8년 이상 자경농지 양도소득세 감면신청을 배제한 처분의 당부

○○○세무서장이 2009.9.1. 청구인에게 경정․고지한 2008년 과세연도분 양도소득세 45,408,240원은 이를 취소합니다.

청구인은 ■■도 ○○시 ○○동 1312 ○○○○아파트 310동 502호에 거주하는 자로서, ■■도 ○○시 △△읍 □□리 353-4번지 소재 전 1,319㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 1990. 9. 8. 祖父로부터 증여받은 후 2008.7.17. 청구외 이○○에게 239,400,000원에 양도하고, 2008. 9. 30. 양도소득세 과세표준과 세액을 예정신고하면서 실지거래가액으로 산정한 양도차익에 일반세율을 적용하여 산출된 세액 45,003,218원에 대하여 이 건 농지의 양도는 조세특례제한법 제69조 규정에 의거 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면대상에 해당한다고 하여 산출세액 전액을 감면신청하였다.

○○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구인이 제시한 서류만으로는 청구인이 쟁점농지를 자경하였는지 여부가 확인되지 아니한다 하여 청구인의 8년 이상 자경농지의 양도에 대한 양도소득세 감면신청을 배제하고 일반세율을 적용하여 2009. 7. 30. ○○○세무서장의 과세전적부심사 불채택 결정을 거쳐 2009. 9. 1. 2008년 과세연도 양도소득세 45,408,240원을 부과처분 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.7. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인은 1990. 9. 8. 쟁점농지를 조부로부터 증여받기 전인 1979. 2월부터 2007. 8월까지 쟁점농지를 포도 및 밭작물 재배에 공하여 직접 경작하였으며,
• 나. 청구인이 쟁점농지를 자경한 사실은 쟁점농지에 대한 농지원부, 농기계 구입 및 영농자금 대출․이자납입 내역서, 조합원증명원, 후계농업경영인확인서, 마을 주민의 자경사실 확인서, 농자재 구매 영수증에 의해 확인되고,
• 다. 청구인이 농업경영만으로는 생계유지가 어려워 1993년부터 2003년까지 농지소재지 인근 공장에서 소액의 급여를 받은 사실이 있다고 하더라도 쟁점농지는 자급자족 형태의 소규모 밭농사여서 근로와 겸하여 직접 경작이 가능하였고,
• 라. 2004년부터 2006년은 경비원으로 교대근무하여 근로와 농지 경작을 겸할 수 있었으므로 근로소득 발생 사실이 있다는 이유만으로 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니하였다고 본 이 건 과세처분은 부당하다.

• 가. 청구인은 쟁점농지 보유기간 중 1996년부터 1999년까지 청구외 □□프레임에서 2000년부터 2001년까지 청구외 □□플렉스에서, 2002년부터 2003년까지 청구외 ○○플렉스에서 2004년부터 2006년까지 청구외 (주)○○디케이에 근로한 사실이 확인되고,
• 나. 청구인은 쟁점농지에 대한 농지원부도 작성되어 있지 아니한 상태에서 자경에 대한 증거로서 자경사실확인서를 제시하였으나 이는 사인 간에 작성이 가능할 뿐만 아니라, 과세전적부심사청구시 제시된 마을 이장의 확인서는 청구인의 부탁에 의해 작성된 것으로 밝혀진 사실로 볼 때 청구인이 제시한 자경사실확인서는 자경에 대한 객관적인 증거서류라 보기 어려우며,
• 다. 쟁점농지 외 청구인 소유 토지에 대하여 청구인외 2인이 2002년부터 2005년까지 쌀소득등 보전 직불금을 수령한 사실을 볼 때 청구인이 근로와 농업경영을 겸하며 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력을 투입하여 쟁점농지를 자경하였다 보기 어려우므로 당초 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였는지 여부를 살피는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역 등"이라 한다)에 편입되거나도시개발법그밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 2) 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 당해 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. 다만, 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 경우에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에 한하여 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. 3) 조세특례제한법시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각 호의 기준에 의한다.

1. 양도자가 8년(한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사,농업ㆍ농촌기본법에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부등본 또는 토지대장등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사,농업ㆍ농촌기본법에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인 4) 농지법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "자경(自耕)"이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업(農作業)의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인은 1990. 9. 8. 증여를 원인으로 쟁점농지를 취득하여 2008. 7. 17. 청구외 이○○에게 239,400,000원에 양도한 사실이 부동산등기부등본에 의하여 확인되고, 청구인은 아래 표 기재내용과 같이 쟁점농지 소재지 인근에서 쟁점농지의 전 소유자인 청구외 송○○과 1979년 세대합가하여 처 이○○(1961년생) 및 자 2명(각각 1987년생, 1990년생)과 23년 7월을 거주하던 중 세대주인 청구외 송○○의 사망으로 1996.2.22. 세대주로 변경된 사실이 주민등록정보 변경상황에 의해 확인된다. 변경일 주 소 지 직선거리 비 고 1978.5.4 ◎◎ □□ □□ 402-2 1978.11.22 ◎◎ □□ △△ 685-75 1979.1.19 ■■ ○○ ◎◎ □□ 352 63m ’90.9.8.쟁점농지취득 2002.8.30.

