양도소득세부과처분취소

청구인은 폐기물처리업 및 재생업을 영위하는 청구외 AA산업주식회사(이하 ‘청구외법인’이라 한다)의 1인 주주이자 대표이사로서 2008.1.7. 청구인이 보유하고 있던 청구외법인의 주식 50,000주(지분100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다.)를 청구외 BB산업(주)에게 30억원에 양도하고 이를 2008.9. 소득세법 제118조의5 제1항 제2호 의 중소기업 주식양도로 보아 10% 세율을 적용하여 양도소득세신고후 223,425,000원을 자진납부하였다.

○○지방국세청 감사관의 ○○세무서에 대한 교차감사시 청구외법인이 기부체납예정자산이라며 장부상 토지계정에서 제외한 ○○시 C구 DD동 20번지외 14필지(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 가액을 장부상 토지가액에 합산하면 청구외법인 자산총액 중 부동산 비율이 50%가 넘어 쟁점주식이 소득세법시행령 제158조 제1항 에서 규정한 주식(이하 “특정주식”이라 한다)에 해당하므로 특정주식의 양도시에는 소득세법 제55조 제1항 에 따른 누진세율을 적용하여야 하나 처분청이 청구인의 신고내용을 시인한 결과 2008년 과세연도 양도소득세 706,783,800원이 부족징수되었다는 지적에 따라 처분청이 2010.8.11. 양도소득세 736,420,990원을 경정·고지하자 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 기부채납 예정토지는 대차대조표상 자산으로 표시되어 있기는 하지만 청구외법인이 조만간 기부채납을 해야 토지로서 현재까지도 기부채납이 완료된 것은 아니나 사실상 아무런 가치가 없는 것은 분명하므로 특정자산을 평가함에 있어서는 이를 제외하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다 할 것이다. 나. 특정자산가액 산정시 위 기부체납예정자산을 제외하면 청구외법인의 자산총액에서 특정자산이 차지하는 비율은 42.1%에 불과하므로 누진세율을 적용하여 산정한 이 사건 과세처분은 위법하므로 그 범위에 해당하는 과세처분은 취소되어야 한다.

• 가. 쟁점부동산이 기부체납예정자신인지 여부 1)

○○○○ 시가 청구인이 대표로 있는 AA산업(주)에게 통보한 산업단지 개발사업 실시계획변경승인서(2007.12.21)에 의하면, “폐기물 처리시설 부지 조성 승인조건 관련 사업지구 편입 토지 등에 대 하여는 사전에 그 소유자와 협의하여 매입 완료하고, 사업 준 공시는 사 업부지 분할 등 확정측량을 실시하여 대체수로 (암

• 거) 및 부지는 해당 시설물관리청에 기부채납, 시설물이관 등의 제반조치를 완료하여야 한다”라고 명시되어 있고 당초 도시계획 도로 및 진입도로, 우수BOX 등 산업단지개발사업시설계획 내용을 보면 쟁점부동산은 기부채납예정자산(편입가액 302,807,700원)임이 확인된다.

2. 청구외법인 의 2007년도 귀속 법인세 신고시 제출한 2007.12.31.현재 대차대조표에는 토지 가액이 1,871,263,343원으로 기재 되어 있는 반면, 청구인이 2008.9월 양도소득세 과세표준 및 세액 신고시 제출한 대차대조표상 토지가액은 위 금액에서 쟁점부동산 가액 302,807,700원을 차감한 1,568,455,643원으로 기재되어 있고 쟁점부동산은 무형자산 기타시설 계정과목에 302,807,700원으로 기재된 사실이 확인되는 바, 이는 양도소득세 신고시 자산총액에서 부동산 등이 차지하는 비율을 50% 이내로 조정하기 위하여 고의로 계정과목을 신설하여 기부채납 예정토지를 기타자산으로 분류한 것으로 판단된다.

• 나. 또한 ○○○○ 시 청구외법인의 하치장과 창고의 부지공사와 관 련하여 사업허가승인시 “사업준공후 부지를 측 량하여 진입도로 등을 기부채납하는 조건”으로 승인한 바 있고, 기부채납이 예정된 쟁점부동산은 감사일 현재에도 사업용부 수토지로 사업이 진행 중인 바 사업준공 이후 해당지역 시설물관리청에 기부 채납자산으로 소유권이전시 청구외법인 장부상 토지에 대한 자본적지출로 보아야 할 것으로 판단된다. 따라서 쟁점부동산은 양도일 현재 기부체납이 이행되지 않고 청구법인의 소유로 되어있으므로 청구외법인의 토지가액에 포함하여 부동산 보유비율을 산정한 결과 소득세법시행령 제158조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정한 특정주 식에 해당되므로 소득세법 제55조 제1항 에 따른 누진세율을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다고 판단된다.

