청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득 세 감면규정의 적용을 배제한 처분의 당부

• 가. 청구인은

○○도 ○○시 ○○구 ○○동 96번지 전 536㎡ 및 같은 동 98번지 전 730 ㎡ 총 2필지(이하 “쟁점농지”라 한다)를 1990.1.8. 매매를 원인으로 취득하여 2009.8.31. 공공용지의 협의취득을 원인으로 대한주택공사 에 401,420,660원에 양도하고, 2009.11.2. 양도소득세 예정신고시 산출세 액 78,191,396원에 대하여 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 신청하였다.

• 나. 처분청은 청구인이 쟁점농지를 자경하지 않은 것으로 보아 위 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고 2010.7.14. 청구인에게 2009과세연 도 양도소득세 78,918,575원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.23. 이의신청을 거쳐 2010.11.29. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 쟁점농지를 취득한 1990년부터 2000년까지 총 11년간 쟁점농지에서 비교적 경작하기 쉬운 들깨를 직접 경작하다가 고혈압 등 건강상 원인으로 경작이 어려워짐에 따라 2001년부터 양도일까지 청구외 임●●(이하 “임●●”이라 한다)로 하여금 쟁점농지를 대리경작하게 한바, 동 대리경작기간을 제외하고 청구인이 8년 이상 자경하였음은 대리경작자인 임●●, ○○동 농지위원 청구외 김◎◎(이하 “김◎◎”이라 한다), ○○동 19통장 청구외 이◆◆(이하 “이◆◆”이라 한다)이 연명하여 작성한 ‘경작사실증명서’에 의해 확인된다.
• 나. 청구인이 당초 예정신고시 제출한 ‘경작사실확인서’는 청구인이 세법에 무지하여 청구인과 임●●의 실제 경작기간을 각 구분하여 기재하지 아니하고, 확인서 양식대로 기재하여 이◆◆과 김◎◎에게 확인받아 제출한 것이고, 대한주택공사에 제출된 ‘농업손실보상합의서’의 경우도 해당 양식에 총 보유기간 동안의 실제 경작자를 구분하여 기재하는 칸이 없었으며, 농업손실보상은 수용 당시 실제 농사를 지었던 사람이 보상을 받는 것이라는 생각에 아무런 생각 없이 청구인의 며느리 청구외 이◈◈이 청구인을 대리하여 실경작자를 임●●로 기재하여 제출하였던 것인바, 만일 합의서 양식이 그러하지 아니하였다면 청구인은 사실대로 총 보유기간 중 실제 경작자를 구분하여 기재하였을 것이다.
• 다. 쟁점농지는 청구인의 주소지와 약간 거리(5.8㎞, 도보로 약 40분, 시내버스로 20분 정도의 거리임)가 있어 청구인은 주로 손이 많이 안가는 들깨를 재 배하였고, 들깨는 전년도 수확한 종자로 직접 모종을 만들어서 심었으며, 농약은 쓰지 않았기에 영농사실을 입증할만한 증빙서류는 보관하지 있지 않은바(한편 약 380평으로 그다지 크지 않은 면적에 농약을 안 쓴 관계로 소출도 많지 않아 산출된 농산물인 약 9PET병 정도의 들기름은 판매를 하지 않고 자가소비 및 주변 친지들과 나누어 먹었음), 설령 농약과 비료, 종자 등을 구입해서 농사를 지었다 하더라도 10년이 지난 지금까지 그 영수증을 보관할 것을 기대하는 것은 현실적으로 무리이므로, 처분청이 영농증빙서류가 없다 하여 청구인의 자경사실을 부인하는 것은 부당하며, 청구인은 너무 억울하다.
• 라. 처분청은 2010.4.7. 현지확인시 확보한 농지위원 김◎◎의 사실확인서에 청구인이 경작한 내용이 기재되어 있지 않다고 주장하나, 이는 청구인이 방앗간을 2002년부터 운영한 사실을 잘 모르고 김◎◎이 확인하여 준 것으로, 김◎◎은 2010.9.27. 자신의 착각에 따른 진술오류를 시인하고 종전 확인내용을 번복하는 내용의 사실확인서를 제출하고 있다.
• 마. 한편 처분청이 확보하여 제출한 2010.4.9.자 임●●의 확인서에는 청구인이 주장하는 바대로 임●●이 쟁점농지의 양도일 전 10여년 전부터 쟁점농지를 대리경작하였다고 진술한 것으로 나타난다.
• 바. 청구인은 쟁점농지의 자경기간 중 다른 소득이 없었고, 2002년부터 방앗간을 운영하게 되면서 임●●로 하여금 대리경작을 하게 하였던 것인바, 청구인이 쟁점농지를 1990년에 취득하고도 임●●의 대리경작 전까지 11년간 쟁점농지에서 농사를 짓지 않았다고 한다면 도대체 무엇을 하였다는 것인지 반문하고 싶다.
• 사. 위와 같이 청구인은 1990년부터 2000년까지 총 11년간 쟁점농지에서 자경하였음에도, 처분청이 대한주택공사에 제출된 농업손실보상합의서에 경작자가 청구인이 아닌 임●●로 기재되어 있고, 10년 전 자경사실을 입증할만한 증빙서류가 없다 하여 청구인의 8년 자경사실을 부인하고 양도소득세를 과세하는 것은 부당하므로, 이 건 처분은 취소되어야 한다.

