1세대 3주택을 보유한 청구인에게 60% 중과세율을 적용하여 과세한 것은 정당함

청구인은 서울시 00구 00동 23번지 ×××아파트 115동 1201호 59.94㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2003.11.10. 취득하여 거주한 후 2006.11.13. 307백만원에 양도하고 무신고 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택 외 2006.8.31. 취득한 서울시 000구 00동 1가 245번지 ∎∎아파트 101-903호 84.51㎡(이하 “양평동아파트”라 한다)와 2006.09.21. 취득한 서울시 00구 00동 805-9번지 □□빌라 203호 84.51㎡(이하 “화곡동빌라”라 한다)를 보유하고 있어 1세대 3주택자에 해당되는 것으로 보고 중과세율 60%를 적용하여 2010.3.2. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 18,080,880원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.31. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 쟁점주택을 2006.11.13 양도하기 전 주거이전을 위해 2006.8.31. 양평동 아파트를 취득하였으나 양평동아파트 전세입자의 사정으로 입주하지 못하였고, 2006.9.21. 화곡동빌라를 구입하여 입주하려 했으나 여기서도 전세입자와 이사일정 등 의견조정이 늦어져 입주하지 못하다가 2006.11.13. 구 00동 811-34번지 ☆☆연립 402호(이하 “건우연립” 이라 한다)를 임차하여 거주이전하게 된 것으로, 청구인 소유의 화곡동 빌라는 1억원 이하의 소형주택이므로 동 주택을 제외하면 거주이전 목적의 일시적 2주택자에 해당되므로 쟁점주택은 비과세되어야 한다.
• 나. 청구인은 쟁점주택 양도 후 거주이전 목적으로 대체취득한 양평동아파트의 중복 소유기간은 2개월 12일간으로 소유주택 수 계산에 포함하는 것은 현행 소득세법에서 거주이전으로 인한 중복소유를 허용하고 있는 취지로 볼 때 주택 수 계산에서 제외되어야 하며,
• 다. 따라서 청구인이 대체취득한 양평동아파트를 주택 수에서 제외하면 이후 화곡동빌라를 취득한 때가 1세대 2주택자가 되는 것이며 소득세법 부칙 (법률 제7837호, 2005.12.31)의 제1조 단서에서 소득세법 제104조 제1항 (제2호의 4를 제외한다)의 개정규정은 2007.1.1. 이후 양도분부터 적용되므로 청구인에게 1세대 2주택자에 해당하는 세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 세액을 재계산하여야 한다.
• 라. 또한 처분청의 양도소득세 과세시 취득가액을 환산가액으로 하고 필요경비를 개산공제하여 계산하였으나 청구인이 제출한 증빙에 의한 실제 취득가액 및 필요경비 등에 근거하여 소득금액과 세액을 경정해야 한다.

현행 세법상 1세대 2주택자와 달리 1세대 3주택자 양도의 경우에는 대체취득으로 인한 예외규정이 없으므로 청구인이 2006.11.13. 쟁점주택 양도시 3주택을 보유한 사실이 확인되어 소득세법 제104조 제1항 제2호 의 3에서 규정한 60% 세율을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하며, 청구인이 제출한 실제 취득가액과 필요경비 증빙에 의하여 양도소득세 등을 경정하였다(384,550원 경정감)

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점주택 양도시 3주택을 보유한 것으로 보아 중과세율(60%)을 적용한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.〈중략〉 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서는 같다)(2003. 12. 30. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)(2005.12.31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택(2005.12.31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다)(2005.12.31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 7. 제104조의 3 규정에 의한 비사업용 토지(2005.12.31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산 (2005.12.31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2) 소득세법 시행령 제167조 의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다)소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2005.12.31. 개정)

1. 수도권정비계획법제2조 제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다)및 광역시(다음 각 목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택(2005.12.31. 개정)

• 가. 광역시에 소속된 군 및 지방자치법제3조 제3항․제4항의 규정에 의한 읍․면(2005.2.19. 개정)
• 나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률․주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역(2003.12.31. 신설)

9. 주택의 가격 및 면적 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 일정 규모이하의 소형주택(2003.12.30. 신설) 3) 소득세법 시행규칙 제82조 【소형주택 등의 범위】 (2005.12.31. 제목 개정)

① 영 제167조의 3 제1항 제9호 및 제167조의 4 제3항 제3호에서 “기획재정 부령이 정하는 일정규모 이하의 소형주택”이라 함은 다음의 요건을 모두 갖춘 주택(건축법 시행령별표 1의 제10호 나목의 오피스텔을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 말한다. 다만,도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(종전의주택건설촉진법에 의하여 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역에 소재하는 주택을 제외한다.(2005.12.31. 개정)

1. 2003년 12월 31일 이전에 취득한 것일 것(2004.6.3. 신설)

2. 대지면적이 120제곱미터 이하이고, 주택의 연면적(영 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하일 것(2004.6.3. 신설)

3. 동 주택 양도당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이하일 것 (2004.6.3. 신설) 4) 소득세법 부칙 (2005.12.31.법률 제7837호) 제1조 【시행일】 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만 제156조의 4의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제95조 제2항(각 호 외의 본문 중 제104조 제1항 제2호의 5내지 제2호의 8호에 관한 부분에 한한다), 제101조 제2항 및 제104조 제1항(제2호의 4를 제외한다)의 개정규정 은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

• 다. 사실관계 1) 청구인이 쟁점주택 양도당시 양평동아파트, 화곡동빌라 등 1세대 3주택을 보유하고 있고 쟁점주택에서 2년 이상 거주한 사실에 대하여는 처분청과 청구인 사이에 다툼이 없다. 2) 청구인은 1세대 2주택자에 해당하며 소득세법 104조 제1항 제2호 의 5내지 제2호의 8 규정은 2007.1.1. 이후 양도분부터 적용해야 한다고 주장하고 있으며 처분청에서 이 건 양도소득세 부과시 적용한 규정은 동 법 제104조 제1항 제2호의 3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택, 60%세율 적용)규정으로 확인된다. 3) 처분청은 청구인의 쟁점주택을 포함하여 1세대 3주택 양도에 따른 60% 중과세율을 적용한바 소득세법 시행규칙 제82조 제1항 에서 규정한 소형주택 범위는 동 규칙 제1호에서 2003.12.31. 이전에 취득한 주택일 것 제3호에서 동 주택 양도 당시 법 제99조의 규정에 의한 기준시가가 4천만원 이하일 것(2004.6.3. 신설)으로 규정하고 있고 국세통합전산망에 의하면 화곡동빌라의 2006년도 기준시가는 79,000원으로 확인된다.
• 라. 판단 청구인은 거주이전에 따라 대체취득한 양평동아파트를 주택 수 계산에서 제외하면 1세대 2주택자에 해당되고 소득세법 제104조 제1항 제2호 의 5내지 제2호의 8 규정은 소득세법 부칙 적용기준에 따라 2007.1.1. 이후 양도분부터 적용하는 것이므로 1세대 2주택자에 대한 세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 재계산하여야 한다고 주장하나, 거주이전에 따른 1세대 2주택자와 달리 1세대 3주택자의 경우에는 대체취득에 따른 예외규정이 없으므로 쟁점주택을 포함하여 양평동아파트와 1세대 3주택자에게 적용하는 소득세법 시행규칙 제82조 제1항 에서 규정하는 소형주택 범위에 해당되지 않는 화곡동빌라 등 양도일 현재 3주택을 보유한 청구인에게 소득세법 제104조 제1항 제2호 의 3에서 규정한 60% 중과세율을 적용하여 과세한 처분청의 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결