주택과 그 부수토지 중 일부가 수용될 때 1세대1주택으로 비과세되는 주택부수토지를 수용된 토지 면적으로 보아야 하는지 여부

청구인은 父인 청구외 성○○으로부터 1997.3.6. ○○도 ○○시 ○○동 000-17번지(000-3번지에서 이기) 소재 토지 925㎡를, 2005.11.8. 같은 곳에 정착된 주택 2동(한 울타리 내) 94.01㎡(57.98㎡와 36.03㎡, 이하 토지와 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 증여받아 증여세 신고․납부를 하였으며, 2009.2.26. 쟁점부동산 중 주택 57.98㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)와 주택부수토지 347㎡(이하 “쟁점주택부수토지”라 한다)가 ○○시에 수용되자 수용된 면적 중 주택 정착면적의 5배를 초과하는 부분을 안분계산(347㎡×455㎡÷925㎡=170.68㎡)하여 2009.4.30. 양도소득세 29,969,262원을 예정신고․납부하였다. 이후 청구인은 쟁점토지 일부만의 양도로 착각하여 신고․납부하였는바, 쟁점주택과 쟁점주택부수토지는 1세대1주택 비과세 대상이라 하여 2009.10.19. 경정청구를 하였으며, 처분청은 2010.1.15. 경정청구를 기각하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.1. 이의신청을 거쳐 2010.4.8. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 쟁점부동산의 주택 2동은 별도로 분리하여 사용할 수 없어 쟁점주택 수용 당시 나머지 주택 36.03㎡도 멸실되었으므로 주택정착면적인 94.01㎡의 5배인 470.05㎡ 이하인 토지는 1세대1주택으로 비과세되는 주택부수토지임에도 청구인이 당초 안분계산 착오로 예정신고․납부한 양도소득세 29,969,262원의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다. 1) 청구인은 양도소득세 예정신고 당시 쟁점주택 57.98㎡만 수용된 것으로 하여 1세대1주택으로 비과세되는 주택부수토지를 초과하는 면적 170.68㎡가 있는 것으로 신고․납부하였으나 실제로는 94.01㎡ 전부가 수용되었으므로 주택부수토지를 초과하는 면적이 없다.
• 가) 예정신고 당시 과세면적과 비과세면적은 다음과 같이 산출하였다.

(1) 비과세면적: 347㎡ × 470㎡(주택 정착면적의 5배) ÷ 925㎡ = 176.32㎡

(2) 과세 면적: 347㎡ × 455㎡(= 925㎡

• 470㎡) ÷ 925㎡ = 170.68㎡ * 주택 정착면적 94.04㎡ × 5 = 470.05㎡ ≒ 470㎡

• 나) 예정신고 후 검토한바, 수용으로 양도한 쟁점주택부수토지는 347㎡이고, 비과세되는 주택 정착면적의 5배 이내의 토지는 470㎡로 수용된 쟁점주택부수토지 전부가 비과세되는 1세대1주택의 부수토지에 해당된다.
• 다) 따라서 소득세법이 규정하는 바에 따라 비과세에 해당됨에도 착오로 신고․납부한 이 건 양도소득세 경정청구는 인정되어야 한다. 2) “1주택을 2 이상의 주택으로 분할하여 양도한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 1세대1주택으로 보지 아니하나, 주택 및 그 부수토지의 일부가 수용되는 경우의 당해 주택(부수토지 포함)과 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(부수토지 포함)은 그러하지 아니하다”는 소득세법 규정에 의하여 쟁점주택 등의 수용일로부터 2년 이내에 양도하지 못할 경우 잔존 토지 578㎡ 전체가 비과세에서 제외되므로 이 건 경정청구를 거부할 경우 납세자의 재산권이 부당하게 침해받게 된다. 3) 따라서 양도 당시를 기준으로 판단한 쟁점주택부수토지 전부가 비과세되어야 국세기본법에서 정하는 “세법의 해석적용에 있어서 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다”는 규정에도 합치된다 할 것이다. 4) 수용된 쟁점주택은 너무 낡고 초라한 목조시멘트 기와지붕 단층으로 할 울타리 내에 주택 2동이 있어 대문이 1개이며 화장실은 대문밖에 위치해 있어 분할하여 생활이 불가능하다고 판단되었고, 이에 따라 수용된 쟁점주택 철거 당시 나머지 주택도 함께 철거하였으므로 쟁점부동산의 전체 주택 바닥면적을 기준으로 쟁점주택부수토지의 1세대1주택 해당여부를 판단하여야 한다.
• 나. 이의신청 결정문에서도 쟁점주택과 쟁점주택부수토지의 취득가액이 53,091천원이나 청구인이 26,115천원으로 과소신고한 사실을 인정하였으면서도 이를 감안한 경정처분을 하지 않고 있는 사실도 부당하다.