현지확인 당시 김◎◎과 임●●로부터 징취한 사실확인서, 한국주택토지공사 ○○사업본부에 제출된 농업손실보상합의서, 경작사실증명서 및 각서 등에 의하여 임●●이 쟁점농지를 대리경작한 것으로 확인되었고, 청구인은 자경사실을 입증할만한 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있으므로, 청구인이 쟁점농지를 자경하지 않은 것으로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이 건의 쟁점은 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보 아 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 구 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】(2010.12.27. 개정되기 전의 것)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[비과세·감면 및 소액부징수(소액불징수) 대상을 포함한다]이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑬ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점농지에 대한 등기부등본 및 청구인과 대한주택공사 사이에 체결된 2009.8.31.자 용지매매계약서 사본에 의하면, 청구인은 쟁점농지를 1990.1.8. 취득하여 2009.8.31. 공공용지의 협의취득을 원인으로 대한주택공사 에 401,420,660원에 양도한 사실이 나타난다.

2. 2009.10.31. 청구인의 세무대리인이 처분청에 제출한 쟁점농지에 대한 양도소득세 예정신고서의 내역은 다음과 같이 나타난다. ◈ 양도자산 소재지: ○○ ○○ 96번지 외 1필지 토지 1,266㎡ ◈ 양도가액: 401,420,660원 ◈ 양도일자: 2009. 8. 31. ◈ 취득가액: 20,372,890원 ◈ 취득일자: 1990. 1. 08. ◈ 양도차익: 380,434,270원 ◈ 장기보유특별공제: 114,130,281원 ◈ 양도소득금액: 266,303,989원 ◈ 감면소득금액: 266,303,989원 ◈ 감면세액(8년 자경농지): 78,191,396원

3. 처분청의 작성의 ‘8년 이상 자경농지 현지확인 복명서’에 의하면, 쟁점농지의 양도와 관련하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건 중 다른 요건은 충족하나, ‘현지확인 결과 양도물건의 실경작자가 임●●로 확인되어 감면신고 부인하고 78백만원 고지결정코저 한다.’는 내용이 나타난다.

4. 청구인의 주민등록표 등본(2010.5.3. ○○시 ◎◎구 ◎◎동장 발행)에 의하면, 쟁점농지를 취득하기 이전인 1989.2.2부터 양도일까지 청구인은 쟁점농지 소재지인 ○○도 ○○시 ◎◎동 261-10번지 ◎◎연립 202호에 거주한 사실이 나타난다.

5. 인터넷 검색포털사이트인 다음(지도 자동차 경로) 검색결과에 의하면, 청구인의 주소지에서 쟁점농지까지의 거리는 6.1㎞인 것으로 나타난다.

