부동산 양도과정에서 임차인에게 지급한 보상금은 필요경비로 계상할 수 없음

청구인은 1988.7.29. 및 1996.10.16. 2회에 걸쳐 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 외 7필지의 토지 16,231㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 지분 1/2을 각각 취득한 후 2006.12.29. 쟁점토지 위에 있는 지장물, 과수목, 가옥 등(이하 “쟁점토지 지장물 등”이라 한다)의 제거를 조건으로 하여 청구외 (주)○○(이하 “양수법인”이라 한다)에게 쟁점토지를 810백만원에 일괄매각하였는바, 쟁점토지의 일괄매각과정에서 청구인은 쟁점토지 지장물 등의 소유자인 청구외 김○○(이하 “임차인”이라 한다)에게 쟁점토지 지장물 등에 대한 보상과 경작이주금으로 400백만원(이하 “전체보상액”이라 한다)을 지급하였다. 쟁점토지의 양도후 청구인은 쟁점토지의 1차 취득분에 대해서는 환산실거래가액으로, 2차 취득분에 대해서는 실거래가액으로 쟁점토지의 취득가액 및 필요경비 계산을 하면서 전체보상액 중 200백만원(이하 “쟁점보상액”이라 한다)을 2차 취득분에 대한 기타필요경비에 포함시켜 양도소득세를 신고․납부하였는바, 처분청은 쟁점보상액이 기타필요경비에 포함될 수 없다고 하여 2008.6.9. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 61,198,290원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.8. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 양수법인과 쟁점토지 지상의 건축물 및 기타시설과 장애물 일체를 양도하는 조건으로 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였는바, 쟁점토지 지장물 등의 가치는 쟁점토지의 양도가격에 포함되어 있는 것이므로, 청구인이 쟁점토지 지장물 등을 취득한 원가는 이 건 양도소득세 계산시 기타필요경비에 포함되어야 하는 것이며, 쟁점토지 지장물 등의 취득원가를 기타필요경비에 포함시키지 않는 경우에는 이를 양도가액에서 차감하여 양도소득세를 계산하여야 한다.

청구인과 양수법인은 쟁점토지와 지장물 등을 구분함이 없이 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였고, 특약사항으로 쟁점토지 지장물 등의 철거를 위하여 세입자의 명도비용은 양도자 책임하에 이행하고 지장물 등의 철거는 매수자가 이행한다는 내용이 있는 것으로 보아, 청구인이 임차인에게 지급한 전체보상액은 매매계약의 특약사항을 이행하기 위하여 임차인이 쟁점토지 지장물 등을 포기․명도함에 따라 청구인이 지급한 명도합의금에 해당하므로 양도가액 및 필요경비로 공제대상이 아니다.

• 가. 쟁점 쟁점보상액을 청구인의 양도소득에 대한 기타필요경비에 포함시킬 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(괄호 생략) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (이하 생략) 2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

3. 삭제 <2000.12.29>

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 (이하 생략) 3) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① ～ ④ (생략)

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 "양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 재정경제부령이 정하는 금융기관 등에 양도함으로써 발생하는 매각차손 (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인은 양수법인과 2005.9.10. 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였는바, 동 계약서 중 이 건 처분과 관련된 주요 내용은 다음과 같다.

• 가) 계약서 본문에는 매매대상 부동산을 쟁점토지로 하고 있으며, 비고란에 ‘지상의 건축물 및 기타시설 장애물일체 포함’이라는 문구가 기재되어 있다.
• 나) 별지로 작성된 ‘매매계약의 특약사항’에는 ‘지상과수에 관하여는 매도인이 과수 소유자의 협의에 보상하고 매수인이 지장물의 철거를 해결한다’라는 조항이 기재되어 있다.

2. 청구인이 양도법인과의 매매계약을 이행하기 위하여 임차인과 체결한 ‘지장물 및 가옥 보상 합의서’에는 다음과 같은 합의내용이 기재되어 있다. 쟁점토지를 매각함에 있어 토지주는 지장물, 과수목, 가옥, 경작 이주금으로 400백만원을 보상하기로 하며 경작자는 아무 조건 없이 모든 경작을 포기하기로 하며 보상금 지불시 위 모든 지장물과 가옥은 토지주에게 속한다.

3. 청구인은 임차인에게 위 2)에서 합의된 합의금을 임차인에게 지급하였음이 청구인이 제출한 금융자료 등에 의해 확인된다.

4. 쟁점토지에 대한 등기부등본을 확인해 본바, 쟁점토지 위에 등기된 건물은 없는 것으로 확인된다.

5. 이상의 법령과 사실관계에 비추어 청구주장을 살펴본다. 임차인은 임차기간의 종료와 함께 임차목적물에 대한 원상회복의 의무가 있는 것이며, 쟁점토지 위에 있었다는 건물도 등기가 되지 않은 것인바, 청구인이 임차인에게 지급한 합의금은 쟁점토지의 양도에 따라 쟁점토지 임차인에게 지급한 보상금이라 판단된다. 소득세법제97조 및 같은법 시행령 제163조에서는 거주자가 양도차익을 실지거래가액으로 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 수 있는 필요경비를 규정하고 있는바, 자산의 양도와 관련하여 거래당사자가 아닌 임차인에게 지급한 보상비 등은 동 조항에서 규정된 필요경비에 포함되어 있지 않다. 따라서, 청구인이 임차인에게 지급한 쟁점보상액을 기타필요경비에서 제외하여 양도소득세 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.(서면4팀-2666, 2006.1.3. 외 다수 같은 뜻)

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.