청구인의 쟁점농지 양도가 조세특례제한법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당하는지 여부

청구인은 1996.3.8. 취득한 도 시 동 263-16 소재 답 2,142㎡ 중 859㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2009.3.17. 시에 양도하고(공익사업용 토지로 수용), 양도소득세 예정신고시 조세특례제한법 제69조 의 규정에 의한 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 신청하였다. 이에 처분청은 청구인이 쟁점농지를 자경하지 않은 것으로 판단하여 청구인 의 양도소득세 감면신청을 배제하고 2010.4.1. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득 세 31,555,820원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.6.9. 이건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 1994년경 어머니가 돌아가시게 되자, 아버지를 고향인 전남 해남에서 모셔와 함께 살게 되면서 청구인의 아버지가 농사일을 계속 하기를 원해 아버지와 함께 1996년 시 동에 세를 얻어 생활하면서 동소 소재 쟁점농지를 취득하였다. 쟁점농지 취득 후 청구인은 아버지와 같이 농사를 지었으며 2000년경 아버지가 돌아가셔서 청구인 혼자는 농사를 짓기가 어려워 쟁점농지를 객토하여 2002년부터 2년 정도 채소농사를 하다가 2005년경에 다른 농사보다 노동력이 덜 필요한 감나무 200여주를 직접 사가지고 와서 감나무를 심어서 재배해왔다. 청구인은 전업농이 아니라 2007년 5월 쟁점농지를 농지원부에 등록하고, 2008년 2월에야 구리농협 조합원이 된 것으로 처분청은 청구인이 이발업, 운수업 사업자 등록을 하여 쟁점농지를 자경하지 않은 것으로 보았으나, 청구인은 이발업, 운수, 농사 등 필요에 따라 일을 하였으며, 쟁점농지를 취득한 이후 한 번도 임대하거나 휴경한 사실이 없고 이를 확인하여줄 지인들도 있다. 이와 같이 청구인은 쟁점농지를 자경하였으므로 쟁점농지 양도에 대한 이건 양도소득세 과세처분은 부당하니 이를 취소하여주기 바란다.

청구인은 부(父)인 청구외 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)과 쟁점농지에서 같이 농사를 지었고 부친이 사망한 이후에는 채소, 감나무를 직접 경작하였다고 주장하나 증빙자료로 제출한 농지원부, 농협조합원 증명서는 쟁점농지를 8년 이상 자경한 증빙으로 볼 수 없다. 그리고 주민등록 정보에서 ○○○은 1995.10.16.부터 사망시까지 송파구 잠실에서 거주한 것으로 나타난다. 또 청구인은 쟁점농지 취득 후 이용업으로 사업자 등록을 하였고 사업장에 상주하여야하는 이용업이라는 업종의 특성상 손님이 별로 없어 수시로 농사일을 하러 다녔다는 청구주장은 납득하기 어렵고 달리 증빙자로가 없다. 따라서 당초 처분은 정당하며 청구주장은 이유 없다고 판단된다.

• 가. 쟁점 청구인의 쟁점농지 양도가 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당하는지 여부이다.
• 나. 관련 법령 1) 조세특례제한법 제69조 【 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

⑨ 법 제69조제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다.

⑫ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인의 쟁점농지 양도가액, 취득가액에 대해서는 청구인과 처분청 간의 다툼이 없다.

2. 청구인이 당초 취득한 도 시 **동 263-2 답 2,142㎡ 중 859㎡가 2008.6.27. 구리시 갈매동 263-16(쟁점농지)으로 이기되었다가 2009.3.17. 구리시에 수용되었다.

3. 청구인은 쟁점농지 수용에 대한 보상금으로 286,209,330원, 지장물(감나무 62주) 보상금으로 1,570천원을 수령하였음이 쟁점농지 수용확인서에 의해 확인된다.