6. 청구인의 아들 청구외 이◇◇의 가족관계증명서(2010.5.3. ○○시 ○○구청장 발행)에 의하면, 가족관계의 내역이 다음과 같이 나타난다. 성명 이호 청구인 이◈◈ 이기 이*혜 관계 부 모 배우자 자녀 자녀

7. 국세통합전산망 조회에 의하면, 청구인이 쟁점농지를 자경하였다고 주장하는 1990년∼2000년 기간 중 청구인의 소득내역은 나타나 있지 아니하며, 이후 청구인의 쟁점농지 보유기간 중 소득내역은 다음과 같이 나타난다. 과세연도 상호 (사업자등록번호) 사업장 개업일 수입금액 2002 ☆☆방앗간 (--)

○○도 ○○시 ◎◎구 ◎◎동 33-3 2002.3.26 (계속사업) 7,200 2003 17,500 2004 16,500 2005 17,400 2006 8,500 2007 16,900 2008 15,500 2009 17,700 (단위: 천원) 소재지 지 목 면적 소유자 재배 작물 재배 면적 영농자 (영농구분) 영농보상비

○○시 ○○동 96 전 536㎡ 배▣▣ 깨 536㎡ 임●● (임차농) 1,515,780원

○○시 ○○동 98 전 730㎡ 배▣▣ 콩 730㎡ 2,064,410원

8. 쟁점농지에 대한 영농보상비 산정내역서에 의하면, 영농보상비 내역이 다음과 같이 나타난다.

9. 쟁점농지에 대한 자경여부와 관련하여 청구인이 양도소득세 예정신고시 제출한 각 확인서의 내역은 다음과 같다. 구분 서식명 작성일 확인자 확인내용 1 경작사실확인서 2009.10.26 이◆◆(통장) 김◎◎(농지위원) 쟁점농지의 표시 관련 소유자란에 청구인, 경작자란에 임●● 의 각 주민등록번호(-1) 및 주소가 기재되어 있고, 경작기간은 1990년～2009년임을 확인하는 내용이 나타남 2 경작사실증명서 2010.04.21 이◆◆(통장) 김◎◎(농지위원) 임●●(경작자) 쟁점농지의 소유자인 청구인이 1990.1.8.～2000년까지 11년간 자경 하고 임●●이 2001년～2009년까지 경작한 사실을 확인함 3 확인서 2010.04.21 임●● 쟁점농지의 소유자인 청구인이 1990.1.8. ～ 2000년까지 자경 하고 임●●이 2001년 ～2009년까지 경작한 사실을 확인함 4 농기계 작업 확인서 2010.05.03 임●● 쟁점농지에 청구인이 1990년～2000년까지 들깨를 재배 하도록 매년 5월～6월에 밭고랑을 만드는 작업시 약간의 실비용을 받고 실시함

10. 쟁점농지의 수용(공공용지의 협의취득)에 따른 농업손실보상과 관련하여 청구인이 대한주택공사에 제출한 각 확인서 등의 내역은 다음과 같다. 구분 서식명 작성일 확인자 확인내용 1 경작사실 확인서 2009.12.4 임●● 경작기간은 기재되어 있지 않고 쟁점농지 및 쟁점농지와 같은동 76-3 답 2,519㎡를 임●●이 경작 2 농업손실 보상합의서 2009.12.4 배▣▣ 임●● 쟁점농지의 소유자는 청구인이나 실제 경작자는 임●● 이며, 농업손실보상금을 임●●이 수령하는 것에 대해 합의함 3 각서 2009.12.4 임●● 실경작자로서 쟁점농지 및 쟁점농지와 같은 동 76-3 답 2,519㎡에 대한 농업손실보상금 10,703천원을 수령함을 확약함 11) 청구인이 제출한 소명서(8년 자경)에 의하면, 대한주택공사에 제출 한 경작사실확인서와 농업손실보상합의서는 각각 청구인의 아들(이◇◇)과 청구인의 며느리(이◈◈)가 아무 생각 없이 작성하여 제출한 것이고, 이후 청구인의 아들과 임●●이 대한주택공사 담당자를 찾아가 경작기간 정정을 요청하였으나, 영농손실보상이 완료되어 정정하지 못하였다는 주장이 나타난다. 구분 서식명 작성일 확인자 확인내용 1 사실확인서 2010.4.7 김◎◎ (농지위원) 청구인은 방앗간을 운영하면서 쟁점농지 중 ○○ ○○ ○○ 96번지 전 536㎡를 임●●에게 위탁 하여 경작한 사실을 있음을 확인함 2 사실확인서 2010.4.9 임●● 쟁점농지에 대해 임●●이 10여년 전부터 임대료를 지급하지 않고 농지관리 를 하여준 사실이 있음을 확인함

