쟁점주택이 1세대 1주택 예외규정 소정의 보유주택 수에서 제외되는 신축주택인지

• 가. 청구인은 2000.5.25. 취득한 00시 000구 00동4가 30-1번지 000현대5차아파트 512-901호(이하 “양도주택”이라 한다)를 2005.3.5. 청구외 류00에게 양도하고 2009.5.31. 양도소득세 기한후 과세표준신고서를 제출하면서 1세대1주택 비과세 양도소득으로 신고하였다. 그러나 당초 청구인은 妻 전00(이하 “전00”이라 한다)이 2003.1.1. 보유한 00광역시 00구 00동 00리 1094-1소재 신축 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 따른 1세대 1주택 비과세 판정시 거주자의 소유주택에서 제외되는 것으로 판단하였다.
• 나. 이에 대하여 처분청은 쟁점주택은 미등기주택으로써 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택에 해당하지 않으므로 1세대 2주택으로 보아 2005년 과세연도 양도소득세 62,863,760원을 2010.8.15. 경정․고지하였으나 2010.10.25. 이의신청을 거쳐 2011.1.26. 심사청구를 제기하였다.

• 가. 주택의 신축 및 농지전용 불허사유에 대하여 청구인의 처는 1999.9.17. 노후생활을 대비하여 00시 00군 00면 00리 1094-1 전 2,592㎡를 취득하였는데 지상에 쟁점주택을 신축하기 위해 2001년4월에 00군청 친환경농업과에 농지전용허가를 신청하였다가 서류미비로 불가통지를 받은 후 2001년 5월에 재신청하여 허가를 받아 신축을 시작하였다. 그러나 골조공사가 완료된 2001년 12월에 현장에 출장나온 공무원이 당초 허가와 다르게 시공되었다는 사유로 변경신청을 요구하여 2001년 12월에 변경허가를 신청한 바 허가불가라는 통지를 받았다. 이는 청구인의 처가 신축한 쟁점주택은 면적이 179.48㎡(약54평)로써 60평 이하의 주택은 건축허가 없이 농지전용 허 가만으로 신축이 가능하여 설계도 없이 지인의 소개로 알게된 업자에게 공사를 맡겼는데 공사업자가 허가지점을 약간 벗어나 시공을 하여 처음 시공시에 발급 되었던 허가가 취소되어 생긴 일이다.
• 나. 준공과 입주 및 미등기사유에 대하여 청구인의 처는 공사가 불허되자 이를 건축사무소에게 맡겼는데 약간의 차이라서 나중에 허가를 받을 수 있다는 말만 믿고 골조공사 후 흉물처럼 방치되던 쟁점주택을 다시 시공하여 2002.12.4. 입주하게 되었고 2003년부터 주택분 재산세가 부과되어 납부하였다. 청구인의 처는 그 후 쟁점주택을 양성화 하기 위하여 수차례 00군청과 건축사무소를 오갔지만 유사한 건축물을 한꺼번에 양성화하는 시기가 있는데 그때까지 기다리라는 답변만 들었으며 신축시 차입한 자금을 상환하기 위해 은행을 찾았지만 미등기상태에서는 융자가 불가능 하였다.
• 다. 감면과 미등기양도자산(제외자산 포함)에 대하여 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하는 신축주택 취득기간내에 신축한 주택으로서 청구인처럼 일반주택을 2007.12.31까지 양도하는 경우 비 과세여부 판정시 쟁점주택을 제외하도록 규정하고 있고 같은법 제129조에서는 “미등기양도자산”에 대해서는 비과세 및 감면규정을 적용하지 않는다”고 명시하고 있다. 또한 소득세법 제104조 제3항 에서는 “미등기양도자산이란 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도 하는 것을 말한다”라고 명시하여 자산을 양도하는 경우에 양도하는 자산의 취득 등기여부에 따라 당해 양도자산의 비과세, 감면배제 여부를 적용하도록 규정하고 있다. 같은법 시행령 제168조 제1항 4호에서는 “건축법에 의한 건축 허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산”은 미등기양도자산에서 제외한 다고 규정하고 있고 관련 예규에서는 “주택이 완공된 후 사용검사를 받지 못한 경우는 미등기양도자산에 해당하지 아니한다(재일 46014-2763, 1995.10.24)”와 “무허가주택을 미등기 상태로 양도한 경우에도 해당주택이 건축법에 의한 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산인 경우에는 미등기양도제외 자산에 해당되어 1세대1주택으로 비과세되는 것이나, 등기가 가능함에도 등기를 하지 않고 양도하는 경우에는 양도소득세가 과세되는 것(재산-564, 2009.3.17)” 이라고 해석하고 있다. 세법의 입법취지상 미등기양도라 함은 부동산 등을 취득한 자가 전매차익을 노려 취득하여 양도한 부동산을 자기명의로 이전하지 않음으로서 등록세, 취득세와 양도소득세를 포탈하는 것을 뜻하며 이러한 경우에 세법상 비과세 및 감면의 혜택을 배제하는 것이다.
• 라. 양도와 보유에 대하여 청구인의 처는 건축허가를 받지 못해 미등기 상태일 뿐이지 쟁점주택을 미등기상태에서 양도한 것은 아니어서 미등기양도자산은 아니므로 신축주택으로써 일반주택 양도시 주택수에서 제외하여야 하고 설령 이를 미등기양도자산으로 (실제는 미등기 상태로 보유중) 간주된다 하더라도 건축허가를 받지 못해 등기를 하지 못한 경우이므로 처분청의 과세처분은 부당한 것이다.

