제3자가 소유권에 관한 소송을 제기하여 공공사업시행자가 보상금을 공탁한 경우 쟁점토지의 양도시기를 언제로 볼 것인지

• 가. ○○ ○○지구 택지개발사업의 사업시행자인 한국토지공사는 위 사업부지에 편입된 청구인 소유의 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 179번지 전 3,550㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 공공용지의 협의취득을 원 인으로 2006.1.11. 소유권이전등기를 경료하였으나, 청구외 권▣▣ 등이 2006.1월 ‘쟁점토지를 조부인 망 권♣♣으로부터 상속받았다’고 주장하면서 청구인 등을 상대로 쟁점토지에 관한 소유권보존등기말소청구 및 소유권확인소송(이하 “이 건 소송”이라 한다)을 제기하자 2006.3.24. 합의해제를 원인으로 위 소유권이전등기를 말소하였고, 이후 2007.5.31. 쟁점토지에 대한 중앙토지수용위원회의 수용재결이 이루어지자 2007.7.16. ‘쟁점토지에 대하여 소유권 분쟁으로 소유권말소등기의 소송이 진행 중이므로 공탁자는 과실 없이 채권자를 알 수 없다’는 이유로 쟁점토지에 대한 수용보상금을 변제공탁한 후 2007.7.19.자 수용을 원인으로 2007.8.20. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.
• 나. 이후 2008.4.24. 이건 소송에 관하여 대법원에서 청구기각 판결이 확정되자 청구인은 2008.5.2. 위 수용보상금 공탁금을 출급하였고, 이후 2009.10.8. 처분청의 기한 후 신고안내에 따라 2009.11.20. 양도시기를 중앙토지수용위원회의 수용재결에 따른 수용을 원인으로 한 소유권이전등기일인 2007.8.20.로 하고, 양도차익은 실거래가액을 적용하여 계산하여 양도소득세 258,693천원(가산세 포함)을 기한 후 신고, 납부하였으며, 2010.4.13. 처분청은 청구인의 신고내용이 적정하다 하여 신고시인결정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.7.12. 이 건 심사청구를 제기하여 당초 공공용지의 협의취득을 원 인으로 소유권이전등기를 경료했던 2006.1.11.을 쟁점토지의 양도시기로 하여 기준시가로 과세표준과 세액을 재계산하고, 2007년 귀속으로 양도소득세를 기한 후 신고하면서 납부한 신고불성실가산세 41,557천원 전액을 감면하는 경정결정을 청구하였다.

• 가. 청구인은 당초 한 국토지공사가 실시한 공공용지의 협의취득 절차에 적극 협조하여 2006.1.11. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였으나, 제3자(권▣▣ 등)가 소유권보존등기말소소송 및 토지수용 재결신청을 제기하여 청구인의 의지와 상관없이 매매대금을 수령하지도 못하고, 쟁점토지에 대한 소유권행사를 제한받다가 중앙토지수용위원회의 수용재결에 따른 소유권이전등기일인 2007.8.20.을 쟁점토지의 양도시기로 적용받게 되었다. 그러나 이는 선량한 청구인의 권리를 부당하게 침해하는 것인바, 수용등기일자의 적용은 재결을 신청한 자들의 신청내용을 수용위원회가 협의를 거쳐 결정하고 그 결정사항에 따라 수용되는 것이므로, 토지수용 재결신청을 하지 않았던 청구인의 경우 쟁점토지양도의 귀속시기는 재결에 의한 수용일이 아니라 당초 청구인의 의지가 반영되어 소유권이전절차를 모두 완료하였던 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기일인 2006.1.11.로 해야 한다.
• 나. 청구인이 과세표준신고서를 부득이 신고기한까지 제출할 수 없었던 이유는 제3자의 소유권보존등기말소소송 제기 때문에 매매대금을 지급받지 못하였고, 동 소송이 대법원에서 확정될 때까지 쟁점토지에 대한 소유권 자체가 미확정된 불안정한 상태에 있었기 때문이며, 청구인의 고의 또는 과실로 의무를 소홀히 한 것이 아니다. 따라서 이와 같이 청구인이 과세표준신고서를 부득이 신고기한까지 제출할 수 없었던 정당한 사유를 참작하여 신고불성실가산세는 전액 감면하는 것이 타당하다.
• 다. 심리자료 사전열람 후 청구인이 제시한 보충의견은 다음과 같다.

