쟁점농지의 등기접수일을 취득일로 보아 농지대토 감면을 부인한 처분의 당부

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○읍 ○○리 ○○번지에 거주하면서 2004.11.12. ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 전 3,540㎡(이하 “구 농지”라 한다)를 취득하여 직접 경작하 던 중 2007.11.30. 청구외 □□건설(주)에게 구 농지를 양도하고, 이에 대하여 2008.1.31. 양도소득세 예정신고와 함께 조세특례제한법 제70조 제1항 에 의한 농지대토에 대한 양도소득세 감면(이하 “농지대토 감면”이라 한다) 신청을 하였다. 처분청은 청구인에 대한 농지대토 감면사후관리 결과, 청구인이 대체 취득한 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 279-1번지 답 1,050㎡, 같은 리 279-2번지 전 103㎡, 같은 리 280-1번지 답 1,369㎡, 같은 리 208-2번지 전 457㎡(이하 통칭하여 “쟁점농지”라 한다)의 소유권이전등기일이 2009.1.12. 로 확인됨에 따라 청구인이 농지대토 감면요건으로‘종전의 농지의 양도 일로부터 1년(이하“대체 취득기한”이라 한다) 내에 다른 농지를 취득할 것’을 규정하는 있는 조세 특례제한법 시행령 제67조 제3항 1호를 위반한 것으로 보아 농지대토 감면을 부인하고, 2009.9.11. 청구인에게 납부불성실 가산세를 포함하여 2007년 과세연도 양도소득세 113,980,000원 을 경정 고지(이하 “이 건 처분”이라 한다) 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

처분청은 쟁점농지의 취득시기를 판단함에 있어 잔금을 청산한 날이 불분명하다고 하여 소유권이전등기 접수일인 2009.1.12.을 쟁점농지의 취득일로 보고, 구 농지의 양도일인 2007.11.30.부터 1년을 초과한 날에 쟁점농지를 취득하였다 하여 이 건 처분을 하였는바, 청구인은 조세특례제한법상 대체 취득기한 내인 2008.11.25. 잔금을 청산하고 쟁점농지를 취득 하였으나, 쟁점농지의 매도인 청구외 ●●●가 연로하여 동인의 자(子) 청구외 ◉◉◉이 매도절차를 이행함에 있어 쟁점농지에 대한 소유권 쟁송의 사후처리 문제로 시간이 소요되어 위 ◉◉◉으로부터 토지거래허가 및 등기이전 관련 서류를 넘겨받는데 시간이 걸렸기에 부득이 토지거래허가를 늦게 받은 것이고, 이에 소유권이전등기 접수일이 잔금지급일보다 늦어졌을 뿐으로, 실질적으로는 2008.11.25. 잔금을 청산하였기에 소득세법시행령 제162조 제1항 에 따라 쟁점농지의 취득시기는 2008.11.25.이다. 청구인이 2008.11.25. 쟁점농지의 잔금을 청산한 사실에 대하여는 위 ◉◉◉의 확인서, 쟁점농지의 매매를 중개한 청구외 ▣▣▣, 잔금 지급 당시 입회한 청구외 ◈◈◈ 및 청구외 ◆◆◆ 각 작성의 인우보증서를 보아도 확인이 되는바, 그럼에도 불구하고 처분청은 단순히 매매대금의 지급에 관한 금융증빙이 없다 하여 잔금청산일이 불분명하다고 보고 있으나, 소득세법 관계규정 어디에도 부동산 매매과정에 반드시 금융증빙을 갖추어야만 취득 또는 양도의 시기로 인정한다는 규정은 없다. 따라서 청구인은 구 농지 양도일인 2007.11.30.로부터 1년 이내인 2008.11.25. 쟁점농지를 취득하여 조세특례제한법상 농지대토 감면요건을 충족하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

