지정지역내 토지 양도당시 공익사업시행자로 지정되지 아니한 자에게 양도한 토지에 대하여 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부

청구인은 지정지역 내 토지인 경기도 군 면 리 산 -번지 임야 28,661 ㎡와 동소 산 **-번지 임야 496㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2006.7.7. 청구외 (주)□□□□(이하 “청구외법인”이라 한다)에 양도하고 2006.9.25. 실지거래가액에 의해 양도소득세 240,014,470원을 자진신고․납부하였

• 다. 그 후 2009.12.16.에 청구인은 쟁점토지의 양도가 공익사업용 토지의 양도에 해당한다하여 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 결정하여 달라고 처분청에 경정 청구하였다. 처분청은 쟁점토지 양도당시 청구외법인이 공익사업시행자로 지정되지 않았 으므로 쟁점토지의 양도는 구 조세특례제한법(이하 “구조특법”이라 한다) 제85조에 규정된 양도소득세 과세특례 적용대상(기준시가 결정)이 아니라하여 청구인의 위 경정청구를 2010.2.16. 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.13. 이건 심사청구를 하였다.

• 가. 처분청은 구조특법 제85조가 2006.12.30. 법률 제8146호로 삭제되었음을 지적하면서 해당법률이 삭제되었으므로 경정청구를 할 수 없는 것이라는 듯한 표현을 사용하고 있으나, 납세자는 삭제(폐지)되기 전의 법률에 의하여 신고하였거나 부과된 세금에 대하여 삭제(폐지)된 후에도 경정청구 등 불복청구를 할 수가 있는 것이므로 처분청의 이러한 기각이유는 부당하며.
• 나. 쟁점토지의 기준시가 적용기준일이 사업실시계획의 인가일인 2008.4.14.임을 지적하면서 마치 쟁점토지가 구조특법 제85조에서 규정하고 있는 기준시가 적용기준에 적합하지 않은 듯한 표현을 사용하고 있으나, 쟁점토지는 청구인이 1999.5.26.(상속)과 1965.11.18.(매매)에 각각 취득하여 2006.7.7. 청구외법인에 양도한 것이므로 구조특법 제85조의 기준시가 적용요 건을 완전하게 충족하고 있으며, 또한 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제96조 제2항의 규정에 의하면 “실시계획의 인가일을 사업인정고시일로 본다.”고 되어있으므로, 이러한 규정에 따라 실시계획인가일인 2008.4.14.을 기준으로 하여 다시 계산하여도 청구인은 이로부터 각각 9년 전과 43년 전에 취득한 것이 되므로 피청구인의 이러한 이유 또한 경정청구의 거부사유가 될 수 없는 것이다.
• 다. 경정청구 거부사유로 처분청은 공익사업은 국가, 지방자치단체, 한국토지공사 등 수용권이 있는 기관이 강제 취득한 토지에 대해서만 시행할 수 있는 것이라는 듯한 표현을 사용하고 있으나, 골프장 등 도시계획시설사업으로 건설되는 체육시설은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제86조 제5항의 규정에 의하여 국가, 지방자치단체 외의 자를 사업시행자로 지정하여 도시계획사업을 시행할 수가 있는 것이고, 이러한 지정사업자는 같은 법 제95조 제1항의 규정에 의하여 사업에 필요한 토지를 수용할 수가 있는 것이므로, 도시계획시설로 건설되는 골프장 건설사업은 공익사업을 위한 토지 등 의 취득 및 보상에 관한 법률제4조 제8호의 규정 에 해당하는 공익사업인 것이다. 또한 공익사업에 필요한 토지는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상 에 관한 법률제14조 제1항의 규정과 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행 령제96조 제3항의 규정에 의거 사업인정 전 또는 사업시행자 지정 전 에 사법상의 매매계약에 의하여 제한 없이 취득할 수가 있는 것이고, 이렇게 취득 한 토지는 모두 수용에 의하여 취득한 토지와 똑같이 공익사업용 토지로 취급 되는 것이므로 사업시행자는 대부분의 토지를 당사자 간의 자유로운 계약에 의하여 취득하고 있는 것이 현실이다. 특히 구조특법 제85조의 규정을 보면 지정지역 내의 부동산을 -------당해 사업시행자에게 양도하는 경우라고 규정함으로써 당사자 간 의 자유로운 계약에 의하여 “양도한 자”가 이 법의 주된 적용대상자임을 명백 하게 규정 하고 있으며, 또한 바로 이어지는 괄호규정에서는수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다고 규정함으로써 수용된 토지는 양도한 토지가 아니지만 예외적으로 이를 적용대상에 포함시키는 것으로 규정하고 있음 을 볼 때, 구조특법 제85조의 주된 적용대상자는 자유로운 계약에 의하여 양도 한자가 되어야 하는 것인데도 불구하고 피청구인은 이와 반대로 수용당한 자만이 적용대상이 되는 것처럼 오해하고 있는 것이다. 이상과 같이 처분청의 청구기각 이유는 모두 세법과 공익사업용 토지의 범위에 대한 오해에 기인하는 것으로서 모두 부당하므로 이건 경정청구의 기각처분은 취소되어야 한다.

