쟁점토지를 3년 이상 직접 경작하여 농지대토에 따른 양도세 감면에 해당하는지 여부

• 가. 청구인은 2002. 11. 19. 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 18-번지 소재 전 1,980.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2006. 12. 27. 도시 개발사업시행자인 ◐◐◐◐◐◐주식회사에 양도(수용)한 후, 2007. 1. 19. 경기도 ▷▷시 ▷▷읍 ▷▷리 2, 2, 2**번지에 각각 소재하는 전 2,347㎡, 답 853㎡, 전 982㎡, 합계 4,182㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 대토농지로 취득하여

2007. 2. 27. 쟁점토지의 양도소득세 예정신고시 조세특례제한법 제70조 의 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정에 의하여 감면세액 100,000,000원을 차감한 양도소득세 42,654,500원을 자진신고․납부하였다.

• 나. 처분청은 중부지방국세청의 감사지적(현지시정)에 따라 위 양도소득세 감면의 적정 여부에 대하여 검토한 결과, 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 사실이 없으므로 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구인에게 양도소득세 감면세액의 추징을 통보하였고, 이에 대하여 청구인이 2009. 8. 18. 처분청에 과세전적부심사청구를 하였으나 불채택 결정되어 2009. 10. 6. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 125,620,000원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010. 1. 6. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 쟁점토지가 소재하는 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 18-의 전(밭) 전체면적은 2,711㎡이며, 그 중 1,980.7㎡를 청구인이 지분등기로 취득하였고, 청구인이 취득한 쟁점토지 1,980.7㎡ 중 일부인 493.1㎡는 청구외 정□□(이하 “정□□”이라 한다)이 가족과 함께 주거지로 사용하였으며, 이를 제외한 나머지 1,487.6㎡는 청구인이 취득 당시부터 양도 때까지 직접 농사를 지었다.
• 나. 처분청은 쟁점토지에 무허가 건물이 있었고, 청구외 강○○ 등 3인이 그 무허가 건물에서 거주하였으며, 그 중 한명인 청구외 강○○(이하 “강○○”라 한다)가 청구인에 대하여 쟁점토지를 직접 경작한 사실이 없다고 진술한 점 등을 들어 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하지 않았다고 판단하였으나, 쟁점토지의 소재지인 ○○시 ○○구 ○○동 18- 번지의 전체 토지는 삼등분으로 나누어져 울타리가 처져 있었고, 그 중 하나인 730.3㎡에 위 강○○가 살았으며, 강○○가 거주한 토지는 청구인 소유의 토지가 아니라 청구외 이△△ 소유의 토지이고, 이와 별도로 울타리가 구분된 청구인 소유의 쟁점 토지는 정□□이 가족과 함께 거주한 무허가 건물을 제외한 나머지 부분의 토지에 대하여 청구인이 직접 경작하였던 것이다.
• 다. 청구인이 직접 경작한 사실은 인근 주민의 인우증명서와 ○○동에 소재하는 △△농약사의 대표인 청구외 이**가 확인한 비료 등 농자재 구입확인서, 농지원부 등에 의하여 입증되고 있음에도 처분청이 대토농지에 대한 양도세 감면을 배제한 이 건 처분은 부당하므로 취소하여야 한다.

청구인이 제출한 인우증명서와 △△농약사의 확인서 등은 청구인이 쟁점토지에 대하여 실제 경작하였다는 사실을 입증하는 객관적인 증빙자료로 인정할 수 없는 반면, 쟁점토지를 수용한 ◐◐◐◐◐◐주식회사의 지장물조사 및 보상내역을 확인한 바에 의하면 쟁점토지에 무허가 건물 등이 있어 강○○ 등 3인에게 이주보상비 등을 지급한 사실이 있고, 강○○의 확인서에 의하면 청구인은 일체 농사에 관여한 사실이 없다고 진술하고 있어, 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하지 않은 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 것으로 보아 농지대토에 대한 양도세 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세․감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도하거나 취득하는 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구 안의 지역

② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

④ 제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

⑤ 제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 농지 소유자가 사망한 경우로서 상속인이 농지소재지에 거주하면서 계속 경작한 때에는 피상속인의 경작기간과 상속인의 경작기간을 통산한다.

