쟁점토지가 비사업용토지에 해당하는지

○○세무서장이 2010.10.25. 한 청구인의 2009과세년도 양도소득세 경정청구거부처분은 이를 취소합니다.

청구인은 1978.10.2. 취득한 도 시 **동 495-93 785㎡를 2009.11.4. 양도하였으며, 쟁점토지는 2009.8.17. 농지에서 주유소용지로 지목이 변경된 토지로, 청구인은 당초 양도소득세 신고시에는 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 않고 양도소득세 81,973,818원을 예정신고․납부하였다. 이후 2010.8.25. 청구인은 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하지 않는다고 주장하며, 장기보유특별공제를 적용하여 관련 양도소득세를 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 처분청은 2010.10.25. 이건 경정청구에 대한 거부통지를 하였다. 이에 청구인은 2010.12.6. 이건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 2007.5.14. 쟁점토지 매매계약을 체결하고 매매잔금일인 2009.11.4. 이전인 2007.12.31. 매매대금 356백만원의 99.04%에 해당하는 352,600천원을 지급받았으므로 2007.12.31.을 양도시점으로 봄이 타당하고, 이때를 양도시점으로 본다면 청구인은 농지인 토지를 2009.12.31.이전에 양도한 것이어서 장기보유특별공제를 적용할 수 있으므로, 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분청의 통지는 부당하다.
• 나. 또 2009.11.4.을 쟁점토지 양도일로 보더라도, 청구인은 쟁점토지를 2009.12.31. 이전에 양도한 것이고, 쟁점토지는 매매계약시에는 농지였다가, 양도일 이전에 매매계약조건에 의해 매수자가 형질을 주유소용지로 변경한 것이므로 매매계약일 현재인 2007.5.14.을 기준으로 형질을 판단하여야 하고, 이러하다면 청구인은 1978.10.2. 쟁점토지를 취득하여 2006.12.31. 이전에 20년 이상 보유한 농지를 양도한 것이므로 청구인의 쟁점토지 양도는 장기보유특별공제 대상으로 봄이 타당하다.
• 다. 이와 같이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당한바, 이를 취소하여 주기 바란다.

청구인은 2009.11.4. 쟁점토지를 양도한 후 2010.1.28. 양도소득세 81,973천원을 신고·납부한 이후 실질적인 잔금청산일을 2007.12.31.로 보아 장기보유특별공제를 적용하여줄 것을 주장하나, 잔금청산일을 언제로 볼 것인지에 대한 판단은 당해 매매계약서 상의 계약조건, 수수상황, 거래 당시의 정황, 당해 부동산등기부등본상 근저당 설정에 대한 관계 등을 종합하여 사실판단할 사항이지 단지 산술적으로 매매대금의 대부분을 지급받았다는 사실만으로 잔금청산일을 2007.12.31.로 보는 것을 소득세법 시행령 제162조 의 【양도 또는 취득의 시기】를 유추·확장 해석한 것이므로 청구인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 4) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 5) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다. <개정 2007.12.31, 2008.12.26>

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법 또는 관계법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제182조제1항제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황·관계법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다 5) 소득세법시행령 제168조 의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

③ 법 제104조의3제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. <개정 2006.2.9 부칙, 2008.2.29 부칙, 2008.10.7 부칙>

2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

• 다. 사실관계

1. 쟁점토지 매매계약서, 등기부등본 등에서 확인되는 청구인의 쟁점토지 양도과정은 다음과 같다.

• 가) 2007.5.14. 청구인-곽(대리인 이)간에 쟁점토지 매매계약 체결하였다.

(1) 계약서에 기재된 매매가액은 356백만원, 계약금은 35백만원, 중도금 302,600천원(2007.8.13. 이전에 지급 조건), 잔금일부 15백만원(2007.12.31. 지급 조건), 잔금 3,400천원(2009.11.31. 지급 조건)이다.

(2) 이건 매매계약서는 중개업자 없는 계약서로, 특약사항에 “매도인(청구인)은 중도금을 지급받음과 동시에 매수자측으로 하여금 액화석유가스 자동차충전소 부지로 사용할 수 있도록 토지 사용승낙서를 교부하며 매수자측에서 토지형질 변경을 하여 위 액화석유가스충전소를 설치하도록 이에 필요한 인허가 신청 등에 적극 협력하기로 한다”라는 내용이 확인된다.

(3) 청구인은 이건 심사청구시 청구인이 매매계약시 35백만원, 2007.7.30. 302,600천원, 2007.12.31. 잔금 일부 15백만원을 영수하였다는 내용으로 발행된 영수증과 2009.11.4. 매수인 곽이 청구인의 은행계좌로 잔금으로 3,400천원을 송금한 확인증을 제출하였다.

• 나) 쟁점토지의 형질은 2009.8.14. 전에서 주유소 용지로 지목이 변경된 사실이 토지 대장 등에서 확인된다. 청구인은, 2007.7.31. 청구인이 토지사용자 신**(쟁점토지 위 건물 건축주)가 쟁점토지를 액화석유가스 자동차 충전소 부지로 사용함을 승낙한다는 내용으로 작성된 토지사용승낙서를 제출하였다.
• 다) 쟁점토지의 소유권이전등기는 2007.5.14. 매매를 원인으로 2010.1.5. 접수되었다.

2. 청구인이 제출한 일반건축물대장 등기부등본에 의하면 쟁점토지상의 1층 일반철골구조 자동차용액화석유가스충전소의 소유권이 2009.9.1. 쟁점토지 매수인 곽**에게 이전된 것으로 나타나며, 이건 건물의 허가일은 2008.8.29., 사용승인일은 2009.8.4.이다.

• 라. 판단 이상의 사실관계와 법령에 비추어 청구주장을 살펴본다. 우선 청구인은 쟁점토지 양도일을 매매대금의 99.04%가 지급된 2007.12.31.로 보아 쟁점토지의 양도에 대해 장기보유특별공제를 인정하여 줄 것을 주장하나, 쟁점토지 양도일을 잔금청산일인 2009.11.4.로 보더라도, 매매계약일인 2007.5.14. 매매계약 당시 형질이 농지였던 쟁점토지를 매매하기로 하고, 이후 쟁점토지는 매매계약조건에 의해 2009.8.14. 주유소용지로 형질이 변경되어 2009.11.4. 양도된 된 것이므로, 이러한 경우 쟁점토지 매매계약일인 2007.5.14.을 기준으로 쟁점토지의 형질을 판단함이 타당한바, 이를 기준으로 본다면 쟁점토지는 농지이고, 청구인은 1978.10.2. 쟁점토지를 매수하여 2006.12.31. 이전에 20년 이상 보유였던바, 쟁점토지는 비사업용토지로 보지 않는 소득세법시행령 제168조 의14 제3항 제2호의 “2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지”에 해당한다. 따라서 처분청에서 쟁점토지 양도일을 기준으로 쟁점토지의 지목을 판단하여, 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아, 쟁점토지 양도소득세 결정시 장기보유특별공제를 적용하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.