사업소득금액 산정시 필요경비로 산입한 감가상각비는 양도자산의 취득가액에서 차감함

청구인은 2005.12.27.자 매매를 원인으로 2006.2.2. ○○○○시 ○○구 ○○동 334-32번지 토지 349㎡ 및 지상 건물 702.61㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 취득한 후 쟁점건물을 부동산임대용 자산으로 사용하다가 2007.7.20.자 매매를 원인으로 2007.9.13. 청구외 김○○외 1인에게 양도하였다. 청구인은 쟁점건물 및 부수토지 양도에 대하여 2007.11.30. 2007년 과세연도 양도소득세 과세표준 예정신고 시 실지 거래가액으로 신고하면서 양도가액은 1,370,000천원, 취득가액은 1,310,000천원으로 하여 양도차익을 산정하였다. 처분청은 청구인이 쟁점건물을 부동산임대업에 공하는 사업용 고정자산으로 사용하면서 2006년 및 2007년 과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고 시 쟁점건물에 대한 감가상각비 장부계상액 28,635천원(2006년 13,695천원, 2007년 14,940천원)을 해당 임대수입에서 필요경비로 차감하였으므로 쟁점건물 양도차익 산정 시 이를 실지 거래가액에서 차감한 가액을 취득가액으로 하여야 한다고 하여 2011.1.6. 2007년 과세연도 양도소득세 12,575,940원을 부과처분하였다가, 청구인의 이의신청에 따라 당초 2007년 과세연도 종합소득세 확정신고 시 양도 후 기간에 대응하는 감가상각비 계상액 3,735천원은 상각 한도초과로 필요경비로 차감할 수 없는 것으로 보아 당해 과세연도 종합소득세를 경정결정하고, 동 감가상각비는 쟁점건물의 실지 거래가액에서 차감할 수 없는 것으로 보아 2011.2.22. 2007년 과세연도 양도소득세 2,042,270원을 오류경정 감하여 총 24,900천원(이하 “쟁점감가상각비”라 함)의 감가상각비를 취득당시 실지 거래가액에서 차감하여 2007년 과세연도 양도소득세 10,533,665원을 경정⋅고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2011. 3. 31. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 소득세법 시행령 제62조 【감가상각액의 필요경비 계상】의 규정은 감가상각비를 소득금액계산 시 필요경비로 수입금액에서 차감하는 경우에만 적용되는 규정이다.

1. 처분청은 감가상각비는 소득세법 시행령 제62조 제1항 의 규정에 의하여 필요경비로 보는 것이므로 과세표준 확정신고 시 필요경비로 계상하지 아니한 금액은 이를 경정청구에 의하여 필요경비에 산입할 수 없으며, 또한 동 규정에 의해 결산서에 적정하게 계상한 감가상각비를 사업자가 임의로 부인하여 수정신고 할 수 없는 것(서면인터넷방문상담1팀-1214, 2006.9.5)이라고 하여,

2. 청구인이 종합소득세 확정신고 시 필요경비로 계상한 쟁점건물 감가상각비를 필요경비 불산입하는 종합소득세 과세표준 수정신고내용을 부인하고, 쟁점건물 취득 시부터 양도 시까지에 해당하는 쟁점감가상각비는 소득세법 97조 제1항 및 제3항 규정에 따라 쟁점건물의 취득당시의 실지 거래가액에서 차감하여야 한다고 하여 이 건 양도소득세를 부과처분하였으나, 3) 소득세법 시행령 제62조 【감가상각액의 필요경비 계산】은 사업용고정자산과 관련한 감가상각비를 해당 사업수입금액에서 필요경비로 차감하여 소득금액을 계산하는 때에 적용하는 규정일 뿐, 해당 감가상각비를 필요경비 불산입 하여 수정신고 하는 경우에 적용되는 규정은 아닌바 종합소득세 수정신고를 부인하여 그 결과 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 위법하다.

• 나. 감가상각비를 부동산임대업 소득금액계산 시 필요경비로 차감하지 아니하는 것으로 청구인의 신고에 따라 조세채권이 확정되었다.

1. 종합소득세 및 양도소득세는 납세자가 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때에 납세의무가 확정되며 수정신고 또한 그 효력은 같다 할 것인바,

2. 청구인의 2007.11.30.자 양도소득세 과세표준 예정신고로 쟁점건물의 취득가액은 2005.12.27.자 부동산매매계약상의 실지 거래가액으로 확정되었다고 할 것이고,

3. 이후 이 건 부과처분 전 청구인의 2006년 및 2007년 과세연도 종합소득세 수정신고로 인하여 쟁점건물 감가상각비를 부동산임대소득금액 계산 시 필요경비로 계상하지 아니하는 것으로 종합소득세 과세표준과 세액이 확정되었다고 할 것이므로,

4. 처분청이 납세자의 선택에 의하여 확정한 조세를 임의로 부인하여 이 건 양도소득세를 부과함은 위법하다.

