양도주택이 기준시가 1억원 이하의 소형주택으로 1세대2주택 중과대상에서 제외되는지 여부

○○ 세무서장이 2009. 10. 1. 청구인에게 결정고지한 2008년 과세연도 양도소득세 110,713,240원의 부과처분은

○○○○ 시

○ 구

○○ 동 7-번지의 주택부분에 대하여 소득세법 시행령 제164조제11항제1호에 의한 방법으로 개별주택가격을 평가하고, 그 가액이 1억원 이하로서 1세대2주택 중과 제외대상의 소형주택에 해당하는지 여부를 판단하여 그에 따라 경정합니다.

• 가. 청구인은 1988. 4. 6.

○○○○ 시

○ 구

○○ 동 7-번지 소재 대지 278㎡, 근린 생활시설 3층 447.93㎡와 동소 7번지 소재 대지 129㎡, 무허가 주택 63.75㎡를 포함한 주택 180.27㎡를 취득한 후 2006. 11월 경 위 ○○동 7-*번지의 근린생활시설 4층에 무허가로 경량철골주택 114㎡를 증축하여 보유하다가, 2008. 9. 8. ○○○○시에 공공용지 협의취득으로 위 부동산들이 수용됨에 따라, 위 부동산 중

○○ 동 7-번지 대지 278㎡와 근린생활시설 및 무허가 주택 4층 561.93㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여, 양도가액은 수용가액인 1,180,677,640원, 취득가액은 실거래가액 600,000,000원에 재건축 및 리모델링 공사비용 349,500,000원을 더한 949,500,000원으로 하여 양도차익을 계산하고, 여기에 장기보유특별공제액 및 일반세율을 적용하여 산출한 양도소득세 20,545,540원을 2008. 11. 30. 예정신고․납부하였으며, 나머지 ○○동 7*번지 소재 대지 129㎡ 및 무허가 주택을 포함한 주택 180.27㎡(이하 “청구외 부동산”이라 한다)에 대하여는 1세대1주택 비과세에 해당한다고 보아 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

• 나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 취득가액에 더하여 신고한 재건축 및 리모델링 공사비용 349,500,000원은 그 증빙의 객관성이 부족하여 부인하는 대신 무허가로 증축한 4층 114㎡에 대한 환산취득가액 67,819,521원을 추가로 취득가액으로 산입하여 결국 양도차익 281,680,479원을 증액하였고, 쟁점부동산 중 1층 149.31㎡는 그 공부상 용도와 달리 실제 주택으로 사용되었으므로 이에 무허가 주택인 4층 114㎡을 합한 263.31㎡는 청구외 부동산과 함께 1세대2주택에 해당한다고 판단하여 쟁점주택의 양도차익을 기준시가에 의하여 안분계산하고, 주택에 해당하는 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제의 부인 및 중과세율 50%를 적용하여 2009. 10. 1. 청구인에게 2008년 과세연도 양도소득세 110,713,240원을 고지하였다.
• 다. 쟁점부동산의 양도소득세 신고 및 경정내용을 요약하면 아래와 같다. (천원) 구 분 용도 양도가액 취득가액 필요경비 양도차익 장기보유 특별공제 과세표준 세율 총결정세액 신 고 상가 1,180,677 949,500

• 231,177 69,353 159,324 36% 39,721 경정 소계 1,180,677 667,819 721 512,136 77,603 359,423 150,434 상가 614,437 355,760

• 258,678 77,603 108,465 36% 22,876 주택 566,240 312,059 721 253,458

• 250,958 50% 127,558 증감

• △281,681 721 280,959 8,250 200,099 110,713 * 총결정세액에는 공익사업용토지 수용에 따른 감면세액(10%)에 대한 농어촌특별세액이 포함되어 있음

• 라. 이에 대하여 청구인은 2009. 12. 3. 쟁점부동산에 대한 재건축 및 리모델링 공사비용 349,500,000원을 인정하여 줄 것을 이의신청하였으나, 처분청은 2009. 12. 23. 이를 기각결정하였고, 청구인은 재건축 등 공사비용을 부인한 이의신청 결정을 수용하나, 처분청이 쟁점부동산을 1세대2주택으로 보아 양도소득세를 중과한 것은 부당하므로 2009. 10. 1. 청구인에게 고지한 양도소득세 110,731,240원 중 62,253,880원을 취소하여 달라는 취지로 2010. 3. 19. 이 건 심사청구를 제기하였다.