⑥ 법 제70조 제2항에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 양도일 현재 특별시․광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시 (지방자치법제3조 제4항의 규정에 따른 도농복합형태의 시의 읍․면지역을 제외한다) 지역에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역․상업지역 또는 공업지역 안의 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 대규모개발사업지역 (사업인정 고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역․상업 지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역 내의 토지소유자가 1천명 이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 당해 농지에 대하여 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지의 지정이 있는 경우로서 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

⑦ 법 제70조 제3항의 규정에 따라 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 1) 청구인의 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청의 적법여부를 검토한 처분청의 조사서에 따르면, 청구인은 2006. 11. 27. 쟁점토지를 양도한 후

2007. 1. 19. 경기 ▷▷ ▷▷ ▷▷리 2번지 소재 전 2,347㎡, 동소 2번지 소재 답 853㎡, 동소 2번지 소재 전 982㎡, 이를 합한 4,182㎡를 취득하여 종전 농지의 양도일로부터 1년 이내에 새로운 농지를 취득하였음이 등기부등본 등에 의하여 확인되고, 또한 종전농지 및 대토농지의 소재지 또는 연접한 지역에서 3년 이상 또는 현재까지 거주하고 있음이 주민등록등본 등에 의하여 확인되므로 농지대토에 의한 감면요건 중 거주요건 및 대토농지의 취득요건을 충족하는 것으로 판단하였으나, 다만, 처분청은 청구인이 종전농지에 대하여 3년 이상 직접 경작하였는지 여부에 관하여 도시개발사업시행자인 ◐◐◐◐◐◐주식회사의 지장물 조사 및 보상 내역을 조회한 바, 쟁점토지 소재지에 위치한 무허가 건물에서 강○○외 2인이 거주하였고, 이들에게 이주보상비 등을 지급한 사실이 확인되고, 또한 그 중 강○○의 확인서에 의하면 청구인이 직접 쟁점토지를 경작하지 않은 것으로 진술하고 있어 감면요건을 충족하지 못한 것으로 판단하고, 청구인이 신청한 대토농지에 대한 양도세 감면신청을 배제하여 이 건 부과처분을 한 사실이 확인되고 있다. 2) 쟁점토지의 등기부등본 및 토지대장에 의하면 쟁점토지의 소재지인 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 18-번지 토지(전)의 전체면적은 2,711㎡이며, 그 중 1,980.7㎡는 청구인의 소유이고, 나머지 730.3㎡는 청구외 이△△가 2001. 6. 30. 취득하여 지분으로 소유하고 있음이 확인되며, 이에 대하여 청구 인은 위 필지가 3등분으로 나뉘어 각각 울타리가 처져있어 구분되어 있었으며, 강○○는 청구인의 소유가 아닌 청구외 이△△의 소유토지에서 거주하였다고 주장하면서 지적도와 항공사진을 제출하고 있다. 3) 또한 청구인은 본인이 쟁점토지를 직접 경작하였다는 증빙서류로 인우증명서와 확인서를 제출하고 있으며, 인우증명서에는 통장 청구외 박와 이△△가 날인한 것으로 청구인이 쟁점토지를 2002. 11. 19.부터 2007. 12. 30.까지 감자 및 배추를 실경작하였음을 인감증명서를 첨부하여 증명하며 부정한 방법으로 증명하였을시는 어떠한 민․형사상의 처벌도 감수할 것을 서약한다는 내용으로 기재되어 있으나 인감증명서가 첨부되어 있지 않고 박의 주소나 주민등록번호는 기재되어 있지 않으며, 확인서에는 △△농약사 대표 이가 날인한 것으로 청구인이 2003. 12월부터 2007. 12월까지 농사를 짓기 위하여 ○○동에 소재하는 △△농약사에서 비료 요소 10개, 복합 10개, 퇴비 100개, 농약, 씨앗을 구입하였다고 기재하였으나 확인자 이**의 주민등록번호 및 주소 등 인적사항은 기재되어 있지 않다. 4) 청구인이 제출한 농지원부를 살펴보면 2003. 3. 10. 농지원부가 최초 작성되었고, 농지현황란에는 쟁점토지의 소유자인 조○○가 채소, 잡곡 등의 주재배작물을 자경한 것으로 기재되어 있다. 5) 처분청이 쟁점토지를 수용한 도시개발사업시행자인 ◐◐◐◐◐◐주식회사로부터 징취하여 제출한 “보상 및 이주합의서”에 의하면, ◐◐◐◐◐◐ 주식회사는 쟁점토지상의 무허가건물에 거주하고 있던 강○○, 정□□, 청구외 조☆☆과 “보상 및 이주합의서”를 작성하고 주택 등 지장물에 대하여 보상금을 지급한 사실이 확인되며, 그 내용은 다음과 같다.

