농지대토 감면대상인지 여부

청구인은 2007.2.15. 공매로 취득한 경기도 00시 00면 00리 254 잡종지 3,577㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다)를 2009.7.6. 국토해양부에 양도(수용)하고, 쟁점 토지의 양도가 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상이라 하여 처분청에 양도 소득세 감면신청하였다 [청구인은 대토농지로 2008.11.18. 경기도 00시 00면 00리 343-1 田 2,049㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하였다]. 처분청은 청구인의 쟁점토지 경작기간(보유기간)이 3년 미만에 해당하여 농지 대토에 대한 양도소득세 감면대상이 아니라 하여 청구인의 감면신청을 배제하고 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2010.12.1. 이건 2009년 과세연도 양도소득세 23,009,650원을 청구인에게 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.27. 이의신청을 거쳐 2011.3.3. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점토지는 청구인의 의사에 반하여 수용이라는 형식으로 국토해양부에 소유권이 이전된 것뿐으로, 청구인은 쟁점토지를 2007.2.15. 취득하여 현재까지 계속하여 점유하며 경작하고 있고, 쟁점토지에 대한 소유권 이전시기 및 보상 금과 관련하여 소송이 진행(서울고등법원2011누00) 중에 있으므로 쟁점토지는 양도된 것이 아니다. 따라서, 청구인이 쟁점토지를 양도한 것으로 보고 쟁점토지 경작기간이 3년 미만이라 하여, 청구인의 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 배제한 이건 처분은 부당하다.

청구인은 쟁점토지를 2007.2.15. 취득하여 2009.7.6. 양도(수용)하여 그 보유기간이 3년 미만에 해당한다. 따라서, 쟁점토지의 양도는 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상이 아니므로 청구인의 양도소득세 감면신청을 배제하고 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 과세한 이건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이건의 쟁점은 쟁점토지의 양도가 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】

① 제4조제1항제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상 으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(상속세 및 증여세법제47조제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날

○ 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지 처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제한다.

② 제1항에 따라 양도하거나 취득하는 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령으로 정하는 토지의 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것

⑧ 법 제70조제3항의 규정에 따라 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 1) 쟁점토지에 대한 “공매처분에 의한 소유권이전 등기촉탁서” 및 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 2007.2.15. 공매로 취득하여 2009.7.6. 국토 해양부에 양도(한탄강 홍수조절댐 건설사업으로 2009.6.30. 수용)한 것으로 나타 난다.

2. 청구인은 이건 양도소득세 감면신청 시 2010.5.27. 작성한 소명서를 제출하였는데, 그 내용은 다음과 같다. ‘ 청구인은 쟁점토지를 2007.2.15 취득하여 농작물을 재배하였으나 2009.7.6 한탄강 홍수조절지 댐 건설사업에 편입되어 한국수자원공사에서 쟁점토지에 대하여 청구인과 충분한 협의 없이 자신들이 정한 금원을 공탁하고 강제수용이라는 방식으로 소유권이전등기를 집행하였으며, 이에 다툼이 있어 소유권이전 시기 및 그 대금과 관련하여 행정소송을 진행하고 있다. 쟁점토지에 대하여 경작행위를 계속 하고 있고 첨부된 대토농지의 등기부등본과 농지원부, 경작사실증명서로 농지대토 요건을 충족한다.’

3. 2007.5.9. 최초 작성된 청구인에 대한 농지원부를 보면, 청구인은 쟁점토 지에 관상수를 자경하였고, 대토농지에는 두류를 자경한 것으로 나타나며, 농지 소재지 농지관리위원 갑은 청구인이 2007.4.1.부터 2010.5.26. 현재까지 쟁점 토지를 자경하였다고 확인하였다.

4. 청구인은 쟁점토지에 대한 소유권 이전시기 및 보상 금과 관련하여 소송을 제기하여 현재 서울고등법원에서 소송이 진행 중인 것으로 확인된다(서울고등법원2011누00).

• 라. 판 단 이상의 사실관계 및 관련 법령을 바탕으로 이건 처분이 정당한지를 살펴본다. 소득세법시행령 제162조 제1항 7호 의 규정을 보면, 공익사업을 위하여 수용되는 경우의 양도 시기는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일, 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날로 규정하고 있다. 쟁점토지의 경우, 비록 양도시기 등과 관련하여 이건 심리일 현재 소송이 진행 중에 있다고는 하나 쟁점토지에 대한 소유권이전등기가 2009.7.6. 접수되어 등기가 경료 되었고, 당해 소유권이전 등기가 원인무효의 판결로 무효가 된 것도 아닌 이상, 쟁점토지의 양도일은 소유권이전등기접수일인 2009.7.6.이 된다고 봄이 상당하다고 판단된다. 따라서, 2007.2.15. 취득하여 2009.7.6. 양도된 쟁점토지에 대한 청구인의 경작 기간은 3년 미만이 되는 것이어서, 청구인이 쟁점토지 소재지에 거주하면서 쟁점토지를 점유하며 현재까지 자경하고 있는 것과는 상관없이, 쟁점토지의 양도는 농지대토에 대한 양도소득세 감면 요건인 3년 이상 경작요건이 미비하여 당해 감면은 적용할 수 없다 할 것이므로, 청구인의 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 배제하고 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 과세한 이건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.