처분청은 쟁점부동산을 1세대2주택으로 보아 장기보유특별공제 배제 및 50%의 중과세율을 적용하여 이 건 양도소득세를 과세하였으나, 쟁점부동산은 비록 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별주택가격이 공시되지는 않았지만 연접하고 있는 청구외 부동산의 양도일 현재 고시된 개별주택가격이 49,300,000원이고, 이에 대한 보상가액이 517,141,000원인 점과 쟁점부동산의 보상가액 1,180,677,640원 중 처분청이 주택부분에 해당하는 가액으로 계산한 보상가액이 566,239,865원이어서 청구외 부동산의 보상가액과 큰 차이가 없는 점을 비교하여 보면, 쟁점부동산의 개별주택가격은 1억원에 미달한다고 보아야 하며, 이는 1세대2주택 중과대상에서 제외되는 소형주택에 해당하므로 쟁점부동산을 1세대2주택으로 보아 중과세율을 적용한 것은 부당하다.

청구인은 개별주택가격이 고시되어 있지 않은 쟁점부동산의 주택부분 기준시가를 연접하고 있는 청구외 부동산의 개별주택가격 49,300천원과 비교하여 1억원 이하라고 주장하나, 비교 제시된 청구외 부동산의 개별주택가격은 토지 129㎡, 주택 81.7㎡에 대한 것으로 청구외 부동산의 주택면적은 실제 180.27㎡으로 공시된 면적과는 상이하고, 쟁점부동산의 주택부분 토지 130.266㎡, 주택 263.31㎡와 비교가 부적합하다고 할 것이다. 또한 쟁점부동산의 주택부분에 대한 토지 개별공시지가액 67,217,256원과, 일반건물 기준시가액 61,213,020원을 합한 가액이 128,430,276원으로 기준시가 1억원을 초과하므로 소형주택으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 양도주택이 기준시가 1억원 이하의 소형주택으로 1세대2주택 중과대상에서 제외되는지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2005. 12. 31. 개정) 2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50 2) 소득세법 시행령 제167조 의 5【양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 5에서 “대통령령이 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택” 이라 함은 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 제167조의3 제1항 제1호에 해당하는 주택

2. 제167조의3 제1항 제2호 내지 제8호 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

3. 1세대의 구성원 중 일부가 근무상의 사유로 인하여 다른 시(특별시 및 광역시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)․군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(직장의 소재지와 같은 시․군에 소재하는 주택에 한한다)을 취득함으로써 1세대2주택이 된 경우의 당해 주택(취득 후 1년 이상 거주하고 당해 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한한다)

4. 1주택을 소유하고 1세대를 구성하는 자가 1주택을 소유하고 있는 60세(여자의 경우에는 55세) 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 당해 주택(합친 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한한다)

5. 1주택을 소유하는 자가 1주택을 소유하는 다른 자와 혼인함으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 당해 주택(혼인한 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한한다)

6. 주택의 소유권에 관한 소송이 진행 중이거나 당해 소송결과로 취득한 주택(소송으로 인한 확정판결일부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한한다)

7. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 1년이 경과하지 아니한 경우(1년이 경과한 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에 한한다]

8. 주택의 가액 및 면적 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 주택

9. 1세대가 제1호 내지 제6호에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제167조의 3 제2항 내지 제7항의 규정을 준용한다. 3) 소득세법 시행령 제167조 의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2008. 7. 24. 개정)

1. 수도권정비계획법제2조 제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

• 가. 광역시에 소속된 군 및 지방자치법제3조 제3항․제4항의 규정에 의한 읍․면
• 나. 수도권중 당해 지역의 주택보급률․주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역 (이하 생략) 4) 소득세법 시행규칙 제82조 【소형주택 등의 범위】

② 영 제167조의 5 제1항 제8호 및 제167조의 6 제3항 제8호에서 “기획재정부령이 정하는 주택”이라 함은 주택의 양도당시 법 제99조의 규정에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택을 말한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역(종전의 주택건설촉진법에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정․고시된 지역에 소재하는 주택(주거환경개선사업의 경우 해당 사업시행자에게 양도하는 주택은 제외한다)은 제외한다. (2008. 4. 29. 개정) 5) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
• 라. 주택 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에는 동법 제17조 제1항 단서의 규정에 의하여 국세청장이 결정․고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격에 의하고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지관할세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. 6) 소득세법 시행령 제164조 【토지․건물의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목․이용상황등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 지방세법제111조 제2항 제1호 단서의 규정에 따라 시장․군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다. (2006. 2. 9. 개정)