4. 국세통합전산망에서 확인되는 청구인의 사업자 등록 내역은 다음과 같다. 상호 업종 기간 소재지 -생략- 이용업 1996.1.5.～1997.6.30. -생략- 이용업 1999.7.10.～2000.6.30. 이용업 2003.2.27.～2003.3.13. 이용업 2003.4.27.～2003.8.12. 휴게실 2004.4.8.～2005.5.23. 이용업 2005.6.20.～2007.5.15. 이용업 2007.5.20.～ 운수업 2006.8.25.～

5. 청구인의 종합소득세 신고 내역은 다음과 같다. (천원) 수입금액 소득금액 2004년 28,221 7,230 2006년 1,400 190 2008년 26,150 7,508 2009년 15,500 5,204

6. 청구인의 부 ○○○(1926년생)의 주민등록정보 변동 내역은 다음과 같다. 세대주 전입일 주소

○○○ 전남 임○○ 1994.11.24. 서울시

○○○ 1995.2.22. 전남 임○○ 1995.9.13. 서울 임○○ 1995.10.16. 서울 ***

○○○ 1999.1.30.(사망) 서울 * 이건 심사청구 심리 과정에서 청구인은 ○○○이 시에 거주하였다는 청구주장과 달리 주민등록상 ○○○의 주소지가 1995.10.16.부터 서울시 **구로 된 이유는 청구인의 동생의 부탁으로 주민등록 주소만 옮겨둔 것으로 실제로 ○○○은 구리시에 거주한 것이라고 답변하였다.

7. 청구인은 이건 심사청구와 관련하여 다음의 증빙을 제출하였다.

• 가) (농지원부) 농업인의 성명은 청구인, 최초 작성일자가 2007.5.10., 경작구분은 자경, 주 재배작물은 과수로 기재되어 있다.
• 나) (조합원증명서) 가입자는 청구인, 가입일자는 2008.2.13.이다.
• 다) (확인서) 청구인의 자경사실에 대한 시 동 제1통장 안**의 확인서를 제출하였다.
• 라) 이밖에 감나무, 고구마 등이 식재된 쟁점농지 일대 현장 사진을 제출하였다.

8. 국세통합전산망에서 쟁점농지이외에 청구인이 양도한 다른 부동산은 확인되지 않는다.

• 라. 판단 청구인은 쟁점농지의 양도에 대해 조세특례제한법 제69조 의 자경농지의 양도소득세 감면을 적용해줄 것을 주장하는바, 관련 사실관계와 법령에 비추어 청구주장을 살펴본다. 우선 쟁점농지를 자경한 사실은 청구인이 입증해야할 것이나(같은 뜻 대법원92 누11893, 1993.07.13. 등), 청구인이 제출한 확인서는 사인 간에 작성 가능한 서류이며, 청구인의 쟁점농지 취득연도는 1996년이나, 농지원부 최초 작성 일자는 2007년이고, 농협 조합원 증명서상 조합원 가입일자는 2008.2월인 점을 볼 때 청구인이 제출한 확인서, 농지원부, 조합원 증명서는 쟁점농지 자경에 대한 증빙으로 보기는 어렵다고 판단된다. 또 청구인은 청구인의 부(父) ○○○과 같이 쟁점농지 소재지인 구리에서 거주하며 농사를 지었다고 주장하나, 주민등록정보상 ○○○은 1995.10.15.～1999.1.30. 서울 송파구에 거주한 것으로 나타나며 ○○○이 청구주장대로 쟁점농지 취득 이후 구리시에 거주하였다는 사실을 확인할 만한 증빙도 달리 없다. 그리고 쟁점농지 취득 이후 청구인은 이발업과 운수업을 영위한 점, 2004년에는 28,221천원, 2006년에는 1,400천원, 2008년에는 26,150천원, 2009년에는 15,500천원의 수입금액이 발생한 점, 쟁점농지는 당초 면적 2,104㎡에서 분할된 것으로 면적이 소규모인 것으로 볼 수 없는 점, 청구인이 농자재나 묘목 등을 구입한 증빙이나 경작한 농작물을 판매한 증빙이 없는 점을 볼 때 청구인은 ‘그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것'으로 보기 어렵다. 따라서 조세특례제한법 제69조 의 자경농지의 양도소득세 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 이건 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.