광역시에 소속된 군 및 지방자치법 제3조제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면
• 나. 해당 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 지역 5) 소득세법 시행령(2008.10.07 시행령 21062호로 개정되기 전의 것) 제167조의5 【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제1항제2호의5에서 "대통령령이 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택"이라 함은 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 제167조의3제1항제1호에 해당하는 주택 6) 소득세법 시행령(2008.10.07 시행령 21062호로 개정되기 전의 것) 제167조 의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제1항제2호의3의 규정에서 "대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

• 가. 광역시에 소속된 군 및 지방자치법 제3조제3항 ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면
• 나. 수도권중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역
• 다. 사실관계

1. 청구인 주택에 대한 등기부등본에 의하면 청구인은 1990.6.21. 청구인 주택을 취득하였고, 청구인 주택은 2009.9.29. 임의경매로 매각되었다.

2. 배우자 주택에 대한 등기부등본에 의하면 청구인의 배우자인 이○○는 2002.3.18. 배우자 주택을 취득하여 현재까지 소유하고 있다.

3. 국세정보시스템(공동주택 기준시가 조회)에 의하면 배우자 주택에 대한 기준시가는 2008.4.30. 현재 80백만원, 2009.4.30. 현재 82백만원으로 나타난다.

4. 청구인이 처분청에 제출한 양도소득세 간편신고서에 의하면 청구인은 2010.5.27. 청구인 주택 양도와 관련하여 양도가액을 929백만원으로, 취득가액을 128백만원으로, 장기보유특별공제를 799백만원으로, 과세표준을 “0”으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

5. 양도소득세 경정결의서 등에 의하면 처분청은 2011.6.13. 당초 신고 및 결정 양도가액인 929,000,000원을 실제 경락가액인 921,000,000원으로, 당초 잘못 적용한 무신고가산세 20%를 과소신고가산세 10%로 정정하여 총결정세액을 290,386,458원으로 경정하였다.

• 라. 판단

1. 본안 심리에 앞서 이 건 심사청구가 적법한 청구인지를 살펴보면, 국세기본법 기본통칙 7-2-8…65 【각하결정사유】는 “불복청구의 대상이 된 처분이 존재하지 않을 때(처분의 부존재)는 각하결정을 하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 처분청이 2011.6.13. 청구인에 대한 이 건 처분 중 28,427,060원을 취소한 사실이 확인되는 바, 28,427,060원에 대한 심사청구는 심리일 현재 청구인에 대한 처분이 존재하지 않으므로 각하한다. 2) 이 건 심사청구 중 각하되는 부분을 제외한 290,386,450원에 대하여 살펴보면, 소득세법 제95조 에서는 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 보유기간이 3년 이상인 일정 자산에 대하여는 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 그 보유기간에 따른 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 다만 소득세법 제104조 에 의하여 대통령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 경우에는 장기보유특별공제액을 공제할 수 없다고 규정하고 있는데, 소득세법 제104조 및 동법 시행령 제167조의5 제1항에 의하면 수도권 밖의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 처분청은, 청구인 주택 양도당시 청구인 주택과 배우자 주택이 수도권 및 광역시에 소재하여 1세대 2주택 중과대상이므로 장기보유특별공제를 배제한 이건 처분은 정당하다고 주장하지만, 소득세법 제95조, 제104조 및 동법 시행령 제167조의5에 의하면 장기보유특별공제를 배제하는 1세대 2주택을 계산함에 있어 수도권 밖의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 청구인 주택 양도당시 배우자 주택은 수도권 밖의 지역인

□□광역시에 소재하고 있고 기준시가는 82백만원으로 3억원을 초과하지 않으므로 장기보유특별공제를 배제하는 1세대 2주택을 계산함에 있어서 주택의 수에 산입하지 않아야 한다. 그러므로 청구인은 청구인 주택을 10년을 이상 소유하고 있고 장기보유특별공제를 배제하는 1세대 2주택에도 해당하지 않으므로 양도소득금액을 계산함에 있어 양도차익의 100분의 30에 해당하는 장기보유 특별공제액을 공제하여야 하지만, 처분청은 장기보유 특별공제를 배제하는 1세대 2주택을 판단함에 있어 배우자 주택을 포함하여 청구인 주택 양도소득금액 계산함에 있어 특별공제액을 배제하였으므로 이 건 심사청구 중 각하된 부분을 제외한 처분은 부적법하다.

이 건 심사청구 중 28,427,060원의 부과처분은 당초 처분의 취소로 불복청구 대상처분이 없어졌고, 290,386,450의 부과처분은 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.