⑪ 법 제99조 제1항 제1호 라목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 따라 평가한 금액”이라 함은 다음 각 호의 규정에 따른 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 지방세법제111조 제2항 제1호 단서의 규정에 따라 시장․군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 주택에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다. (2006. 2. 9. 신설)

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별주택가격이 없는 단독주택의 경우에는 당해 주택과 구조․용도․이용상황 등 이용가치가 유사한 인근주택을 표준주택으로 보고 동법 제16조 제7항의 규정에 따른 비준표에 따라 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 주택의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액 7) 지방세법 제111조 【과세표준】

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다. (2008. 2. 29. 개정)

1. 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장․군수가 동법의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 시장․군수가 산정한 가액으로 한다.

• 다. 사실관계 1) 처분청이 ○○○○시에 조회의뢰하여 2009. 8. 4. 회신받은 쟁점부동산 등에 대한 보상금 산정에 관한 세부내역은 아래와 같다. (원) 지번 종류 구조 등 면적․수량 보 상 액 감정평가1 감정평가2 지급액 (평균) 7-

부동산 토지 대지 278㎡ 834,000,000 근린생활시설 철근콘크리트1층 149.3㎡ 107,503,200 101,530,800 104,517,000 〃 철근콘크리트2층 149.3㎡ 95,558,400 90,183,240 92,870,820 〃 철근콘크리트3층 149.3㎡ 80,627,400 75,252,240 77,939,820 가추1 4층경량철골주택 114㎡ 72,100,000 69,000,000 70,550,000 가추2 판넬창고 24㎡ 물탱크 FRP.3톤 2개 300,000 300,000 300,000 계단 철제 1개 500,000 500,000 500,000 소 계 1,180,677,640 7 청구외 부동산 토지 대지 129㎡ 387,000,000 주택1 지하1층철근콘크리트조 21.84㎡ 15,724,800 14,851,200 15,288,000 〃 1층철근콘크리트조 21.84㎡ 15,724,800 14,851,200 15,288,000 〃 2층철근콘크리트조 21.84㎡ 15,724,800 14,851,200 15,288,000 주택2 단층철근콘크리트조 114.75㎡ 82,620,000 78,030,000 80,325,000 화단 자연석화단 12㎡ 480,000 480,000 480,000 마당 콘크리트포장 36㎡ 432,000 432,000 432,000 옹벽담장 콘크리트조 1식 토지에 포함 토지에 포함 토지에 포함 외부계단 철콘철골 1식 800,000 800,000 800,000 대문 콘크리트기둥 1식 1,500,000 1,400,000 1,450,000 지번 종류 구조 등 면적․수량 보 상 액 감정평가1 감정평가2 지급액 (평균) 7 청구외 부동산 담장 콘크리트조 1식 100,000 100,000 100,000 내부계단 철콘스텐 1식 건물에 포함 건물에 포함 건물에 포함 향나무등 26주 400,000 380,000 390,000 가로등 1개 300,000 300,000 300,000 소 계 517,141,000 합 계 1,697,818,640 2) 처분청의 쟁점부동산 등에 대한 양도소득세 결의서에 의하면, 쟁점부동산의 1층과 무허가 증축된 4층은 실제 주택으로 사용한 것으로 보아 아래와 같이 양도차익 등을 기준시가에 의하여 안분계산하고 주택부분에 해당하는 양도 차익에 대하여 1세대2주택으로 중과하였음이 확인되며, 청구외 부동산은 청구 인이 1세대1주택으로 비과세에 해당한다고 보아 양도소득세를 신고하지 않았고, 처분청은 이를 인정하여 별도의 경정결정 등을 하지 않았음이 확인된다. (천원) 구 분 토지 건물 비 고 계 상가 주택 계 상가 주택 면 적 278㎡ 147.73㎡ 130.27㎡ 561.93㎡ 298.62㎡ 263.31㎡ 양도가액(실가) 834,000 443,202 390,798 346,677 171,236 175,441 기준시가안분 양도시 기준시가 143,447 76,230 67,217 126,312 65,099 61,213 취득시 기준시가 87,080 46,276 40,804 96,704 48,433 48,270 * 기준시가의 계산은 토지는 개별공시지가, 건물은 일반건물기준시가를 적용