• 가. 조세특례제한법 제70조 제1항 및 같은 법 시행령 제67조 제3항에 따른 농지대토 감면은 경작상 필요에 의해 3년 이상 자경하던 종전 농지를 양도 후 1년 내에 대체 농지를 취득하여 3년 이상 자경할 경우 감면혜택을 주는 것이고, 취득ㆍ양도시기는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에서 규정하고 있는 바와 같이 대금청산일을 원칙으로 하되 대금청산일이 불분명한 경우에는 등기접수일을 양도 및 취득시기로 보는 것으로,
• 나. 청구인은 쟁점농지의 소유권이전등기가 매도인의 사정으로 인하여 지연되었다는 주장이나, 쟁점농지에 대한 검인계약서 사본을 확인한 결과, 청구인은 2009.1.2. 토지거래허가를 신청하여 2009.1.9. 허가를 받고, 2009.1.12. 부동산거래계약신고필증을 교부받은 사실이 확인되고 있어 토지거래허가 신청과정에서 허가지연 사유는 없었던 것으로 보이 며, 통상 부동산매매거래시 매도인이 잔금을 지급받음과 동시에 등기에 필요한 서류(등기권리증, 매도용 인감증명서 등)를 매수인에게 교부하여 매수인이 등기를 신청하는 점을 감안하면, 청구인이 실제 잔금을 2008.11.25. 지급하였음에도 매도인의 사정에 의해 등기이전서류를 갖추지 못하여 등기신청만을 2009.1.9. 지연접수하게 되었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.
• 다. 청구인은 2009.7.24.자 ‘거래시기 확인을 위한 금융자료 제출요구’ 공문에 대한 2009.7.31.자 회신에서 ‘쟁점농지의 거래규모가 소규모이고, 시골에서 거래하다 보니 취득 당시 금융자료를 보관한 것이 없으며, 당시 급히 쟁점농지를 취득하느라 지인 으로부터 자금을 차입하여 잔금을 지급한 관계로 금융자료는 없다’라 면서 그 당시 현장에 입회하였다 는 ◉◉◉, ◈◈◈, ◆◆◆, ▣▣▣의 인우보증서 등을 제출하였는바, 위 ◉◉◉의 확인서를 살펴보면, ◉◉◉은 쟁점농지의 매도인 ●●●의 아들로서 ‘매도인을 대리하여 매매계약서를 작성하고, 30,000천원 의 계약금을 자기앞수표로 수령하였으며, 128,000천원의 잔금을 수표 및 현금으로 수령하는 역할을 하였다’고 진술하고 있으나, 매도대금을 수령하여 어디에 사용하였는지에 대한 설명 및 관련 증빙을 제시하지 못하는 등 청구인과 매도인 모두가 고액의 거래금액에 대한 자금출처 및 매도대금 사용처를 객관적으로 소명하지 못하고 있고, 위 ▣▣▣는 청구인이 제시한 쟁점농지의 취득 관련 2008.11.10.자 부동산매매계약서상 중개업자로 기재되어 있으나, 중개업 사업자등록을 한 사실이 없으며, 부동산거래의 관행상 중개업자가 입회하는 경우 중개업자가 거래대금을 확인한 후 수령인인 매도인의 날인을 받아 영수증을 작성하여 매수인에게 교부하는 것이 통상의 절차임에도 청구인은 매매대금 영수증 및 중개료 영수증 등을 증빙자료로 제시하지 못하고 있고, 등기부등본상 ‘갑구’의 등기원인란은 매매의 경우 매매계약서 작성일자와 소유권변동원인을 기재하는 것으로, 청구인이 제시한 쟁점농지의 취득 관련 부동산매매계약서상의 작성일자는 2008.11.10.인 반면, 쟁점농지의 등기부등본상 ‘갑구’의 등기원인란에는 모두 ‘2009.1.9. 매매’로 표기되어 있는 사실로 보아 위 부동산매매계약서는 등기신청시 제출된 부동산매매계약서와 상이한 것으로 실제 계약서가 아닌 것으로 보인다.
• 라. 청구인은 ‘ 소득세법 관계규정 어디에도 부동산을 매매하는 과정에 반드시 금융증빙을 갖추어야만 취득 또는 양도의 시기로 인정한다는 규정은 없는 것으로 알고 있다’라면서 쟁점농지의 취득과정에서 관련 당사자들의 확인내용 등을 종합하여 볼 때 잔금청산일은 2008.11.25.로써 등기접수일을 취득시기로 본 이 건 처분은 취소되어야 한다고 주장하나, “매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 입증하여야 하는 것”(대법원 2000.11.14.선고 2000두6640판결 외 다수)으로, 청구인은 위와 같이 잔금을 실제로 2008.11.25. 지급하였다는 주장만 할 뿐, 142백만원의 거래대금에 대한 자금출처(청구인) 및 매도 대금 사용처(매도인)를 입증할 수 있는 객관적인 금융증빙자료를 제출하지 못하고[ 참고로 구 농지의 양도대금이 입금된 청구인의 ○○계좌 거래명세서(거래기간: 2006.7.1 ～ 2009.1.1) 상에는 쟁점농지를 취득하기 위해 출금된 내역이 없음], 담합 및 통정에 의해 사인 간에 임의로 작성될 수 있는 확인서 및 인우증명서만을 제출하고 있으므로, 이는 채증법칙상 대금청산일이 불분명한 경우에 해당한다 할 것이어서, 이러한 경우 등기접수일을 양도 및 취득시기로 본다는 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항에 따라 쟁점농지의 취득일은 등기접수일로 보는 것이 타당하므로, 청구인의 주장은 마땅히 기각되어야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점농지에 대한 잔금청산일이 불분명하다고 보아 등기접수일을 취득일자로 본 결과 농지대토 감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부 를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도 소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 3) 조세특례제한법 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지 로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당 하는 세액을 감면한다. 4) 조세특례제한법시행령 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것
• 다. 사실관계 1) 국세통합전산망 조회 및 양도소득세 예정신고서에 의하면, 청구인은 2004.11.12. 취득한 구 농지를 2007.11.30. 청구외 □□건설(주)에게 1,350백만원에 양도하였고, 이에 대하여 2008.1.31. 양도소득세 예정신고와 동시에 농지대토 감면신청을 하여 100백만원을 감면받고 150백만원을 자진납부한 사실이 나타난다. 2) 국세통합전산망 조회 및 이 건 심리자료에 의하면, 청구인이 양도한 구 농지 및 대체 취득한 쟁점농지의 각 내역은 아래와 같다. (단위: 천원, ㎡) 구 분 물건 소재지 지목 면적 양도일자 양도금액 구 농지

