쟁점토지의 양도 여부와 청구인이 경작한 것으로 볼 수 있는지

• 가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○동 76-1번지 답 1,775㎡와 같은 동 76-2 구거 116㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 △△△△△(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)에 1,716백만원에 매매하 는 계약을 체결하고, 2008.7.14. 매매대금 중 1,681,680천원을 수령한 후, 쟁점토지를 양도한 것으로 보아 2008.9.30. 양도소득세를 신고하면서 185,214,610원을 자진납부하고, 양도소득세 감면세액 100백만원을 신청하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지 등에 대한 현지확인조사를 실시하여 농지대토 감면신청을 부인하고 비사업용토지의 양도로 보아 2010.2.1. 2008년 과세연도 양도소득세 457,022,583원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 2008.7.10. 쟁점토지를 △△△△△(주)에 1,716백만원에 매매하는 매매계약을 체결한 후 2008.7.14. 매매대금 중 1,681,680천원을 수령하였고, 당시 양도소득세를 자진신고하면 장기보유와 대토부분에 대하여 감세를 받을 수 있다는 세무공무원의 권유에 따라 잔금 34,320천원이 완제되지 않았음에도(등기이전도 현재까지 되지 않음) 양도소득세를 자진신고납부하였다.
• 나. 청구인의 자진신고는 절세를 위한 방편으로 한 것인데 법률적으로는 아직 과세시점이 도래하지 아니하였으므로 처분청으로부터 부과처분을 받을 시점이 되지 아니한 것이므로 이 건 부과처분은 위법, 부당하다. 또한, 청구인이 쟁점토지를 청구외법인에게 양도한 것은 청구외법인이 쟁점토지를 아파트신축사업에 사용하기 위한 목적에서 이루어진 것으로 청구외법인은 2010.5월 경 사업승인을 받을 예정으로 쟁점토지 인근 수십필지를 약 90인의 소유자로부터 매수한 사실이 있고, 쟁점토지도 이미 ◎◎◎◎◎◎주식회사에 소유권이전청구권가등기가 경료되어 있는 점만으로도 충분히 인정되는 것으로, 위 수 십필지 소유자들은 대부분 양도소득세 신고를 한 사실이 없으며, 양도시점이 2009.3월부터 2010년 말까지로 인정되는 경우에는 공익사업(아파트용 토지매매 포함)에 사용하기 위한 목적의 토지매매에 대하여는 이를 비사업용부동산의 매도에서 제외하는 한시적인 구제를 하고 있는바, 청구인에 대한 부과처분은 이전등기나 대금완제가 될 시점에 이루어져야 하는 것이 타당하다.
• 다. 부과시점이 도래하였다 하더라도 청구인은 쟁점토지를 자경하여 온 것이므로 비사업용으로 보는 것은 부당하다. 청구인은 쟁점토지를 2003년도에 취득한 이후 이를 농지원부에 등재하고, 쟁점토지에 과수목 등을 식재하여 실제로 자경하였다. 따라서 3년이상 자경한 것이므로 비사업용으로 과세하는 것은 부당하다.

• 가. 청구인이 쟁점농지에 대해 2008.7.10. 양도계약을 체결하고, 2008.7.14. 매매대금 1,716백만원 중 대부분인 1,681백만원(98%)을 지급 받은 것은 청구인의 금융거래내역에서도 나타나며, 청구인 본인도 이의가 없는 점으로 볼 때 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금지급이 이행되었다고 한다면, 양도로 볼수 있는 것(대법원 92누8934, 1993.4.27., 및 조심 2009부1992, 2009.6.30)이므로 2008.7.14. 청구외법인의 수탁자 ◎◎◎◎◎◎(주)이 소유권이전처구가등기를 설정하도록 함으로써 청구인이 더 이상 쟁점토지의 소유자로서 소유권행사를 하지 아니한 점 등에 비추어 쟁점토지의 사실상 양도시기를 2008.7.14.을 적용하여 이 건 부과처분은 정당하다.
• 나. 주소지인 ○○도 ○○시 △△면 △△리 380 △△△△△ 105-402호 현지출장하여 확인한바, 주소지에 거주하고 있는 사람은 만나볼 수 없으며, 우편함에 ○○도 ○○시 ◇◇면 ◇◇리 584-1에 위치한 중증장애인시설인 ♧♧♧♧♧에서 강◈◈에게 보낸 우편물이 존재하였고, 동 주소지의 소유자는 강◈◈의 딸이며, 면적이 66.62㎡에 불과하여 2가구가 함께 거주하기는 어려울 것으로 보이며, 청구인은 ○○○○시에서 1981.5.26.부터 실제 거주하면서 개인택시 운수업을 1991.12.5. 개업하여 현재까지 영업 중인 것으로 확인된다.

