조사보고서 및 불복관련 서류에서 확인되는 공사비는 필요경비로 공제함

○○○세무서장이 2011. 3. 2. 청구인에게 한 2009년 과세연도 양도소득세 147,846,990원의 부과처분은,

1. ○○광역시 ○○구 ○○동 986-5 공장용지 1,872㎡에 대한 공장부지 조성공사비 256,295,731원을 필요경비에 포함하여 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 2007.5.18. 취득한

○○ 광역시

○○ 구

○○ 동 986-5 공장용지 1,872㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상에 2008.10.14. 보존등기한 건물 1,114.72㎡(토지와 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2009.12.1. 이○○에게 양도한 후, 2010.6.1. 양도가액을 1,715,000,000원, 취득가액은 1,681,895,160원(쟁점토지 1,165,000,000원, 건물 618,706,970원)으로 하여 양도소득과세표준 확정신고를 하고 1,936,770원을 납부하였다. 처분청은 2011.1.20.부터 2011.1.28.까지 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 청구인이 과다계상한 쟁점토지의 취득가액을 부인하여 쟁점부동산의 취득가액이 1,293,723,102원인 것으로 보아 2011.3.2. 청구인에게 2009년 과세연도 양도소득세 147,846,990원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.17. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 2007.5.18. 주식회사

○○ 이엔지(이하 “

○○ 이엔지”라 하고, 청구인과 합하여 이하 “청구인 등”이라 한다)와 공동으로 지목이 전․답․임야인

○○ 광역시

○○ 구

○○ 동 986 등 6필지의 토지 4,419㎡를 취득하여 그 중 3,367㎡에 대한 공장부지 조성공사비 615,000,000원(이하 “쟁점공사비”라 한다)과 부대비용 43,500,000원 합계 658,500,000원을 (주)△△에게 지급하였으므로 그 중 청구인의 지분(6/13)에 해당하는 303,920,000원을 필요경비로 공제하여야 한다 더욱이 청구인 등이 쟁점공사비를 지급한 사실이 전소유자 중 1명인 안○○에 대한 ○○지방국세청장의 조사보고서 및 이의신청 결정서, 조세심판원의 심판결정서 및 ○○지방법원의 판결서 등에 의하여 명백히 확인됨에도, 처분청은 청구인이 관련 증빙서류를 제시하지 아니하였다 하여 일방적으로 이를 부인한 것은 부당하다.

청구인 등과 (주)△△ 간에 작성된 표준도급계약서에 청구인 등의 날인만 되어 있을 뿐 (주)△△의 날인은 없는 점, 청구인이 쟁점토지대금을 개별 토지소유자에게 지급하였음에도 “공사비, 토지대금과 함께 지불하였음”이라고 기재되어 있는 점, 공사내용이 구체적으로 기재되어 있지 아니한 점, 6억원이 넘는 공사대금을 지급내역이 확인되지 아니하고 세금계산서도 교부되지 아니한 점 등을 감안할 때, 동 도급계약서를 실제의 것으로 인정하기는 어렵다. 조사과정에서 청구인에게 쟁점공사비에 관한 증빙서류 제출을 요구하자 “현재는 자세한 사항을 모른다”고 답변하고 조사기간을 넘긴 다음, 전소유자인 안○○에 대한 조사보고서 및 이의신청결정서의 내용에 따라 쟁점공사비를 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, ○○지방국세청장은 조사대상자인 안○○이 지급한 필요경비가 적정한지를 조사한 것이지 청구인의 필요경비에 대하여 조사한 것은 아니며, 당시 서류에도 쟁점공사비의 대금지급에 관한 증빙은 없는바, 타인의 조사내용을 유추하여 필요경비를 인정할 수는 없다.

• 가. 쟁점 공장부지 조성공사비에 대한 증빙을 제시하지 못하고 있으나, 공동으로 공사를 시행한 타인에 대한 조사보고서 및 불복청구 관련기록에 지급사실이 나타나는 경우 필요경비로 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 2) 소득세법 시행령 제67조 【즉시상각 의제】

① 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. ～ 4. (생략)

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어는 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 3) 소득세법 시행규칙 제79조 【양도자산의 필요경비 계산 등】

① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다. 1.하천법․댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 당해 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 가액

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

• 다. 사실관계

1. 처분청의 조사보고서에 의하면, 청구인 등이 공유지분으로 취득한 토지의 내역은 아래와 같다. (단위: ㎡, 천원) 순번 취득당시 소재지 취득 일자 지목 면적 취득 가액 청구인의 취득내역 전 소유자 지분 취득면적 취득가액

