지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례

청구인은 지정지역 내 토지인 경기도 여주군 00면 00리 산 47-1 임야 71,603㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2006.1.9. 청구외 (주)00리조트(이하 “청구외법인”이라 한다)에 양도하고 2006.3.31. 실지거래가액에 의해 양도소득세를 자진신고․납부하였다. 그 후 2009.12.17. 청구인은 쟁점토지의 양도가 공익사업용 토지의 양도에 해당한다하여 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 결정하여 달라고 처분청에 경정청구하였다. 처분청은 쟁점토지 양도당시 청구외법인이 공익사업시행자로 지정되지 않았 으므로 쟁점토지의 양도는 (구)조세특례제한법(이하 “구조특법”이라 한다) 제85조에 규정된 양도소득세 과세특례 적용대상(기준시가 결정)이 아니라하여 청구인의 위 경정청구를 2010.2.11. 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.13. 이건 심사청구를 제기하였다.

법령에 의하여 사업시행자로 지정되지 아니한 단계에서 이루어지는 사전취득에 있어 양수인이 사업시행자로 지정된 자일 것을 요구하는 것은 논리적으로 성립할 수 없는 무리한 요구라 할 것인 점, 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률(이하 “공익토지법”이라 한다)에 따르면 “사업시행자”라 함은 “공익사업을 수행하는 자를 말한다”고 규정하고 있어, 구조특법 제85 조에 규정된 “사업시행자”가 “사업시행자로 지정된 자”를 의미하는 것은 아님을 알 수가 있는 점, 특히 공익토지법에는 사업시행자의 지정에 관한 규정이 없으므로 사업자가 사업 인정 전에 공익사업용토지를 협의취득하는 경우에도 사업시행자의 지정을 받아서 토지를 취득하는 예가 없다는 점, 공익사업용토지 전부를 사적인 매매계약에 의하여 협의취득 함으로써 사업인정 고시를 생략한 경우에도 당해 토지를 공익사업의 시행자에게 양도한 것으로 보아 보상계획공고일을 기준으로 하여 비사업용토지의 판정을 하도록 지시하고 있는 점(서면5팀-1839, 2007.6.19.), 양도당시 사업시행자로 지정되지 아니한 사업자에게 토지를 양도함으로써 양수인이 세법상의 취득자격에 형식적인 흠결이 발생하였다 하더라도, 양수인의 이러한 흠결은 후속절차의 진행에 의하여 양수인이 사업시행자로 지정됨에 따라 깨끗이 보완되는 것이고, 또한 이러한 보완의 효력은 당해 토지의 당초 계약일로 소급하여 발생하는 것이어서 양도계약의 흠결은 완전하게 치유되는 것이라는 점 등에 비추어, 쟁점토지의 양도는 구조특법 제85조에 규정된 양도소득세 과세특례 적용대상이다. 따라서, 쟁점토지의 양도는 위 규정에 따라 양도ㆍ취득가액을 기준시가에 의해 신고할 수 있는 것임에도, 청구인은 실지거래가액을 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였으므로 이는 경정청구 대상인 것이다.

쟁점토지 양도당시 청구외법인은 공익사업시행자로 지정되지 않았으므로 쟁점토지의 양도는 구조특법 제85조에 규정된 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니다. 따라서, 지정지역 내의 토지인 쟁점토지의 양도는 양도ㆍ취득가액을 실지거래가액에 의해 결정하여야하는 것이므로, 기준시가에 의해 양도ㆍ취득가액을 결정하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이건의 쟁점은 지정지역 내 토지 양도당시 공익사업시행자로 지정되지 아니한 자에게 양도한 토지에 대해 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제85조 【지정지역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가소득세법제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는소득세법제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만,소득세법제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3 의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조 의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조 의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년12월31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가
• 다. 사실관계 1) 쟁점토지 양도당시 쟁점토지가 소득세법 제104조 의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 내의 토지임에는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. 2) 청구인이 쟁점토지를 2006.1.9. 청구외법인에 양도하고 2006.3.31. 실지거래가액에 의해 양도소득세를 자진신고․납부한 사실에 대하여도 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

3. 쟁점토지를 청구인으로부터 양수한 청구외법인의 사업시행(골프장 건설사업) 과정은 다음과 같다.

○ 2006.01.09.: 쟁점토지 취득(청구인 양도)

○ 2007.11.19.: 도시계획시설결정(경기도 고시 2007-410)

○ 2008.02.26.: 사업시행자지정및실시계획인가열람공고(이천시 공고 2008-171)

○ 2008.04.21.: 국토의계획및이용에관한법률에 의거 사업시행자지정및실시계획인가 고시(이천시 고시 2008-47)

• 라. 판 단 구조특법 제85조의 규정에 의하면, 소득세법령에 의한 지정지역 내의 부동산의 경우라도 공익사업 관련 법률에 의하여 당해 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함)하는 경우에는 그 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있는 바, 구조특법 제85조 소정의 기준 시가에 의한 양도소득세 과세특례를 적용받기 위해서는, 첫째, 양도자가 거주자이어야 하고, 둘째, 그 부동산이 공익사업 관련 법률에 의하여 당해 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구 등의 지정일 전에 취득(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호 의 2 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)한 것이어야 하며, 셋째, 그 부동산을 2006.12.31. 이전에 양도(수용되는 경우를 포함)하여야 하고, 넷째, 그 부동산이 공익사업용으로 당해 사업의 시행자에게 양도되어야 한다는 요건을 충족하여야 한다. 이건의 경우, 위 요건들 중 첫 번째부터 세 번째까지의 요건은 충족되고 있으나 네 번째 요건에 대하여는 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 청구인은 쟁점토지를 2006.1.9. 청구외법인에 양도하였고, 청구외법인은 국토의 계획및이용에관한법률에 의거 2008.4.21. 체육시설(골프장) 사업시행자로 지정 받았음이 심리자료에 의하여 확인된다. 그렇다면, 지정지역 내의 토지로서 양도 당시 공익사업 시행자도 아니고 양 도일 이후 국토의 계획및이용에관한법률에 의거 체육시설(골프장)사업 시행자로 지정받은 자에게 양도된 쟁점토지의 양도는 ‘그 부동산이 공익사업용으로 당해 사업의 시행자에게 양도되어야 한다’는 요건을 충족하지 못한 것으로 봄이 상당 하다고 판단된다(조심2008서3501, 2008.12.18. 및 재산세제과-694, 2010.7.19. 참조). 따라서, 처분청이 ‘쟁점토지를 공익사업용으로 당해 사업의 시행자에게 양도 하였으므로 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 달라’는 청구인의 경정청구를 거부한 이건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.