고가주택에 해당하므로 신축주택 감면대상이 아니라는 주장의 당부

용인세무서장이 2008.01.03. 청구인에게 한 2006년 과세연도 양도소득세 174,404,521원의 경정청구에 대해 거부한 처분은 이를 취소하고, 환급하는 것으로 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 2006.06.02. 서울시 서초구 ㅇㅇ동 1008번지 소재 래미안 ㅇㅇ아트힐아파트 106동 2401호(건물 163.31㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 1,300,000천원에 양도하고 2006.05.29. 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 처분청에 양도소득세 174,404천원을 신고․납부하였다. 청구인은 2007.11.07. 조세특례제한법 제99조 의 3 규정에 의한 양도소득세 감면특례를 적용하여 2006년 과세연도 양도소득세 174,404천원을 환급해 줄 것을 경정청 구하였으나, 처분청은 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조 의 3에 의하여 양도 소득세 감 면대상이 아닌 것으로 보아 2008.01.03. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.03.28 처분청의 이의신청을 거쳐 2008.07.22. 이 건 심사청 구 를 하였다.

청구인은 고급주택의 판정시기는 조합원 이외의 자 즉, 일반분양자가 주택조합과 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날인 2001.12.28. 당시로 고급주택의 해당여부를 가리어야 하므로, 계약금 납부당시에는 양도주택이 고급주택에 해당하지 아니하며, 또한, 쟁점아파트의 사용승인일은 2004.12.14.로써 신축주택취득기간에는 포함되지 아니하나 조세특례제한법 제99조의3 (이하 “조세특례제한법”라 한다) 제1항 제1호 및 조세특례제한법 시행령 제99조의3 (이하 “조세특례제한법시행령”이라 한다) 제3항 제2호에는 조합원이 주택조합 등으로부터 취득한 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받은 주택의 경우 주택조합 등이 조합원이외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있을 때에는 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있는바, 소라아파트 재건축조합은 조합원에게 공급하고 남은 잔여아파트를 2001.12. 28. 일반분양하여 계약금을 받은 사실이 있으므로 쟁점아파트 양도에 대해서 감면을 적용하여야 함에도 청구인에게 감면을 적용하지 아니하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

• 가. 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호를 살펴보면, 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령이 정 하는 조합원이 취득하는 주택의 경우, 신축주택 취득기간(2001.5.23 ～ 2003.6.30.)내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택이 감면대상이므로 2004.12.14. 사용승인 받은 쟁점주택은 감면대상이 아닌 것으로 판단된다. 그리고 쟁점주택의 전용면적은 163.31㎡로 계약일(2002.11.8.)현재 고가주택에 해당되어 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 단서규정에 의하여 감면대상에서 제외된다고 판단된다. 결국, 쟁점주택은 조세특례제한법 소정의 신축감면주택에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 설령 신축감면주택에 해당된다고 하더라도 쟁점주택은 고가주택에 해당하므로 더 이상 살펴볼 필요 없이 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트의 양도행위가 조세특례제한법 제99조 의 3의 과세특례 요건을 충족하였는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것)

① 법 제99조의3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1.주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는주택법제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또 는주택법제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한

• 다. ⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. 4) 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.30. 대통령령 제17829호 개정되기 전의 것)

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(「도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다. 5) 조세특례제한법 부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)

① 이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 6) 소득세법 시행령 제156조 【고급주택의 범위】(2002.10.01 개정 전) 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 이상 이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것 (1999. 9. 18 개정) (이하 생략) 7) 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】(2002.10.01 개정 후) 법 제89조 제3호에서 “거주용 건물의 연면적ㆍ가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상 이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것 (2002. 10. 1 개정) (이하 생략)

