토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에는 부동산의 일괄취득가액을 기준시가 비율로 안분하여 계산하는 것임

청구인은 청구인의 처 청구외 이○○(이하 “이○○”라 하고, 청구인과 함께 칭할 때는 “청구인부부”라 한다)와 함께 2005.5.10. 경기도 ○○시 ○○동 274-4번지 토지 303㎡(이하 “쟁점토지”라 한다), 여관건물 492.72㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지를 포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 700,000천원에 취득하여 쟁점토지는 청구인 명의로, 쟁점건물은 이○○ 명의로 소유권이전등기를 경료하고, 2008.2.18. 청구외 임○○외 1인에게 730,000천원에 일괄양도한 후, 2008.3.19. 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 양도가액을 쟁점부동산의 일괄양도가액인 730,000천원을 기준시가 비율로 안분한 금액인 437,8809,836원, 취득가액을 검인계약서상의 금액인 450,000천원으로 하여 양도차손 16,971,854원이 발생한 것으로 신고하였다. 처분청은 청구인의 쟁점부동산 취득시 검인계약서상 기재된 쟁점토지가액을 합리적인 가격으로 인정할 수 없다고 보아 쟁점부동산의 취득가액인 700,000천원을 기준시가 비율로 안분한 금액 303,319천원을 취득가액으로 하여 산정한 2008년 과세연도 양도소득세 34,398,350원을 2009.1.2. 청구인에게 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2009.4.2. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 청구인은 2005.5.11. 청구외 박○○, 이△△ 부부로부터 쟁점부동산을 700,000천원에 취득하여 쟁점토지(450,000천원)는 청구인 명의로, 쟁점건물(250,000천원)은 이○○ 명의로 등기하여 여관업을 경영하여 오다가 2008.2.18. 청구외 임○○외 1인에게 730,000천원에 양도한 사실에 대하여 세법에 무지한 청구인은 양도소득세신고를 잘못한바, 청구인은 양도차손 16,971,854원이 발생한 것으로 신고하고, 이○○는 28,979,064원의 양도차익을 산정하여 양도소득세 3,479,607원을 납부하였다.
• 나. 청구인부부가 쟁점부동산을 취득하여 양도한 데 소요된 기타비용을 무시하고도 양도차익이 3천만원밖에 발생하지 않았는데도, 처분청은 청구인부부의 취득 및 양도가액에 대한 건물과 토지의 가액 구분이 불분명하다고 보아 소득세법 제100조 제2항 의 규정을 적용하여 취득 및 양도 실가에 대한 토지, 건물의 기준시가 비율로 안분하여 양도차익을 산정함으로써 쟁점토지는 130,551천원의 양도차익이 발생하고 건물은 117,702천원의 양도차손이 발생하는 이상한 결과를 도출시켜 청구인에게 여관건물 전체의 양도차익보다 많은 양도소득세 30,919천원을 부과하였다. 이로써 양도차익의 100%가 넘는 세율의 양도소득세를 부담해야 하는 모순이 발생하였다.
• 다. 위와 같은 모순을 방지하기 위하여 소득세법 제118조 (준용규정)의 규정에 의하면 “ 소득세법 제24조 (총수입금액의 계산), 제27조(필요경비의 계산), 제33조(필요경비불산입), 제39조(총수입금액과 필요경비의 귀속연도등), 제43조(공동사업에 대한 소득금액 계산 특례), 제44조(상속의 경우 소득금액의 구분계산), 제46조(채권등에 대한 소득금액의 계산과 규정), 제74조(과세표준 확정신고의 특례), 제75조(세액의 감면신청) 및 제82조(수시부과결정)의 규정은 양도소득세에 이를 준용한다.”라고 되어 있는바, 청구인은 양도소득세 신고 시 취득 및 양도계약서와 등기부등본등을 제출하였으므로 손익분배비율을 충분히 파악할 수 있어 소득세법 제118조 (준용규정)의 소득세법 제43조 (공동사업에 대한 소득금액 계산특례)를 적용하여 투자비율(손익분배비율)에 따라 청구인부부의 양도차익을 산정하였어야 함에도 불구하고 처분청은 소득세법 제100조제2항 및 소득세법시행령 제165조 제4항 의 규정을 적용, 기준시가로 안분하여 결정한 것은 위법 부당한 처분이므로 이를 취소하여야 한다.

