경제자유구역 내 농지를 사용이 제한된 토지로 볼 것인지 여부

청구인은 2003.7.26. 취득한 부산광역시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 답 1,663㎡(이하󰡒쟁점토지󰡓라 한다)를 부산ㆍ진해경제자유구역개발에 따른 협의수용으로 2008.5.21. 부산도시공사에 양도하고, 2008.7.15. 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 60%세율을 적용하여 양도소득세 57,447,040원을 신고․납부하였으나, 쟁점토지가 부산․진해경제자유구역으로 지정된 2003.10.30.부터 양도일인 2008.5.21.까지 법령에 의하여 사용이 제한된 것으로 보아야 하므로 양도일 직전 3년 중 2년 이상을 사업용으로 사용한 토지에 해당된다 하여 2008. 8.12. 청구인의 양도소득세 계산에 일반세율을 적용하여 이미 납부한 양도소득세 36,558,115원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. 이에 대하여 처분청은 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령 제6조의2 제3항에 따르면 경작을 위한 토지의 형질변경과 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이공작물의 설치는 관할 시․도지사의 허가없이 이를 할 수 있으므로 경작자체가 금지 또는 제한되었다고 볼 수 없다고 하여 쟁점토지가 소득세법 제104조 의 3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호의 “취득 후 법률의 규정으로 인한 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 해당되지 않는 것으로 보아 2008.9.4. 청구인의 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

쟁점토지는 경제자유구역의 지정으로 농지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한되었으므로 사용이 제한된 것으로 보아 경제자유구역 지정일로부터 협의수용일까지의 기간을 사업용 사용기간으로 인정하여 비사업용 토지에서 제외되어야 한다.