• 다. 양도소득세 신고 이후에 계상한 감가상각비를 소급하여 취득원가에서 차감하여 양도소득세를 결정한 처분은 부당하다.

1. 청구인이 쟁점건물 양도에 따른 양도소득세 과세표준 예정신고 당시는 2007년 회계연도 결산 전으로 2007년 귀속 감가상각비는 계상되지 아니하였고, 당해연도 감가상각비를 부동산임대소득금액 계산 시 필요경비로 계상하는지 여부는 그 신고기한인 2008.5.31. 확정되는바,

2. 부동산임대소득금액 계산 시 기 필요경비로 공제한 2006년 과세연도 귀속 감가상각비 13,695천원은 쟁점건물의 양도차익 산정 시 취득당시 실지 거래가액에서 차감한다고 하더라도 2007년 회계연도 귀속 감가상각비 11,205천원은 취득당시 실지 거래가액에서 차감할 수 없다.

• 가. 결산서에 적정하게 계상한 감가상각비에 대하여 사업자가 임의로 부인하여 수정신고 할 수 없다.

1. 감가상각비는 결산조정 사항으로 소득세법 제62조 제1항 의 규정에 따라 사업자가 감가상각비로 필요경비에 계상한 경우에 한하여 소득금액 계산 시 필요경비로 계상할 수 있는 것이며,

2. 당초 결산서에 적정하게 계상한 감가상각비를 사업자가 임의로 부인하여 수정신고 할 수 없는 것이므로 당초 처분 정당하다.

• 나. 취득가액에서 차감하는 감가상각비는 사업자가 필요경비로 계상하였거나 필요경비로 계상할 가액이다. 1) 소득세법 제97조 제3항 에서는 양도자산의 보유기간 중 그 자산에 대한 감가상각비로서 필요경비로 계상하였거나 계상할 금액이 있는 때에는 취득 당시 실지 거래가액에서 그 가액을 차감한 가액을 취득가액으로 하도록 규정하고 있고,

2. 쟁점건물 양도 당시 2006년 회계연도 귀속 감가상각비 13,650천원은 이미 종합소득세 신고 시 필요경비로 계상한 가액에 해당하고, 2007년 회계연도 중 쟁점건물 양도 시까지 기간계산에 의하여 산정되는 감가상각비 11,205천원은 필요경비로 계상할 금액에 해당하는바 쟁점건물 양도소득세 예정신고 당시 감가상각비를 실지 거래가액에서 차감할 수 없었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점

1. 종합소득세 확정신고 시 필요경비로 산입한 감가상각비에 대하여 이를 불산입하는 수정신고를 할 수 있는지 여부와

2. 양도소득세 예정신고 시에는 감가상각비의 필요경비 산입 확정되기 전이므로 양도년도 감가상각비는 실지 거래가액에서 차감하여서는 아니되는지 여부를 살피는 데 있다.

• 나. 관련법령 1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

② 양도자산 보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다. 2) 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. (중략)

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 소득세법 제33조 【필요경비 불산입】

① 거주자가 당해연도에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 규정하는 것은 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 이를 필요경비에 산입하지 아니한다.

6. 각 연도에 계상한 감가상각자산의 감가상각비로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 초과하는 금액 4) 소득세법 시행령 제55조 【부동산임대소득 등의 필요경비계산】

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

5) 소득세법 시행령 제62조 【감가상각액의 필요경비계산】

① 법 제33조 제1항 제6호의 규정에 의한 감가상각비(이하 "상각액"이라 한다)는 사업용고정자산(투자자산을 제외한다)의 상각액을 필요경비로 계상한 경우에 각 과세기간마다 고정자산별로 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 한도로 하여 이를 소득금액계산에 있어서 필요경비로 계상한다. 이 경우 당해 과세기간중에 사업을 개시하거나 폐업한 경우 또는 당해 과세기간중에 감가상각자산을 취득 또는 양도한 경우에는 상각범위액에 당해 과세기간중에 사업에 사용한 월수를 곱한 금액을 12로 나누어 계산한 금액을 상각범위액으로 하며, 월수의 계산은 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다. 6) 소득세법 제70조 【종합소득과세표준확정신고】

① 당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정은 당해연도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의한 신고를 "종합소득과세표준확정신고"라 한다.