• 가. 청구인이 주장하는 소득세법 제118조 (준용규정), 소득세법 제43조 (공동사업에 대한 소득금액 계산특례) 규정이 있으나 양도물건의 사업자대표자는 청구인의 처 이○○ 단독명의이며, 사업소득세신고 또한 이○○ 혼자 되어 있다.
• 나. 청구인이 주장하는 양도소득세 신고 내역의 양도차익 안분(손익분배비율, 지분율)의 정확한 배분 근거가 없기 때문에 인정하기 어렵다고 판단된다.
• 다. 따라서 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】제2항 및 소득세법시행령 제166조 제4항의 규정에 의하여 기준사가로 안분하여 토지와 건물의 취득가액 을 산정하여 양도차익을 계산하고 고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 쟁점은 검인계약서상의 토지 취득가액을 부인하고 토지․건물 일괄취득가액을 기준시가로 안분하여 토지 취득가액을 산정한 것이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 등 1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액” 라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다. 4) 부가가치세법시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (이하생략) 5) 소득세법 제118조 【준용규정】 제24조ㆍ제27조ㆍ제33조ㆍ제39조ㆍ제43조ㆍ제44조ㆍ제46조ㆍ제74조ㆍ제75조 및 제82조의 규정은 양도소득세에 이를 준용한다. 6) 소득세법 제43조 【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】

① 부동산임대소득 또는 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령이 정하는 출자공동사업자(이하 “출자공동사업자”라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 “공동사업장”이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

② 제1항의 규정에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 “공동사업자”라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 “손익분배비율”이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

③ (생략)

• 라. 사실관계

1. 청구인부부가 쟁점부동산을 2005.5.10. 박○○, 이△△ 부부로부터 700,000천원에 취득하여 2008.2.18. 임○○과 이▽▽에게 730,000천원에 양도하였다는 데 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

2. 청구인부부의 쟁점부동산의 취득에 대한 일괄계약서와 별도로 작성된 검인계약서 및 일괄양도계약서 내용은 다음과 같다. (단위: 천원) 계약서 구분 매도인 매수인 계약일 잔금일 매매내용 총액 계약금 중도금 잔금 취득 일괄 박○○ 이△△ 유○○ 이○○ 2005.4.4 2005.5.10 700,000 70,000 150,000 480,000 검인 토지 박○○ 유○○ 2005.4.4 2005.5.10 450,000 45,000 105,000 300,000 건물 이△△ 이○○ 2005.4.4 2005.5.10 250,000 25,000 25,000 200,000 양도 일괄 유○○ 이○○ 임○○이▽▽ 2008.1.18. 2008.2.18 730,000 73,000 657,000

3. 청구인부부가 쟁점부동산에 대한 양도소득세신고를 하면서 쟁점토지와 건물의 양도가액은 기준시가 비율로 안분하고, 취득가액은 검인계약서의 가액으로 하여 양도소득세 예정신고를 한 데 대하여 처분청은 취득가액 700,000천원을 취득당시의 기준시가 비율로 안분하여 양도소득세를 산정하고 2008.8.11. 과세예고통지를 거쳐 2009.1.2. 2008년 귀속분 양도소득세 34,398,350원을 결정 고지한 사실이 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인되며, 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 및 결정내역과 기준시가 내역은 다음과 같다. (단위: 천원) 구분 양도가액 취득가액 필요경비 양도소득 금액 결정(신고) 세액 기준시가 양도 취득 토지 (유○○) 신고 437,810 450,000 3,940 -16,972 0 437,810 121,503 결정 437,810 303,319 3,940 130,551 34,398 건물 (이○○) 신고 292,190 250,000 13,211 28,979 3,479 292,190 158,092 결정 292,190 396,681 13,211 -117,702 -3,479 계 451,160 280,405

4. 쟁점부동산의 전소유자인 박○○은 청구인이 제출한 계약서와 동일한 계약서의 사본을 첨부하여 양도가액 700,000천원을 기준시가비율로 안분하여 양도소득세를 신고한 사실이 심리자료에 의하여 확인되고, 청구인부부로부터 쟁점부동산을 취득한 임○○과 이▽▽는 2008.3.17. 쟁점부동산을 각 1/2씩 공유로 소유권이전을 하였으며 쟁점토지와 건물의 거래가액은 각 385,000천원과 345,000천원인 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다.

