쟁점토지 양도가 농지 대토에 대한 양도소득세 감면요건인 자경요건을 충족하였는지 여부

청구인은 청구인의 부친인 청구외 강△원으로부터 2000.9.22. 증여 취득한 ○○북도 ○○군 ○○면 ○○리 680-2 외 3필지 답 7,822㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2009.2.10. 청구외 한국○○○○에 양도하고 2009.3.25. 2009년 과세연도 양도소득세 예정신고 시 쟁점토지의 양도는 조세특례제한법 제70조 에 규정된 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는 것으로 보아 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면신청하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 자경하지 아니한 것으로 보아 2009.9.7. 2009년 과세연도 양도소득세 ○○백만원을 과세할 것이라 통지하였다. 위 과세예고에 대한 청구인의 2009.10.7.자 과세전적부심사청구에 대하여 2009.11.6. 재조사 결정이 이루어짐에 따라 처분청은 2009.11월 현지확인을 실시하여 청구인이 쟁점토지를 자경하지 아니한 것으로 보아 청구인의 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 부인하여 2010.1.4. 2009년 과세연도 양도소득세 및 농어촌특별세 ○○백만원을 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.1. 이 건 심사청구를 제기하였다.

1. 청구인이 벼농사 휴경기에 해당하는 약 4개월 동안 쟁점토지를 미나리 재배용 토지로 일시적으로 임대하였다고 하나, 쟁점토지 보유기간 중 매년 봄부터 가을까지 쟁점토지에서 “벼”를 직접 경작하였음이 농지원부 및 농협조합원 증명서 등을 통해 확인되는바 청구인은 조세특례제한법 제70조 에 규정된 양도소득세 감면 대상인 “3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자”에 해당하고,

2. 처분청은 위 법 규정을 적용함에 있어 청구인이 법 소정의 자경기간을 충족하였다고 하더라도 양도일 현재 계절적 휴경기에 해당하여 일시적으로 쟁점토지를 임대하였으므로 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 하나, 이는 청구인이 쟁점토지를 계절적 휴경기에 대부분의 농민들처럼 휴경하였다면 자경한 것으로 본다는 해석으로 조세특례제한법 제70조 의 감면 취지 등을 고려해 볼 때 법리를 오해한 위법 부당한 과세처분에 해당하므로 취소되어야 한다.

3. 또한, 이 건 부과처분에 대한 과세예고에 대하여 그 부당함을 주장하며 청구인이 과세전적부심사청구를 한 데 대하여 관할 세무서장은 청구인이 쟁점토지를 3년 이상 직접 자경하였는지 여부를 재조사하여 부과처분 하도록 결정하였으나, 이에 대한 재조사 사실 없이 이루어진 이 건 부과처분은 위법하다.

• 가. 청구인은 1990.9.5.부터 현재까지 운수업(개별용달)을 영위하는 사업자로서, 2,400평에 달하는 넓은 농지를 직접 경작하였다고 주장하면서도 영농자재 구입내역이 전무한 점 등으로 보아 청구인의 주장은 신빙성이 없으며,
• 나. 청구인이 당초 양도소득세 신고 시 자경의 증빙으로 제출한 확인서 내용 등에 대하여 쟁점토지 소재지 현지확인을 통하여 확인한 바에 의하면,

1. 농지소재지 농업인 확인서에 청구인이 쟁점토지의 실경작자라고 하여 확인․서명한 청구외 홍○○의 배우자 조○○는 같은 동네에 사는 청구인의 작은 아버지인 청구외 강○원의 부탁으로 확인서에 서명․날인한 것으로 확인되고,

2. 쌀 소득 등 보전 직불금 등록 신청서에 첨부된 농지이용 및 경작현황 확인서에 청구인이 자경한 것으로 서명․날인한 마을이장인 청구외 이○희 또한 청구외 강○원의 부탁으로 서명한 것으로 확인되었으며, 또한 청구외 이○희는 쟁점토지의 실경작자는 청구외 홍○○로서 약 10여 년 전부터 쟁점토지에서 벼 및 미나리를 재배하였다고 진술하였으며,