①

○○구 ○○동 986

2007. 5.18. 전 1,131 564,000 6/13 522.00 260,308 김○○ 등 2인

②

○○구 ○○동 산 179

2007. 5.18 임야 2,479 562,500 6/13 1,177.85 259,615 이○○ 등 4인

③

○○구 ○○동 985-3

2007. 5.18 공장용지 125 76,000 6/13 57.69 35,077 안○○

④

○○구 ○○동 987

2007. 5.18 공장용지 407 246,000 6/13 187.85 113,538 안○○

⑤

○○구 ○○동 988-12

2007. 5.18 공장 용지 145 88,000 6/13 66.92 40,615 안○○

⑥

○○구 ○○동 988-17

2007. 5.18 공장 용지 132 80,000 6/13 60.92 36,923 안○○ 계 4,419 1,616,500 2,073.23 746,076

2. ○○지방국세청장이 2008년 1월 안○○ 등에 대하여 자금출처조사를 실시하고 작성한 조사종결보고서에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

• 가) 안○○은 2002.8.26. ○○광역시 ○○구 ○○동 985 전 813㎡, 같은 동 987 답 407㎡, 같은 동 988 전 737㎡, 같은 동 988-2 전 4,443㎡ 합계 6,400㎡를 경매로 취득하고, 2003.12.25. 김○○ 외 1인과 같은 동 986 전 1,131㎡에 대한 매매계약을 체결한 후, 2004년 4월 ○○구청장에게 공장부지 조성공사를 위한 개발행위(토지형질변경)허가 신청서를 제출하였다.
• 나) 청구인 등이 안○○으로부터 ○○광역시 ○○구 ○○동 986 전 1,131㎡ 및 같은 동 산 179 임야 2,479㎡를 매입하였는데, 가스공장을 건설하기 위한 공장부지가 필요하였던 청구인 등이 당시 개발행위 허가권을 부여받아 이미 시공업체를 선정하여 공장부지 조성공사를 진행하다가 자금부족으로 중단한 상태에 있던 안○○에게 위 토지 중 3,367㎡에 대한 공장부지 조성공사를 일임하여 2007.3.22. 준공하였다. 구분 공장부지 조성공사 후 안○○ 보유토지 공장부지 조성공사 후 안○○이 양도한 토지 청구인 등의 조성공사 토지 지번 985-1 988-6 외 4 988-2 외 2 1028 -1 985-3 987 988 -12 988 -17 986 산 179 면적 115㎡ 223㎡ 2,221㎡ 46㎡ 125㎡ 407㎡ 145㎡ 132㎡ 865㎡ 2,502㎡ 계 2,605㎡ 809㎡ 3,367㎡ 3,414㎡ 3,367㎡ 총계 6,781㎡
• 다) 안○○이 제시한 공장부지 조성공사 시공업체들의 공사원가․측량비․감정평가비․법무사비․토지형질변경 후 취득세․농지조성비․대체조림비․주택매입비․묘지이장비 등 합계 1,051,653,890원은 자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용으로서 증빙서류를 검토한바, 실제로 지출되었음이 확인되나, 부대비용 43,500,000원은 필요경비로 인정할 수 없다.
• 라) 청구인 등은 ○○광역시 ○○구 ○○동 986 및 산 179의 공장부지 조성공사의 공사원가 등 기타 비용을 정산하여 공사대금으로 615,000,000원을 지급하였다. 마) 위 공장부지 조성공사의 총 공사비는 아래와 같이 1,051,653,890원인 것으로 확인되고, 청구인 등 소유토지(3,367㎡)에 대한 공사비 615,000,000원을 차감한 436,653,890원이 안○○ 소유토지(3,414㎡)에 대한 것이며, 공사비를 신고누락한 새롬건설(주) 등 5개 업체에 대하여는 과세자료를 통보한다. (단위: 원) 항 목 지급액 비 고 ㉠ ▲▲건설(주) 등 5개 업체의 공사비 872,500,000 일부 시공업체 무신고 → 과세자료 통보 ㉡ 지적공사측량비 등 7건 63,377,750 ㉢ 농지전용부담금, 구주택매입비 115,776,140 ㉣ 합 계 1,051,653,890

3. 처분청의 양도소득세 조사보고서의 주요 내용을 요약하면 아래와 같다.