1. 양도시기를 2007년도로 적용할 수 없는 법적 근거

• 가) 권리의무 확정주의 소득세법 39조는 "거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다."라고 하여 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도를 규정하고 있으며, 이는 원칙적으로 권리의무 확정주의를 택하고 있는 것인바, 소득의 귀속시기를 정하는 원칙인 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간극이 있는 경우 과세대상소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때 소득이 있는 것으로 보고 당해연도의 소득을 산정하는 방식을 말하는 것으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 원칙이기는 하나, 법이 선언하고 있는 법적 기준으로서의 권리확정주의의 '확정'의 개념을 수입의 귀속시기에 대한 예외 없는 일반원칙으로 단정하여서는 아니 되고, 구체적 사안에 있어 소득에 대한 관리․지배와 발생 소득의 객관화 정도, 납세자금의 확보시기 등 여러 조건을 종 합적으로 고려하여 소득이 현실적으로 실현될 것까지는 필요 없다 하더라도 실현가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되었는지 여부를 기준으로 귀속시기를 합리적으로 판단함이 상당하다 (대법원1993.6.22.선고 91누8180호 판결, 대법원 1997.6.13.선고 96누19154 판결, 서울고법 96구21043, 1996.11.05. 참조). 청구인의 경우 2007년에 중앙토지수용위원회의 재결로 인한 재결위원회의 결정으로 매매대금이 공탁되고 소유권 이전등기가 이루어졌더라도 청구인은 보상금을 수령할 권리도 없었고 그것을 배타적으로 사용할 권한도 없는 상황이었으며, 한국토지공사도 보상대금을 법원에 공탁하는 사유가 소유권확인소송 진행으로 권리가 미확정된 상태라고 하였으므로, 이와 같이 보상금의 사용․처분에 제한을 받게 된 상황에서 양도소득세 납부라는 납세의무를 부과하는 것은 권리는 없고 의무만을 강제하는 것이다.
• 나) 수익의 실현 소득세법 제88조 제1항 은 양도소득세의 과세대상이 되는 양도에 대하여 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항은 자산의 유상양도가 이루어진 경우 그 양도차익의 계산에 있어서 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하도록 규정하고 있는바, 위 각 규정의 취지에 비추어 보면 당해 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 당해 자산의 대가적 급부인 대금이 모두 지급되거나, 당해 자산의 대가적 급부가 대부분 지급되고 미미한 금액의 대가적 급부만 남아 있어 당해 자산의 대금이 사회통념상 거의 전부 지급되었다고 볼 만한 사정이 있는 경우에만 당해 자산이 양도된 것으로 볼 수 있다 할 것이다(대법원 1989.7.11. 선고 88누8609 판결, 대법원 1993.4.27.선고 92누8934 판결 등 참조). 양도시기의 대원칙은 대금청산일이며, 매매계약을 체결했다 하더라도 대금을 모두 지급받지 않은 이상 소득세법이 규정한 양도가 있었던 것으로 볼 수 없다고 한다(대법원 1992.4.28선고 91누11223 판결, 대법원 1993.3.23 선고91누4980 판결 참조). 양도소득세는 자산이 유상으로 사실상 이전되어 양도차익이 실현되었을 때 계산하는 것으로 소득세법상 양도의 개념을 규정하고 양도소득세를 부과하기 위한 것이므로, 청구인의 경우 양도대금을 받아보지도 못한 채 사용․처분하는데 제한을 받게 된 상황에서 양도차익이 실현되었다고 볼 수는 없는 것이다.
• 다) 실질과세 귀속이란 과세대상이 되는 소득을 특정의 납세의무자에게 결부시키는 것을 말하며, 이에 대해 납세의무를 지게 된다. 국세기본법 제14조 제1항 에서 소득의 귀속에 대해 명의(名義) 또는 형식(形式)과 그 실질(實質)이 다른 경우에는 그 명의 또는 형식에 불구하고 실질적·경제적으로 귀속 여부를 관찰하여 사실상 경제적 이익을 향수하는 자의 소득에 과세하도록 하고 있다. 보상대금의 처분에 제한을 받게 된 청구인에게 실질적, 경제적 이익이 귀속되었다고 볼 수는 없으며, 실질과세와 재산권에 제한이 되었다고 보인다.
• 라) 조세채권의 성립요건: 납세의무자 "조세채권채무의 성립요건"이라 함은 동 요건을 충족하는 사실이 존재함으로써 납세의무 내지 조세채권이 자동적으로 성립하는 법률상의 요건을 말하는 것으로서 납세의무자, 과세물건, 과세표준, 세율 등이다. 한국토지공사도 소유권확인소송으로 토지매매대금의 진정한 소유자를 확인할 수 없어 매매대금을 지급하지 못한다고 하였고, 중앙토지수용위원회도 수용을 개시하도록 재결하고도 소득의 귀속자를 확인할 수 없어 보상대금을 법원에 공탁한다고 하였으므로, 납세의무자가 확정되지 않은 상태에서 조세채권이 성립되었다고 볼 수 없다.

