수용의 경우 공탁금을 수령하기 전에 소유권이전등기가 먼저 완료된 경우 그 소유권이전등기일이 양도시기가 되는 것임

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 13번지 대지 245㎡(이하 “○○동 13번지 토지”라 한다) 및 같은 동 64-16번지 대지 145㎡(이하 “○○동 64-16번지 토지”라 하고, ○○동 13번지 토지와 함께 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다 2008.1.18. 수용을 원인으로 한국토지공사 및 ○○시도시개발공사(이하 “매수자”라 한다)에 양도한 후 양도소득세를 무신고 하였다.

○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 쟁점토지에 대하여 양도가액은 쟁점토지의 보상금액인 398,268천원(이하 “토지보상금”이라 한다), 취득가액은 환산가액인 84,388천원을 적용하여 2010.8.2. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 81,667,277원을 결정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.10.8. 이의신청을 거쳐 2011.1.12. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점토지는 한국토지공사에서 수용을 원인으로 일방적으로 촉탁등기를 한 것으로 청구인은 한국토지주택공사를 상대로 토지수용에 대한 행정소송을 제기 하여 2010.11.3. 청구기각 판결이 확정되었으므로, 동 2010.11.3.을 양도일로 보아야 하고, 이를 기준으로 취득가액을 환산하여야 한다.
• 나. 쟁점토지의 2007.1월 당시 공시지가(합계)가 359,005천원으로 토지보상금 398,268천원과 비교하여 실차액금이 28,226천원에 불과하며, 2010.11.3.자 양도일 기준으로 취득가액을 환산하여 이를 공제하면 토지보상금에 대하여 초과이득이 전무하므로, 양도소득세 과세는 부당하다.
• 다. 쟁점토지 중 ○○동 64-16번지 토지는 2000.6월경 청구인이 친동생인 청구외 ◉◉◉(이하 “◉◉◉”이라 한다)외 3인으로부터 92,000천원을 지급하고 등기이전 받은 것으로 이는 매도인 대표 ◉◉◉의 사실입증확인서에 의하여 입증되므로, 위 92,000천원을 취득가액으로 인정하여야 하다.
• 라. 쟁점토지 중 ○○동 13번지 토지는 ○○동 64-16번지 토지의 공시지가와 비교하여 47,000원이 상회하므로, 그 취득가액을 160,000천원으로 환산하여 인정하여야 한다.

• 가. 쟁점토지는 2008.1.18. 수용을 원인으로 소유권이전 된바, 토지수용재산에 대하여는 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송을 통하여 변동된 토지보상금을 수령한 경우에도 그 양도 및 취득시기를 소유권이전일과 변동보상금확정일 중 빠른 날로 정하고 있다(국심2007중3957, 2008.4.24 및 서면5팀-906, 2006.11.21, 국심2007중 4071, 2008.2.22 등 같은 뜻). 따라서 현재 보상금에 대하여 행정소송 중이더라도 양도시기는 그보다 빠른 소유권이전일이 되므로 쟁점토지는 2008.1.18. 양도된 것으로 보아야 한다.
• 나. 쟁점토지에 대하여 한국토지주택공사에 수용가액 조회결과 행정소송에 따른 증액 후 최종 토지수용가액을 398,268천원으로 회신하고 있으며, 수용확인원 상에도 물건내역에 토지만 기재되어 있을 뿐 지장물에 대한 보상내역이 없다.
• 다. 청구인은 쟁점토지 중 ○○동 64-16번지 토지에 대하여 그 취득가액이 92,000천원이라고 주장하나, 이를 입증할 수 있는 계약서 또는 대금증빙자료는 전혀 제시하지 못하고 있는바, 청구인이 제출한 확인서만으로는 청구인이 주장하는 금액을 취득가액으로 볼 수 없다.
• 라. 또한 청구인은 ○○동 64-16번지 토지의 취득가액 92,000천원을 기준으로 공시지가로 환산하여 ○○동 13번지 토지의 취득가액을 160,000천원으로 환산계산하여야 한다고 주장하나, 이는 세법에 근거가 없는 주장이므로 타당하지 아니하다.
• 마. 양도소득세는 양도물건의 양도가액에서 취득가액을 차감한 양도차익에 대하여 과세하는 것이며, 청구인의 주장처럼 양도 당시 부동산을 공시지가로 계산한 평가액과 양도가액과의 차이(청구인이 주장하는 ‘초과이득’)에 대하여 과세하는 것이 아닌바, 당초 쟁점토지의 취득가액 결정은 실제취득가액을 확인할 수 없어 소득세법 시행령 제176조의2 규정에 의하여 환산가액을 적용한 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 쟁점은 쟁점토지의 양도시기 판단의 적정여부 및 청구주장의 취득가액 인정여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날 (2010.2.18. 신설) 3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 4) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

⑤ 제94조제1항제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "확정신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 확정신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제57조제4항 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 5) 소득세법 시행령 제176조의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조제1항 및 동조제2항제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항제1호의 × 취득당시의 기준시가 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가 (제164조제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조제1항에 따른 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

• 다. 사실관계 소재지 지목 면적 취득일자 양도일자 양도원인 매수자

○○ ○ ○○ 13 대지 245㎡ 1974.12.11 2008.01.18 수용 한국토지공사 외1

○○ ○ ○○ 64-16 대지 145㎡ 2000.06.30 2008.01.18 수용 한국토지공사 외1

1. 쟁점토지에 대한 토지등기부등본에 의하면, 쟁점토지의 소유권이전내역이 다음과 같이 나타난다.

