쟁점1, 2토지를 일괄양도한 것으로 볼 것인지 개별양도한 것으로 볼 것인지 여부

○○세무서장이 2009.6.17. 청구인에게 한 2008년 과세연도 양도소득세 7,525,220원의 경정청구 거부처분은 이를 취소합니다.

청구인은 2002년 취득하여 보유하던 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 00-6번지 전 4,997㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)와 같은 곳 00-21번지 대지 705㎡(이하 “쟁점2토지”라 한다)를 2008.7.22. 청구외 최○○(이하 “최○○”이라 한다)에게 948,669,000원에 양도한 후 2008.9.30. 8년 이상 자경농지 감면세액 100,000,000원을 공제하고 양도소득세 118,620,110원을 신고․납부하였다. 청구인은 조세특례제한법의 개정(2008.12.26.)으로 8년 이상 자경농지의 감면세액이 1억원에서 2억원으로 확대되었다 하여 2009.1.19. 쟁점1토지의 감면세액을 2억원으로 하여 환급세액 90,000,000원인 1차 경정청구를 하였으며, 처분청은 경정청구 중 쟁점1토지의 감면세액 한도가 181,550,000원이라 하여 73,120,468원만을 환급하였다. 청구인은 토지만을 양도하였으므로 양도자산에서 주택을 제외하고 주택 철거비용, 취득세․등록세의 실제 납부비용을 추가로 인정하고, 쟁점1토지와 쟁점2토지는 일괄양도가 아니고 필지별로 양도한 것이니 쟁점1토지와 쟁점2토지의 양도가액을 동일한 가격으로 하여 양도소득을 결정하여야 한다고 하여 2009.4.24. 청구세액 19,027,712원인 2차 경정청구를 하였다. 처분청은 청구인의 주장을 인정하였으나, 2008.7.15. 작성된 양도계약서에는 쟁점1, 2토지의 필지별 가액을 구분함이 없이 양도가액이 948,669,000원으로 기재되어 있으므로 이를 일괄매각한 것으로 보아 필지별로 공시지가를 안분하여 계산하여야 한다고 하여 2009.6.17. 11,502,497원만을 환급하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.23. 이의신청을 거쳐 2009.9.24. 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점2토지는 705㎡ 중 일부인 165㎡만 대지로 사용하고 나머지 540㎡는 농지로 사용되었으며, 이는 쟁점2토지 지상에 위치한 주택의 면적이 72.4㎡인 것으로도 확인된다. 위와 같은 사유로 청구인은 쟁점1, 2토지의 ㎡당 가액을 동일한 금액으로 양도하였으나, 처분청이 부동산거래계약 신고필증에 기재된 금액을 임의로 기재된 금액으로 판단하고 쟁점1, 2토지를 일괄매각하였다 하여 이를 공시지가로 안분하여 대지에 해당하는 양도금액을 산출하고 이에 근거하여 8년 이상 자경농지 감면세액을 계산하여 대지부분에 해당하는 세액을 환급하지 않는 것은 실질과세의 원칙, 근거과세의 원칙, 성실성 추정의 원칙에 반하는 것으로 이 건 부과처분은 부당하다.

청구인과 최○○이 2008.7.15. 작성하고 청구외 ○○공인중개사 대표 엄○○(이하 “공인중개사”라 한다)이 중개한 부동산매매계약서에는 쟁점1, 2토지를 948,669,000원에 매각한다고 기재되어 있을 뿐 필지별 가액이 구분되어 있지 아니하므로 쟁점1, 2토지는 일괄양도된 것으로 보아야 한

• 다. 일반적으로 부동산거래 허가를 위하여 제출하는 부동산거래계약신고필증은 양도자 또는 부동산중개사가 임의로 기재하고 있으므로 단지 신고필증에 기재된 금액이 있다고 하여 이를 필지별 가액으로 볼 수 없을 뿐만 아니라 등기부상 대지와 田의 가액이 동일하다는 것은 일반적인 사회통념상 합리적이지 않다. 따라서 쟁점1, 2토지의 기준시가를 양도가액으로 안분하여 대지에 해당하는 금액에 대하여 8년 이상 자경농지 감면을 배제한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점1, 2토지를 일괄매각한 것으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (이하 생략) 2) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지 】 ⓛ (생략)

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 따른 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호의 규정에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "확정신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득과세표준과 세액 또는 확정신고의무자의 실지거래가액 소명 여부 등을 고려하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항의 규정에 불구하고부동산등기법제57조 제4항의 규정에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 조에서 "등기부기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항의 규정을 적용하는 경우 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

⑧ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제7항의 규정에 따라 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 때에는 이를 당해 거주자에게 대통령령이 정하는 바에 따라 서면으로 통지하여야 한다.

⑨ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 주식 등의 양도차익에 대한 신고내용의 탈루 또는 오류 기타 거래내역의 적정성을 확인할 필요가 있는 경우에는금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률등 다른 법률의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라증권거래법에 의한 증권회사 및 당해 주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인에 이를 조회할 수 있다. 3) 소득세법 시행령 제176조 의 2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

④ 법률 제4803호소득세법개정법률부칙 제8조에서 정하는 날(이하 "의제취득일"이라 한다)전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)에 대하여 제3항 제1호 내지 제3호의 규정을 적용함에 있어서 의제취득일 현재의 취득가액은 다음 각호의 가액 중 많은 것으로 한다.