④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조 제3항의 규정에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다)가 제3호의 규정에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. (중략)

3. 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액을 제160조 및 제161조의 규정에 의하여 비치ㆍ기장된 장부와 증빙서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서와 그 부속서류 및 합계잔액시산표와 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항의 규정에 의하여 기장을 한 사업자의 경우에는 대통령령이 정하는 간편장부소득금액계산서 (이하생략) 7) 소득세법 제160조 【장부의 비치⋅기록】

① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다. 8) 국세기본법 제20조 【기업회계의 존중】 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다. 9) 국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】

① 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다. 10) 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호 외에 세무조정과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

• 다. 사실관계

1. 쟁점부동산 등기부등본 및 부동산매매계약서에 의하면,

• 가) 청구인은 2005.12.27. 매매를 원인으로 2006.2.2. 쟁점건물 및 부수토지를 1,310,000천원에 일괄 매수하여, 나) 2007.7.20. 매매를 원인으로 2007.9.13. 청구외 김○○외 1인에게 1,370,000천원에 일괄 양도한 것으로 나타난다.

2. 국세청 전산정보자료에 의하면,

• 가) 청구인은 2006.2.2. 쟁점건물 및 부수토지 취득 후 2006.2.3. 쟁점건물을 사업장소재지로 하여 부동산임대업 사업자등록 한 것으로 나타나고,
• 나) 쟁점건물 임대사업과 관련하여 쟁점건물 및 부수토지 일괄 매수가액 1,310,000천원을 토지취득가액은 712,400천원으로, 쟁점건물 취득가액은 597,600천원으로 배분한 후, 쟁점건물 취득가액을 정액법(내용연수 40년)으로 상각하여 2006년 회계연도 감가상각비 13,650천원(14,940천원 ×11/12)을 판매비와 관리비로 계상하고 동 금액을 2007.5.30. 2006년 과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고 시 필요경비로 공제하여 신고한 후,
• 다) 2007.9.13. 쟁점건물 및 부수토지를 청구외 김○○외 1인에게 1,370,000천원에 일괄양도하고 2007.11.30. 2007년 과세연도 양도소득세 과세표준 예정신고 시 취득가액을 매입당시의 실지 거래가액인 1,310,000천원으로 하여 양도차익을 산정한 것으로 나타나고,
• 라) 쟁점건물 양도 후인 2007.12.31. 2007년 회계연도 결산 시 양도한 쟁점건물 및 부수토지를 대차대조표에 장부가액으로 계상하고, 당해 회계연도 개시일부터 종료일까지에 해당하는 감가상각비 14,960천원을 산정하여 이를 판매비 및 관리비로 계상하고, 2008.5.30. 2007년 과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고 시 동 금액을 필요경비로 공제하여 부동산임대소득금액을 산정한 것으로 확인된다.

3. 처분청의 2010.12.2.자 과세예고통지서에 의하면, 청구인이 쟁점건물 및 부수토지 양도에 따른 양도소득세 과세표준 예정신고 시 취득당시 실지 거래가액에서 쟁점건물의 감가상각비로서 필요경비로 공제한 가액을 차감하지 아니한 것은 신고오류라 하여 실지 거래가액 1,310,000천원에서 감가상각비 필요경비 계상액 2006년 과세연도 13,695천원, 2007년 과세연도 14,940천원, 합계 28,635천원을 차감하여 2007년 과세연도 양도소득세 12,575,940원이 과세될 예정임을 통지한 것으로 나타난다.

4. 이후, 청구인은 종합소득세 과세표준 확정신고 시 필요경비로 계상한 감가상각비 28,635천원을 필요경비 불산입하여 2010.12.13. 과세표준 수정신고를 하였으나, 해당 수정신고가 받아들여지지 아니하고 쟁점건물 감가상각비 28,635천원을 취득당시 실지 거래가액 1,310,000천원에서 차감한 가액, 1,281,365천원을 취득가액으로 하여 2011.1.6. 2007년 과세연도 양도소득세 12,575,940원을 부과처분한 사실이 국세청 전산정보자료 및 경정결의서를 통해 확인된다.

5. 청구인의 위 양도소득세 부과처분에 대한 2011.1.20.자 이의신청에 대하여, 2011.2.16.자 이의신청 결정에서는 쟁점건물 양도 후 기간에 대응하는 3월분의 감가상각비 계상액 3,735천원을 2007년 과세연도 양도소득세 계산 시 양도가액에서 취득가액으로 차감하도록 결정한 것으로 나타나고, 동 결정으로 인하여 2011.2.22. 2007년 과세연도 양도소득세 2,000,000원이 오류경정감되고, 2011.3.1. 2007년 과세연도 종합소득세 846,170원이 부과처분된 사실이 관련 결정결의서를 통해 확인된다.