쟁점토지 양도당시 청구외법인은 공익사업시행자로 지정되지 않았으므로 쟁점토지의 양도는 구조특법 제85조에 규정된 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니다. 따라서, 지정지역 내의 토지인 쟁점토지의 양도는 양도ㆍ취득가액을 실지거래가액에 의해 결정하여야하는 것이므로, 기준시가에 의해 양도ㆍ취득가액을 결정하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 지정지역 내 토지 양도당시 공익사업시행자로 지정되지 아니한 자에게 양도 한 토지에 대해 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

1. 구조특법 제85조【지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가소득세법제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 부동 산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는소득세법제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만,소득세법제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제7조의3 의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발 및 지방중소기업육성에 관한 법률 제4조 의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔 하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조 의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 2) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년12월31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 3) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가 4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제1조 【목적】 이 법은 국토의 이용ㆍ개발 및 보전을 위한 계획의 수립 및 집행 등에 관하여 필요한 사항을 정함으로써 공공복리의 증진과 국민의 삶의 질을 향상하게 함을 목적으로 한다. 5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2009.2.6. 개정)

4. "도시관리계획"이란 특별시ㆍ광역시ㆍ시 또는 군의 개발ㆍ정비 및 보전을 위하여 수립하는 토지 이용, 교통, 환경, 경관, 안전, 산업, 정보통신, 보건, 후생, 안보, 문화 등에 관한 다음 각 목의 계획을 말한다.

• 가. 용도지역ㆍ용도지구의 지정 또는 변경에 관한 계획
• 나. 개발제한구역, 도시자연공원구역, 시가화조정구역(市街化調整區域), 수산자원보호구역의 지정 또는 변경에 관한 계획
• 다. 기반시설의 설치ㆍ정비 또는 개량에 관한 계획

6. "기반시설"이란 다음 각 목의 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.

• 가. 도로ㆍ철도ㆍ항만ㆍ공항ㆍ주차장 등 교통시설
• 나. 광장ㆍ공원ㆍ녹지 등 공간시설
• 다. 유통업무설비, 수도ㆍ전기ㆍ가스공급설비, 방송ㆍ통신시설, 공동구 등 유통 ㆍ공급시설
• 라. 학교ㆍ운동장ㆍ공공청사ㆍ문화시설ㆍ체육시설 등 공공ㆍ문화체육시설 6) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제26조 【도시관리계획 입안의 제안】

① 주민(이해관계자를 포함한다. 이하 같다)은 다음 각 호의 사항에 대하여 제24조에 따라 도시관리계획을 입안할 수 있는 자에게 도시관리계획의 입안을 제안 할 수 있다. 이 경우 제안서에는 도시관리계획도서와 계획설명서를 첨부하여야 한다.

1. 기반시설의 설치ㆍ정비 또는 개량에 관한 사항 7) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제86조 【도시계획시설사업의 시행자】

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따라 시행자가 될 수 있는 자 외의 자는 대통 령령으로 정하는 바에 따라 국토해양부장관, 시ㆍ도지사, 시장 또는 군수로부터 시행자로 지정을 받아 도시계획시설사업을 시행할 수 있다.