3. 청구외 홍○○는 2006년부터 2008년까지 쟁점토지에서 벼 및 미나리를 본인 책임 하에 경작하였으며, 매년 12월에 선세 개념으로 벼 80㎏ 16가마니에 상당하는 금액을 청구인의 형인 청구외 강△용에게 지급하였으며, 쟁점토지 수용 시 청구인에게 영농보상 신청을 수차례 요구하였으나, 청구외 강△용은 (청구인의) 대토 자경요건인 3년을 채우고자 이를 묵살하고 2009.3월경 보상협의가 끝난 시점에 농업손실보상합의서에 동의하였다고 진술한바 처분청이 청구인은 쟁점토지를 자경하지 아니한 것으로 보아 청구인의 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 부인한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지 양도가 조세특례제한법 제70조 에 규정된 농지의 대토에 대한 양도소득세 감면요건인 자경요건을 충족하였는지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도하거나 취득하는 토지가국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 등에 편입되거나도시개발법그밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것 (이하생략)
• 다. 사실관계

1. 쟁점토지 부동산등기부등본 및 청구인의 쟁점토지 양도소득세 신고서류에 첨부된 계약서 등에 의하면,

• 가) 청구인은 2000.9.22. 청구인의 부친인 청구외 강△원으로부터 쟁점토지를 증여취득하여 2000.12.18. 쟁점토지의 증여재산가액을 △△백만원으로 평가하여 2000.9.22. 증여 분 증여세 △백만원을 신고한 사실,
• 나) 혁신도시개발사업 예정지구 지정승인 고시(제2007-000호, 2007.4.16.)에 따라 쟁점토지가 ○○○○ 혁신도시 개발사업에 편입되자 사업인정고시일 이후에 청구외 한국○○○○와의 협의를 거쳐 ◎◎◎백만원을 보상액으로 합의하여 2009.2.10. 청구외 한국○○○○에게 토지수용을 원인으로 쟁점토지 소유권을 이전한 사실,
• 다) 2009.3.25. 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 예정신고 시 쟁점토지의 양도는 청구인이 농지소재지에 거주하면서 3년 이상 경작한 농지로서 조세특례제한법 제70조 에 규정된 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 하여 양도소득세액 ○○백만원에 대하여 100분의 100을 감면신청한 사실이 확인된다.

2. 청구인은 이 건 심사청구 시 자경에 대한 증빙으로서 청구외 정○진이 자신이 보유한 농기계를 사용하여 8년 전부터 논갈이 및 모내기 작업 등 농작업을 해주고 농기계 사용료 및 비료 구입 등에 소요된 비용은 작물 수확 후 소출된 작물로 받았다는 내용의 2009년 10월경 작성된 확인서와 청구인이 2009.3.5. 농협 조합원에 가입한 사실을 확인하는 해당 농업협동조합원장의 확인서를 제시하였다.

3. 처분청의 과세근거서류 및 이 건 청구 전 청구인의 과세전적부심사청구에 대한 관할 세무서장의 2009.11.6.자 과세전적부심사결정서 기재내역에 의하면,

• 가) 처분청이 감사원의 양도소득세 부당감면 혐의자 통보자료 처리 시 쟁점토지 수용에 따른 영농손실보상금 수령자가 청구인이 아닌 청구외 홍○○인 사실을 확인하고 쟁점토지의 양도는 조세특례제한법 제70조 에 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 중 자경 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 청구인의 양도소득세 감면신청을 배제하고 2009.9.7. 2009년 과세연도 양도소득세 ○○백만원을 과세할 것이라고 예고통지한 사실 및
• 나) 위 과세예고통지에 대한 청구인의 2009.10.7.자 과세전적부심사 청구에 대한 심리과정에서 청구인이 당초 과세전적부심사 청구 시에는 쟁점토지를 2008년 11월경부터 2009.2.10.까지 청구외 홍○○에게 임대하였다고 주장하였으나, 2006년부터 매년 벼농사가 끝난 10월경부터 그 이듬해 2월까지 총 3회에 걸쳐 약 15개월 동안 청구외 홍○○에게 미나리 경작용 토지로 임대하였음을 유선을 통하여 확인한 사실이 나타나고,
• 다) 청구인의 주장대로 벼를 경작할 수 없는 겨울철에만 한시적으로 쟁점토지를 임대하였다면 임대기간 중에 쟁점토지가 양도되었다고 하여 경작상 필요에 의하여 쟁점토지를 양도한 것이 아니라고 보기는 곤란하나, 청구인이 제출한 감면신청서 및 증거서류만으로는 “양도일 현재 임대 중인 쟁점토지가 농지대토에 의한 세액감면에 해당하는지 여부”를 판단할 수 없으므로 청구인이 3년 이상 쟁점토지를 직접 경작하였는지 여부와 겨울철에 일시적으로 임대했는지 여부에 대한 사실관계의 확인이 필요하다고 판단한 사실이 확인된다.