○○ ○○ ○○ ○○ 전 3,540 2007.11.30 1,350,000 면적소계 3,540 구분 물건 소재지 지목 면적 취득일자 취득금액 쟁점농지

○○ ○○ ○○ 279-1 답 1,050 등기부등본: 2009.01.12 매매계약서: 2008.11.25 토지거래허가: 125,118 매매계약서: 142,000 " 279-2 전 103 " 280-1 답 1,369 " 280-2 전 457 면적소계 2,979

3. 청구인은 청구주장을 입증하기 위하여 다음의 각 자료를 제출한바,

• 가. 쟁점농지의 취득 관련 청구인과 위 ●●● 사이에 체결된 2008.11.10.자 부동산매매계약서 사본에 의하면 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

• 매매대금은 142백만원, 계약금 14백만원은 계약시에 지불하고 영수하며, 잔금 128백만원은 2008.11.25. 지급한다.

• 매도인은 매매대금의 잔금 수령과 동시에 매수인에게 소유권이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 협력하며, 쟁점농지의 인도일은 2008.11.25.로 한다.

• 중개 업자: ▣▣▣(주민등록번호: △△△△△)

• 나. 청구외 ◉◉◉ 작성의 2009.7.15.자 확인서에 의하면, 위 ◉◉◉은 2008.11.10. 매매계약서 작성시 계약금 30백만원을 받고, 2008.11.25. 오후 3시경 청구외 ▣▣▣의 보험대리점 사 무실에서 수표와 현금으로 128백만원을 쟁점농지의 매매잔금으로 수령한 사실이 있음을 확인하고 있다.
• 다. 청구외 ▣▣▣ 작성의 2009.7.16.자 인우보증서(인감증명서 첨부)에 의하면, 위 ▣▣▣는 매매계약시는 물론, 2008. 11.25. 오후 3시부터 4시까지 청구외 ▣▣▣의 보험대리점 사 무실에서 청구인이 위 ◉◉◉에게 쟁점농지의 매매잔금 128백만원을 지급할 당시에도 입회한 사실이 있음을 확인하고 있
• 다. 라. 청구외 ◈◈◈ 작성의 2009.7.15.자 인우보증서 (인감증명서 첨부) 에 의하면, 위 ◈◈◈은 매매계약시는 물론, 2008.11.25. 오후 3시경 청구외 ▣▣▣의 보험대리점 사무실에서 청구인이 위 ◉◉◉에게 쟁점농지의 매매잔금 128백만원을 지급할 당시에도 입회한 사실이 있음을 확인하고 있
• 다. 마. 청구외 ◆◆◆ 작성의 2009.7.16.자 인우보증서 (인감증명서 첨부) 에 의하면, 위 ◆◆◆은 2008.11.25. 오후 3시경 ○○시 ○○명 ○○리에서 청구인이 위 ◉◉◉에게 쟁점농지의 매매잔금 128백만원을 지급할 당시 입회한 사실이 있음을 확인하고 있
• 다. 4) 국세통합전산망 조회에 의하면, 매매계약서상 중개업자로 기재된 청구외 ▣▣▣는 ○○도 ○○시 ○○면

○○ 리 에서 손해보험 대리점을 2003.5.10. 개업하여 현재 계속사업자상태인 사실이 나타난다. 5)

○○시장 발행의 2009.1.9.자 토지거래계약허가증에 의하면, 쟁점농지에 대한 토지거래허가신청은 2009.1.2. 접수되었고, 2009.1.9. 토지거래허가를 한 사실이 나타난

• 다. 6)

○○시장 발행의 2009.1.12.자 부동산거래계약신고필증에 의하면, 2009.1.12. 쟁 점농지에 대한 부동산거래 계약신고서가 접수되었고, 신고사항으로 계약일 및 잔금지급일은 2009.1.9.이고, 실제 거래가액은 142백만원이며, 중개업자는 신고하지 아니한 것으로 나타난다.