12. 쟁점농지에 대한 자경여부와 관련하여 처분청이 현지확인시 확보한 확인서의 내역은 다음과 같다.

13. 청구인은 위 확인서 외에 농자재 구입영수증 등 자경사실을 인정할만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

• 라. 판 단 조세특례제한법 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조에 의하면, 8년 이상 농지가 소재하는 시·군·구 또는 이와 연접한 시·군·구 안의 지역에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상이 되는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 감면하도록 규정되어 있는바, 이 때 양도한 토지를 8년 이상 직접 경작한 사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 하고, 양도한 토지가 8년 이상 농지로 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니다(대법원94누996, 1994.10.21. 같은 뜻). 위 사실관계에 의하면, 청구인은 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였다는 점을 입증하기 위하여 청구외 이◆◆, 김◎◎, 임●● 각 작성의 사실확인서 외에 농자재 구입영수증 등 자경사실을 인정할만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는바, 청구인이 제출한 각 확인서를 살펴보면, 쟁점농지 소재지 통장 이◆◆ 및 농지위원 김◎◎이 작성한 2009.10.26.자 경작사실확인서에는 청구인의 쟁점농지 보유기간(1990년～2009년) 동안 임●●이 쟁점농지를 대리 경작한 것으로 기재되어 있으나, 위 이◆◆, 김◎◎ 및 임●●이 작성한 2010.4.21.자 경작사실증명서, 임●●이 작성한 2010.4.21.자 확인서 및 2010.5.3.자 농기계작업확인서에는 청구인이 쟁점농지를 1990.1.8.～2000년까지 8년 이상 자경한 것으로 기재되어 있어 사인 간에 임의로 작성된 확인서의 증거가치는 별론으로 하더라도 청구인의 자경사실에 대한 확인내용에 서로 일관성이 없어 신빙성이 부족한 것으로 보인다. 한편 쟁점농지의 수용(공공용지의 협의취득)에 따른 농업손실보상과 관련하여 청구인이 대한주택공사에 제출한 각 확인서 등의 내역을 살펴보면, 경작기간이 별도로 명시되어 있지 아니한 채 임●●이 쟁점농지의 실경작자로서 쟁점농지에 대한 농업손실보상금을 수령한 내용만이 기재되어 있으며, 쟁점농지의 영농보상비 산정내역서에는 영농자(경작자)가 임●●로 기재되어 있다. 또한 쟁점농지에 대한 자경여부와 관련하여 처분청이 현지확인시 확보한 확인서를 살펴보면, 농지위원 김◎◎이 작성한 2010.4.7.자 확인서 및 임●●이 작성한 2010.4.9.자 확인서에는 쟁점농지를 양도하기 10여년 전부터 임●●이 쟁점농지를 대리 경작한 내용이 기재되어 있을 뿐 청구인이 쟁점농지를 직접 경작한 사실은 확인되지 않고 있다. 따라서 청구인이 제시한 증거자료만으로는 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였다고 인정하기 어려우며, 달리 자 경사실을 인정할만한 객관적이고도 구체적인 증거자료도 없다 할 것이므로, 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였다고 볼 수 없 어 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.