• 가. 쟁점 특정주식 해당여부 판정시 기부채납예정토지를 법인의 부동산 등의 가액에서 제 외할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 및 판례․예규 등

○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. <개정 2003.12.30 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙>

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 증권거래법에 의한 코스닥상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식 등

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 사업용고정자산(제1호 및 제2호의 자산을 말한다)과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 영업권이 포함되어 양도된 것으로 인정되는 것과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)
• 나. 이용권·회원권 그 밖에 그 명칭에 관계없이 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 이용할 수 있도록 약정한 단체의 일원이 된 자에게 부여되는 시설물이용권(법인의 주식등을 소유하는 것만으로 시설물을 배타적으로 이용하거나 일반이용자에 비하여 유리한 조건으로 시설물이용권을 부여받게 되는 경우 당해 주식등을 포함한다)
• 다. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산

② 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는 경우에는 제4호의 규정을 적용한다.

○ 소득세법시행령 제158조 【기타 자산의 범위】

① 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. <개정 1995.12.30 부칙, 1996.12.31 부칙, 1998.4.1 부칙, 1998.12.31 부칙, 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙>

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등

• 가. 당해 법인의 자산총액중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인
• 나. 당해 법인의 주식 등의 합계액중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식 등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인

2. 삭제 <1995.12.30 부칙>

3. 삭제 <2003.12.30 부칙>

4. 삭제 <2003.12.30 부칙>

5. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주식등을 양도하는 경우의 당해 주식등

• 가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80이상인 법인
• 나. 체육시설의 설치·이용에 관한 법률에 의한 골프장업·스키장업등 체육시설업 및 관광진흥법에 의한 관광사업중 휴양시설관련업과 부동산업·부동산개발업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 영위하는 법인

② 제1항제1호의 경우 주주 1인과 기타 주주가 주식등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 3년내에 그들이 양도한 주식등을 합산한다. 이 경우 동항 본문 및 각호에 해당하는 여부의 판정은 그들중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간의 초일 현재의 당해 법인의 주식등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.

③ 제1항제1호 가목 및 동항제5호 가목의 규정에 의한 자산총액 및 자산가액은 당해법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의한다. 이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다. <개정 1996.12.31 부칙, 1998.12.31 부칙, 2001.12.31 부칙, 2005.2.19 부칙>

1. 법인세법 시행령 제24조제1항제2호 바목 내지 사목의 규정에 의한 무형고정자산의 금액

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금·금융재산(상속세 및 증여세법 제22조 의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. <개정 1998.12.28 부칙, 1999.12.28 부칙, 2000.12.29 부칙, 2001.12.31 부칙, 2003.12.30 부칙, 2004.12.31 부칙, 2005.12.31 부칙>

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 <양도소득과세표준> <세율> 1천만원 이하 과세표준의 100분의 9 1천만원 초과 4천만원 이하 90만원＋1천만원을 초과하는 금액의100분의 18 4천만원 초과 8천만원 이하 630만원＋4천만원을 초과하는 금액의100분의 27 8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만을 초과하는 금액의 100분의 36

2. 제94조제1항제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 양도소득과세표준의 100분의 40 2의2. 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 양도소득과세표준의 100분의 50 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50

4. 제94조제1항제3호의 규정에 의한 자산

• 가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조제6항에서 "중 소기업"이라 한다)외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득과세표준의 100분의 30
• 나. 중소기업의 주식등 양도소득과세표준의 100분의 10
• 다. 가목 및 나목외의 주식등 양도소득과세표준의 100분의 20

⑤ 제1항부터 제4항까지 외에 양도소득산출세액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <신설 2000.12.29 부칙, 2007.12.31 부칙〉

