쟁점토지 양도 당시 법인으로 보는 단체에 해당하는 것으로 볼수 있는지

청구교회는 ○○남도 ○○시 ○○동 404번지에 소재한 교회로서, 2001.3.21.○○남도 ○○시 ○○동 404-1번지 전 1,314㎡(이하 “쟁점부동산①”이라 한다)를 청구교회의 담임목사인 청구외 정○○(이하 “정○○”이라 한다) 명의로 취득한 후, 2008.1.25. 공공용지협의취득을 원인으로 그 소유권을 ○○시에 이전하고 2008년 과세연도 양도소득세 확정신고를 하지 아니하였다. 처분청이 쟁점부동산①의 소유권 이전과 관련하여 2010.7.28. 정○○을 납세의무자로 하여 2008년 과세연도 양도소득세 74,964,403원에 대한 과세예고를 하자 정○○은 쟁점부동산①은 청구교회 소유의 부동산으로서 청구교회는 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 법인으로 보는 단체에 해당함을 주장하며 양도소득세 부과처분의 부당함을 주장하였다. 처분청은 과세쟁점자문위원회에서 청구교회는 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니한다고 그 주장을 불채택 함에 따라 거주자 정○○을 납세의무자로 하여 2008년 과세연도 양도소득세 74,964,403원을 부과처분 하였다가, 정○○이 이에 불복하여 2010.10.6. 국세심사청구를 하자 직권시정하여 정○○에게 부과된 양도소득세를 결정취소하고, 거주자로 보는 종교단체로 등록된 청구교회를 쟁점부동산①의 양도자로 보아 2010.12.5. 2008년 과세연도 양도소득세 73,598,107원 및 농어촌특별세 1,366,296원 합계 74,964,403원을 부과처분함과 아울러, 쟁점부동산①과 같이 정○○ 명의로 취득한 ○○남도 ○○시 ○○동 416-8 전 407㎡ 및 같은 동 424-7 전 58㎡ 면적합계 465㎡(이하 “쟁점부동산②”라 하며, 쟁점부동산① 및 ②를 통칭할 때는 “쟁점부동산들”이라 한다.)를 공공용지 협의취득을 원인으로 2007.5.1. ○○시에 양도하고 관련 양도소득세를 무신고 한 사실을 확인하고 청구교회를 납세의무자로 하여 2010.12.5. 2007년 과세연도 양도소득세 26,536,963원 및 농어촌특별세 492,845원 합계 27,029,808원을 부과처분하였다. 청구교회는 이에 불복하여 2010. 12. 29. 이 건 심사청구 제기하였다.

• 가. 청구교회는 ○○시청에 종교단체로 등록된 대한예수교장로회(□□)○○노회에 소속된 교회로서 1999.1.6. 결성되어 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 당연히 법인으로 보는 단체에 해당하며,
• 나. 쟁점부동산①의 양도와 관련된 양도소득세 부과처분 사실을 인지하고 난 후에야 청구교회가 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하였음에도 세무공무원의 착오에 의하여 거주자로 보는 종교단체로 등록된 사실을 확인하고 해당 단체의 결성일을 1999.1.1.로 하여 2009.6.29. 처분청에 법인으로 보는 단체로 재차 승인 신청을 하여 2009.7.16. 승인을 받았으며,
• 다. 법인으로 승인을 받는 경우 세제상의 혜택이 있음을 알면서도 거주자로 보는 단체로 등록할 이유가 없다 할 것이므로 처분청의 착오로 거주자로 보는 단체로 등록되었음에도 청구교회에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 라. 또한, 청구교회는 쟁점부동산들이 공부상 ‘전’으로 등록되어 있어 청구교회 명의가 아닌 거주자인 정○○ 명의로 쟁점부동산을 취득하였으나 실제는 도로부지로 선정된 토지에 해당하여 청구교회 명의 종교시설이 완공되기 전까지 쟁점부동산① 지상에 건축된 창고시설을 청구교회의 예배장소로 사용하였으며, 2002년부터 현재의 교회 위치로 이전하면서 인근 △△아파트 주민들의 주차난을 알고 이웃주민들에게 무료로 개방하는 등 영리목적을 위하여 사용한 사실이 없고,
• 마. 쟁점부동산들의 양도에 따른 보상금은 전액 종교시설 건축공사비로 지출한 사실이 관련 영수증을 통해 확인되며, 세법상 교회는 자산의 양도소득에 대한 납세의무가 없다고 규정되어 있음에도 이 건 양도소득세를 부과처분함은 위법하다.