• 가. 농업진흥지역 밖의 농지(상대농지)가 경제자유구역 내 수용지지구로 지정된 경우 사용이 제한된 토지에 해당한다. 쟁점토지는 농업진흥지역 밖의 농지로서 구 농지법(2007.4.11. 개정되기 전의 것으로서, “농지법”이라 함)에 의하면, 시장․군수 등에게 신고만으로 일정 규모 이내에서의 농업인 주택 및 농축산업용시설과 농수산물유통 가공시설 등을 위한 전용이 가능함에도 경제자유구역 내 수용대상지로 편입됨으로 인하여 그 전용이 불가능하게 되었고, 설령 전용이 기능하였다 하더라도 동 지역은 부산․진해경제자유구역청에서 수용예정지임을 이유로 경제자유구역지정(2003.10.30) 이후부터 전용은 물론 영농목적의 시설물까지 건축허가를 해주지 않았으므로, 쟁점토지는 소득세법 제104조 의 3 제2항이 규정하고 있는 “법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 경우”에 해당하는 것으로 보아야 한다. 이에 대한 근거로 구 토지초과이득세법 관련 대법원판결(96누8703, 1997.3.25)에서도 “사용이 제한된 토지”의 해석에 대하여 “농업진흥지역 밖의 농지에 대해서는 시장․군수 또는 구청장에게 신고하기만 하면 일정규모 이내에서의 농가주택 및 농가시설물의 설치 등을 위한 전용이 가능함에도, 군사시설 보호구역으로 편입됨으로 인하여 그 전용이 불가능하게 되었다면 이러한 제한은 토지초과이득세법령이 정한 규정에 의하여 사용이 제한된 경우에 해당한다고 보아야 할 것”이라고 판시하였다.
• 나. 경제자유구역지정으로 인하여 농지고유의 용도로 사용하는 행위에도 제한이 가해져 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 것으로 보아야 한다. 농지법 제2조 (정의), 같은 법 시행령 제2조(농지의 범위) 및 같은 법 시행규칙 제3조(부속시설의 범위)의 규정을 종합하면 농지란 1년생 식물인 쌀, 보리, 채소뿐만 아니라 경작에 수년을 요하는 인삼, 약초, 묘목, 유실수 등을 직접 경작하는 토지와 직접 경작에 사용되는 토지 이외에 양수시설, 배수시설 등 개량시설과 고정실 온실, 재배사 등과 같은 생산시설, 축사 및 부속시설, 급여시설, 착유시설, 사료, 농기계의 보관시설 등의 부속시설이 설치된 모든 토지를 포함하고 있으므로, 영농행위란 직접적인 경작뿐만 아니라 이와 관련된 개량시설․생산시설․부속시설 등의 신축, 개축, 수리 등 일련의 부수행위까지 포함되는 광범위한 개념이라 할 것이다. 이러한 광의의 농지가 경제자유구역내 수용지구로 지정되면, 앞서 본 바와 같이 시장․군수 등에게 신고만으로 일정규모 이내에서의 농업인 주택 및 농축산업용시설과 농수산물유통 가공시설 등을 위한 전용이 가능하던 농지에 대하여 향후 개발사업에 지장을 줄이기 위한 조치로경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률시행령제6조의2 제3항에서 ‘경작을 위한 토지의 형질변경, 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이공작물의 설치, 개발사업에 지장을 주지하지 아니하고 자연경관을 손상하지 아니하는 범위안에서의 토지 이용행위’ 등 현상유지만 하기 위한 것은 허가 없이 할 수 있으나 그 외의 사항에 대하여는 관할 시․도지사의 허가 없이 할 수 없도록 극히 제한하고 있다. 이와 같이 농지의 범위가 농작물이 심어진 경작지뿐만 아니라 고정실 온실과 같이 건축법상의 허가를 요하는 건축물, 농업생산시설, 유통 및 보관시설 등도 포함하는 광의의 토지임에도 불구하고, 오직 작물재배에 국한된 경작행위 및 철거에 큰 지장이 없는 간이공작물의 설치만을 허용한 것은 쟁점토지가 통상적 제한을 넘어 특별히 사용이 제한된 것으로 보아야 한다.
• 다. 농지소유자가 임야나 나대지 소유자에 비해 상대적 불이익이 없어야 한다. 만약, 농지에 대해서만 경작 자체가 금지되지 않았다는 이유로 사업용 사용기간을 인정하지 않는다면 수용지구에 거주하는 농지소유자들은 경제자유구역지정일로부터 수용 시까지 계속하여 재촌․자경을 하여야 하는 문제가 발생되어, 결국 주택을 포함한 생활기반이 없어지는 것에 대비한 도시로의 이주나 다른 생업수단을 마련할 시간적 여유조차 받을 수 없게 되어 임야나 나대지 소유자들과 비하여 상대적 불이익을 받을 수밖에 없다.
• 라. 향후 진행할 공익사업에 지장을 초래할 가능성이 많다. 또한, 공익사업용 수용농지의 경우 사업인정고시일(2006.12.31)에 관한 법률만 적용하고 사업용 사용기간 의제규정을 적용하지 않는다면 부재지주 농지가 적지 않은 현실에 비추어 2007.1.1. 이후 사업인정고시가 나는 공익사업은 부재지주들의 수용반대로 많은 문제를 야기할 것으로 예상된다.
