아파트분양권 2개 중 1개를 양도한 경우 1세대 1주택 비과세 해당여부

●●세무서장이 2010.2.3. 청구인의 ●●시 ●●구 ●●동 734번지 ●●아파트 147동 301호의 재건축입주권의 양도에 대한 2008년 과세 연도 양도소득세 42,119,060원의 환급 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소 합니다.

• 가. 청구인은 2002.5.10. 취득한 ●●시 ●●구 ●●동 764번지 ●●아파트 131동 308호(이하 “주택①”이라 한다)에 대한 재건축입주권(재건축사업시행인가일은 2005.5.16.이고, 관 리처분 인가일은 2005.12.28.이며, 이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 2008.4.7. 양도한 후, 2008.6.에 양도소득세 예정신고를 하고 양도소득세 42,119,064원을 납부하였다가 2009.12.3. 쟁점입주권이 소득세법시행령 제155조 제17항 의 규정에 의한 1세대 1주택에 해당된다 하여 기 신고납부한 양도소득세의 환급을 요구하는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점입주권 양도당시 ●●시 ●●구 ●●동 764번지 ●●아파트 147동 301호 (이하 “주택②”라 한다) 에 대한 재건축입주권 (2002.2.15. 취득하였음. 이하 “쟁점외입주권”이라 한다)을 보유하고 있었다 하 여 쟁점입주권의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2010.2.3. 청구인의 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.14. 이의신청을 거쳐 2010.7.10. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점입주권은 2002.5.10.에 매입한 ●●시 ●●구 ●●동 764번지 ●● 아 파트 131동 308호에 대해 받은 권리로서, ●●시의 고시문에 의하면 하안●● 본1단지 아파트 주택재건축정비사업조합에 대한 도시및주거환경정비법 제48조 규정에 따른 재건축사업시행인가일이 2005.5.16.이고, 관리처분계획인가 일이 2005.12.28.이다. 결국 2005.5.16.이 기존아파트에서 쟁점입주권으로 변환되는 시점에 해당된다.
• 나. 따라서 2005.5.31. 개정되기 이전의 소득세법 시행령 제155조 에 규정에 의해 쟁점입주권은 재건축사업시행인가일(2005.5.16) 현재 비과세요건인 3년 보유를 충족하여 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 보아 1세대1주택의 비과세요건을 충족한다.
• 다. 쟁점입주권 양도당시 보유하고 있는 쟁점외입주권 역시 그 사업시행인가일과 관리처분계획인가일이 2005년에 있었으므로 소득세법 제89조 제2항 에 대한 경과부칙 제12조를 보면, “개정규정은 2006년 1월1일 이후 최초로 도 시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분 계획 이 인가된 분부터 적용한다.”라고 되어 있고, 쟁점외입주권은 이미 2005년에 관리처분계획인가까지 받은 것이 확인되므로 소득세법 제89조 제2항 의 개정규정(2006.2.9. 대통령령 제19237호로 개정되기 이전의 것)에 따른 경과 부칙 제12조의 규정에 따라 2006.1.1. 이후에 최초로 관리처분계획인가를 받은 입주권부터 주택으로 보아 1세대1주택 비과세규정을 배제하는 것이므로 쟁점 외입주권은 이 경과부칙에 의하여 쟁점입주권 양도일현재 쟁점외입주권은 주택 이 아닌 부동산을 취득할 수 있는 권리이다.
• 라. 과세관청의 2010.2.4.자 “경정청구에 대한 회신”에 따르면 경정청구를 거부 한 사유를 청구인이 관리처분계획의 인가일 현재 1세대2주택자이므로 제154조 제1항 비과세요건을 충족하지 못한다고 하였다. 그러나 이러한 논리로 본다면 나머지 쟁점외입주권을 추후에 양도한다면 이 역시도 비과세혜택을 받을 수가 없어 결국 두 개의 입주권 모두가 과세대상이 된다.
• 마. 국심2007서4698(2008.11.7)의 요지를 보면, “조합원입주권의 양도에 따른 소득이 양도소득세 비과세 적용 대상이 되기 위해선 그 입주권을 양도할 당시 다른 주택이 없고, 사업계획승인일(또는 관리처분계획의 인가일) 현재 기존주택 의 보유기간이 3년 이상 되는 등 비과세요건을 갖추면 되는 것임”이라고 되어 있다.
• 사. 재경부예규(재재산-1142, 2008.12.31)를 보면 2개의 입주권 중 하나를 양도하는 경우 2005.5.30. 이전에 취득한 입주권을 양도하는 경우, 양도일 현재 양 도하는 입주권 외의 다른 입주권이 있더라도 구 소득세법 시행령(대통령령 제18850호로 2005.5.31. 개정되기 전의 것) 제155조 제16항 상의 “양도일 현재 다른 주택이 없는 경우”에 해당한다고 하여 비과세를 적용받을 수 있음을 보 여주고 있다.
• 바. 또한, 대법원판례는 “재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택 이나 대지를 제공하고 그 사업계획(관리처분계획)이 승인됨에 따라 취득한 조 합원입주권을 양도하는 경우 소득세법 시행령 제155조 제17항 에 따라 조합원입주권의 양도에 따른 소득이 양도소득세 비과세 적용 대상이 되기 위해선 그 입주권을 양도할 당시 다른 주택이 없고, 사업계획승인일(또는 관리처분계획의 인가일) 현재 기존주택의 보유기간이 3년 이상 되는 등 같은 법 시행령 제154조 제1항 소정의 비과세요건을 갖추면 되는 것이지, 그 외에 사업계획 승인 일 현재 1세대가 1주택을 보유할 요건까지 갖출 것을 요구하는 것은 아 니라고 할 것(대법원 2008.6.12. 선고 2007두10501)이다”라고 판시하고 있다.
• 사. 위의 판례와 예규를 종합하면, 쟁점입주권 양도시 비과세요건 충족여부 판단은, 관리처분계획의 인가일에서는 단지 3년 이상 보유요건과 특정한 경우 2년 이상 거주요건만을 적용해야 하기에 쟁점입주권은 기간요건과 양도 시 1세대1주택 요건을 충족하므로 당초 납부한 양도세는 환급함이 타당하다.
• 아. 조합원입주권의 양도소득세 비과세여부의 판단시점은 입주권 양도일이고, 비과세요건 충족여부는 관리처분계획의 인가일이 기준이다. 위에서 주장한대로 쟁점입주권은 관리처분계획의 인가일 현재 3년 이상 보유 요건과 양도일 현재 다른 주택이 없으므로 1세대1주택 비과세대상이므로 당초 신고납부한 양도소득세 42,119,064원을 환급함이 타당하다.