• 가. 청구인은 양도주택 관련 배우자 명의의 미등기 주택을 보유한 사실은 맞으나 소득세법 시행령 제168조 제1항 제4호 에서 “건축법에 의한 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산”은 미등기 자산에서 제외한다고 규정하고 있어 신축주택 감면 대상에 해당되어 주택수에 제외되므로 1세대1주택 비과세 신고는 정당하다고 주장하고 있다. 나. 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항 제2호에서 자기가 건설한 신축주택의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택에 한하여 양도소득세 과세특례가 적용되며, 1세대1주택을 판단함에 있어서 제1항의 규정을 적용받은 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.
• 다. 쟁점주택은 건축물의 사용승인을 받은 사실이 확인되지 않은 미등기 주택으로 조세특례제한법 제129조 의 규정에 따라 같은법 제99조의3의 신축주택감면규정을 적용받을 수 없다 할 것이며, 2003년부터 재산세가 납부된 사실이 확인되고 2005.3.9.부터 현재까지 청구인이 거주(배우자는 2002.12.3.부터 거주)하고 있는 사실과 개별주택가격이 책정(미공시)되어 있는 점 등을 살펴볼때, 등기여부에 상관없이 실질적으로 주택으로 사용되고 있고 이는 1세대2주택의 양도소득에 해당하는 것으로 보아 청구인에게 양도소득세 62,863,760원을 결정고지한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점주택이 1세대 1주택 예외규정 소정의 보유주택 수에서 제외되는 신축주택에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】⇒ 2005.08.04. 법률 7678호로 개정되기 전의 것

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 제129조 【양도소득세의 감면배제】 소득세법 제104조제3항 에 따른 미등기양도자산에 대해서는 양도소득세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니한다. 3) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】 ⇒ 2005.12.31. 법률 7837호로 개정되기 전의 것. 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 일세대 일주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 4) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 5) 소득세법 시행령 제168조 【미등기양도제외 자산의 범위 등】 ⇒ 2005.12.31. 법률 19254로 개정되기 전의 것.

① 법 제104조제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

2. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

3. 법 제89조제2호·제4호 및 조세특례제한법 제69조제1항 에 규정하는 토지

4. 법 제89조제3호에 규정하는 1세대1주택으로서 건축법에 의한 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산