○○ ○○ 1342 ○○○○ 202-205 10.59㎞ 2003.5.28

○○ ○○ 1312 ○○○○ 310-503 10.32㎞

2. 국세통합시스템에 의해 확인되는 청구인의 소득자료 발생현황 및 농지 소유현황은 다음과 같고, 【소득자료 현황】 (단위: 천원) 귀속 년도 소득 구분 소득 발생처 금액 귀속 년도 소득 구분 소득 발생처 금액 1996 근로

□□프레임 (○○ △△ □□ 219-7) 420 2004 근로 (주)○○디케이 (◎◎ ▲▲ ○○ 449-5) 서비스/경비업 7,526 1998 근로 2,500 2004 퇴직 611 1999 근로 2,500 2005 근로 10,738 2000 근로

□□플렉스 (○○ ◎◎ ◇◇ 177) 4,020 2005 퇴직 234 2001 근로 620 2006 근로 1,883 2002 근로

○○플렉스 (○○ ◎◎ ▽▽ 310-1) 8,100 2006 퇴직 942 2003 근로 3,600 【농지 취득․양도현황】 농지소재지 지목 면적(㎡) 취득일 양도일 신고 결정

○○ △△ □□ 392-1 전 420 ’60.9.20 ’06.6.1

• -

○○ △△ □□ 242-3 전 3,087 ’90.9.7 ’99.10.20

• -

○○ △△ □□ 353-2 전 2,626 ’90.9.7 ’03.6.28. 8년자경 8년자경

○○ △△ □□ 353-3 전 1,234 ’90.9.7 ’02.2.1 8년자경 상 동 쟁점농지 전 1,319 ’90.9.7 ’08.7.10. 8년자경 자경부인

○○ △△ □□ 370-3 전 1,001 ’90.9.7 ’99.7.31 8년자경 8년자경

○○ △△ □□ 385 답 1,270 ’90.9.7 ’03.8.27 8년자경 8년자경(누적관리)

○○ △△ □□ 385 답 1,392 ’90.9.7 ’03.9.15 8년자경 8년자경(누적관리)

○○ △△ □□ 393 답 1,464 ’90.9.7 ’99.7.31 무신고 8년자경

○○ △△ □□ 691 답 2,537 ’90.9.7

• ○○ △△ □□ 692 답 1,843 ’90.9.7

• ○○ ◎◎ ●● 812-1 전 370 ’91.6.10 ’03.3.6 무신고 양도차익없음

○○ △△ □□ 385-2 답 166 ’94.2.4 ’03.8.27 8년자경 8년자경 【배우자 소득자료 발생현황】 (단위: 천원) 귀속 년도 소득 구분 소득 발생처 금액 귀속 년도 소득 구분 소득 발생처 금액 1996 근로 (주)○○ (○○ △△ □□ 467) 1,560 2002 근로 (주)◎◎ (■■ ○○ ◆◆ ×× 46-12) 7,526 1998 근로 5,200 2003 근로 611 1999 근로 (주)◎◎ (■■ ○○ ◆◆ ×× 46-12) 2,123 2004 근로 10,738 2000 근로 6,055 2005 근로 234 2001 근로 7,784 총계 56,167

3. 토지등기부등본에 의하면 쟁점농지는 2003. 4. 22. ■■도 ○○시 △△읍 □□리 353-2번지 전 5,326㎡는 2001. 9. 17. 1,234㎡가 분할되어 같은 동 353-3번지로, 2003. 4. 22. 1,350㎡가 분할되어 쟁점농지 지번을 부여받은 후 쟁점농지 지번에서 2007. 5. 7. 28㎡가 분할되어 같은 동 353-28번지를 부여받은 사실이 확인된다.

