쟁점아파트가 양도소득세 감면대상인지

• 가. 청구인은 1999.11.22. 등부터 주택임대사업용으로 소유하던 ○○시 ○○구 ○○동 915-1 ○○마을 ○○아파트 603동 1409호 외 7개 공동주택을 2008.5.9. 등 7회에 나누어 양도하고 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 양도한 8개 공동주택 중 6개 공동주택(이하 “미분양아파트”라 한다)에 대하여는 조세특례제한법 제97조 의 규정에 의한 장기임대주택의 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 100%감면하였으나, 나머지 2개 공동주택인 ○○아파트 603동 1409호 및 1611호(이하 “분양아파트”라 하고, 미분양아파트와 합하여 “쟁점아파트”라 한다)는 50%의 감면율을 적용하여 2010.2.11. 2008년 과세연도 양도소득세 14,395,301원, 감면세액에 대한 농어촌특별세 19,828,451원, 합계 34,223,750원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.13. 이 건 심사청구를 하였다.

본 건은 1997년 미분양된 아파트를 매입하여 10여년간 소유하다가 매매한 물건이고, 조세특례제한법 제98조 의 규정에 따란 본 건은 양도소득세가 면세되어야 하고, 부동산 건별로 양도소득을 계산하여야 하지 연간 합산하지 말아야 한다.

• 가. 청구인의 주장대로 분양아파트가 조세특례제한법 제98조 에 의한 미분양주택에 해당되려면, “주택건설촉진법에 의하여 사업계획 승인을 얻어 건설하는 주택으로서 당해 주택의 소재지를 관할하는 시장․군수 또는 구청장이 1995.10.31. 현재 미분양주택임을 확인한 주택”과 “주택건설업자로부터 최초로 분양받은 주택으로 주택이 완공된 후 다른 자가 입주한 사실이 없는 주택”의 요건을 모두 갖춰야 하는 것으로 분양아파트의 경우에는 취득당시 다른 자가 입주한 사실이 있는 주택이므로 조세특례제한법 제98조 를 적용할 수 없다.
• 나. 1986.1.1.～2000.12.31. 신축된 주택으로서 취득당시 입주된 사실이 없고, 1995.1.1.부터 2000.12.31.까지 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택의 경우 양도소득세가 100% 감면되지만, 취득당시 입주된 사실이 있는 분양아파트의 경우 50% 감면을 적용한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점아파트가 양도소득세 감면대상인지
• 나. 관련 법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2) 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일이후 취득 및 임대를 개시하여 5년이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 조세특례제한법 제98조 【미분양주택에 대한 과세특례】

① 거주자가 대통령령이 정하는 미분양 국민주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 1995년 11월 1일부터 1997년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1997년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 5년이상 보유·임대한 후에 양도하는 경우 당해 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

1. 소득세법 제92조 및 제93조의 규정에 따라 양도소득의 과세표준과 세액을 계산하여 양도소득세를 납부하는 방법. 이 경우 양도소득세의 세율은 동법 제104조 제1항의 규정에 불구하고 100분의 20으로 한다.

2. 소득세법 제14조 및 제15조의 규정에 따라 종합소득의 과세표준과 세액을 계산하여 종합소득세를 납부하는 방법. 이 경우 당해 주택을 양도함으로써 발생하는 소득금액의 계산에 관하여는 소득세법 제19조제2항 의 규정을 준용한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의한 1세대1주택의 판정, 과세특례적용의 신청 등 미분양주택에 대한 과세특례에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 거주자가 대통령령이 정하는 미분양 국민주택을 1998년 3월 1일부터 1998년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(1998년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 5년이상 보유·임대한 후에 양도하는 경우 당해 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항의 규정을 준용한다. 4) 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제97조제1항 각호외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② 법 제97조제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 소득세법 시행령 제32조제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

③ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 재정경제부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록증

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

5. 기타 재정경제부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각 호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것 5) 농어촌특별세법 제2조 【정의】

① 이 법에서 "감면"이라 함은 조세특례제한법·관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제 6) 농어촌특별세법 제3조 【납세의무자】 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