6. 서면4팀-1561, 2006.6.2. 거주자가 취득하여 보유하고 있는 신축주택이 미등기자산인 경우에는 조세특례제한법 제129조의 규정에 따라 같은법 제99조의3 제2항의 규정에 의한 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없음 다. 사실관계 1) 청구인의 경우 1세대1주택 감면 세액을 배제하고 경정․고지하였음이 “양도소득세 결정결의서”에 의하여 확인된다. <표1> 양도소득세 결정내역 (단위:원) 구분 당초결정 경정결정 비고 양도가액 457,000,000 실지거래가 취득가액 비 286,745,098 환산거래가 필요경비 과 6,720,000 양도차익 세 163,534,902 장기보유특별공제 16,353,490 양도소득금액 147,181,412 과세표준 144,681,412 산출세액 40,385,308 세율 36% 고지세액 62,863,769 쟁점세액 2) 청구인의 세대별 주택보유현황은 다음과 같다. <표2> 주택보유현황 세대원 주택종류 소재지 취득내역 양도일자 비고 일자 면적(㎡) 전00 단독주택 1094-1 2003.01.01. 179.48 보유 쟁점주택 청구인 아파트 * 4 2000.05.25. 2005.03.05. 양도주택 3) 쟁점주택에 대한 청구인의 처(전00)의 재산세 부과․납부내역은 다음과 같다. <표3> 쟁점주택의 재산세 납부현황 납세의무자 세목 귀속 세액 성 명 주소 전00(처) 00 1094 재산세(건축물) 2003(정기) 103,510 재산세(건축물) 2004(정기) 275,770 재산세(건축물) 2005(수시) 155,300 재산세(주택) 2005(정기) 68,980 재산세(주택) 2006(정기) 60,140 재산세(주택) 2007(정기) 63,140 재산세(주택) 2008(정기) 66,300 재산세(주택) 2009(정기) 55,180 (단위:원) 4) 청구인의 주민등록표 상 주소변경이력은 아래와 같다. <표4> 청구인 및 배우자의 주소변경내역 주 소 전입일 세대주 서울 4가 현대5차아파트 512-901 2000.05.10 청구인 00 1094 2002.12.03. 전00(처) 00 1094 2005.03.09. 청구인 00 1094-1(지번 1094에서 변경) 2010.08.04. 전00(처) 5) 쟁점주택에 대한 건축물대장 및 등기부등본 발급이 불가하여 00군청 (032-930-****)에 사실 확인한 바, 동 지번에서 건축관련 허가나 승인받은 내역이 확인되지 않는다는 회신을 받았으며, 당해 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. 6) 이의신청결정문(서00제2010-0106, 2010.10.25.)상 기각사유인 판단부분의 내용은 다음과 같다. 『 살피건대, 이 사건의 쟁점 핵심은 청구인의 처 전00이 소유하고 있는 쟁점 주택이 1세대 1주택 예외규정 소정의 보유주택 수에서 제외되는 신축주택에 해당하는지 여부에 있는바, 청구인은 쟁점주택이 미등기 주택이라는 이유로 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택에 해당하지 않는다 하여 처분청에서 1세대 2주택의 양도소득에 해당하는 것으로 본 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이를 살펴본다.

○ 우선, 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) (2005.08.04. 법률 7678호로 개정되기 전의 것) 제1항 제2호 및 제2항에서 자기가 건설한 신축주택의 경우 신축주택취득기간 내인 2003.06.30.까지 사용 승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택에 한하여 양도 소득세의 과세특례가 적용되며, 1세대 1주택을 판단 함에 있어 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택 으로 보지 아니한다라고 규정하고 있다.

○ 쟁점주택의 경우, 건축물의 사용승인을 받은 사실이 확인되지 않는 미등기 주택으로서 조세특례제한법 제129조 의 규정에 따라 같은법 제99조의3 신축 주택감면 규정을 적용받을 수 없다 할 것이며, 2003년부터 재산세가 납부된 사실이 확인되고 2005.03.09.부터 현재까지 청구인이 거주하고 있는 점 등을 살펴 볼 때 등기 여부에 상관없이 사실상 주거용으로 사용되어지고 있는 이상 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세 여부를 판단하는 것이 타당하다.

○ 그렇다면, 처분청에서 1세대 2주택의 양도소득에 해당하는 것으로 보아 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 62,863,760원을 결정 고지한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.』

• 라. 판단 청구인은 쟁점주택의 경우 건축허가를 받지 못해 등기가 불가능한 미등기양도자산인 신축주택 으로써 일반주택 양도시 주택수에서 제외하여야 한다고 주장하나 이에 대하여 살펴보면,

○ 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항 제2호에서 자기가 건설한 신축주택의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택에 한하여 양도소득세 과세특례가 적용되며, 1세대1주택을 판단함에 있어서 당해 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있는바, 쟁점주택의 경우 건축허가나 사용승인을 받은 사실이 확인되지 아니하며,

○ 또한 거주자가 취득하여 보유하고 있는 신축주택이 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 미등기자산인 경우라도 조세특례제한법 제129조 (양도소득세의 감면배제)의 규정에 따라 같은법 제99조의3의 규정에 의하여 신축 주택에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없어 거주자의 소유주택으로 보는 것이므로 청구인의 경우는 결국 양도당시 1세대 2주택이 되는 것이다.

○ 따라서 청구인과 그의 처가 쟁점주택의 등기여부와 상관없이 실질적으로 주택으로 사용되고 있는 이상 양도당시 1세대2주택으로써 양도소득세 62,863,760원을 경정고지한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

이 사건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.