• 마. 처분청은 적절치 못한 예규를 적용하였다. 국세청의 최근(2007년 12월 이후)의 예규 및 심사결정에서 농지의 경우 농업 자체의 제한(금지) 여부에 따라 사업용 사용기간 인정 여부를 판단하는 것으로 예규가 변경된 것으로 보이나, 예규변경의 기준으로 보이는 심사결정(심사양도2007-158, 2007.12.13)례를 살펴보면, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 사용이 제한된 경우라도 경작 자체가 금지(제한)되지 아니한 경우 사용이 제한된 기간으로 보지 않는다는 결정으로, 본 결정 이후의 제반 질의회신 내용 중국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의해 개발제한구역으로 지정된 농지는 경작 자체가 금지되지 않았으므로 동 기간을 사업용 사용기간으로 인정하지 않는다는 일관된 견해를 유지하고 있다. 이는 국세청의 해석이 변경된 것이 아니고 그 이전부터 표명했던 취지로 토지초과이득세 관련 질의회신(재일46014-2749, 1994.10.25)에서도국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의해 개발제한구역으로 지정된 농지는 사업용 사용기간으로 인정하지 않았음이 확인되며, 단지 비사업용 중과세 규정이 처음 실시된 2007년도 초의 일부 회신에서 혼선이 있던 것을 2007년 말에 해석의 방향이 다시 환원된 것으로 보인다. 이와 같은 해석은 청구인의 입장에서도 합리적인 판단이라고 생각되는데, 그 이유는국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의해 농지가 개발제한 구역으로 지정되는 것은 수용이 주목적이 아니고 토지 본래의 용도를 더욱 강력히 유지․보존하기 위한 방안으로, 농지의 경우에 있어 2～3년간 일시적으로 농지의 전용과 같은 농지고유목적 이외로의 사용이 제한(금지)되는 것이지 농지 본래 용도로의 사용이 제한된 것이 아니므로 국세청의 해석은 타당하다고 보인다. 더욱이 질의의 대상이 된 사건들은 개발제한구역지정일 이후 공공기관에 수용되는 것이 아니라 일시적 제한 후 사인간의 자유계약에 의해 양도된 것으로 납세자의 입장에서는 개발제한구역 지정일 이후에도 개인의 여건에 따라 재촌․자경 후 양도하여 사업용 토지로 적용받을 선택권이 있었던 농지들이었다. 이와 달리 2008년 이후 뿐만 아니라 그 이전에 있었던 예규나 판례 중 공익사업용 수용이 전제된 대부분의 사건들에서 국세청은 해당법령에 의하여 사용이 제한된 기간을 사업용 사용기간으로 인정하고 있음이 확인된다.
• 바. 농지가 공익사업용 수용예정지로 지정될 경우 비록 적극적인 사용제한의 의사를 표시하지 않더라도 묵시적으로 사용제한의 의미를 갖고 있다. 상식적으로 볼 때, 2～3년 뒤 수용될 토지에 최소한 수년이 지나야 수확할 수 있는 인삼과 같은 농산물은 심지 않을 것이며, 어차피 철거될 것을 알면서 수년을 내다보고 지어야 하는 농업용 부대시설도 설치하지 않을 것이다. 물론 수용 시 보상은 받겠지만 처음부터 보상을 염두에 둔 경우가 아니라면, 일반적인 상식을 지닌 사람은 법률적 규제 여부를 떠나 한정된 자원을 낭비하지 않을 것이 당연한 것으로, 수용예정지의 지정은 묵시적 행위의 제한을 가하고 있다고 보아야 한다. 3. 처분청 의견 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령제6조의2 제3항에 따르면 경작을 위한 토지의 형질변경과 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이 공작물의 설치는 관할 시․도지사의 허가 없이 이를 할 수 있으므로 쟁점토지에 경작 자체가 금지 또는 제한되었다고 볼 수 없으며, 국세청 심사청구 결정(심사양도-0158, 2007.12.13) 등에서도 관련 법령이 농지 본래의 용도인 경작 자체가 금지 또는 제한되지 아니한 때에는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당되지 아니한 것으로 보았으므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구인의 경정청구를 거부함은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 경제자유구역의 지정으로 사용이 제한된 것으로 보아 양도소득세 중과대상의 비사업용토지에서 제외할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 등 1) 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설) 2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2) 소득세법 제104조 의 3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전․답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니 하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
• 나. 특별시․광역시(광역시에 있는 군을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 및 시지역(지방자치법제3조 제4항의 규정에 의한 도․농 복합형태의 시의 읍․면 지역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 농지. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지가 특별시․광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 종료되지 아니한 농지를 제외한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. 3) 소득세법 시행령 제168조 의 6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (이하생략) 4) 소득세법 시행령 제168조 의 8 【농지의 범위 등】