• 다. 사실관계

1. 처분청은 양도시 실거래가액을 기준으로 하여 취득․양도시의 공동주택가격을 기준으로 안분계산하여 취득가액을 산정하였고, 미분양아파트에 대하여는 양도소득세를 100% 감면하고, 분양아파트에 대하여는 양도소득세를 50% 감면하였으며, 감면세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 고지하였다. (천원) 호수 양 도 취 득 양도일 등기부등본 기재가액① 양도당시 공시가액② 취득일 취득당시 (최초) 공시가액③ 취득가액 (①×②/③)

아파트 1409 08.10.15 105,000 60,000 99.11.22 35,000 61,250 1611 08.8.18 121,000 60,000 99.10.8 34,000 68,566 쟁 점 외 아 파 트 1714 08.5.9 104,500 58,000 98.2.6 34,000 61,258 1615 08.6.24 120,600 60,000 98.3.28 36,500 73,364 1610 08.8.14 120,600 60,000 98.2.6 34,000 68,339 1605 08.8.28 120,000 60,000 98.3.28 34,000 68,000 1617 08.10.14 120,600 60,000 98.2.6 34,000 68,340 1701 08.10.15 120,500 58,000 98.2.6 36,500 75,832 합계 932,800 544,949 * 이 건 아파트의 경우 최초 공시일은 1998.7.1.임

2. 등기부등본 및 건축물대장 등에 의하면 청구인이 분양아파트를 취득․양도한 일자와 전소유자의 소유기간은 다음과 같다. 동 ․ 호수 청구인 전소유자 취득일 양도일 소유자 소유기간 603동 1409호 99.11.22 08.5.9 김◇◇ 97.12.24 ～ 98.11.22 603동 1611호 99.10.8 08.8.18 조◈◈ 98.4.7 ～ 99.10.7

3. 청구인이 제출한 고양시장이 1997.11.3. 증명한 임대사업자등록증에 의하여 확인되는 내용은 다음과 같다.

• 가) 등록사항은 ○○시 ○○구 ○○3동 915-1 ○○마을 603동 1610호, 같은 동 1617호, 같은 동 1701호, 같은 동 1714호와 ○○시 ○○구 △△동 214-1 △△마을 204동 204호임
• 나) 1998.2.25. 등록호수(○○시 ○○구 ○○택지개발지구 23-1블럭 ○○아파트 3동 1615호, 3동 1605호) 추가됨
• 다) 20007.7.6. 등록호수(○○시 ○○구 ○○동 915-1 ○○마을 ○○아파트 603동 909호, 1409호, 1611호) 추가됨
• 라. 판단

1. 위 내용을 종합하여 살펴보면, 쟁점아파트를 임대한 사실 및 기간에 대하여 처분청과 청구인간의 다툼은 없으나, 청구인은 부동산 건별로 양도소득을 계산하여야 하고, 조세특례제한법 제98조 (미분양주택에 대한 과세특례) 규정에 따라 양도소득세가 감면되어야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

2. 먼저 관련 법령에 의하면, 양도소득의 경우 당해 연도에 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득을 합산하여 결정하도록 되어 있어 물건별로 양도소득을 계산하여 달라는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 또한, 1995.1.1. 이후 취득 및 임대를 개시하여 취득당시 입주된 사실이 없는 주택으로서 5년 이상 임대한 임대주택 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 양도소득세액을 감면하도록 되어 있으나, 취득당시 입주된 사실이 있는 5년 이상 임대한 주택의 경우에는 100분의 50을 감면하도록 되어 있으며, 농어업의 경쟁력강화와 농어촌산업기반시설의 확충 및 농어촌지역 개발 사업을 위하여 필요한 재원을 확보함을 목적으로 하여 소득세․법인세 등이 감면․공제되는 경우 감면세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 부과하도록 되어 있는바,

4. 처분청의 이 건 부과처분에 대한 결정결의서에 의하면, 건축물대장 및 등기부등본에 의해 청구인이 취득시 미분양으로 확인되는 미분양아파트에 대해서는 양도소득세를 100% 감면하였고, 기 분양이 이루어진 분양아파트의 경우에는 양도소득세를 50% 감면하였음이 확인되며, 감면세액을 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 부과하였음이 확인되는 바, 이 건 부과처분은 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.