2006.1.1.이전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 관리처분계획인가를 받은 주택재건축사업의 조합원이 취득한 입주자로 선정된 지위를 2006.1.1.이후 양도하는 경우로서 당해 조합원입주권의 양도일 현재 다른 조합원입주권이 있는 경우에는 소득세법시행령 제155조 제17항 의 규정에 따른 1세대 1주택의 비과세 특례를 적용받을 수 없는 것(조심2008잔4192, 2009.4.20.)이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 입주권 2개를 보유하다가 그 중 1개의 입주권을 양도한 경우 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것)

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초 과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005.12.31. 신설)

2. 소득세법(법률 제7837호) 부칙 제12조【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초 로도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다. 3) 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 범위】(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것)

(16) 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행계획인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 4) 소득세법 시행령 부칙(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것)

① 【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.

④ 【주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치】 이 영 시행 전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 5) 소득세법시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정된 것)

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및택지개발촉진법제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다.(단서생략) 6) 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정된 것)

(16) 법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 1개 소유한 1세대[도시 및 주거환경정비법제48조에 따른 관리처 분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 2년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우 7) 도시 및 주거환경정비법 제28조 【사업시행인가】

① 사업시행자(제8조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관등과 그 밖에 건설교통부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경 하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통 령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 이를 신고하여야 한다.

8. 도시 및 주거환경정비법제48조 【관리처분계획의 인가 등】

① 사업시행자(주거환경개선사업을 제외한다)는 제46조의 규정에 의한 분양신청기간이 종료된 때에는 이 법이 정하는 바에 의하여 기존의 건축물을 철거하기 전에 제46조의 규정에 의한 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 신고하여야 한다.

• 다. 사실관계 1) 청구인은 2002.5.10. 주택①을, 2002.2.15. 주택②를 취득하여 보유 하고 있던 중 재건축사업이 진행되어, 재건축조합은 ●●시장으로부터 2005.5.16. 주택 재건축사업인가를, 2005.12.28. 관리처분계획인가를 각 받음에 따라 청구인은 재건축 조합으로 부터 쟁점입주권과 쟁점외입주권을 취득한 것으로 나타난다. 2) 청구인은 2008.4.7. 쟁점입주권을 청구외 전●●에게 657백만원에 양도하였음이 쟁점입주권매매계약서에 의하여 확인되고 쟁점 입주 권 양도일 현재 쟁점외입주권을 소유하고 있으나 다른 주택 은 없는 것으로 나 타나며, 위 사실관계에 대하여 청구인과 처분청 사이에 다툼은 없다.
• 라. 판 단

1. 청구인이 2002.5.10. 취득한 쟁점주택은 주택재건축정비사업조합에 대한 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 재건축사업 시행인가일이 2005.5.16.이고 관리처분계획인가일이 2005.12.28.로 2005.5.16. 기존아파트에서 쟁점입주권으로 전환되었는바, 2005.5.31. 개정되기 이전의 소득세법 시행령 제155조 제16항의 규정에 따라 재건축사업인가일 현재 쟁점주택을 3년 이상 보유하는 등 비과세 요건을 충족하고 있고, 양도일 현재 다른 주택이 없으므로 1세대 1주택으로 보아야 할 것으로 여겨진다.

2. 기획재정부의 예규(재재산-1142, 2008.12.31.)도 “2005.5.30. 이전에 도시 및 주거환경정비법(구주택건설촉진 법 포함)에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당 해 조합 을 통하여 취득한 입주자로 선정 된 지위를 양도하는 경우에는 양도일 현재 양도하는 ‘입주권’ 외의 다른 입주권(2005.12.31. 이전에 도시 및 주거환경 정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분 계획이 인가 되고 기존주택이 멸실된 것)이 있더라도 구 소득세법 시행령(대통령 령 제18850호로 2005.5.31. 개정되기 전의 것) 제155조 제16항의 ‘양도일 현재 다른 주택이 없는 경우’에 해당하는 것“으로 해석하고 있는바, 처분청이 쟁점입주권의 양도소득을 1세대1주택 비과세 대상에 해당되지 않는 것으로 판단하여 이 건 양도소득세 부과한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.