• 가) 청구인은 ○○이앤지와 함께 ○○광역시 ○○구 ○○동 986 등 6필지의 토지 합계 2,073㎡(청구인의 지분)를 746,076천원에 취득하였고, 그 중 201.23㎡를 2007년에 이미 양도하였으므로 나머지 1,872㎡의 취득가액은 646,267천원임에도, 청구인은 공유자의 일부 취득가액이 합쳐진 등기부상 기재가액 1,030,000천원으로 잘못 신고를 하였다.
• 나) 청구인은 실제 지급한 쟁점토지 매입가액이 646,267천원임을 인정하고 그 외에도 쟁점공사비를 추가로 지급하였다고 주장하나, 청구인 등과 안○○이 대표이사인 (주)△△ 간의 표준도급계약서에는 청구인 등의 날인만 되어 있고 공사에 관한 구체적인 사항이 전혀 적시되어 있지 않아 실제 거래사실을 반영한 계약서로 보기 어렵고, 대금 지급증빙 및 세금계산서 등에 의하여 공사비를 지급한 사실이 확인되지 아니하므로 쟁점공사비를 필요경비로 인정할 수 없다.
• 다) 안○○이 대표이사인 (주)△△의 명의로 2004년 4월 ○○구청에 토지형질변경허가 신청이 되었으나, 법인의 통장으로 입․출금된 것이 없고, 수입금액 및 경비를 기장한 장부도 존재하지 아니하므로 (주)△△은 형 식적으로 존재할 뿐이고 모든 실제 행위의 주체는 안○○ 개인이며, 이후 발생하는 모든 계약 및 토지개발은 안○○ 개인이 한 행위로 확인된다.

4. 처분청은 쟁점공사비를 필요경비로 인정할 수 없다는 입장이나, ○○지방 국세청장의 이의신청결정서(2008-0085, 2008.5.20), 조세심판원의 심판결정서(조심2008부2892, 2010.4.30),

○○지방법원의 판결서(○○지방법원2010구합2423, 2011.4.28)에 의하면, 아래와 같은 내용이 나타난다.

• 가) ○○세무서장이 ○○지방국세청장의 조사결과에 따라 2008.3.17. 안○○ 에게 양도소득세 189,799,600원을 과세한 처분에 대하여 안○○이 제기한 불복과정에서 안○○ 소유토지 3,414㎡와 청구인 등이 3,367㎡ 합계 6,781㎡에 대한 공장부지 조성공사비가 1,051,653,890원이고, 그 중 청구인 등이 안○○에게 지급한 공장부지 조성공사비는 615,000,000원이라고 일관되게 인정한 다음, 나머지 436,653,890원만을 안○○의 필요경비로 보아야 한다고 결정(판결)하였는바, 주요 내용을 발췌하면 다음과 같다. <

○○지방국세청의 안○○ 이의신청결정서상 >: 2008-0085호, 2008.5.20. 안○○이 공장부지 조성공사비를 포함하여 1,281,120,680원을 자본적 지출로 보아 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 그 중 지출내용이 확인되지 아니하는 조성공사비 76,000,000원, 기타비용 124,466,790원 등을 차감한 1,051,653,890원이 인정 가능한 전체 금액이고, 청구인 등으로부터 공사비로 받은 615,000,000원은 안○○이 부담한 공사비가 아니므로 이를 차감한 436,653,980원만을 필요경비로 인정하는 것이 타당하다. < 조세심판원 결정서상 >: 조심 2008부2892, 2010.4.30.

○○광역시 ○○구 ○○동 986 및 산 179 토지합계 3,367㎡(쟁점외토지)의 소유자인

○○ 이앤지와 정

○○ 이 공장부지 조성공사대금으로 안

○○에게 615,000,000원을 지급한 점에 비추어 동 공사비는 그들이 소유한 쟁점외토지만의 공사비에 해당한다고 봄이 타당하므로 쟁점공사를 전체 공사비에 포함시켜 안○○의 필요경비로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. <

○○ 지방법원 판결서상 >: 2010구합2423, 2011.4.28. 원고(안○○) 소유의 토지 위 3,414㎡와

○○구 ○○동 986 및 산 179 토지 합계 3,367㎡(이 사건 외 토지)의 부지조성 총 공사비가 1,051,653,890원 인데, 그 중 정한근 등이 원고에게 이 사건 외 토지의 부지 조성공사비 615,000,000원을 지급한 사실, 원고 및 안◉◉의 2008.1.10.자 확인서에는 ‘원고 소유의 위 3,414㎡및 이 사건 외 토지의 부지조성 총공사비가 1,029,653,890원인데 정한근 등으로부터 이 사건 외 토지 해당분 615,000,000원을 받아 시공업체에 지급하였다’는 취지로 기재되어 있는 사실이 인정된다. 이에 비추어 보면, 원고 소유의 토지 위 3,414㎡ 의 부지조성공사비는 436,653,890원(1,051,653,890원 - 615,000,000원)이 된다.