○ 법인세법 시행령 제24조 【감가상각자산의 범위】

① 법 제23조제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산

• 바. 개발비:상업적인 생산 또는 사용전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(산업기술연구조합 육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)
• 사. 사용수익기부자산가액: 금전외의 자산을 국가 또는 지방자치단체, 조 세 특례제한법 제73조 제1항 각호의 규정에 의한 법인 또는 이 영 제36조 제1 항 제1호의 규정에 의한 법인에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으 로부터 수익을 얻는 경우 당해 자산의 장부가액

○ 대법원 2006두 5502, [2008.4.11] 토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데에 소요된 비용을 말하고, 통상 진입도로의 개설은 특별한 사정이 없는 한 그 진입도로에 의하여 이용 편의를 제공받는 토지의 효용가치를 증가시키는 데에 기여한다고 할 것이다. 따라서 토지의 이용 편의를 위하여 당해 토지에 이르는 진입도로를 개설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우, 그 도로로 된 토지의 가액 및 도로개설비용은 당해 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 것으로서 당해 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 할 것이고, 그 소요비용이 특정사업의 면허 또는 사업의 개시 등과 관련하여 지출된 것이라고 하여 달리 볼 것은 아니다.

○ 대법원 1998두 15290, [1999.11.12] 개발사업과 관련하여 도로,배수장,양수장등 부대시설공사비 또한 부지조성공사비와 마찬가지로 당초의 전․답 등을 공장용지로 변경하여 그 가치를 증가시키는 데에 소요된 비용이라 할 것이므로 이는 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당한다.

• 다. 사실관계 1) 청구인이 청구외법인의 지분을 100%(50,000주) 보유하고 있었으며 이를 2008.1.7. 금 30억원에 청구외 BB산업(주)에 양도한 사실에 관하여는 청구인과 처분청간 다툼이 없다. 2) 처분청이 제시한 청구외법인의 2007년 사업연도 법인세신고시 2007.12.31. 대차대조표와 청구인이 양도소득세 신고시에 제출한 결산서의 대차대조표를 살펴보면

□ 자산총계 대비 부동산등 보유비율은 다음과 같다. (단위:천원) 구분 부동산등 기타시설 자산총계 부동산등 보유비율 토지 건물 구축물 2007.12.31 1,871,263 445 110,151 0 3,953,092 50.1% 신고시 1,568,455 445 110,151 302,807 3,987,035 42.1% ※ 청구외법인의 20 07년 사업연도 법인세신고시 2007.12.31. 대차대조표에는 토지계정에 쟁점부 동산을 포함한 사업부지가액이 1,871,263,343원 (공시지가평가)이 계상되어 있었으나 청구인은 쟁점주식의 양도소득세신고를 하면서 위 토지가액에서 쟁점부동산가액 302,807,700원을 기타시설로 분류․계산하여 자산총액 대비 부동산등의 보유비율이 42.1%로 보고 소득세법 제94조 제1항 제4호 및 소득세법시행령 제158조 제1항 제1호 및 가목과 나목에 해당하지 않는 다며 10%세율을 적용하였다.

□ 쟁점부동산의 내역은 다음과 같다 (면적:㎡, 원) 번호 소재지 면적 면적 공시지가 1 DD동 20 1217 248 97,846,800 2 DD동 21 1292 9 89,018,800 3 DD동22-5 1545 43 124,218,000 4 DD동22-6 9 1 738,000 5 DD동42-2 631 493 44,611,700 6 DD동42-3 1488 113 100,440,000 7 DD동 45 2420 921 199,166,000 8 DD동45-1 1733 1647 94,968,400 9 DD동492-4 459.7 53 46,889,400 10 DD동492-6 1631 505 148,421,000 11 DD동492-8 744.1 30 75,898,200 12 DD동 산173-1 256 2 21,427,200 13 DD동 산173-2 145 4 9,990,500 14 DD동 산175-1 121 121 10,127,700 15 DD동 산175-2 231 901 15,915,900 1,079,677,600 3) 처분청이 제시한 2007.12.21. ○○○○시가 청구외법인에게 산업단지개발사업 실시계획변경승인을 공문으로 통보한 내용은 다음과 같다. 가) 사업 개황은 다음과 같다

○ 사업의 명칭: AA산업(주) 폐기물처리시설 부지조성사업

○ 사업시행자

• 주소: ○○○○시 ○구 DD동 490-4번지

• 상호․대표자성명: AA산업(주) 대표 청구인

○ 사업 목적: 폐기물처리시설 부지조성

○ 사업 개요 (단위:㎡) 구분 부지조성(㎡) 기반시설(㎡) 비고 계 공장용지 도로용지 암거 진입도로 암거설치 면적 64,801 52,254 9,997 2,550 252 464