• 가. 청구교회는 국세기본법 제13조 에서 정한 법인으로 보는 단체에 해당하므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 청구교회가 소속된 청구외 대한예수교장로회는 주무관청으로부터 설립을 허가받은 비영리법인에 해당하나,
• 나. 청구교회는 청구외 대한예수교장로회에 소속된 교회일 뿐 쟁점부동산들을 양도할 당시 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사실이 없으며,
• 다. 청구교회가 쟁점부동산①의 양도 후 처분청에 법인으로 보는 단체의 승인 신청을 하여 그 승인을 받았다 할지라도, 쟁점부동산들의 양도당시에는 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하므로 청구교회를 소득세법상 거주자 1인으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산 양도 당시 청구교회를 법인으로 보는 단체에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. (이하생략) 2) 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 승인․신청 등】

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 내에 신청인에게 통지하여야 한다. (이하생략) 3) 국세기본법 시행규칙 제5조 의 2【법인으로 보는 단체의 신청·승인등】

① 영 제8조제1항에 규정하는 법인으로 보는 단체의 승인신청은 별지 제6호서식의 법인으로 보는 단체의 승인신청서에 의한다. (이하 생략) 4) 소득세법 제2조 【납세의무】

① 다음 각 호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 "거주자"라 한다)

2. 거주자가 아닌 자(이하 "비거주자"라 한다)로서 국내원천소득이 있는 개인 (생략)

③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중국세기본법제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. 5) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득

3. 대통령령이 정하는 1세대1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 6) 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】

⑤ 사업장소재지 또는 법인으로 보는 단체 외의 사단·재단이나 그 밖의 단체의 소재지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 고유번호를 부여할 수 있다.

1. 종합소득이 있는 자로서 사업자가 아닌 자

2. 비영리민간단체 지원법에 따라 등록된 단체 등 과세자료의 효율적처리 및 소득공제 사후검증 등을 위하여 필요하다고 인정되는 자

• 다. 사실관계

1. 청구교회는 ○○남도 ○○시 ○○동 404번지에 소재한 교회로서 쟁점부동산들의 양도 당시의 담임 목사는 정○○인 것으로 나타난다.

2. 쟁점부동산 등기부등본 및 제세 신고상황에 의하면, 쟁점부동산①은 정○○이 2001.3.16. 매매를 원인으로 2001.3.21. 소유권 이전 등기 후 2008.1.25. 공공용지 협의취득을 원인으로 ○○시에 그 소유권을 이전한 것으로 나타나고, 쟁점부동산②중 ○○남도 ○○시 ○○동 416-8번지 전 407㎡는 쟁점부동산①과 같은 날에 취득하여 2007.5.1. 공공용지 협의취득을 원인으로 ○○시에, 쟁점부동산② 중 같은 동 424-7번지 전 58㎡는 2005.3.29. 매매를 원인으로 취득하여 2007.5.1 공공용지 협의취득을 원인으로 ○○시에 그 소유권을 이전한 것으로 나타나며 정○○ 및 청구교회 명의로 쟁점부동산들의 소유권 이전과 관련하여 양도소득세 확정신고를 한 사실은 없는 것으로 확인된다.

3. 국세청 전산정보자료에 의하면, 청구교회는 1999.1.6. 1999.1.3.을 개업일로, 사업장 소재지를 ○○남도 ○○시 신안동 30-8번지를 소재지로 하여 고유번호 부여를 신청하여 거주자로 보는 종교단체로서 고유번호(△△△-89-0****)를 부여받았다가, 2009.12.29.에 폐업일을 개업일자와 동일자로 하여 폐업신고한 것으로 나타나고,

4. 2009.6.29. 교회 결성일을 1999.1.1.로 하여 법인으로 보는 단체로 승인 신청하여 2009.7.16. 그 승인을 받아 고유번호증(△△△-82-6****)을 교부받은 사실이 관련 신청 서류 및 처분청의 승인 여부 통지서 등을 통해 확인되나,

5. 당초 1999.1.6. 고유번호 신청 당시 국세기본법 제13조 및 같은 법 시행규칙 제5조의 2에서 정한 『법인으로 보는 단체의 승인신청서』를 관할 세무서장에게 제출하였는지 여부는 확인되지 아니하며, 그 신청일 현재 법인으로 보는 단체의 승인신청서와 거주자로 보는 종교단체의 고유번호 부여 신청 서류는 다른 것으로 확인된다.

6. 이 건 양도소득세 부과처분과 관련하여 처분청이 제시한 제 서류를 살펴보면 다음과 같다.