2. 2006년도를 양도시기로 주장하는 이유

• 가) 수용재결의 신청자가 아님 수용에 대한 재결 신청은 대부분이 보상금액의 증액을 위해 수용대상토지의 소유자가 이의를 제기하여 손실보상금의 수령을 거절함에 따라 손실보상금액을 공탁한 경우이고, 이러한 경우라면 양도시기는 수용대금 공탁일이나 수용재결로 인한 소유권 이전등기일을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다. 그러나 청구인의 경우 수용재결을 신청한 자는 청구인 본인이 아니며, 토지소유권확인소송을 제기한 제3자인 권▣▣ 등이므로 수용위원회의 재결결정은 신청한 자에게 적용되어져야 하는 것이지 재결신청을 해 본적도 없고 당초 매매과정에 순응한 청구인에게 적용될 수는 없는 것이다.
• 나) 청구인 소유의 다른 토지는 적법하게 2006년도에 양도소득세를 신고․납부함 청구인은 이미 2006년에 한국토지공사와 공공용지 협의취득에 대한 매매계약을 체결하고 소유권이전 등기를 한 상태였고, 소송이 제기된 토지 외의 동일한 절차에 따른 다른 토지는 2006년도에 적법하게 양도소득세를 예정신고․납부하였다. 쟁점이 된 토지의 경우 소유권확인소송이 없었다면 위의 토지와 같이 적법하게 예정신고․납부하였음은 의심의 여지가 없다. 한국토지공사가 소유권확인소송으로 진정한 소유자를 확인할 수 없다고 하며 매매대금을 지급하지 않았기 때문에 양도소득세 계산에서 불이익을 우려하여 소유권이전등기를 해제했던 것이며, 그 후에도 청구인은 2006년에 소유권이전 절차를 마무리 짓고자 단전, 단수, 거주지 이전 등 한국토지공사측에 최대한 협조하였고, "채권자불확지공탁"이라도 해달라고 요청했으나 한국토지공사측이 조치를 취하지 않고 있다가 2007년에야 수용위원회의 재결로 보상대금을 공탁하고 소유권 이전등기를 한 것이다. 청구인의 경우는 본인의 의지대로 절차가 진행된 2006년의 다른 토지의 경우와 같이 매매로 인한 소유권이전등기를 마쳤던 2006년에 양도시기를 적용받아야 한다. 2007년도를 양도시기로 적용하는 것은 청구인에게 권리의무가 확정된 것도, 수익이 실현된 것도, 소득이 귀속된 것도, 조세채권이 청구인으로 확정된 것도 아니므로, 2007년도를 적용할 수는 없다고 본다. 또한 법에서 정하고 있는 양도시기는 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 법에 규정을 두고 있는 것이며, 실제 현실에서 일어나고 있는 모든 거래를 법에 규정해 놓을 수 없는 것을 감안할 때 법률에 의한 소유권이전시기에 해당한다 할지라도 본인이 결정하여 진행했던 2006년도의 다른 토지와 같이 양도시기를 적용 받아야 할 것이다.

3. 만일 2006년도를 양도시기로 볼 수 없는 경우에는 예비적으로 이 건 소송에 관하여 대법원에서 청구기각 판결이 확정(2008.4.24.) 되어 청구인이 수용보상금 공탁금을 출급한 날인 2008.5.2.을 양도시기로 보아야 한다.

• 가. 청구인은 중앙토지수용위원회의 재결에 따라 수용된 쟁점토지가 청구인이 아닌 제3자가 소유권확인소송을 제기하고 중앙토지수용위원회에 재결을 신청한 후 수용되었기 때문에 재결에 의한 수용일이 아닌 당초 공공용지 협의취득에 의한 매매로 등기가 이전된 2006.1.11.을 양도시기로 하여야 한다고 주장하고 있으나, 소득세법 시행령 제162조 에 규정에 의한 양도(취득)시기는 아래 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하는 것이며, 보상금을 공탁하는 경우에는 그 공탁일이 잔금청산일이 되는 것이다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 청구인이 양도시기가 다르다고 주장하는 사유는 상기 사유에 해당되지 않을 뿐만 아니라 2006.1.11. 한국토지공사가 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 하였으나 청구인이 대금을 수령한 사실이 없고, 2006. 3.24. 합의해제로 위 소유권이전등기가 말소되었으므로, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.