① 법 제104조의 3 제1항 제1호에서 “농지”라 함은 전․답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막․퇴비사․양수장․지소․농도․수로 등의 토지부분을 포함한다.

② 법 제104조의 3 제1항 제1호 가목 본문에서 “소유자가 농지소재지에 거주 하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”라 함은 농지의 소재지와 동일한 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 그와 연접한 시․군․구 안의 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 “재촌”이라 한다)하는 자가 농지법제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 “자경”이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 5) 소득세법 시행령 제168조 의 14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판단한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

③ 법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다. (2005. 12. 31. 신설)

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 (2005. 12. 31. 신설) 6) 농지법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2007. 4. 11. 개정)

1. “농지”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2007.4.11. 개정)

• 가. 전ㆍ답, 과수원, 그 밖에 법적 지목(地目)을 불문하고 실제로 농작물 경작지 또는 다년생식물 재배지로 이용되는 토지. 다만, 초지법에 따라 조성된 초지 등 대통령령으로 정하는 토지는 제외한다. (2007. 4. 11. 개정)
• 나. 가목의 토지의 개량시설과 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 부지 (2007. 4. 11. 개정)

5. “자경”이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.(2007.4.1. 개정)

7. “농지의 전용”이란 농작물 경작이나 다년생식물의 재배 외의 용도로 사용하는 것을 말한다. 다만, 제1호 나목에서 정한 용도로 사용하는 경우에는 전용(轉用)으로 보지 아니한다. (2007. 4. 11. 개정) 7) 농지법 시행령 제2조 【농지의 범위】

① 농지법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1호 가목 본문에 따른 다년생식물 재배지는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 식물의 재배지로 한다. (2007. 6. 29. 개정)

1. 목초ㆍ종묘ㆍ인삼ㆍ약초ㆍ잔디 및 조림용 묘목 (2007. 6. 29. 개정)

2. 과수ㆍ뽕나무ㆍ유실수 그 밖의 생육기간이 2년 이상인 식용 또는 약용으로 이용되는 식물 (2007. 6. 29. 개정)

3. 조경 또는 관상용 수목과 그 묘목(조경목적으로 식재한 것을 제외한다) (2007. 6. 29. 개정)

③ 법 제2조 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 시설”이란 다음 각 호의 구분에 따른 시설을 말한다. (2007. 6. 29. 개정)

1. 법 제2조 제1호 가목의 토지의 개량시설로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설 (2007. 6. 29. 개정)

• 가. 유지(溜池), 양ㆍ배수시설, 수로, 농로, 제방 (2007. 6. 29. 개정)
• 나. 가목 외의 시설로서 객토ㆍ성토ㆍ절토ㆍ암석제거를 통하여 농지의 생산성 향상이나 농지의 보전 또는 이용에 필요한 시설로서 농림수산식품부령으로 정하는 시설. 이 경우 객토ㆍ성토ㆍ절토의 기준은 농림수산식품부령으로 정한다.

2. 법 제2조 제1호 가목의 토지에 설치하는 농축산물 생산시설로서 농작물 경작지 또는 제1항 각 호의 다년생식물의 재배지에 설치한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설 (2007. 6. 29. 개정)

• 가. 고정식온실ㆍ버섯재배사 및 비닐하우스와 그 부속시설 (2007. 6. 29. 개정)
• 나. 축사와 농림수산식품부령으로 정하는 그 부속시설
• 다. 농막ㆍ간이퇴비장 또는 간이액비저장소 (2007. 6. 29. 개정) 8) 농지법 시행규칙 제3조 【부속시설의 범위】 영 제2조 제3항 제2호 나목 및 영 제29조 제1항 제4호에서 “농림부령으로 정하는 그 부속시설”이란 해당 축사와 연접하여 설치된 시설로서 가축의 사육ㆍ관리ㆍ출하 등 일련의 생산과정에 직접 이용되는 다음 각 호의 시설을 말한다. (2007. 7. 4. 개정)

1. 급여(給與)시설, 착유시설, 위생시설, 가축분뇨처리시설, 농기계보관시설, 진입로 및 가축운동장 (2007. 7. 4. 개정)

2. 자가 소비용 사료의 간이처리 또는 보관시설 (2007. 7. 4. 개정)

3. 제1호 및 제2호의 시설 또는 해당 축사에서 사육하는 가축의 관리를 위해 설치하는 시설(주거 목적이 아닌 경우에 한정한다) (2007. 7. 4. 개정) 9) 농지법 제37조 【농지전용 허가등의 제한】

① 농지를 다음 각호의 1에 해당하는 시설의 부지로 전용하고자 하는 자는 대통령이 정하는 바에 의하여 당해 농지소재지를 관할하는 농지관리위원회의 확인을 거쳐 시장․군수 또는 자치구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항을 변경하고자 하는 경우에도 또한 같다. (2007.1.3. 개정)

1. 농업인주택, 농축산업용시설(제2조 제1호 나목의 규정에 따른 대량시설과 농축수산물생산시설을 제외한다), 농수산물유통․가공시설

2. 어린이놀이터․마을회관등 농업인의 공동 생활시설

3. 농수산관련 연구시설과 양어장․양식장 등 어업용시설 10) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률 제8조의 2【행위의 제한】

① 개발사업의 구역 안에서 토지의 형질변경, 건축물의 건축, 공작물의 설치 등 대통령령이 정하는 행위를 하고자 하는 자는 관할 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다. (2005. 1. 27. 신설)

11. 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령 제6조의 2【행위의 제한】

① 법 제8조의 2 제1항 전단에서 “대통령령이 정하는 행위”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다. (2005. 4. 28. 신설)