① 처분청의 2010.7.8.자 과세쟁점자문신청서에 의하면, 쟁점부동산①의 소유권 이전과 관련하여 청구교회의 전 담임목사인 정○○이 쟁점부동산①은 거주자인 정○○의 소유가 아닌 청구교회 소유 토지로서 1999.1.6. 사업자등록 신청 시 담당 공무원의 착오로 청구교회가 거주자로 보는 종교단체로 등록되었으나, 청구교회는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 법인으로 보는 단체에 해당하므로 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장함에 따라 과세쟁점자문을 신청한 것으로 나타나고,

② 2010.7.22. 과세쟁점자문위원회 의결결과에 의하면, ㉮ 청구교회는 주무관청으로부터 설립을 허가받은 비영리법인인 대한예수교장로회에 소속된 교회일 뿐 쟁점부동산 양도 당시 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사실이 없으며, 국세기본법 제18조 규정에 따라 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 관할 세무서장에게 제출한 사실도 없으므로 법인으로 보는 단체에 해당된다고 볼 수 없고, ㉯ 쟁점부동산① 양도 당시 청구교회는 정○○을 대표자로 하여 거주자로 보는 종교단체로 등록이 되어 있고, 쟁점부동산①은 정○○ 명의로 취득등기가 이루어져 있으며, 쟁점부동산①의 양도대금을 정○○이 수령한 사실이 확인되므로 청구교회를 양도자로 보아 양도소득세를 과세하는 것이 정당하다고 판단한 것으로 나타난다. ㉰ 처분청은 위 과세쟁점자문위원회 의결을 거쳐 정○○을 쟁점부동산①의 양도에 따른 납세의무자로 보아 2007.4.13.자 ○○시장의 보상협의공문(도로과-4188, 2007.4.13) 및 그 첨부서류에 의하여 확인되는 보상가액 400백만원을 양도가액으로, 취득가액은 환산취득가액으로 하여 양도차익을 산정하여 2010.7.28. 2008년 과세연도 양도소득세 74,964,403원을 부과처분 하였다가 정○○이 해당 부과처분이 부당하다 주장하며 국세심사청구를 제기하자 직권시정하여 2010.12.5. 청구교회를 납세의무자로 하여 이 건 양도소득세를 부과처분한 사실이 해당 결의서 등을 통해 확인된다.

8. 2007.4.13.자 ○○시장 보상협의 공문 및 관련 부동산 등기부등본에 의하면, △△□□아파트주변도시계획도로 개설공사에 편입된 토지 현황은 다음과 같다. (단위: ㎡, 원) 소유자 부동산소재지 보상 내역 보 상 금 비 고 지목 편입 면적 단 가 총 액 정○○

○○동 424-7 전 58 345,000 20,010,000 05.3.29.취득 07.5.1.양도 07.4.30.보상금 수령 10.12.5. 청구교회를 납세의무자로 하여 양도소득세 26백만원 고지

○○동 416-8 전 407 345,000 140,415,000 01.3.21.취득

○○동 404-1 전 1,314 305,000 400,770,000 01.3.21.취득 08.1.25.양도 08.2.4. 보상금 수령

9. 청구교회가 이 건 부과처분이 부당함을 주장하며 제시한 서류는 다음과 같으며, 청구교회가 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체에 해당하는지 여부를 확인할 수 있는 서류는 제시된 바 없다.

• 가) 청구교회의 1999.1.1.자 정관 기재내용은 다음과 같다.

① 제1조 본 교회는 대한예수교 장로회(○○파) ○○△△△△교회라 칭한다.

② 제2조 본 교회는 ○○시 ○○동 404번지에 소재한다.

③ 제8조 본 교회는 처리기관으로 당회를 두며 당회는 목사와 장로로 구성되어 예배를 관장하며 직원 임명과 성례집행 및 부동산을 관리하고 교회를 전체적으로 지도 감독한다.

④ 제11조 제직회는 교회의 기본 재산인 부동산 관리(교회재산의 매입, 매각, 양도, 근저당 설정) 및 교회 재정관리, 교회 봉사를 그 직무로 한다.

⑤ 제12조 공동회의는 회원전체 회의로 목사청빙과 직원선택 및 교회재산 처리와 예산수립 및 집행을 담당한다.

• 나) 청구교회의 월별 운영위원회 회의록 기재사항은 다음과 같다.

① 2001.2.25. 2월 운영위원회 회의록에 의하면, “○○동 도로계획선 옆 땅을 18,000만원에 구입키로 하다.”라고 기록되어 있고,

② 2001.3.25. 3월 운영위원회 회의록에 의하면, 교회 부지 구입비용으로 197백만원이 소요되고, 해당 비용은 부지 대출 70백만원, 교회재정 20백만원, 기타 개인 차입금으로 충당키로 정○○이 제안한 것으로 나타난다.