5. 청구인의 양도소득세예정신고서에 첨부된 양도가액 건물 및 쟁점토지 안분계산 내역에 의하면, 양도당시 건물 기준시가는 180,581,880원, 쟁점토지 기준시가는 451,160,880원이며, 필요경비 중 중개수수료는 6,570,000원을 기준시가 비율로 안분하여 건물 2,629,711원, 토지 3,940,289원으로 계상한 사실이 확인된다.

6. 이○○는 2005.5.11. 쟁점부동산을 사업장으로 하여 상호 ○○, 주업종 여관, 부업종 부동산임대업, 간이과세자로 사업자등록을 하여 2008.2.18. 폐업하였으며, 동사업장에 대한 2005년～2008년 귀속 종합소득세 확정신고를 단순경비율에 의하여 간편장부대상자로 신고한 사실이 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

• 라. 판단 살피건대, 소득세법 제100조 (양도차익의 산정)의 규정에 의하면, 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 에서 정하는 바에 따라 안분계산하도록 되어 있다. 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 의 취지는 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산하는 것이나 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약일을 전후하여 공인된 감정평가기관의 감정가액이 있거나 거래당사자 중 일방 또는 쌍방이 국가, 지방자치단체 또는 법인으로서 거래 당사자가 토지 및 건물가액을 구분하여 기장하고 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우 등에는 그 감정가액 또는 거래당사자의 기장금액을 그 실지거래가액으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다(조심2008중3391, 2008.12.31. 외 다수 같은 뜻). 그러나, 청구인은 쟁점부동산의 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고를 하면서 양도가액은 쟁점부동산의 일괄양도가액인 730,000천원을 기준시가비율로 안분한 437,809,835원으로, 취득가액은 당사자간에 매매대금 700,000천원으로 작성한 일괄계약서 외에 쟁점토지에 대하여 별도로 작성한 검인계약서 가액인 450,000천원으로 하여 양도차익을 산정하였는바, 토지와 건물을 함께 양도하여 전체 실지거래가액은 확인되나 자산별로 구분이 불분명한 경우에는 소득세법제100조 제2항 및 같은법 시행령 제166조 제6항의 규정에 의하여 안분계산하는 것이며, 동 규정은 토지와 건물의 소유자가 상이한 경우에도 적용되는 것인데(국세청 예규 재산-3875, 2008.11.20. 같은 뜻), 청구인이 취득가액으로 신고한 검인계약서 상의 금액 450,000천원은, 그 산정에 대한 객관적인 근거가 없는 점과 쟁점토지의 전소유자인 박○○은 일괄매매가인 700,000천원을 기준시가로 안분한 가액을 양도가액으로하여 양도소득세를 신고한 점에 비추어 감정 등 합리적인 절차없이 임의로 산정한 가액으로 보이므로 사실상 토지와 건물의 가격이 불분명한 것으로 봄이 타당하다 할 것이어서 처분청이 쟁점부동산의 취득가액 총액을 기준시가로 안분하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다고 판단된다. 또한 청구인은 쟁점부동산의 양도소득을 산정함에 있어 소득세법 제118조 (준용규정)와 소득세법 제43조 (공동사업에 대한 소득금액 계산특례) 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제43조 규정에 의하면 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업의 경우에는 해당사업을 경영하는 장소를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다고 되어 있고 그 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당공동사업을 경영하는 각 거주자 간에 약정된 손익분배비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다고 규정되어 있는바, 위 규정이 양도소득세에 준용되는 경우는 양도물건이 지분등기 없이 단순히 공유로만 등기된 경우에 적용되는 것이고, 이 건과 같이 쟁점토지와 쟁점건물이 지분등기 없이 모두가 특정인에게 각각 소유권 등기된 경우에는 적용될 수 없는 것이라 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.