3. 건축물관리 대장 및 등기부등본 등에 의하면 쟁점부동산의 건물은 공부상 면적이 1층 149.31㎡, 2층 149.31㎡, 3층 149.31㎡로 그 용도가 근린생활시설로 되어 있으나, 실제로는 청구인이 무허가로 쟁점부동산의 4층에 경량철골조의 주택 114㎡을 증축하였고, 1층과 4층을 주택으로 사용하였으며, 이 점에 대하여 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

4. 국세통합시스템에 의하면 청구외 부동산에 대하여 2008. 4. 30.자 공시된 개별주택가격은 49,300,000원이며 공시대상이 된 대지면적은 129㎡, 주택면적은 81.7㎡로 나타나며, 쟁점부동산에 대하여는 개별주택가격이 공시된 바 없음이 확인된다.

5. 쟁점부동산 중 주택부분과 청구외 부동산에 대한 양도당시 기준시가 등을 계산하여 비교하면 아래와 같다. (㎡, 천원) 구 분 쟁점부동산 중 주택부분 청구외 부동산 계 토지 건물 계 토지 건물 면 적(㎡) 130.27 263.31 129 180.27 개별 주택가격 공시 안됨 49,300 (토지129㎡, 건물81.7㎡) 개별 공시 지가, 일반건물기준시가 128,430 67,217 61,213 95,204 53,922 41,282

• 라. 판단 청구인은 쟁점부동산 중 주택부분에 대한 기준시가가 청구외 부동산의 개별주택가격 49,300,000원을 감안하여 볼 때 1억원을 초과한다고 볼 수 없어 1세대2주택 중과 제외대상인 소형주택에 해당한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 1세대2주택으로 양도소득세 중과세율을 적용함에 있어 소득세법 시행령 제167조 의 5 제1항 제8호 및 소득세법 시행규칙 제82조 제2항 에서 정한 기준시가 1억원 이하의 소형주택은 그 적용대상에서 제외한다고 규정하고 있고, 이 경우의 기준시가 1억원 이하의 주택이란 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별주택가 격을 말하며, 다만, 개별주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격을 참작하여 소득세법 시행령제164조 제1항에서 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하는 것이며(서면인터넷방문상담4팀-719, 2008.3.19. 참조), 소득세법 시행령 제164조 제11항 제1호 에 의하면 개별주택가격이 없는 단독주택의 경우에는 당해 주택과 구조․용도․이용상황 등 이용가치가 유사한 인근주택을 표준주택으로 보고 비준표에 따라 세무서장이 평가한 금액으로 하도록 규정되어 있는 바, 쟁점부동산의 경우 공시된 개별주택가격이 없는 반면, 연접하고 있는 청구외 부동산은 개별주택가격이 49,300,000원으로 공시되어 있고, 그 토지의 면적129㎡, 보상가액 126,189천원 등이 쟁점부동산의 주택부분의 토지면적 130.27㎡, 보상가액 175,441천원 등과 유사하고, 그 용도가 주택으로 동일하므로 쟁점부동산 중 주택부분에 대한 개별주택가격은 연접한 청구외 부동산의 개별주택가격을 참작하여 세무서장이 평가한 금액으로 하여야 함에도, 처분청은 토지의 개별공시지가액과 주택의 일반건물기준시가를 합한 금액으로 평가한 가액이 1억원을 초과한다고 하여 쟁점부동산 중 주택부분이 소형주택에 해당하지 않는 것으로 보아 1세대2주택으로 중과한 것은 잘못이 있다고 판단된다. 따라서 처분청은 쟁점부동산 중 주택부분에 대한 개별주택가격을 인근 유사주택의 개별주택가격을 참작하여 평가한 금액으로 하되, 그 금액이 1억원 이하에 해당하는지 여부에 따라 1세대2주택 중과대상에서 제외되는지 여부를 판단하고, 그에 따라 그 금액이 1억원 이하일 경우에는 1세대2주택 중과대상에서 제외하여 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.