• 다) 청구교회가 제시한 장부 기재내역에 의하면,

① 2001.4.4. 토지 취득대금으로 197백만원을 지급한 것으로 확인되고, 매월 위 개인 차입금에 대한 이자를 지급한 것으로 나타나나,

② 쟁점부동산들의 양도와 관련하여 보상금의 수취 및 채무 상환에 대하여는 장부에 기재하지 아니한 것으로 나타난다.

• 라) 정○○ 명의로 등기된 쟁점부동산들의 공공용지 협의취득에 따른 보상금액의 사용에 대하여 청구교회가 제시한 제 서류는 다음과 같다.

① 2007.4.18. 임시 제직회의록에 의하면, “시청에서 지급하는 163백만원의 보상금(쟁점부동산②의 공공용지협의취득에 따른 보상금)을 지급받자”는 안건 및 “보상 금액 중 60백만원은 농협에 상환하자는 안건”이 가결된 것으로 나타나고,

② 2008.2.17. 제직회의록에 의하면, 쟁점부동산①의 양도와 관련하여 “건축재정(토지보상 2차분 400백만원)을 성전 건축비로 전액 지출”하였다고 기재되어 있으며, 이에 대한 증거서류로서 2007.4.11.자 민간건설공사 표준도급계약서 및 2008년 2월 경에 해당 공사대금 514백만원을 수령하였다는 청구외 △△종합건설(주)의 확인서를 제출하였다.

③ 2008.2.16. 현재의 교회 재정보고서에는 쟁점부동산①의 양도에 따른 보상금을 금융기관 및 개인의 차입금 상환 및 공사비 및 자산구매에 사용하였다고 기재되어 있다.

10. 당심에서 청구교회가 소속된 대한예수교장로회(□□)총회에 대하여 해당 교단의 운영 등에 대하여 조회한 결과 당 총회에서 회신한 답변내용 및 총회헌법 등 제 자료에 의해 확인되는 사항은 다음과 같다.

• 가) 교단의 조직

① 총회헌법에 의하면, 대한예수교장로회(□□)총회는 총회와 노회 및 개체교회로 그 조직을 구분할 수 있고, 해당 교단 및 개별교회는 목사와 장로가 회원이 되는 치리회라는 조직을 구성하여 사무를 처리하는 것으로 보이며, 치리회는 당회, 노회, 총회로 구분되고,

② 당회는 개체 교회의 목사와 장로로 구성하며, 노회는 각기 다른 개별교회의 목사 5인 이상과 당회 5개처 이상에서 파송한 장로로 조직되고, 총회는 최고 치리회로서 각 노회에서 파송한 목사로 조직되는 것으로 나타난다.

• 나) 교회의 설립 및 교단의 가입 총회헌법에 의하면, 개별 교회는 해당 지역 노회의 허락을 얻어 설립되며, 교단의 가입 또한 노회의 허락을 얻어야 가능한 것으로 나타난다.
• 다) 재산의 구분 및 관리

① 개체교회, 노회 및 총회의 재산은 부동산과 치리회의 결의에 따라 기본재산으로 정하는 기본재산과 그 이외 보통재산으로 구분하며

② 개체교회가 조성⋅증여받은 재산 등은 그 개체교회 운영에 사용하며, 노회의 재산은 노회가 조성한 재산 및 개체교회가 신탁한 재산 등으로 구분하여 노회 운영에 사용하고, 총회의 재산은 총회가 조성한 재산 및 노회 또는 개체교회가 신탁한 재산 등으로 구분하여 총회 운영에 사용하며,

③ 개체교회, 노회 및 총회 기본재산 중 부동산은 대한예수교장로회총회 유지재단에 편입⋅보존함을 원칙으로 한다.

④ 개체교회는 당회 및 공동의회 결의를 통해 기본재산을 취득․관리하고, 총회유지재단의 승인을 얻어 그 재산을 재단에 편입할 수 있으며, 총회유지재단에 신탁된 재산은 유지재단 이사회가 선히 관리하여야 하며, 재단은 신탁된 재산에 대하여 신탁주의 청원없이는 어떠한 처분 결의도 할 수 없으며, 개체교회는 신탁한 재산을 당회 결의를 통해 관리하는 것으로 총회헌법에 규정되어 있다.