• 나) 안○○은 위의 공장부지 조성공사비 1,051,653,890원 외에도 □□종합건설 주식회사에게 26,000,000원, 현장소장 인건비 76,000,000원, 기타비용 등 127,466,790원 합계 229,466,790원을 공장부지 조성공사비로 청구인이 주장하였으나, 지출사실을 뒷받침할 만한 증빙자료의 제시가 없다는 이유로 인정받지 못하였다.
• 다) 안○○은 불복과정에서 자신의 소유토지 3,414㎡에 대한 공장부지 조성공사비를 436,653,890원(전체 공사비 1,051,653,890원 - 청구인 등이 지급한 공사비 615,000,000원)으로 인정한 것에 대하여는 다투지 아니하고, 토지취득과 관련하여 지출하였다는 이자 355,000,000원을 자본적 지출로 보아 필요경비로 인정하여야 하고, 또한 동 이자지급에 대한 원천징수의무가 없다는 점 등에 대하여 다투었다.

5. 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사보고서상에는 ○○지방국세청장이 안○○에 대하여 실시한 자금출처 조사보고서상의 내용이나 안○○의 불복청구에 대한 결정서(판결서)상의 내용은 적시되어 있지 아니하다.

6. 또한, 청구인은 공장부지 조성공사와 관련하여 부대비용 43,500,000원이 추가로 발생하였다고 주장할 뿐 구체적인 증빙자료는 제시하지 아니하고 있다.

7. 한편, 2007.6.22.자 부동산거래계약신고필증에 의하면, 청구인이 쟁점토지의 취득과 관련하여 관할 ○○구청장에게 당초 부동산거래계약 신고시 착오로 쟁점공사비(615,000,000원)와 부대비용 43,500,000원 합계 658,500,000원을 누락하였다는 취지의 사유서를 제출하자, ○○구청장은 청구인의 주장을 받아들여 부동산거래계약신고필증의 내용을 정정하여 교부한 것으로 나타난다.

• 라. 판단 처분청은 청구인 등이 쟁점공사비 615,000,000원과 부대비용 43,500,000원 합계 658,500,000원을 지급한 사실이 객관적 증빙자료에 의하여 확인되지 아니한다는 이유로 필요경비로 인정하지 아니하였는바, 이에 대하여 본다.

1. ○○지방국세청장이 2008년 1월 안○○ 등에 대하여 자금출처조사를 실시하고 작성한 조사종결보고서상에 청구인 및 세정이엔지가 안○○에게 그들이 보유한 토지 중 3,367㎡에 대한 공장부지 조성공사를 일임하여 2007.3.22. 준공하고, 공사원가 등 기타 비용을 정산하여 쟁점공사비를 지급하였으며, 또한 공장부지 조성공사비가 총 1,051,653,890원인 것으로 확인되고, 청구인 등의 소유토지(3,367㎡)에 대한 공사비 615,000,000원을 차감한 436,653,890원이 안○○ 소유토지(3,414㎡)에 대한 것이며, 공장부지 조성공사비를 신고누락한 ▲▲건설(주) 등 시공업체에 대하여는 과세자료를 통보한 것으로 기재되어 있는 점, 위 세무조사와 관련하여

○○ 세무서장이 안○○에게 양도소득세를 과세한 것에 대하여 안○○이 불복을 제기한 것과 관련한 이의신청결정서, 심판결정서, 법원의 판결서에서도 청구인과 세정이엔지가 쟁점공사비를 지급하였다고 일관되게 인정한 점, ○○구청장이 부동산거래계약신고필증의 내용을 정정하여 교부한 점 등을 감안할 때, 청구인 등이 쟁점공사비를 안○○에게 지급한 것으로 볼 수 없다는 처분청의 주장은 설득력이 부족해 보인다.

2. 다만, 청구인 등이 안○○에게 지급한 쟁점공사비 615,000,000원 중 청구인 지분(6/13, 부지조성 후 면적 2,073.23㎡)에 해당하는 금액은 283,846,153원이나, 청구인이 2007년 그 중 201.23㎡를 이미 양도하였으므로 동 토지면적에 해당하는 27,550,421원은 공제대상 필요경비에서 제외하여 256,295,732원만을 쟁점토지에 대한 필요경비로 인정함이 타당하다고 판단된다.

3. 또한, 청구인은 공장부지 조성공사와 관련하여 부대비용 43,500,000원이 발생하였다고 주장할 뿐이고 구체적인 증빙자료는 제시하지 아니하고 있으므로 이에 관한 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.