주식교환계약서에 따라 교환가액이 확정된 경우 실지거래가액인지 여부

• 가. 청구인은 2005.10.1. 비상장주식((주)○○, 이하 “쟁점주식”이라 한다) 4만주를 1주당 2,500원에 취득하고 2006.7.12. 주당 5,105원에 양도한 후 양도소득세 10,067,900원을 2010.4.7. 기한 후 신고하였으나 무납부 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 기한 후 신고 무납부에 대하여 가산세를 더하여 양도 소득세 14,862,230원을 2010.11.30. 납부기한으로 청구인에게 결정고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.7. 이의신청을 거쳐 2010.12.16. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청의 이의신청 결정내용과 같이 쟁점주식이 포괄적 교환에 의한 양도로서 당초 과세가 정당하다면 쟁점주식의 양도가액은 소득세법 기본통칙 97-1 [토지 등 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 자산의 취득가액] 규정에 의거 교환대상 코스닥상장주식 (주)@@의 교환(양도) 당시 기준시가이여야 하므로 소득세법 제99조 제1항 3호 규정에 의거 양도일 전후 1개월 종가 평균액인 189,563,310원(46,910주×4,041원)을 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 양도가액 산정내역 구분 비상장주식 양도내역 비고 법인명 주식수 양도단가 양도가액 신고 및 결정 (주)○○ 40,000 5,105 204,200,000 착오신고 심사청구 (주)@@ 46,910 4,041 189,563,310 교환대가로 받은 합병법인 주식 기준시가

소득세법 제94조 및 같은 법 제96조에 따라 비상장주식의 양도가액은 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의하는 것이고, 교환거래의 경우 교환계약 당사자간에 합리적인 방법에 의하여 교환목적물의 가액을 평가 및 주식교환비율을 산정하고 교환하는 것이므로 약정한 교환목적물의 평가가액을 양도가액으로 보는 것이 타당하므로(조심2009서2300, 2009.12.21) 쟁점양도가액을 평가액인 204,200,000원으로 결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 기한 후 신고 무납부에 대하여 결정고지한 경우 불복청구 대상으로 보아 교환비율 산정을 위한 평가액이 실지거래가액에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 2) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

② 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

1. 제89조제1항제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우 3) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조제2항, 제97조제1항제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

3. 제94조제1항제3호 가목의 규정에 의한 주식등 상속세및증여세법 제63조제1항제1호 가목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동 종목중 "평가기준일 이전·이후 각 2월"은 각각 "양도일·취득일 이전 1월"로 본다.

4. 제94조제1항제3호 나목의 규정에 의한 주식등 중 대통령령이 정하는 것 상속세및증여세법 제63조제1항제1호 나목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동목에서 준용하는 동호 가목의 규정중 "평가기준일 이전·이후 각 2월"은 각각 "양도일·취득일 이전 1월"로 본다.

5. 제94조제1항제3호 나목의 규정에 의한 주식 등 중 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 것과 제94조제1항제3호 다목의 규정에 의한 주식 등 상속세및증여세법 제63조제1항제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하되, 장부분실 등으로 인하여 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다. 4) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조제1항제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "확정신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 확정신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제57조제4항 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다. 5) 소득세법 시행령 제176조 의2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우 6) 상법 제360조 의2 【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립 】

① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.

② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다. 7) 상법 제360조 의3 【주식교환계약서의 작성과 주주총회의 승인】

① 주식교환을 하고자 하는 회사는 주식교환계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다.

② 제1항의 승인결의는 제434조의 규정에 의하여야 한다.