4. 관련 법령․예규․판례 등

• 가. 쟁점 쟁점토지가 양도된 것으로 볼 수 있는지와 청구인이 경작한 것으로 보아 농지대토를 인정할 수 있는지
• 나. 관련 법령 등 1) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 2) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도하거나 취득하는 토지가 국토의 계획 및 이용에관한 법률에 의한 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지 로서 대통령령이 정하는 토지의 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2 분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지가액의 3분의 1 이상일 것 4) 소득세법 기본통칙 89-1【비과세되는 농지의 대토범위】

② 농지법에 의한 위탁경영, 대리경작 또는 임대차(사용대차를 포함한다)하는 농지를 대토하는 경우에는 제1항에 규정하는 농지의 대토로 보지 아니한다. 5) 농지법 시행령 제2조 【농지의 범위】

① 농지법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1호가목 본문에 따른 다년생식물 재배지는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 식물의 재배지로 한다.

1. 목초ㆍ종묘ㆍ인삼ㆍ약초ㆍ잔디 및 조림용 묘목

2. 과수ㆍ뽕나무ㆍ유실수 그 밖의 생육기간이 2년 이상인 식용 또는 약용으로 이용되는 식물

3. 조경 또는 관상용 수목과 그 묘목(조경목적으로 식재한 것을 제외한다) 6) 소득세법 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다.

1. 전·답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
• 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 및 시 지역(지방자치법 제3조제4항 의 규정에 의한 도·농복합 형태의 시의 읍·면 지역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 의한 도시지역(대 통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 농지. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주 하여 자기가 경작하던 농지가 특별시·광역시 및 시지역의 도시 지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 종료되지 아니한 농지를 제외한다. 7) 소득세법 시행령 제168조 의6【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

8. 심사양도99-485(2000.03.10.) 토지의 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었다면 양도로 볼 수 있을 것(대법원 88누8609, 1989.7.11. 같은뜻)인바, 위 내용을 종합하여 판단하면, 1998.4.20. 쟁점 토지가 토지거래허가지역에서 제외되었기에 그 양도시기는 대금지급이 완료된 날로 소급되는 것으로서, 1996.4.13. 청구인은 매매대금의 99.93%를 지급받았으며, 통상 부동산매매계약의 잔금은 매매대금의 50% 이상인 것이 사회통념 내지 관행인 점에 비추어, 쟁점 토지매매대금의 0.07%에 불과한 잔금 1,000,000원은 쟁점 토지지상무허가건물의 철거를 위한 담보비용정도에 불과하다는 처분청 의견이 신뢰성이 있다고 보여지고, 또한 청구인이 잔금 1,000,000원을 남겨둔 상태에서 쟁점 토지를 청구외 ○○부동산신탁주식회사에 처분신탁등기를 함에 있어서 쟁점 토지취득자를 청구외 법인 또는 청구외 법인이 지정하는 자로 한정해 놓은 점으로 미루어 쟁점 토지는 사실상 청구외 법인에게 소유권이 이전되었다고 보아야 할 것이므로, 처분청에서 쟁점 토지의 잔금이 청산된 것으로 보아 양도소득세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

• 다. 사실내용

1. 청구인과 청구외법인은 쟁점토지에 대해 1,716백만원에 매매하는 것으로 하여 매매계약을 체결하였고, 매매대금의 98%인 1,681,680천원을 청구인의 농협통장에 입금하였고, 잔금 34,320천원을 청구인이 지급받지 않은 점에 대하여는 처분청과 청구인간의 다툼이 없다. 2) 청구인은 쟁점토지에 대해 2008.9.30. 양도소득세 예정신고서를 제출하였고, 자진납부세액 185,214,610원의 1/2씩을 2008.9.30. 및 2008.11.4. 납부하였다.