• 다. 사실관계 1) 쟁점아파트의 부동산등기부 등본에 의하면, 건물면적은 163.31㎡로 청구인과 청구인의 처 이ㅇㅇ 명의로 각각 2/3지분과 1/3지분으로 소유권보존등기를 하였다가, 2006.03.27. 청구인과 청구외 이ㅇㅇ는 각자 지분을 청구외 조영옥 명의로 2006.01.23. 매매를 원인으로 하여 2006.03.27. 소유권 이전등기를 하였으며, 국 세 청 통합전산망에 의하여 확인한 바, 위 등기자 중 이ㅇㅇ는 청구인의 처임이 확 인된다. 2) 청구인이 제시한 쟁점아파트 양도시 부동산매매계약서에 의하면, 매매계약일은 2006.01.03.이며 계약금 130백만원, 2008.02.27. 지급하기로 한 중도금 200백만원, 2006.03.27.지급키로 한 잔금은 970백만원으로 총 매매대금은 1,300백만원임이 확인된다. 3) 청구인이 제시한 재건축조합원 이외의 자로서 일반분양한 계약서에 의 하면, 분양자는 재건축조합이며 수분양자는 청구외 남ㅇㅇ이 며, 계약일은 2001.12.28.로 조세특례제한법 제99조의3 신축주택 취득기간 (2001.05.23.～ 2003.06.30) 내에 해당한다. 4) 쟁점아파트의 분양계약일이 2002.11.08.자임에 대해서는 당사자간에 다툼 이 없다. 5) 위 사실관계 및 관련법령에 의하여 쟁점아파트가 고급주택인지 여부를 살펴보면, 관련법령에는 2002.10.01.전에 취득매매계약을 체결한 경우에는 고 급주택에 해당되지 않으나, 2002.10.1. 이후에 취득 매매계약을 체결한 경우 에는 고급주택에 해당(조세특례제한법 부칙 제29조, 소득세법 시행령 제156 조, 소득세법 시행령 부칙 제4조)되므로 청구주장과 같이 조합원 외의 자가 잔여주택을 분양받은 시기(이 사건의 경우 2001.12.28.)를 기준으로 하면, 고급주택에 해당되지 아니하나, 처분청 의견과 같이 쟁점아파트의 분양계약일(이 사건의 경우 2002.11.8.)을 기준으로 하면 고급주택에 해당한다. 6) 처분청이 제출한 관련 증빙에 의하면, 청구인은 2006.03.27. 쟁점아파트를 1,300백만원에 양도하고 2006.05.29. 양도소득세 174,404천원을 신고납부하였다가 2007.11.07. 조세특례제한법 제99조의3 규정에 의한 양도소득세 감면특례를 적용하여 기납부한 양도소득세를 환급하여 줄 것을 경정청구하였고, 처분청은 2008.01.03. 재건축조합원의 경우, 조세특례제한법 제99조의3 규정에 의한 신축주택감면을 받기 위하여는 신축주택 감면대상기간(2001.05.23.～ 2003.06.30.)이내에 사용승인을 받아야 함에도 사용승인일이 2004.12.14. 임이 건축물관리대장에서 확인되므로 청구내용을 수용할 수 없다는 의견이다.
• 라. 판 단 청구인이 재건축사업의 시행으로 조합원이 취득한 주택이 신축주택취득기간(2001.5.23～2003.6.30) 경과 후 사용승인된 주택으로써 당해기간 내 재건축조합과 일반분양자간에 매매계약을 직접 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있는 경우에는 조합원이 취득한 신축주택 양도 시 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장은 2008.10.17. 기획재정부 국세예규심사위원회에서 대법원판례를 수용하여 이를 국세청 심사결정에서도 수용(심사양도 2008-0135, 2008.10.09.)한 바있으므로, 이에 대한 심리는 생략하고, 이하에서는 고급주택의 판정시기에 대하여 살펴보기로 한다. 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호에는 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지 아니한 점 및 조세특례제한법 제99조 의 3 제3항 제2호의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 공급받는 조합원 주택으로서 신축주택 취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택에 포함된다고 볼 수 있 는바, 재건축조합의 조합원인 청구인이 취득한 조합원 공급분인 쟁점아파트에 대하여 신축주택 취득기간 경과 후인 2004.12.14 사용승인을 받았으나 재건축조합이 조합원 외의 자와 신축주택 취득기간 내인 2001.12.28. 잔여아파트에 대하여 매매계약을 체결하고 그 계약금을 납부 받은 쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 에서 정한 양도소득세의 감면대상인 신축주택에 해당한다고 보아야 할 것이다. 한편, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된조세특례제한법부칙 제29조 제1항에서, ‘이 법 시행 전에 구 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하며, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용 한다’는 경과 규정의 내용 및 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 객관적 해석에 비추어 볼 때, 이 건 쟁점아파트에 대하여는 위 경과규정에서 양도소득세 감면 등의 판정 및 계산의 기준으로 삼고 있는 재건축조합과 조합원 외의 자 사이의 잔여주택에 대한 매매계약 체결 및 계약금 납부 당시인 2001.12.28. 현재의 구소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호 및 구소득세법시행령(2002.10.01. 대통령령 제17751호로 개정되기 전의 것) 제156조 제2호가 적용된다고 보아야 할 것인바, 쟁점아파트는 위 법령에서 정한 고급주택 면적 요건에 미 달(대법2007두 13371, 2008.6.12, 같은 뜻임)함에도, 처분청이 쟁점아파트를 고급주택에 해당하 는 것으로 보고 양도소득세 감면을 인정하지 아니한 처분은 잘못이라고 판단 된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.