• 가. 쟁점부동산은 한 울타리 내에 2동의 건물이 1주택을 이루고 있다가, 그 중 쟁점주택 및 쟁점주택부수토지가 분할되어 ○○시에 수용되었는바, 이 경우 쟁점부동산 전체주택 및 토지를 기준으로 비과세 해당여부를 판단하여야 하므로 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다. 1) 쟁점부동산 전체 주택 정착면적의 5배 이내의 토지는 주택부수토지로 비과세이고, 5배를 초과하는 면적은 과세이나 쟁점주택과 쟁점주택부수토지만 수용되었으므로 이를 쟁점부동산 전체면적으로 안분계산한 당초 예정신고는 적정하다.
• 나. 쟁점주택과 쟁점주택부수토지의 취득가액이 53,091천원이나 청구인이 26,115천원으로 과소신고한 사실을 이의신청 결정문에서 인정하여 이 건 심사청구가 제기된 후인 2010.4.14. 직권시정(환급 5,551,657원) 하였으므로 이를 주장하는 청구는 처분이 없는 경우에 해당되어 심리에서 제외되어야 한다.

• 가. 쟁 점 수용된 주택 면적을 94.01㎡로 볼 수 있는지, 주택 일부와 그 부수토지 중 일부만 수용될 때 1세대1주택으로 비과세되는 주택부수토지(주택 정착면적의 5배 이내의 면적)를 수용된 토지만으로 보아야 하는지, 전체 토지 중 수용된 토지로 안분하여야 하는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. ～ 2. (생략)

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 (이하 생략)

2. 소득세 법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(괄호 생략)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. (생략)

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 (이하 각목 및 각호 생략)

② ～ ⑥ (생략)

⑦ 법 제89조 제1항 제3호에서 "지역별로 대통령령이 정하는 배율"이라 함은 다음의 배율을 말한다.

1. 도시지역안의 토지 5배

2. 도시지역밖의 토지 10배 (이하 생략) 3) 소득세법 시행규칙 제72조 【1세대1주택의 특례】

① (생략)

② 영 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제3호에 규정하는 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 당해주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 2년이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다. (이하 생략) 4) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (이하 생략) 5) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지 】 ⓛ (생략)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

• 다. 사실관계 1) 쟁점주택부수토지의 수용과 관련하여 쟁점부동산의 주택 2동이 멸실된 사실에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 2) 2009.4.14. 처분청은 ‘취득가액 26,115천원을 53,091천원으로 변경하여 양도차익을 산정하였으며 5,551,657원을 환급한다’고 청구인의 세무대리인에게 경정청구 당초 거부처분에 대한 일부 취소통지를 한 사실이 확인된다. 3) 쟁점부동산의 주택은 94.01㎡이고, 주택부수토지는 925㎡이므로 쟁점부동산을 양도할 경우 1세대1주택으로 비과세되는 토지는 주택 정착면적의 5배인 470.05㎡이고, 454.95㎡는 양도소득세 과세대상이다. 4) 쟁점부동산 중 대지 347㎡와 주택 2동 94.01㎡은 2009.2.26. 가학로 확․포장공사를 위한 공공용지 협의취득으로 ○○시에 소유권이 이전되었으나 ○○시는 대지 347㎡와 주택 57.98㎡에 대하여만 보상을 한 사실이 등기부등본 및 용지보상대장에 의하여 확인되며, 주택 2동은 동시에 철거되었다.
• 라. 판 단 1) 2개의 동으로 구성된 1주택이 공공사업 사업시행자에게 소유권이 전부 이전되었으나 그 중 1개 동에 대하여만 보상금을 지급받은 경우 수용된 주택의 면적을 어떻게 산정하여야 하는지에 대하여 살펴본다. 2개의 동으로 구성된 1주택이 공공사업 사업시행자에게 소유권이 전부 이전된 경우에도 그 중 1개 동에 대하여만 보상금을 지급받았다면 보상금을 지급받지 아니하고 소유권을 이전한 주택은 국가에 기부채납한 것으로 봄이 상당하다 할 것이고, 보상금을 지급받지 않은 주택은 수용된 주택으로 보기 어렵다 할 것이다. 따라서 2개 동 중 1개 동만 보상금을 지급받으면서 2개 동 모두 소유권을 이전한 이 건의 경우 수용된 주택의 면적은 보상금을 지급받은 57.98㎡라고 판단된다. 2) 주택과 그 부수토지 중 일부만 수용될 때 1세대1주택으로 비과세되는 주택 부수토지를 수용된 토지만으로 보아야 하는지, 전체 토지 중 수용된 토지로 안분하여야 하는지에 대하여 살펴본다. 비과세되는 1세대1주택의 부수토지는 주택 정착면적의 5배 이내의 토지만 비과세되고 나머지 토지는 과세대상이므로 주택과 그 부수토지 중 일부만 수용될 때 1세대1주택으로 비과세되는 주택 부수토지는 전체 토지 중 수용된 토지로 안분하여야 하는 것이고, 수용일로부터 2년 이내에 수용되지 않은 잔여 토지를 양도하는 경우 비과세되는 1세대1주택 부수토지를 전체 토지 중 수용되지 않고 양도하는 토지로 다시 안분하여야 할 것으로 보인다. 따라서, 수용된 주택의 면적에 상관 없이 수용된 토지(347㎡) × 전체 주택 정착면적의 5배(470.05㎡) ÷ 전체 토지(925㎡)로 계산한 면적이 수용으로 비과세되는 주택의 부수토지에 해당되는바, 청구인은 당초 위와 같이 양도소득세를 예정신고․납부하였으므로 이는 정당한 신고․납부로 청구인의 경정청구에 대하여 처분청이 거부한 것은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.