3. 쟁점토지의 매매계약서에 의하면, 계약금 및 중도금 1,681,680천원은 2008.7.10. 지급하는 것으로 되어 있고, 잔금 34,320천원은 지구단위계획 확정시 지급받하는 것으로 약정되어 있으며, 쟁점토지의 매매계약서 중 특약사항란에 아래와 같은 사항이 기재되어 있는 것으로 확인된다.

• 가) 중도금 등(98%)을 수령 후 처분신탁서류 및 지구단위 계획구역지정 제안동의서를 매수자에게 제공한다.
• 나) 2008.10.8. 이전에 2%의 잔금 때문에 양도소득세 신고가 불가할시 그 이후 늘어나는 양도소득세 및 제세공과금을 매수자가 책임진다.

4. 등기부등본에 의하면, 쟁점토지에 대해 2008.7.15. ◎◎◎◎◎◎주식회사를 수탁자로 한 소유권이전청구권가등기가 설정되어 있다.

5. 국세통합시스템에 의하면, 청구인은 ◐◐시 ◐◐구 ◐◐동 97-10번지를 사업장 소재지로 하여 1991.12.5.부터 현재까지 개인택시업을 영위하고 있다.

6. 청구외법인 최▣▣에게 문의한바, 법인의 경우 농지를 취득할 수 없어 지구단위변경계획 이후에 잔금을 지급하고 등기할 예정이며, 현재 40～50명 정도로부터 토지를 취득하여 인․허가 중에 있으며, 현재 전 소유자가 경작하는 토지도 있는 것으로 알고 있다. 가) 미지급비율은 2%로 동일하지 않고, 5%, 10%를 미지급한 경우도 있다.

• 나) 미지급비율(2%～10%)의 의미는 취득을 할 수 없어 잔금을 지급하지 않은 것으로 보면 되고, 추후 필요한 서류를 신속하게 제출받기 위한 담보성격으로 볼 수도 있다.
• 라. 판단

1. 관련법령 및 사실관계 등에 의하면, 원칙적인 양도시기는 소득세법 시행령 제162조 에서 규정하는 잔금을 청산한 날이나, 양도에 대한 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼만한 정도의 대금 지급이 이루어졌다면 그 대가가 지급된 시기를 양도로 볼 수 있을 것 (대법원 88누8609, 1989.7.11. 같은 뜻)이고, 쟁점토지는 매매대금 중 98%가 지급되었고, 중도금 등을 지급받은 날 매수자인 청구외법인의 수탁자인 ◎◎◎◎◎◎(주)가 소유권이전청구권가등기를 설정하도록 하여 청구인이 쟁점토지의 소유자로서 소유권 행사를 하지 아니하도록 하였으며, 청구인도 대부분의 대금을 지급받은 2008.7.14.을 쟁점토지의 양도시기로 보아 양도소득세를 신고하였는바, 처분청이 청구인의 신고서류 등에 기반하여 2008.7.14.을 양도시기로 보아 과세한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

2. 다음으로, 감면되는 자경농지의 대토는 종전 토지의 양도당시 양도인이 그 토지를 농지소재지 또는 연접한 지역에서 거주하면서 3년이상 자경하여야 하고, 또한 자경할 목적으로 새로 토지를 취득할 것을 전제로 하는 것으로 청구인은 ◐◐◐◐시에서 개인택시 운수업을 1991.12.5. 개업하여 현재까지 영업 중인 것으로 확인되고, 2008.9.19. 농지소재지로 주민등록이 이전되어 있으나 이는 양도일(2008.7.14.)이후에 거주 이전한 것으로 양도일현재 거주요건 및 3년이상 경작요건을 모두 충족하지 못하고 있어 청구인이 농지대토하였다는 주장은 받아들이기 어렵고, 또한, 쟁점토지의 소재지에서 거주하지 않은 청구인이 쟁점토지를 경작하였다고 볼 만한 증거자료도 없어 쟁점토지는 비사업용토지에 해당한다 할 것이다.

3. 따라서, 처분청에서 2008.7.14.을 양도일자로 보아 경작사실이 확인되지 않는 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 과세한 이 건 부과처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.