⑦ 국가ㆍ지방자치단체, 정부투자기관 그밖에 대통령령이 정하는 자 외의 자가 제5항의 규정에 의하여 도시계획시설사업의 시행자로 지정을 받고자 하는 때에는 도시계획시설사업의 대상인 토지(국ㆍ공유지를 제외한다)의 소유면적 및 토지소유자의 동의비율에 관하여 대통령령이 정하는 요건을 갖추어야 한다. 8) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제96조 【시행자의 지정】

③ 법 제86조 제7항에서 "대통령령이 정하는 요건"이라 함은 도시계획시설사 업 의 대상인 토지(국ㆍ공유지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)면적의 3분의 2 이 상에 해당하는 토지를 소유하고, 토지소유자 총수의 2분의 1 이상에 해당하는 자의 동의를 얻는 것을 말한다. 9) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제95조 【토지 등의 수용 및 사용】

① 도시계획시설사업의 시행자는 도시계획시설사업에 필요한 다음 각 호의 물건 또는 권리를 수용하거나 사용할 수 있다. (2009.2.6. 개정)

1. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건

2. 토지ㆍ건축물 또는 그 토지에 정착된 물건에 관한 소유권 외의 권리 10) 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률 제10조 【체육시설업의 구분․종류】

1. 등록체육시설업: 골프장업, 스키장업, 자동차 경주장업 11) 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률 시행령 제2조 【체육시설의 종류】 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률(이하 "법"이라 한다) 제3조에 따른 체 육시설의 종류는 별표 1과 같다. (2007.11.20. 개정) 12) 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률 시행령 [별표 1] 체육시설의 종류 (제2조 관련) 구 분 체 육 시 설 종 류 운동 종목 골프장, 골프연습장, 궁도장, 게이트볼장, 농구장, 당구장, 라켓볼장, 럭비풋볼장, 롤러스케이트장, 배구장, 배드민턴장, 벨로드롬, 볼링장, 봅슬레이장, 빙상장, 사격장, 세팍타크로장, 수상스키장, 수영장, 무도학원, 무도장, 스쿼시장, 스키장, 승마장, 썰매장, 씨름장, 아이스하키장, 야구장, 양궁장, 역도장, 에어로빅장, 요트장, 육상장, 자동차경주장, 조정장, 체력단련장, 체육도장, 체조장, 축구장, 카누장, 탁구장, 테니스장, 펜싱장, 하키장, 핸드볼장, 그밖에 국내 또는 국제적으로 치러지는 운동 종목의 시설로서 문화체육관광부장관이 정하는 것 (2008.2.29. 직제개정) 시설 형태 운동장, 체육관, 종합 체육시설

• 다. 사실관계 1) 쟁점토지 양도당시 쟁점토지가 소득세법 제104조 의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 토지임에는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. 2) 청구인이 쟁점토지를 2006.7.7 청구외법인에 양도하고 2006.9.25. 실지거래가액에 의해 양도소득세를 자진신고․납부한 사실에 대하여도 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

3. 쟁점토지를 청구인으로부터 양수한 청구외법인의 사업시행(골프장 건설사업) 과정은 다음과 같다.

○ 2006.07.07.: 쟁점토지 취득(청구인 양도)

○ 2007.11.19.: 도시계획시설결정(경기도 고시 2007-410)

○ 2008.02.26.: 사업시행자지정및실시계획인가열람공고(이천시 공고 2008-171)

○ 2008.04.14.: 국토의계획및이용에관한법률에 의거 사업시행실시계획인가

○ 2008.04.21.: 국토의계획및이용에관한법률에 의거 사업시행자지정및실시계획인가 고시(이천시 고시 2008-47)

• 라. 판 단 구조세특례제한법제85조에 따르면, 소득세법 제104조의2 제1항 의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한법률 또는 그 밖의 법률에 따라 당해 사업시행자에게 양도하는 경우 양도차익을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있는바, 당해 사업에 대한 사업시행자 및 이에 대한 지정절차가 명확히 규정되어 있지 않은 도시 및 주거환경정비법이 적용되는 경우에는 관련법령에 의하여 각종 영향평가 및 심의를 받고 사업시행인가를 신청하는 등 사업시행인가 고시 전이라도 행정청으로부터 사실상 사업시행자 지위에 대한 인정이 있는 자를 포함하여 양도소득세 특례를 적용 할 수 있을 것(재산세제과-1099, 2008.12.26. 같은 뜻)이나, 이 건과 같이 골프장건설사업에 대한 사업시행자 및 이에 대한 지정절차가 명확히 규정되어 있는국토의 계획 및 이용에 관한 법률이 적용되는 경우에는 골프장 건설사업의 대상인 당해 토지의 양수인이 같은 법에 따라 사업시행자 지정을 받기 전에 양도한 경우에는 지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 수 없다 하겠다.(재산세제과-693, 2010.7.16. 같은 뜻). 따라서, 처분청이 ‘쟁점토지를 공익사업용으로 당해 사업의 시행자에게 양도 하였으므로 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 달라’는 청구인의 경정청구를 거부한 이건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.