• 나. 청구인은 제3자의 소유권 확인소송 제기로 인해 매매대금을 지급받지 못한 상태였고 소송 제기자가 대법원까지 상고하는 등 소유권 자체가 미확정된 불안정한 상태였기 때문에 고의나 과실로 신고의무를 소홀히 한 것이 아니므로 신고불성실가산세를 전액 감면하여야 한다고 주장하고 있으나, 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5.1.부터 5.31.까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것인바, 수용보상금을 공탁하는 경우 그 공탁일이 잔금청산일이 되는 것이고, 대금청산일(공탁일 포함) 전에 소유권이전등기를 하는 경우에는 등기접수일이 양도시기가 되는 것으로 청구인이 수령할 금액으로 공탁된 수용보상금에 대한 정상적 신고가 가능함에도 단지 소유권확인소송 때문에 신고하지 못하였다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. 따라서 당초 기한 후 신고내용대로 양도세 신고시인결정한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 쟁점은 ① 제3자가 소유권에 관한 소송을 제기하여 공공사업시행자가 보상금을 공탁한 경우 쟁점토지의 양도시기 및 ② 기한 후 신고에 따른 신고불성실가산세의 감면 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날 (2010.2.18. 신설) 3) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 4) 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조제1항제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 5) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

② 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

6. 구 소득세법 제96조 【양도가액】(2005.12.31. 개정되기 전의 것)

① 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. 7) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

8. 구 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】 (2010.1.1. 개정되기 전의 것)

① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

• 나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다.

• 나. 5개 과세기간의 제69조와 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 9) 조세특례제한법 부칙 <제9272호, 2008.12.26> 제29조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례) 제133조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 10) 구 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】 (2008.12.26. 개정되기 전의 것)

① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조 또는 법률 제6538호 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

② 제1항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액 중 제69조와 제70조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액이 그 외 감면받을 양도소득을 제외하고 5개 과세기간의 합계액이 1억원(이하 이 항에서 "농지감면한도액"이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 농지감면한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점토지에 대한 부동산등기부등본, 청구인에 대한 2007년 귀속 양도소득세 결정결의서, 중앙토지수용위원회의 2007.5.31.자 수용재결서, 의정부지방법원 2007.3.9. 선고 2005가합9535, 서울고등법원 2007.12.26. 선고 2007나43032, 대법원 2008.4.24. 선고 2008다12415 각 판결문, 법원공탁금 지급내역서(예금이자계산서) 각 사본 등 이 건 심리자료에 의하면, 쟁점토지는 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 179번지 전 3,550㎡로서, 청구인이 1971.8.21. 상속을 원인으로 공유자 지 분(6/11)을 취득한 후 1982.6.1. 매매를 원인으로 쟁점토지의 다른 공 유자 지분 전부를 이전받았으며, 한국토지공사가 시행하는 ○○ ○○지구 택지개발사업의 사업부지에 편입되어 공공용지의 협의취득을 원인으로 2006.1.11. 소유권이전등기가 경료되었으나, 청구외 권▣▣ 등이 2006.1월 이 건 소송을 제기하자 2006.3.24. 합의해제를 원인으로 위 소유권이전등기를 말소하였고, 이 후 2007.5.31. 수용개시일을 2007.7.19.로 하여 쟁점토지에 대한 중앙토지수용위원회의 수용재결이 이루어지자 2007.7.16. 한국토지공사는 쟁점토지에 대한 수용보상금을 변제공탁한 후 2007.7.19.자 수용을 원인으로 2007.8.20. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였으며, 이후 2008.4.24. 이건 소송에 관하여 대법원에서 쟁 점토지의 소유자는 청구인이라는 취지로 청구기각 판결이 확정되자 청구인은 2008.5.2. 위 수용보상금 공탁금을 출급한 사실이 나타난다.