7. 쟁점농지에 대한 부동산등기부등본 및 소유권이전등기신청서 사본에 의하면, 청구인 및 매도인 ●●●(이하 “청구인 등”이라 한다)는 쟁점농지 취득과 관련하여 2009.1.9. 매매를 원인으로 2009.1.12. 소유권 이전등기를 접수(접수번호 제○○○호)한 사실이 나타난다. 8) 청구인 등이 쟁점농지의 이 건 매매와 관련하여 각 관련기관에 제출한 매매계약서의 차이를 요약하면 다음과 같다. (단위: 백만원) 구 분 계약일자 잔금일자 매매금액 제출관서 청구인 제출 매매계약서 2008.11.10. 2008.11.25. 142 세 무 서 부동산거래계약신고 2009.01.09. 2009.01.09. 142

○○시청 소유권이전등기신청 2009.01.09. 확인불가 확인불가 법 원

9. 주민등록등본에 의하면, 청구인은 1975.12.27.부터 현재까지

○○도 ○○시 ○○구 ○○읍 ○○리 ○○번지에 주소를 두고 있는 것으로 나타난다.

10. 농지원부에 의하면, 청구인은 구 농지를 자경한 것으로 나타난다.

11. 쟁점 농지의 취득일자를 제외하고, 대체취득 농지의 등기부등본상 지목, 대체취득 농지 의 면적요건 및 청구인의 농지소재지 거주 여부 등 청구인이 농지대토감 면의 다른 요건을 모두 충족하고 있다는 점에 대하여는 당사자 간에 다툼이 없다.

12. 당심에서 쟁점농지의 취득시기 확인을 위하여 청구인에게 잔금으로 수수하였다는 수표 및 현금 128백만원의 출처 및 사용처를 확인할 수 있는 금융거래자료(수표번호, 통장사본, 입․ 출금계좌번호 등)의 제출을 요구하였으나, 청구인은 이를 제출하지 아니하였다.

• 라. 판단 소득세법 제98조 및 동법 시행령 제162조 제1항에 의하면 자산의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날을 원칙으로 하되, 같은 항 제1호에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일을 취득 또는 양도의 시기로 하도록 규정되어 있고, 조세특례제한법 제70조 제1항 및 동법 시행령 제67조 제3항 제1호에 의하면 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전 농지의 양도일로부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우에는 양도소득세를 감면하 도록 규정되어 있는바, 청구인은 종 전 농지의 양도일로부터 1년 이내인 2008.11.25. 대토농지인 쟁점농지를 취득 하여 위 농지대토감면 요건을 충족하였다고 주장하나, 청구인과 매도인은 쟁점농지의 매매잔금 지급과 관련하여 고액의 금원을 수수하였음에도 자금의 출처 및 사용처에 관한 구체적인 금융증빙을 제시하지 못하는 점, 2009.1.2. 토지거래허가를 신청한 후 토지거래 허가일인 2009.1.9.을 계약일 및 잔금청산일로 하여 2009.1.12. 부동산거래 계약 신 고를 한 점, 쟁점농지의 부동산 등기부등본상 소유권이전등기의 등기원인이 2009.1.9.자 매매인 점, 쟁점농지의 매도대금을 수령하였다는 위 ◉◉◉의 확인서에 의하면 위 ◉◉◉은 계약금액으로 30백만원을 수령하였다고 하였으나 청구인이 제시한 매매계약서에 의하면 계 약 금액이 14백만원으로 기재되어 있어 상호간에 16백만원의 차이가 나는 점, 잔금을 청산하였음에도 매도인의 토지거래허가 및 등기이전 관련 서류의 교부가 지연되어 소유권이전등기 접수가 늦어졌다는 청구주장은 매도인이 매매대금의 잔금 수령과 동시에 매수인에게 소유권이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 협력하기로 한 매매계약의 조건과 배치되는 점, 청구인이 제시한 확인서 및 인우보증서는 사인 간 통정에 의하여 임의로 작성될 가능성을 배제할 수 없는 점 등에 비추어 청구주장은 이를 뒷받침할만한 구체적인 증빙이 없거나 제시한 자료가 상호 모순되어 신빙성이 떨어진다고 할 것이고, 위 사실관계를 종합하여 보면 오히려 쟁점농지 매매잔금 청산일이 불분명한 경우로 보아 소득세법 시행령 제162조 제1항 제1호 에 따라 소유권이전등기 접수일인 2009.1.12.을 쟁점농지의 취득일로 보는 것이 타당하다고 할 것이므로, 처분청이 구 농지의 양도일로부터 1년을 초과한 날에 쟁점농지를 취득한 것으로 보아 농지대토 감면을 부인하고, 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.