4. 위와 같은 과세전적부심사결정에 따라 처분청이 2009.11월경 현지확인 후 작성한 조사보고서 및 관련인 문답서에 의하면,

• 가) 쟁점토지 관련 농지원부는 2007.7.20. 작성된 것으로 확인되고, 쌀 소득 등 직불보조금 수령은 2002년부터 2005년까지는 청구외 송○호가, 2006년에는 청구외 홍○○의 배우자인 청구외 조가, 2007년부터 2008년까지는 청구인이 수령한 것으로 확인되고,
• 나) 쌀 소득 등 직불보조금 신청 시 제출한 ‘농지소재지 농업인 확인서’ 및 직불금 등록 신청서 상 ‘농지이용 및 경작현황 확인서’에 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였다고 확인한 마을이장 청구외 이○희와 실경작자라는 청구외 홍○○의 배우자 청구외 조○○는 같은 동네에 사는 청구인의 작은아버지 청구외 강○원의 부탁으로 청구인이 실제 자경하지 아니하였음에도 어쩔 수 없이 해당 확인서에 서명하였다고 확인서 작성 경위를 밝히고 있고,
• 다) 청구외 홍○○는 2006년부터 2008년까지 벼농사와 미나리 재배의 모든 과정이 본인의 책임 하에 이루어졌으며 매년 12월에 선세 개념으로 쌀 16가마니(80㎏)에 상당하는 금액을 청구인의 형인 청구외 강△용에게 지급하였으며, 농업손실 보상금 지급과 관련하여 (본인이) 영농보상 신청을 수차례 요구하였으나 청구인의 형인 청구외 강△용은 청구인이 대토감면의 자경요건인 3년을 채우도록 이를 묵살하고 2009년 3월경 보상협의가 끝난 시점에야 농업손실 보상합의서에 동의하였으며,
• 라) 마을 이장인 청구외 이○희 또한 10여 년 전부터 청구인이 아닌 타인이 농사를 지었으며 청구인은 한 번도 본 적이 없다고 진술한 것으로 나타난다.
• 마) 위와 같은 현지확인 사실들을 종합하여 처분청은 청구인이 개별화물운수업을 영위하면서 2,400평에 상당하는 넓은 농지를 본인 소유 농기계도 없이 직접 경작하였다고 주장하면서도 영농자재 구입내역이 전무한 점, 자경에 대한 증거서류로 제시한 농지소재지 농업인 확인서 등이 사실과 다르게 작성된 점 등으로 보아 조세특례제한법 제70조 에 규정한 대토 감면요건에 부합되지 아니한다고 판단한 것으로 나타난다.

5. 처분청은 청구인의 과세전적부심사청구에 대한 재조사 결정에 따라 위와 같이 현지확인을 실시하고 청구인이 실지 농사에 종사한 사실이 없어 대토감면에 해당되지 않는다고 하여 당초 과세예고 내용이 정당하다고 2009.11.19. 재조사 결과통지를 하였으며, 해당 통지서는 2009.11.24. 청구인이 수령한 것으로 확인된다.

6. 위 관련인 문답서 및 확인서 외에 처분청이 제시한 과세근거 서류는 다음과 같다.

• 가) 위 농업손실보상금 지급 서류에 첨부된 농업손실보상금 신청서 등의 기재내용을 살펴보면,

① 2008.11.1. 청구외 홍○○는 쟁점토지를 포함한 ○○북도 ○○군 ○○면 ○○리 소재 676-4번지외 23필지 면적 59,754㎡에 달하는 미나리 경작토지에 대하여 농업손실보상보상금 수령을 위하여 한국○○○○에 제출할 목적으로 청구외 홍○○ 본인이 1998년부터 2008.10. 현재까지 위 토지를 실지 경작하고 있다는 내용의 경작사실 확인서를 작성하여 토지소재 농지위원이자 이장인 청구외 이○희의 확인 서명․날인을 받은 것으로 되어 있고,

② 청구외 홍○○는 위 경작사실 확인서를 첨부하여 2008.11.3. 한국○○○○ ○○지역본부장에게 농업손실보상을 신청한 것으로 나타난다.