1. 의제취득일 현재 제3항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 가액

2. 취득당시 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 가액이 확인되는 경우로서 당해 자산(상속 또는 증여받은 자산을 제외한다)의 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 직전일까지의 보유기간동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액

⑤ 국세청장은 주소지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 양도소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 필요하다고 인정하는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 부동산의 감정ㆍ평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문하여 그 결정 또는 경정에 공정성을 기하게 할 수 있다. 4) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(괄호 생략)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

② ～ ③ (생략) 5) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ⓛ 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(괄호 생략) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(괄호 생략)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시․군․구(괄호 생략)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구안의 지역

② ～ ⑪ (생략)

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. 6) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각 호의 기준에 의한다.

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년(괄호 생략)이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것

2. 주민등록표등본, 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년(괄호 생략)이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것 (이하 생략)

7. 조세특례제한법 (2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. (이하 생략)

8. 조세특례제한법 (2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

• 가. (생략)
• 나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의 3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (이하 생략)

9. 부칙 (2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제1조【시행일】 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제85조의 3, 제89조의 2, 제91조의 9, 제91조의 10, 제100조의 3, 제100조의 5, 제100조의 6, 제100조의 11, 제132조, 제133조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, (이하 생략)

10. 부칙 (2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제29조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례】 제133조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 1) 2008.7.15. 청구인과 최○○이 계약하고 공인중개사가 작성한 부동산 매매계약서에는 다음과 같이 기재되어 있다.
• 가) 부동산의 표시: 쟁점1토지 전 4,997㎡, 쟁점2토지 대 705㎡
• 나) 매매대금은 948,669,000원으로, 계약금 93,500,000원은 계약과 동시에 지불하고 잔금 855,169,000원은 2008.7.18. 지급하며, 같은 날에 소유권 이전
• 다) 잔금을 지급하기 전까지는 계약금의 배액을 상환하고 계약해제 가능 2) 2008.7.16.

○○ 군수가 발급한 부동산거래계약신고필증에는 쟁점1토지를 831,375,000원에 쟁점2토지를 117,294,000원에 양도한 것으로 기재되어 있다. 3) 청구인․최○○․공인중개사가 2009년 7월 인감증명을 첨부하여 작성한 확인서에는 ‘매매계약을 하면서 쟁점1토지(전)와 쟁점2토지(대지)의 ㎡당 가격이 동일하여 매매계약서에 별도로 표시하지 않았으며, 쟁점1토지는 831,375,000원, 쟁점2토지는 117,294,000원에 매매하였고, 쟁점1, 2토지는 도로와 접하여 가격차이가 나지 않아 균등한 가격에 매매하였다’고 기재되어 있다. 4) 지도에 의하면 쟁점2토지(대지)는 간이도로에 접하나 쟁점1토지(전)는 간이도로와 접하지 않는 것으로 확인된다. 5) 쟁점1토지와 쟁점2토지의 공시지가는 다음과 같다. (단위: 원/㎡) 구분 2003년 2004년 2005년 2006년 2007년 2008년 쟁점1토지 23,100 27,600 27,600 34,600 36,500 40,500 쟁점2토지 31,400 40,200 47,600 52,900 56,100 60,300 6) 지도에 의하면 쟁점2토지(대지)는 간이도로에 접하나 쟁점1토지(전)는 간이도로와 접하지 않는 것으로 확인된다. 7) 당심에서 최○○과 통화(2009.11.27. 15:05)한 바에 의하면, 최○○은 ‘쟁점1, 2토지를 청구인으로부터 지목 구분 없이 평당 55만원에 매입하여 田을 대지로 지목을 변경하여 동 지상에 약 1,360평의 건물을 완공단계에 있으며, 사업자등록(--)을 하였다’고 진술하였다. 8) 2008.9.2.부터 8년 자경 감면한도를 1억원에서 2억원으로 상향하는 조세특례제한법 입법예고가 시작되었다.

• 라. 판 단 청구인은 쟁점1토지와 쟁점2토지를 일괄양도한 것이 아니라 개별양도한 것이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 청구인은 2008.7.15. 쟁점1토지와 쟁점2토지를 필지별로 구분하지 않고 관련 토지들을 948,669천원에 최○○에게 양도하기로 계약한 후 2008.7.16. 위 금액에 변동이 없는 상태에서 쟁점1토지를 831,375천원, 쟁점2토지를 117,294천원에 양도한 것으로 부동산거래신고를 하고 신고필증을 교부받았으며, 그 이후인 2008.9.2. 8년 이상 자경농민에 대한 감면세액 확대 입법예고가 있었다. 위와 같이 청구인이 쟁점1, 2토지를 양도할 시점에서는 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액 확대 관련 논의 및 입법예고가 없었던 점에 비추어 청구인이 쟁점1, 2토지의 ㎡당 금액을 동일하게 한 사실에 다른 의도가 있었던 것으로 보이지 않고, 계약당사자인 최○○과 당해 거래를 중개한 공인중개사의 확인서, 최○○이 쟁점1, 2부동산을 취득함과 동시에 두 토지 지상에 건물을 신축하여 양도시 쟁점1, 2부동산을 구분할 실익이 없는 점, 최○○이 쟁점1, 2토지 지상에 건물을 신축할 계획이어서 두 토지의 지목과 상관없이 평당 55만원으로 쟁점1, 2토지를 취득하였다고 진술한 점 등을 종합하여 보면 청구인은 쟁점1, 2토지를 지목에 상관없이 동일한 가액에 양도한 것으로 보인다. 따라서 청구인은 쟁점1토지와 쟁점2토지를 동일한 가액에 양도한 것으로 보아야 할 것이므로 쟁점1토지와 쟁점2토지를 공시지가로 안분하여 한 처분청의 이 건 처분은 잘못된 것이라고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.