○ 위치: ○○○○시 ○구 DD동 21-1번지 일원

○ 수용․사용할토지: 붙임 토지세목조서 참조

• 나) 승인조건: 사업지구 편입토지 등에 대하여는 사전에 그 소유자와 협의하여 매입완료하고, 사업 준공시는 사업부지 분할 등 확정측량을 실시하여 대체수로(암거) 및 부지는 해당 시설물관리청에 기부채납, 시설물이관 등의 제반조치를 완료하여야 한다.
• 다) ○○○○시의 폐기물처리시설 부지조성산업과 관련된 수용․사용할 토지의 토지세목조서는 도시계획도로, 진입도로, 우수BOX로 나누어지고 청구외법인이 기부채납할 토지의 명세와 공시지가(장부가액)에 의한 평가가액(합계 302,870,700원)은 아래와 같다.

□ 진입도로 (단위:㎡,원) NO 지번 지목 대장면적 편입면적 공시지가 평가금액 비고 1 DD492-8 잡 744.1 30 102,000 3,060,000 2 산175-1 임 121 7(19) 83,700 585,900 3 산175-2 도 231 12 68,900 826,800 계 49 4,472,700

□ 도시계획도로 (단위:㎡,원) NO 지번 지목 대장면적 편입면적 공시지가 평가금액 비고 1 DD 22-5 답 1,545 43 80,400 3,457,200 2 22-6 도 9 1 82,000 82,000 3 42-2 답 631 493 70,700 34,855,100 4 42-3 답 1,488 113 67,500 7,627,500 5 45 공장용지 2,420 921 82,300 75,798,300 6 492-4 잡 459.7 43 102,000 4,386,000 7 산45-1 임 1,733 1,647 54,800 90,255,600 8 산173-1 임 256 2 83,700 167,400 9 산173-2 도 145 4 68,900 275,600 10 산175-1 임 121 114 83,700 9,541,800 11 산175-2 도 231 78 68,900 5,374,200 계 3,459 231,820,700 ※산175-1번지는 도시계획도로(12㎡)와 중복

□ 우수BOX (단위:㎡,원) NO 지번 지목 대장면적 편입면적 공시지가 평가금액 비고 1 DD 20 답 1,217 248 80,400 19,939,200 2 21 유 1,292 9 68,900 620,100 3 492-6 구 1,631 505 91,000 45,955,000 계 762 66,514,300 라. 판단 청구인은 쟁점부동산이 기부체납이 예정되어 있는 토지이므로 현실적으로 토지가치가 전무하다고 주장하나 토지의 이용 편의를 위하여 당해 토지에 이르는 진입도로를 개설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우, 그 도로로 된 토지의 가액 및 도로개설비용은 당해 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 것으로서 당해 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다고 할 것이고, 그 소요비용이 특정사업의 면허 또는 사업의 개시 등과 관련하여 지출된 것이라고 하여 달리 볼 것은 아니며(대법원 2006두 5502, 2008.4.11. 같은 뜻 다수), 개발사업과 관련하여 도로,배수장,양수장등 부대시설공사비 또한 부지조성공사비와 마찬가지로 당초의 전․답 등을 공장용지로 변경하여 그 가치를 증가시키는 데에 소요된 비용이라 할 것이므로 이는 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당한다.(대법원 1998두 15290, 1999.11.12. 같은 뜻) 할 것인 바 쟁점부동산은 청구외법인의 폐기물처리시설이 조성될 토지에 진입하기 위한 도시계획도로와 진입도로 예정지로서, 기부체납이 된다 하더라도 쟁점부동산의 장부가액은 폐기물처리시설조성사업과 관련된 부대시설공사비로서 청구외법인의 폐기물처리시설이 조성될 토지의 현실적 가치를 증가시키는 자본적 지출에 해당된다고 보여지고, 쟁점부동산 양도당시는 현실적 으로 기부체납이 이행되지 않고 있어 청구외법인의 소유인 점이 확인되므로 쟁점부동산가액 302,870,700원을 청구 법인의 장부상 토지 가액 1,568,455,643원에 합산하여야 할 토지로 보인다.

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조제1항 제2호 의 규정에 의하여 기각한다.