③ 주식교환계약서에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

1. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환으로 인하여 정관을 변경하는 경우에는 그 규정

2. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 총수·종류와 종류별 주식의 수 및 완전자회사가 되는 회사의 주주에 대한 신주의 배정에 관한 사항

3. 완전모회사가 되는 회사의 증가할 자본의 액과 자본준비금에 관한 사항

4. 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 지급할 금액을 정한 때에는 그 규정

5. 각 회사가 제1항의 결의를 할 주주총회의 기일

7. 각 회사가 주식교환을 할 날까지 이익을 배당하거나 제462조의3의 규정에 의하여 금전으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액

8. 제360조의6의 규정에 의하여 회사가 자기의 주식을 이전하는 경우에는 이전할 주식의 총수·종류 및 종류별 주식의 수

9. 완전모회사가 되는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호 8) 소득세법 기본통칙 97-1【토지등을 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 자산의 취득가액계산】 토지 등을 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 토지 등의 취득가액은 다음과 같이 계산한다.

1. 교환으로 인하여 양도하는 자산의 양도가액은 교환당시 그 양도자산의 기준시가 또는 실지거래가액

2. 교환으로 인하여 새로이 취득하는 자산의 취득가액은 교환당시 그 취득자산의 기준시가 또는 실지거래가액

• 다. 사실관계

1. 청구인은 2005.10.1. 비상장주식((주)○○, 쟁점주식) 4만주를 1주당 2,500원에 취득하고 2006.7.12. 주당 5,105원에 양도한 후 양도소득세 10,067,900원을 2010.4.7. 아래와 같이 기한 후 신고하였으나 무납부함에 따라 처분청은 가산세를 더하여 2010.11.5. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 14,862,230원을 경정고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (단위: 천원) 양 도 취 득 양도 차익 납부할 세액 납부 여부 신고일 일자 주식수 가액 일자 주식수 가액 2006.7.12 4만주 204,200 2005.10.1 4만주 100,000 103,179 10,067 무납부 2010.4.7

2. 쟁점주식과 코스닥상장주식(@@)과의 포괄적 주식교환계약에 따라 아래와 같이 교환하였으나 이에 대한 당사자간의 다툼은 없다.

• 가) 평가계약일자: 2006.4.10.
• 나) 의견서 작성일: 2006.4.13.
• 다) 평가회사: **회계법인
• 라) 코스닥상장법인과 비상장법인(쟁점주식)이 포괄적주식교환을 실시함에 있어서 2006.4.13. 이사회 결의를 거쳐 금융감독위원회에 주식교환신고서를 제출하였고, 평가인은 증권거래법 제190조의2 및 동법시행령 제84조의7, 동법시행규칙 제36조의12, 유가증권의발행과공시등에관한규정 제82조 및 동규정 시행세칙 제5조 내지 제9조에 근거하여 코스닥상장법인 1주당 4,353원, 비상장법인 쟁점주식 1주당 5,105원으로 평가하였고 주식교환비율 1:1.17275이 적정한 것으로 기재되어 있다.
• 라. 판단 위와 같은 관련법령과 사실관계 조사내용을 종합해 보면, 청구인이 기한 후 신고에 대한 양도소득세를 납부하지 아니함에 따라 처분청은 이건 양도소득세를 결정고지 하였는바, 청구인이 주식교환에 따른 양도가액의 산정은 소득세법 기본통칙 97-1 [토지 등 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 자산의 취득가액] 규정에 의거 교환대상 코스닥상장주식 (주)@@의 교환(양도) 당시 기준시가로 산정하는 것이 타당하다고 주장하고 있으나, 비상장주식의 양도가액은 소득세법 제96조 의 규정에 따라 실지거래가액에 의하는 것으로써 완전모회사와 완전자회사가 주식을 교환하는 경우 상법 제360조 의 2 제1항에 의한 주식교환계약서에 표시된 실지거래가액에 의하는 것이며, 다만 주식교환계약서에 표시된 실지거래가액이 소득세법시행령 제176조 의 2 규정에 해당하여 실지거래가액으로 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 소득세법 제114조 5항 의 규정에 의하여 산정하는 것(서면4팀-1640, 2006.6.8. 외 다수)인바, 이건의 경우 교환비율 산정의 기초가 된 외부평가액이 평가시 중요사항에 문제점이 없어 쌍방간에 다툼이 없으므로 교환계약 시 외부회계법인이 적정하게 평가한 쟁점주식의 1주당 가액 5,105원을 실지 양도가액으로 결정한 처분청의 당초 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.