2. 청구인이 제출한 한국토지주택공사 ◇◇직할사업단장 발행의 2010.6.28.자 쟁점토지에 대한 수용확인원 사본에 의하면, 쟁점토지는 ‘○○◇◇도시 개발사업’에 편입되어 2007.12.28. 한국토지공사와 보상액 387,231천원을 협의하였음을 확인하는 내용이 나타나며, 보상토지내역에는 아래와 같이 쟁점토지 외 지장물보상에 대한 내역이 기재되어 있 지 아니하다. 소재지 공부면적 편입면적 지분면적 보상금액

○○ ○ ○○ 13 245㎡ 245㎡ 245㎡ 243,260,500

○○ ○ ○○ 64-16 145㎡ 145㎡ 145㎡ 143,970,500

3. 한국토지주택공사 발신의 처분청에 대한 2010.6.7.자 ‘보상(수용)가액 확인요청에 대한 회신’ 공문 사본에 의하면, 쟁점토지에 대한 보상가액이 아래와 같이 398,268천원(행정소송 증액분 포함)으로 나타난다. 납세자 보상물건 지목 수용재결금액 이의재결금액 행정소송증액분 청구인

○○ ○ ○○ 13 대 243,260,500 248,981,250 250,194,000

○○

○ ○○ 64-16 대 143,970,500 147,356,250 148,074,000 (단위: 원)

4. 청구인에 대한 양도소득세 결정결의서에 의하면, 처분청은 쟁점토지에 대하여 양도가액은 한국토지주택공사로부터 회신 받은 보상(수용)가액 398,268천원, 취득가액은 취득당시 기준시가를 기준으로 하여 환산 한 환산가액 84,388천원을 적용하여 2010.8.2. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 81,667천원을 결정․고지한 것으로 나타난다.

5. 청구인은

○○동 64-16번지 토지 의 취득가액을 입증할 수 있는 계약서 또는 대금지급 관련 증빙자료를 제출하지 아니하였다.

• 라. 판 단

1. 청구인은 토지수용에 대한 행정소송을 제기하여 2010.11.3. 판결이 확정되었으므로, 2010.11.3.을 양도일로 보아야 하고, 이를 기준으로 취득가액을 환산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어 적용하는 양도시기 및 취득시기는 원칙적으로 잔금청산일과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날로 하도록 규정되어 있는바, 토지가 수용되는 경우 보상금이 공탁되어 공탁금을 수령한 경우 공탁일을 양도시기로 보는 것이나, 공탁금을 수령하기 전에 소유권이전등기가 먼저 완료된 경우 그 소유 권이전등기일이 양도시기가 되며, 이의신청이나 행정소송으로 변동보상금을 수령하는 경우에는 당해 변동보상금 확정일(재결확정일이나 판결확정일)과 소유권이전등기일 중 빠른 날이 양도시기에 해당된다(국심2007중 4071, 2008.2.22 등 같은 뜻). 위 사실관계에 의하면, 청구인이 주장하는 쟁점토지에 대한 토지수용 관련 행정소송의 판결확정일(2010.11.3.)에 앞서 2008.1.18. 쟁점토지에 대하여 수용을 원인으로 하는 소유권이전등기가 경료된 사실이 확인되므로, 동 소유권이전등기일인 2008.1.18.을 쟁점토지의 양도시기로 봄이 타당하다.

2. 한편 청구인은 양도 당시 공시지가로 계산한 평가액과 양도가액의 차액에 2010.11.3. 을 양도일로 한 환산취득가액을 공제하면 토지보상금에 대하여 초과이득이 전무 하므로 이 건 양도소득세 과세는 부당하다고 주장하나, 소득세법 제95조 제1항 에 의하면, ‘양도소득금액은 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 공제한 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.’고 규정되어 있는바, 양도소득세는 양도물건의 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 공제한 양도차익에 대하여 과세하는 것이며, 청구주장처럼 양도 당시 공시지가로 계산한 평가액과 양도가액의 차액에 취득가액을 공제한 이른바 ‘초과이득’을 대상으로 과세하는 것이 아니므로, 이 부분 청구주장은 타당하지 아니하다.

3. 청구인은 쟁점토지 중 ○○동 64-16번지 토지는 2000.6월경 92,000천원을 지급하고 등기이전 받은 것으로 위 92,000천원을 취득가액으로 인정하여야 하고, ○○동 13번지 토지는 ○○동 64-16번지 토지의 공시지가와 비교하여 47,000원이 상회하므로, 그 취득가액을 160,000천원으로 환산하여 인정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 소득세법 제114조 제7항 에 의하면, ‘장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.’고 규정되어 있다. 위 사실관계에 의하면, 청구인은 쟁점토지 중

○○동 64-16번지 토지를 92,000천원에 취득하였다고 주장하면서도 이를 객관적으로 입증할 수 있는 계약서나 대금지급증빙을 제출하지 아니하였고, 기타 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액을 인정할 수 있는 증빙도 확인되지 아니한다. 또한 청구인은

○○동 13번지 토지의 취득가액을 160,000천원으로 환산하여 인정하여야 한다고 주장하나, 이에 대한 명확한 계산근거를 제시하고 있지 아니하다. 따라서 이 부분 청구주장은 이를 뒷받침할 수 있는 객관적인 증빙이 없으므로 받아들이기 어렵다.

4. 결국, 위와 같이 사실관계 및 관계법령을 종합하여 보면, 청구주장은 모두 이유가 없으므로, 처분청이 쟁점토지의 소유권이전등기일을 양도일로 보고, 한국토지주택공사로부터 회신 받은 보상(수용)가액 을 양도가액으로 하며, 취득가액은 환산가액을 적용하여 청구인에게 양도소득세 를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.