4. 청구인이 쟁점농지에 대한 자경에 대한 증명으로 제시한 서류를 살펴보면,

• 가) 과세전적부심사 청구시 제시한 전산발급된 농지원부 기재사항은 아래 표와 같고, 해당 농지원부에 기재된 농지에 대하여 2002년부터 2004년까지는 청구외 민○○이, 2005년은 청구외 최○○이 쌀 소득등 직접지불금을 수령하였고, 청구인은 2006년부터 쌀소득 등 직접지불금을 수령한 사실이 관련 지자체 확인 공문에 의해 확인된다. 농지소재지 지목 면적(㎡) 경작구분 농업외겸업 ■■ ○○ △△ □□ 691 답 2,537 자경

• 같은 동 692 답 1,843 자경

• 나) 이 건 심사청구시 청구인은 과세전적부심사청구시 제시한 농지원부는 수기 등록된 농지원부를 전산화 하는 과정에서 쟁점농지의 등재가 누락되었다 하여 수기로 작성된 농지원부 사본을 제시하였는바 그 기재사항을 보면, 2009. 10. 일자 미상일에 지방행정서기 청구외 이○원이 원본과 대조한 서류로서, 해당 농지원부는 1991년 일자 미상일에 청구외 송○○을 농가주로 하여 작성되었다가 농가주 사망으로 인하여 1998. 7. 3. 청구인이 농가주 승계를 하여 해당 농지원부가 수기 정정된 것으로 나타나고, 해당 농지원부에 등재된 청구인 소유 농지현황을 보면 쟁점농지의 모번지인 ■■도 ○○시 △△읍 □□리 353-2번지가 등재된 사실이 나타난다.

• 다) 또한 청구인이 제시한 2009. 12. 1.자 조합원사실증명서에 의하면 청구인은 1993. 4. 26. 신○○농업협종조합의 조합원으로 가입하여 2003. 2. 5. 탈퇴한 것으로 나타나고, ○○시장은 2009. 7. 13. 발급한 창업농업경영인 확인서에서 청구인이 1996년도에 후계농업인으로 선정되어 영농에 종사하고 있다고 확인하고 있으며,
• 라) 위 서류 외에 청구인이 쟁점농지를 1979. 3월부터 2007. 8월까지 경작하여 왔다는 마을주민 채○○ 외 7인의 경작사실확인서와 농자재 구매증빙으로서 청구외 △△농약사의 간이영수증 사본과, 농경작을 위하여 대출을 받은 사실이 있음을 주장하며 이에 대한 대출금 거래내역 조회서를 제출하였다.

5. 과세전적부심사청구시 기 확인된 자료에 의하면 청구인은 쟁점농지가 소재한 △△읍 □□1리의 마을대표인 청구외 한○○로부터 청구인이 쟁점농지를 자경하였다고 하는 경작확인서를 제출하였으나 청구외 한○○는 위 확인서는 청구인의 배우자가 확인서를 동의를 해 달라고 부탁하여 확인해 준 사실이 있으며 2003년 이후에는 청구인이 실제 경작하는 모습을 본 사실이 없다는 내용의 확인서를 중부지방국세청장에게 제출한 것으로 나타난다.

6. 당심에서 청구인이 농자재 구입증빙으로 제시한 영수증에 대하여 살펴본바 청구외 △△농약사의 사업장은 2003. 10. 14일부터 ■■도 ○○시 △△읍 서암리 758-8번지로 변경되었음에도 그 이전 일자로 작성된 영수증에 변경후의 사업장 소재지가 기재되어 있는 것으로 확인된다.

• 마. 판단 조세특례제한법시행령 제66조 에서는 정하는 "자경(自耕)"이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업(農作業)의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것이라 규정하고 있고, 근로자가 농지소재지에 거주하면서 직접 경작할 수 있는지의 여부는 “근무형편 등 제반사항 등을 종합적으로 고려하여 판단하야야 할(서면4팀-2483, 2007.8.31.) 사항으로서 청구인의 위와 같은 사실관계를 종합하여 살펴보면, 쟁점농지는 2003. 4. 22. ■■도 ○○시 △△읍 □□리 353-2번지에서 분할된 것으로 나타나고, 처분청은 청구인이 쟁점농지의 모번지인 ○○시 △△읍 □□리 353-2번지를 2003. 6. 28. 양도하고 조세특례제한법 제69조 규정에 의한 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 신청을 한 데 대하여 이를 부인한 사실이 없고, 청구인의 소득발생현황을 보면 1996년부터 근로소득이 발생한 것으로 확인되나 1996년부터 1999년까지의 소득발생현황을 보면 연간 5백만원 이하의 소액급여로써 청구인이 연간 상시적으로 근로활동에 종사하여 쟁점농지의 자경이 불가능하였다고 보기 어렵고, 2004년부터 2006년까지의 소득발생현황을 보면 청구인의 주장과 같이 경비업체에서 근무한 것으로 확인되므로 경비원의 통상 근무형태를 고려하여 볼 때 근로와 농경을 겸할 수 있었다고 보여지므로, 청구인이 쟁점농지를 소유한 1990. 9. 8.부터 2008. 7. 17.까지의 전체기간 중 일정기간 근로소득이 발생하였다는 사실만으로 청구인의 쟁점농지의 양도에 대한 양도소득세 감면신청을 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.