1. 토지의 형질변경 및 굴착 (2005. 4. 28. 신설)

2. 토석ㆍ자갈 및 모래의 채취 (2005. 4. 28. 신설)

3. 건축물의 신축ㆍ개축ㆍ증축 또는 공작물의 설치 (2005. 4. 28. 신설)

4. 죽목의 벌채 및 식재 (2005. 4. 28. 신설)

5. 이동이 용이하지 아니한 물건의 설치 또는 적치 (2005. 4. 28. 신설)

③ 제1항의 규정에 불구하고 개발사업의 구역 안에서의 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 행위는 관할 시ㆍ도지사의 허가 없이 이를 할 수 있다. (2005. 4. 28. 신설)

1. 경작을 위한 토지의 형질변경 (2005. 4. 28. 신설)

2. 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이공작물의 설치 (2005. 4. 28. 신설)

3. 경작지가 아닌 지역에서의 관상용식물의 가식 (2005. 4. 28. 신설)

4. 단일체인 물건으로서 그 물건의 각 부분이 1톤 이하로 용이하게 세분될 수 있는 5톤 미만인 물건의 설치 또는 적치 (2005. 4. 28. 신설)

5. 개발사업에 지장을 주지 아니하고 자연경관을 손상하지 아니하는 범위 안에서의 토지의 이용행위 (2005. 4. 28. 신설)

• 다. 사실관계 1) 청구인과 처분청이 제시하는 심리자료에 의하면, 청구인은 2003.7.26. 취득한 쟁점토지를 2008.5.21. 부산․진해경제자유구역으로 개발에 따른 협의수용으로 청구외 부산도시공사에 양도하고, 2008.7.15. 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 60%세율을 적용하여 양도소득세 57,447,040원을 신고․납부한 사실이 확인된다. 2) 청구인은 쟁점토지가 부산․진해경제자유구역으로 지정된 2003.10.30.부터 양도일인 2008.5.21.까지 법령에 의하여 사용이 제한된 것으로 보아야 하므로 양도일 직전 3년 중 2년 이상을 사업용으로 사용한 토지에 해당된다 하여 2008. 8.12. 청구인의 양도소득세 계산에 일반세율을 적용하여 이미 납부한 양도소득세 36,558,115원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. 3) 이에 대하여 처분청은 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률 시행령 제6조의2 제3항에 따르면 경작을 위한 토지의 형질변경과 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이공작물의 설치는 관할 시․도지사의 허가없이 이를 할 수 있으므로 경작자체가 금지 또는 제한되었다고 볼 수 없다고 하여 쟁점토지가 소득세법 제104조 의 3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호의 “취득 후 법률의 규정으로 인한 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 해당되지 않는 것으로 보아 2008.9.4. 청구인에게 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 4) 쟁점토지가 2003.10.30. 부산․진해경제자유구역으로 지정․고시된 사실과 2007.2.15. 사업인정고시된 사실에는 청구인과 처분청간에 서로 다툼이 없으나, 2003.10.30.경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률에 의하여 경제자유구역으로 지정된 경우 소득세법 시행령 제168조 제1항 제1호 규정의 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당(같은 법 시행령 제168조의 제1호 나목 규정의 양도일 직전 3년 중 2년 이상 사업용 사용의제) 되어 양도소득세 중과세대상의 비사업용토지에서 제외되는지 여부에 대하여는 서로 다투고 있다.
• 라. 판단 쟁점토지가 경제자유구역으로 지정되기 전에는 농지법에 의거 관할 시장․군수 등에 신고만으로 농업인주택, 농수산물유통․가공시설 등의 부지로 전용이 가능한 것을경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률등에 의거 허가 사항으로 변경되었다 하더라도, 농지 본래의 용도인 경작 자체가 제한된 것이라고 볼 수 없고, 같은 법 시행령 제6조의2 제3항에 따르면 경작을 위한 토지의 형질변경과 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이공작물의 설치 등은 관할 시․도지사의 허가없이 이를 할 수 있으므로 소득세법 시행령 제168조 의 14 제1항 제1호의 규정이 적용되지 아니한다 할 것이다(재산세과-2533, 2008.8.29. 심사양도2007-0158, 2007.12.13. 부산지법2008구합14, 2008.10.29 및 대법2001두6234, 2003.10.10. 외 다수와 같은 뜻임). 따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.