쟁점아파트의 고급주택 판정시기를 언제로 보아야청 하는지 여부

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 0001번지 ○○아파트 118동 304호(156.876㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2006.12.19. 1,021백만원에 양도하고 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조 의 3 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항에 의한 신축주택에 대한 과세특례에 해당하는 것으로 하여 양도소득세 54,685,903원이 감면되는 것으로 신고․납부하였다. 처분청은 구 소득세법 제156조 에 의한 고급주택의 면적기준이 2002.10.1. 165㎡평에서 149㎡로 개정되었는바, 쟁점아파트 사용승인일은 2002.10.31.이므로 쟁점아파트는 개정된 법률에 따라 고급주택에 해당되고, 따라서 쟁점아파트는 감면대상이 아니라 하여 감면을 배제하고 2009.3.15. 2006년 과세연도 양도소득세 65,202,000원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.30. 이의신청을 거쳐 2009.10.13. 이 건 심사청구를 하였다.

2002.10.1. 개정된 소득세법 시행령 제156조 는 3개월간 시행되어 삼일회계법인이나 한국세무사회에서 발간한 법전에도 수록되어 있지 않은 유명무실한 법이며, 고가주택 면적범위에 소급하여 적용되는 부당한 법이다. 조세특례제한법 제99조 의 3 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항에는 “조합원이 아닌 자가 신축주택 취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)내에 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하여 계약금을 납부한 사실이 있는 경우에는 신축주택 취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에도 감면대상”으로 하면서 “고급주택의 판정은 잔여아파트를 일반분양한 때를 기준으로 한다”고 규정하고 있다. 쟁점아파트의 경우 조합원이 아닌 자에 대한 일반분양이 2002.4.1. 있었으므로 2002.4.1.을 기준으로 고급주택여부를 판정하여야 하며, 이에 따르면 쟁점아파트는 전용면적 165㎡ 미만이므로 고급주택에 해당하지 않는다 할 것이고 따라서 쟁점아파트를 고급주택으로 보아 한 이 건 처분은 부당하다.

조세특례제한법 부칙 제29조 제1항은 “이 법 시행 전에 구법 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조의 3 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하며, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다”고 규정하고 있다. 쟁점아파트는 사용승인일이 2002.10.31.이므로 2002.10.31.을 기준으로 고급주택여부를 판정하여야 하며, 2002.10.31. 쟁점아파트는 기준면적 및 양도가액이 모두 고급주택에 해당되므로 감면신청을 배제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트의 고급주택 판정시기를 언제로 보아야 하는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

1. 조세특례제한법 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 (2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① (삭제)

② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. (이하 생략) 3) 조세특례제한법 부칙 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제1조 【시행일】

① 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 4) 조세특례제한법 부칙 (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

5. 소득세법 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. ～ 2. (생략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

4. (생략) 6) 소득세법 시행령 (2002.10.1. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것) 제156조【고급주택의 범위】 법 제89조 제3호에서 "거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

1. (생략)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

3. (생략) 7) 소득세법 시행령 (2002.10.1. 대통령령 제17751호로 개정된 것) 제156조【고급주택의 범위】 법 제89조 제3호에서 "거주용건물의 연면적·가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

1. (생략)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

3. (생략) 8) 소득세법 시행령 부칙 (2002.10.1. 대통령령 제17751호로 개정된 것) 제1조【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 9) 소득세법 시행령 부칙 (2002.10.1. 대통령령 제17751호로 개정된 것) 제2조【시행일】 이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 10) 소득세법 시행령 부칙 (2002.10.1. 대통령령 제17751호로 개정된 것) 제4조【고급주택의 범위에 관한 경과조치 등】

① 이 영 시행 전에 주택의 매매계약을 체결하고 이 영 시행일부터 2월이 되는 날까지 이를 양도하는 경우에는 제156조 제2호의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

② (생략)

• 다. 사실관계 1) 청구외

○○ 재건축주택조합장이 2007.1.23. 작성한 확인서에는 ‘1999.11.3. 주택건설사업계획을 승인받을 당시 청구인이 28동 6호의 소유자로 조합원이었음을 확인한다’고 기재되어 있다. 2) 위 재건축조합은 일반분양 1,384세대, 조합원분양 792세대이며, 사업기간은 1999년 11월～2002년 12월임이 관련서류에 의하여 확인된다. 3) 청구인은 2000.4.27. 쟁점아파트(전용면적 156.876㎡, 공용면적 47.892㎡, 기타면적 78.879㎡, 계약면적 283.647㎡)를 취득하는 것으로 분양계약을 하였음이

○○

○○ 월드 공급계약서(조합원용)에 의하여 확인된다. 4) 청구인은 청구외 백○완이 2002.4.1. 청구외

○○ 재건축주택조합과 맺은

○○

○○ 월드 공급계약서를 제출하였으나, 이의신청 결정서에 의하면 청구외

○○ 재건축주택조합은 조합원 분양분을 제외한 잔여주택을 2000.3.27. 조합원 이외의 자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 수령하였다. 5) 쟁점아파트가 2002.10.31. 사용승인된 사실에는 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다.

• 라. 판 단 청구인은 쟁점아파트의 취득이 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제1호의 규정에 의한 잔여주택 취득으로 보고 쟁점아파트의 경우 조합원이 아닌 자에 대한 일반분양이 2002.4.1. 있었으므로 2002.4.1.을 기준으로 고급주택여부를 판정하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구인은 신축주택취득기간내에 자기가 건설한 신축주택을 취득한 경우에 해당하므로 조세특례제한법 부칙 제29조의 규정에 의거 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용하여야 한다. 쟁점아파트의 사용승인일은 2002.10.31.이므로 2002.10.31.의 고급주택 기준(149㎡)을 적용하면 쟁점아파트는 156.876㎡로서 149㎡를 초과하므로 고급주택에 해당한다. 따라서 조세특례제한법 제99조 의 3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 요건에 해당되지 않는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청의 이 건 부과처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.