• 가) 이주대상자 강○○와 체결한 보상 및 이주합의서에는 강○○는 2007. 11. 28. 위 합의서 작성일 현재 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 18-번지에서 지장물 등을 소유 또는 거주하는 자로 아래 지장물 내역에 대하여 60,000,000원의 보상금을 받고 2007. 12. 31.까지 이주 또는 철거 가능한 상태로 양도하기로 합의한다고 기재되어 있다.

○ 지장물 내역: 주택1(벽돌조슬라브지붕) 86.4㎡, 주택2(목조슬레이트 지붕) 34.32㎡, 보일러실(목조슬레이트) 9.8㎡, 창고(목조슬레이트) 19.5㎡, 차고 (목조슬레이트 및 함석지붕) 26.95㎡, 화장실(목조슬레이트지붕) 5㎡, 관정 50m 1대, 울타리(철파이프조함석) 120㎡, 견사(목조함석지붕) 1식, 계 301.97㎡

• 나) 이주대상자 정□□과 체결한 보상 및 이주합의서에는 정□□은 2008.

2. 4. 위 합의서 작성일 현재 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 18-번지에서 지장물 등을 소유 또는 거주하는 자로 아래 지장물 내역에 대하여 청구인으로부터 17,500,000원, ◐◐◐◐◐◐(주)로부터 57,500,000원, 합계 75,000,000원의 보상금을 받고 2008. 2. 13.까지 이주 또는 철거 가능한 상태로 양도하기로 합의한다고 기재되어 있다.

○ 지장물 내역: 주택1(목조슬레이트지붕) 63.24㎡, 보일러 및 창고(샌드 위치판넬슬레트지붕) 8㎡, 보일러실(샌드위치판넬지붕) 6㎡, 관정 100m 1대, 사철나무 1주, 배나무 1주, 이동식화장실 1식, 계 77.24㎡

• 다) 이주대상자 조☆☆과 체결한 보상 및 이주합의서에는 조☆☆은 2008.

2. 4. 위 합의서 작성일 현재 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 188-4번지에서 지장물 등을 소유 또는 거주하는 자로 조☆☆이 소유하고 있던 주택(샌드위치판넬조) 14.76㎡에 대하여 청구인으로부터 17,500,000원, ◐◐◐◐◐◐(주)로부터 7,500,000원, 합계 25,000,000원의 보상금을 받고 2008. 2. 13.까지 이주 또는 철거 가능한 상태로 양도하기로 합의한다고 기재되어 있다. 6) 처분청이 2009. 6. 25. 위 강○○로부터 징취하여 제출한 진술서에 의하면 강○○는 쟁점토지에서 30년 이상을 거주하였고, 건물정착면적을 제외한 쟁점 토지의 사용용도에 대하여 과거에는 김♤♤이 농사를 지었고 일부 면적이 도로로 수용된 이후에는 지목변경을 추진하면서 농지로 사용하지 않고 병공장, 고물상으로 일부 임대를 주었고 나머지 땅은 나무를 심었으며, 청구인은 일체 농사에 관여한 일이 없었다는 내용을 기재하고 자필서명하였음이 확인된다.

• 라. 판단 1) 처분청은 청구인이 쟁점토지에 대하여 3년 이상 직접 경작하지 않은 것으로 보아 청구인의 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 배제하고 이 건 부과처분을 하였으나, 이에 대하여 청구인은 쟁점토지에 대하여 3년 이상 직접 경작하였다고 주장하고 있으므로 위 사실관계에 비추어 이를 살펴보면, 가) 도시개발사업시행자로 쟁점토지를 수용한 ◐◐◐◐◐◐(주)의 이주 및 보상합의서에 의하면 쟁점토지의 지상에 무허가 건물이 4채가 있었고, 이들 무허가 건물에서 강○○를 포함하여 3세대가 거주하였으며, 이들에게 청구인과 ◐◐◐◐◐◐(주)가 지장물 및 이주비를 보상․지급하였음이 확인되고 있는 것으로 보아 쟁점토지를 농지로 사용하였다는 청구인의 주장을 믿기 어렵고, 나) 위의 무허가 건물에서 30년을 거주한 강○○에 의하면 청구인은 쟁점 토지의 경작에 일체 관여한 일이 없다고 진술한 반면, 청구인이 제출한 인우 보증서 및 △△농약사의 확인서에는 확인하는 자의 주민등록번호 등 인적 사항이 기재되어 있지 않는 등 객관적 증거로 보기 어려운 점 등을 감안하면 청구인이 쟁점토지를 3년 이상 직접 경작한 것으로 인정하기 어렵다 할 것이다. 2) 따라서 처분청이 청구인의 대토농지에 대한 양도소득세 감면신청을 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.