2. 처분청의 2009.10.8.자 양도소득세 기한 후 신고 안내문, 청구인 작성의 2009.11.16.자 양도소득 과세표준 신고서, 처분청의 2010.4.13.자 ‘양도소득세 고지세액 없음 알림’ 결정통지서, 청구인에 대한 2007년 귀속 양도소득세 결정결의서 각 사본에 의하면, 청구인은 처분청의 기한 후 신고안내에 따라 양도시기를 중앙토지수용위원회의 수용재결에 따른 수용을 원인으로 한 소유권이전등기일인 2007.8.20.로 하고, 양도차익은 실거래가액을 적용하여 계산한 874,653천원 으로 하여 양도소득세 258,693천원(가산세 포함)을 기한 후 신고, 납부하였으며, 처분청은 2010.4.13. 청구인의 수용된 쟁점토지에 대한 기한 후 신고내용이 적정하다 하여 시인 결정한 사실이 나타난다. 3) 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 대통령령으로 정하도록 규정하고 있고, 동조를 위임받은 소득세법 시행령 제162조 는, 양도시기 및 취득시기를 원칙적으로 잔금청산일과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날로 규정하고 있다.

4. 청구인 소유의 다른 토지인 ○○도 ○○시 ○○면 ◎◎리 305번지 답 6,460m 2 에 대한 등기부등본 및 한국토지공사 ○○지사장 발행의 2006.8.3.자 토지수용(협의매수)확인서 사본에 의하면, 동 토지는 한국토지공사가 시행하는 ○○ ○○지구 택지개발사업의 사업부지에 편입되어 공공용지의 협의취득을 원인으로 2006.1.11. 소유권이전등기가 경료된 후 청구인 2006.5.30. 보상금을 수령한 사실이 나타난다.

5. 위 권▣▣ 등이 한국토지공사에게 발송한 2005.1.9.자 매입보류요청서 및 2006.1.6.자 통고서 각 사본에 의하면, 위 권▣▣ 등이 청구인 등을 상대로 쟁점토지 등에 대한 소유권이전등기말소청구 및 소유권확인 소송을 제기하고 있으므로 재판종결 시까지 매입 또는 보상금 지급을 보류하여 달라는 취지의 의사를 통지한 것으로 나타난다.

6. 한국토지공사 ○○사업단장이 청구인 등에게 발송한 2006.2.9.자 ‘토지매매대금 지급에 대한 안내’ 공문 사본에 의하면, 한국토지공사는 위 권▣▣ 등이 청구인 등을 상대로 쟁점토지 등에 대한 소유권이전등기말소청구 및 소유권확인 소송을 제기하였다는 통고를 여러 차례 받아 해당 토지의 진정한 소유자를 확인할 수 없는바, 매수한 토지에 대한 권리를 잃을 염려를 고려하지 않을 수 없어 현재까지 청구인 등에게 토지매매대금을 지급하지 못하고 있음을 양해하여 달라는 취지의 내용이 나타난다.

7. 청구인이 한국토지공사 ○○지사장에게 발송한 2006.12.19.자 통고서 사본에 의하면, 쟁점토지에 관한 소송계속으로 인해 보상금 지급이 중지되었는바, 2006년이 경과할 경우 양도소득세를 실거래가 기준으로 납부해야 하는 불이익이 발생할 것이 우려되어 청구인은 미계약 상태에서 단전, 단수 등의 조치 및 거주지 이전을 하고 한국토지공사의 선처를 구두 요청한 바도 있으며, 소유자가 확정되지 않은 상태에서 피공탁자를 특정하기 어려운 경우에는 ‘채권자 불확지 공탁’을 하면 한국토지공사는 적법하게 공탁을 하는 것으로 되어 공탁의무를 다하게 되므로, 조속한 법적 검토와 조치를 촉구하는 취지의 내용이 나타난다. 8) 중앙토지수용위원회의 2007.5.31.자 ○○ ○○지구 택지개발사업에 관한 수용재결서 사본에 의하면, 위 권▣▣ 등은 쟁점토지 등에 대한 소유권 분쟁으로 소송 진행 중이니 수용재결을 연기하여 줄 것으로 주장하였으나, ‘이건 사업은 2005.12.30. 적법하게 사업인정을 받아 법 시행령 제8조의 규정에 의거 손실보상협의를 거쳐 수용재결을 신청한 사업으로서 공익성과 사업의 시급성을 고려하여 볼 때 수용재결 연기는 불가하므로 이유 없다.’는 위원회의 판단내용이 나타난다.