• 라. 판단 쟁점 1)과 관련하여 국세기본법 제45조 제1항 제1호 에서는 각 세법에서 정한 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 자는 『과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때』관할 세무서장이 각 세법에 따라 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있고, 청구인은 종합소득세 과세표준 확정신고 시 부동산임대소득금액을 산정함에 있어 필요경비로 공제한 감가상각비를 과세관청의 경정 또는 결정 통지 전까지 동 금액을 불산입하는 수정신고를 할 수 있다고 해석함이 타당하므로 청구인의 감가상각비 불산입 수정신고를 부인하고 이 건 양도소득세를 부과처분함은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 감가상각비는 소득세법 시행령 제62조 제1항 의 규정에 의하여 필요경비로 계상한 경우에 한하여 이를 필요경비로 보는 것이므로 과세표준 확정신고 시 필요경비로 계상하지 아니한 금액은 이를 경정청구에 의하여 필요경비에 산입할 수 없으며, 또한 당초 동 규정에 의해 결산서에 적정하게 계상한 감가상각비를 사업자가 임의로 부인하고 수정신고 할 수 없는 것(서면1팀-1214, 2006.9.5. 같은 뜻임)이고, 청구인은 2007.2.2. 쟁점건물 및 부수토지 일괄매입가액 1,310,000천원을 배분하여 쟁점건물 취득원가를 597,600천원으로, 부수토지 취득가액을 712,400천원으로 하고 쟁점건물에 대하여 정액법(내용연수 40년)에 따른 감가상각액 2006년 과세연도 13,695천원(14,940천원×11월/12월), 2007년 과세연도 14,940천원을 장부에 계상하고 동 금액을 각 과세연도 부동산임대소득금액 산정 시 필요경비로 공제하여 종합소득세 과세표준 확정신고를 하였는바, 위 2006년 과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고는 소득세법 제27조 제1항, 같은 법 제33조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제62조 제1항 규정에 따라 적정하게 신고하였다 할 것이므로 국세기본법 제45조 제1항 1호 『각 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못하는 경우』에 해당한다 할 수 없으며, 2007년 과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고는 쟁점건물이 당해 과세연도 종료 전인 2007.9.13. 양도되었음에도 감가상각 기간을 12월로 하여 감가상각비를 산정하였으므로 소득세법 제33조 제1항 및 같은 법 시행령 제62조 제1항 규정에 따라 상각 한도액 초과분 3,735천원에 대하여만 국세기본법 제45조 제1항 제1호 규정에 따른 수정신고를 할 수 있다 할 것이므로, 처분청이 쟁점건물과 관련하여 청구인이 종합소득세 과세표준 확정신고 시 부동산임대소득금액의 산정에 있어 필요경비로 기 공제신고한 2006년 13,695천원, 2007년 14,940천원, 합계 28,635천원 중 상각한도액을 초과하여 공제한 3,735천원을 제외한 쟁점감가상각비를 소득세법 제97조 제2항 규정에 의거 취득가액에서 차감한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 쟁점 2)와 관련하여 소득세법 제97조 제3항 에서는 거주자의 양도차익을 산정할 때 양도자산의 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 실지거래가액에서 차감한 가액을 취득가액으로 하도록 규정하고 있고, 청구인은 2006년 회계연도 중 쟁점건물을 취득하여 정액법에 의하여 내용연수(40년) 동안 감가상각을 하는 것으로 회계방침을 정하여 2006년 및 2007년 손익계산서에 쟁점건물 관련 감가상각비를 계상하고, 동 금액을 종합소득세 과세표준 확정 시 필요경비에 산입한 사실이 있는바, 비록 청구인이 2007년 과세연도 양도소득세 과세표준 예정신고 시에는 쟁점건물 관련 감가상각비를 실지 거래가액에서 차감하지 아니한 가액으로 신고하였더라도 납세자는 과세표준 예정신고의 오류에 대하여 당해 과세기간 다음 연도 5월 31일까지 확정신고를 할 수 있는 것이므로, 쟁점건물의 양도와 관련된 2007년 과세연도 양도소득세 과세표준 예정신고가 쟁점건물 임대사업소득에 대한 2007년 과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고에 앞선다 하여 쟁점건물 관련 감가상각비를 부동산임대소득금액 산정 시 필요경비로 공제한 확정신고의 내용을 부인하고, 당해 과세연도 감가상각비를 쟁점건물의 취득가액 산정 시 실지 거래가액에서 차감하여서는 아니된다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.