• 라) 청구교회의 교단 가입 및 재산 운영 등에 대한 총회의 의견

① 해당 교단의 총회는 법인으로 설립등기 된 바 없이 총회의 재산과 개체교회 및 노회 등으로부터 신탁받는 기본재산 등의 관리를 위하여 대한예수교장로회(□□)총회 유지재단을 설립하여 개체교회 등의 재산을 관리하고 있으며,

② 교단의 운영과 관련하여 개체교회의 기본재산은 동 재단에 편입⋅보존함을 원칙으로 하나 재산의 재단에의 편입을 위해서는 개체교회의 당회와 공동의회의 결의에 의하여야 하는 것으로 개체교회의 재산을 동 재단에 편입할 것을 강제하지는 않으며, 재단에 편입되지 아니한 개체 교회의 재산은 재단의 재산이 아니며,

③ 청구교회는 대한예수교장로회(□□)총회에 소속되어 있지만 그 재산은 대한예수교장로회(□□)총회 유지재단에 편입되어 있지 아니하다.

• 마) 대한예수교장로회(□□)총회 유지재단의 정관

① 설립목적: 총회산하 재산을 보호하며 육영사업과 의료구호사업 및 사회사업을 통한 복음전파

② 목적사업 ㉮ 육영사업(신학교, 성경학교, 유치원․유아원 경영) ㉯ 의료구호사업(복음병원, 진료소 경영) ㉰ 사회복지사업: 노인복지사업, 여성복지시설 운영 등 ㉱ 출판 및 인쇄사업

• 바) 위와 같은 총회 및 유지재단의 운영에 대한 공문 회신자는 위와 더불어 대한예수교장로회(□□)총회는 법인으로 설립등기한 사실 및 세법에서 정한 법인으로 보는 단체로서 등록된 바도 없으며, 오로지 대한예수교장로회(□□)총회 유지재단만이 재단법인으로 설립등기되어 비영리법인으로 사업자등록을 하여 납세의무를 이행하고 있다고 답변하였으며 국세청 전산정보에도 동 재단만이 비영리법인으로 등기되어 사업자등록한 사실이 확인된다.
• 라. 판단 국세기본법 제13조 제1항 에서는 법인이 아닌 사단, 재단, 기타의 단체로서 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록된 단체 및 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단에 대하여 법인으로 보는 단체로 정하고 있고, 같은 법 제13조 제2항에서는 위 법 소정의 단체외의 사단, 재단, 기타의 단체로서 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하여 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립 소유․관리하고 그 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 단체의 경우 그 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청을 하여 승인을 받은 경우에 한하여 법인으로 보도록 규정하고 있는바, 청구교회가 이에 해당하는지 여부를 살펴보면, 청구교회는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록된 사단, 재단 기타 단체임을 입증할 서류의 제시가 없어 위 법 제13조 제1항 제1호에서 정한 법인으로 보는 단체라고 보기 어렵고, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지고 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 각 교회활동의 목점범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용․수익할 수 있다고 할 것(대법원 1999.9.7. 선고 97누 17261판결 같은 뜻)이므로 청구교회는 위 법 제13조 제1항 제2호에서 정한 법인으로 보는 단체에도 해당하지 아니한다 할 것이다. 또한 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법상 재단으로 설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것(서면인터넷방문상담5팀-3083, 2007.11.26.등 같은 뜻임)인바, 청구교회가 속한 대한예수교장로회(□□)총회는 법인 또는 세법상 법인으로 보는 단체로 등기․등록된바 없고, 동 총회는 소속 교회 및 총회 등의 기본재산을 보존⋅관리하기 이하여 대한예수교장로회(□□)총회 유지재단을 설립하여 각 개체교회 등의 기본재산을 동 재단에 신탁하여 편입⋅보존하도록 하고 있으나, 소속 교회의 재산을 동 재단에 편입하도록 강제하지 아니한 점, 재단에 편입된 재산 또한 재단 자신의 재산이 아니라 개체교회들로부터 신탁받은 재산으로 선량한 관리자로서 주의의무를 다하여 관리하는 점, 재단에 기본재산을 신탁하였다고 하더라도 개체교회가 신탁한 재산을 개체교회의 당회결의를 통해 관리하여 개체교회의 운영에 사용하는 점, 청구교회는 동 재단에 쟁점부동산들을 포함한 기본재산을 편입한 사실이 없는 점, 해당 교단 총회는 법인으로 등기⋅등록된 사실이 없는 점으로 보아 청구교회가 대한예수교장로회(□□)총회에 소속되었다 하여 청구교회를 동 총회 및 재단의 지점법인 또는 법인으로 보는 단체로도 보기 어렵다고 판단된다. 따라서, 처분청이 거주자로 보는 종교단체로서 고유번호를 부여받은 청구교회를 1거주자로 보아 청구교회가 쟁점부동산들을 양도하고 관련 양도소득세를 무신고한 것으로 판단하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.