• 나) 청구외 홍○○가 위와 같이 농업손실보상을 신청한 후, 2009년 3월경 청구인과 청구외 홍○○는 청구외 한국○○○○ ○○지역본부장에게 ‘농업손실보상 합의서’를 제출하였는바 그 기재내역을 보면, 청구외 홍○○가 쟁점토지의 실제경작자로 기재되어 있으며, 쟁점토지의 수용과 관련하여 발생한 농업손실보상금 중 ◎백만원은 청구인이 수령하기로 합의하기로 한 사실이 나타난다.
• 다) 한국○○○○의 ‘농업손실보상비 지급’ 관련 내부 품의서에 기재된 바에 의하면, 쟁점토지 관련 농업손실보상비 지급액은 ◎◎백만원으로서 자경여부 항목에는 “×”로, 농업손실보상 대상자로는 청구외 홍○○가 기재되어 있으며, 청구인에게 ◎백만원, 청구외 홍○○에게 □□백만원을 지급하기로 결정한 것으로 기재되어 있다.
• 라) 처분청이 ○○북도 ○○시 ◎◎구청장(△△동장)에게 쌀 소득 직접지불금 신청 및 지급현황 자료를 열람 및 등사 의뢰하여 제출받은 자료에 의하면, 쟁점토지 각 필지별 직불금 수령인 현황은 다음과 같다. 【쌀 소득 등 직불금 수령인 현황】 쟁 점 토 지 2005 2006 2007 2008

○○북도 ○○군 ○○면

○○리 680-2 송○호 조○○ 청구인 청구인 같은 리 691-5

• 조○○ 청구인 청구인 같은 리 691-6

• 조○○ 청구인 청구인 같은 리 691-7

• 조○○ 청구인 청구인

7. 청구인의 주민등록정보자료에 의하면, 쟁점토지 취득일부터 양도일까지 청구인은 ○○북도 ○○시 ◎◎구 △△동 1가 900번지 소재 △△주공2단지아파트 209동 1703호에 주소를 둔 것으로 나타나고, 청구인의 주소지는 쟁점토지로부터 직선거리 10㎞내에 위치한 것으로 나타나고, 국세통합시스템에 수록된 청구인의 10년 동안의 부가가치세 신고 수입금액 현황은 다음과 같이 연 12백만원을 초과하지 아니한 것으로 나타난다. 【부가가치세 신고현황】 (단위: 천원) 귀속 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 1기 5,200 5,300 5,400 5,400 5,400 6,500 5,400 6,000 6,000 6,000 2기 5,100 5,200 6,000 4,500 6,200 6,000

• 6,000 6,000 계 12,301 12,502 13,403 11,904 13,605 14,506 5,400 12,000 12,000 6,000

8. 청구인의 부동산 취득․양도현황을 보면, 청구인은 쟁점토지 양도 후인 2009.6.19. ○○북도 ○○시 ◎◎구 □□동 105번지 소재 답 2,972㎡를 취득한 것으로 나타나고 그 외 부동산 취득․양도사실은 없다.

• 라. 판단 조세특례제한법 제70조 및 같은 법 시행령 제67조에서는 3년 이상 종전 농지소재지에 거주하면서 농지를 직접 경작한 자가 경작상의 필요에 의하여 농지를 대토하고 다른 농지를 취득하여 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작하는 경우 종전 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 양도한 토지의 자경사실은 이를 주장하는 자가 적극적으로 입증하여야 하는 것(대법원 2002.11.22.선고, 2002두7074판결, 대법원 1994.10.21.선고, 94누 996판결 외)이며, 농지의 양도일 현재 위탁경영․대리경작 등 경작하지 않는 농지를 양도하고 대토하는 경우는 “농지대토”에 해당하지 아니한다.(재산세제과-936, 2006.08.04) 청구인은 이 건 심사청구 시 쟁점토지의 양도가 청구인이 쟁점토지 소재지에 3년 이상 거주하면서 직접 경작한 토지의 양도로서 법 소정의 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하였다고 주장만 할 뿐 이를 입증할 객관적인 증거서류를 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라, 청구인이 자경의 증거로서 제시한 사실확인서에 서명․날인한 확인자들은 처분청 현지확인 시 해당 확인서는 실제 경작사실과는 다르게 작성되었다고 진술한 것으로 확인되고, 쌀 소득 등 보전 직불금 신청․수령현황을 통해 확인되는 바와 같이 2005년, 2006년에는 청구인이 아닌 제3자가 직불금을 수령한 사실이 있고, 청구인이 2007년 및 2008년에 직불금을 신청․수령하였다고 하나 쟁점토지 수용과 관련하여 2008년 농업손실보상금 산정과 관련된 서류에는 청구외 홍○○가 쟁점토지를 경작한 것으로 나타나는 점 등으로 보아 청구인이 쟁점토지를 농지소재지에 거주하면서 3년 이상 직접 경작하였다고 보기 어려우므로 쟁점토지의 양도는 조세특례제한법 제70조 에 규정된 농지대토에 대한 양도소득세 감면 대상이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.