• 라. 판 단 【쟁점①】제3자가 소유권에 관한 소송을 제기하여 공공사업시행자가 보상금을 공탁한 경우 쟁점토지의 양도시기 청구인은 비록 2007년에 쟁점토지에 대한 수용재결로 인해 소유권 이전등기가 경료되었더라도 채권자 불확지를 원인으로 수용보상금이 변제공탁되어 청구인이 수용보상금의 사용․처분에 제한을 받았고, 따라서 2007년 대금청산이 이루어졌거나 청구인에게 실질적․경제적 이익이 귀속되었다고 볼 수 없으므로, 소유권이전등기일인 2007.8.20.을 쟁점토지의 양도시기로 보는 것은 부당하며, 당초 협의취 득을 원 인으로 소유권이전등기를 경료한 2006.1.11.이나 이 건 소송이 확정되어 청구인이 수용보상금 공탁금을 출급한 날인 2008.5.2.을 양도시기로 적용해야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법 제98조 및 동법 시행령 제162조 제1항에 의하면, 자산의 양도차익을 계산함에 있어 적용하는 양도시기 및 취득시기는 원칙적으로 잔금청산일과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날로 하도록 규정되어 있으며, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 사업시행자가 수용보상금을 누구에게도 지급할 수 없는 상태로 공탁하고 수용개시 한 경우에도 당해 자산의 양도시기는 그 공탁일을 대금을 청산한 날로 보아 이를 적용하는 것인바 (대법원2004두6914, 2005.05.13, 기획재정부 재산세제과-138, 2010.02.09, 재정경제부 재산세제과-490, 2005.05.18, 부동산거래관리과-11, 2010.01.08 외 다수 같은 뜻), 위 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점토지에 대하여는 당초 공공용지의 협의취득을 원 인으로 2006.1.11. 소유권이전등기가 경료되었으나, 쟁점토지에 대한 제3자의 소유권 주장에 따른 이 건 소송이 제기되자 2006.3.24. 합의해제를 원인으로 위 소유권이전등기가 말소되었고, 이 건 소송 계속 중에 2007.5.31. 수용개시일을 2007.7.19.로 하여 쟁점토지에 대한 수용재결이 이루어지자 2007.7.16. 공공사업시행자인 한국토지공사는 채권자 불확지를 원인으로 수용보상금 을 변제공탁한 후 2007.8.20. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료한 사실이 인정되므로, 쟁점토지의 양도시기는 위 수용보상금의 공탁일인 2007.7.16.로 봄이 타당하다. 따라서 양도시기를 2006년 또는 2008년 귀속으로 하여 양도차익을 재산정하여야 한다는 청구인의 주장은 아무런 법적․사실적 근거가 없는 주장이라고 할 것이므로, 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 【쟁점②】기한 후 신고에 따른 신고불성실가산세의 감면 여부 청구인은 제3자의 이 건 소송 제기로 인해 매매대금을 지급받지 못한 상태였고, 소송 제기자가 대법원까지 상고하는 등 소유권 자체가 미확정된 불안정한 상태였기 때문에 고의나 과실로 신고의무를 소홀히 한 것이 아니므로 신고불성실가산세를 전액 감면하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나 국세기본법 제48조 제1항 에 의하여 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는 경우의 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 경우를 말하는 것인바(징세과-478, 2009.12.30. 같은 뜻), 소득세법 제110조 제1항 에 의하면, 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5.1.부터 5.31.까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하는 것이고, 공익사업시행자가 수용보상금을 누구에게도 지급할 수 없는 상태로 공탁하고 수용개시 한 경우에 그 공탁일이 잔금청산일이 되어 당해 자산의 양도시기가 되는 것으로(부동산거래관리과-11, 2010.01.08 같은 뜻), 위 사실관계를 종합하여 보면, 2007.5.31. 수용개시일을 2007.7.19.로 하여 쟁점토지에 대한 수용재결이 이루어지자 2007.7.16. 한국토지공사는 쟁점토지에 대한 수용보상금을 변제공탁한 후 2007.7.19.자 수용을 원인으로 2007.8.20. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 경료하였고, 이후 2008.4.24. 이건 소송에 관하여 쟁 점토 지의 소유자는 청구인이라는 취지로 청구기각 판결이 확정되자 청구인이 2008.5.2. 위 수용보상금 공탁금을 출급한 점으로 볼 때, 당시 청구인은 2007년 귀속 양도소득세 확정신고기한(2008.5.31.) 까지 정상적인 양도소득세 신고가 가능하였다고 인정할 수 있는 반면, 달리 신고 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유는 인정하기 어렵다고 할 것이므로, 단지 제3자의 이 건 소송 제기로 인해 신고의무를 이행하지 못하여 신고불성실가산세를 전액 감면하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 기한 후 신고내용에 대하여 신고시인결정한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.