신축주택취득기간 경과 후 사용승인을 받았으나 재건축조합이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여아파트에 대한 매매계약을 체결하고 그 계약금을 납부 받았으므로 감면대상인 신축주택에 해당한다고 보아야 할 것임
신축주택취득기간 경과 후 사용승인을 받았으나 재건축조합이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여아파트에 대한 매매계약을 체결하고 그 계약금을 납부 받았으므로 감면대상인 신축주택에 해당한다고 보아야 할 것임
○○세무서장이 2007.12.10. 청구인에게 한 2006년 과세연도 양도소득세 176,040,100원의 경정청구에 대해 거부한 처분은 이를 취소하고, 환급하는 것으로 그 과세표준과 세액을 경정합니다.
청구인은 2006.6.2. ○○시 ○○구 ○○동 1008-2번지 소재 LM아파트 109동 702호 건물 127.61㎡(이하 “쟁점아파트”라 한다)을 청구외 정○○에게 양도하고 2006.8.24. 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산한 후 2006년 과세연도 양도소득세 176,040,100원을 자진신고․납부하였다. 청구인은 쟁점아파트를 청구외 ○○아파트재건축조합(이하 “○○재건축조합”이라 한다)의 조합원 자격으로 취득하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 요건이 충족하였음을 사유로 2007.11.6. 이미 자진 납부한 양도소득세를 경정청구 하고 환급 신청하였다. 이에 처분청은 청구인이 쟁점아파트를 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(이하 “신축주택취득기간”이라 한다)에 사용승인 또는 사용검사를 받지 아니하고 양도한 아파트라 하여 당해 감면 적용을 인정하지 아니하고 2007.12.10. 청구인에게 환급 거부 통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.7. 이의신청을 거쳐 2008.6.25. 이 건 심사청구를 하였다.
청구인은 쟁점아파트의 사용승인일은 2004.12.14.로서 신축주택취득기간에는 포함되지 아니하나 조세특례제한법 제99조의3 (이하 “조세특례제한법”라 한다) 제1항 제1호 및 조세특례제한법 시행령 제99조의3 (이하 “조세특례제한법시행령”이라 한다) 제3항 제2호에는 조합원이 주택조합 등으로부터 취득한 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받은 주택의 경우 주택조합 등이 조합원이외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있을 때에는 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있는바, ○○재건축조합은 조합원에게 공급하고 남은 잔여아파트를 2001.12.28. 일반분양하고 계약금을 받은 사실이 있으므로 쟁점아파트 양도에 대해서 감면을 적용하여야 함에도 청구인에게 감면을 적용하지 아니하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
조세특례제한법 제1항 제1호 에는 주택건설업자로부터 취득한 주택을, 같은 법 제2호에는 자기가 건설한 신축주택의 경우에 대해서 규정하고 있고 위 호 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택의 경우를 포함하고 있는바, 조세특례제한법시행령 제3항 제2호 에서 규정하는 조합원이 취득하는 주택은 조세특례제한법 제1항 제1호 의 위임근거 내에서 해석하여야 할 것이며, 또한, 조합원이 일반 분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석해야 할 것임에도 ○○재건축조합은 조합원 소유의 쟁점아파트를 신축주택취득기간 이내에는 사용승인을 받지 못하다가 2004.12.14. 사용승인 받았으므로 감면이 적용되지 아니함에도 청구인이 쟁점아파트를 양도한 후 100% 감면세액으로 경정청구 하여 환급 신청하였으므로 처분청이 이를 거부 통지한 것은 정당한 것이다.
① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것)
① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 3) 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것)
① 법 제99조의3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.
② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. 1.주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택
2. 조합원(도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는주택법제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다.
④ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.
⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는주택법제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.
⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. 4) 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2002.12.30. 대통령령 제17829호 개정되기 전의 것)
③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.
1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택
2. 조합원(「도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다. 5) 조세특례제한법 부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것)
① 이 법 시행 전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.
② 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 6) 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것)
① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 실지거래가액을 포함한다.
③ 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 다가구주택의 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. 7) 소득세법 시행령 제156조 【고급주택의 범위】(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것)
① 법 제89조 제3호에서 “거주용 건물의 연면적․가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.
1. (중략)
2. 공동주택(다가구주택을 포함하되 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 149제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것(이하 생략)
1. 청구인은 쟁점아파트를 2006.6.2. 양도하고 양도소득세를 신고․납부하였으며, 조세특례제한법의 규정에 따라 2007.11.6. 감면특례를 적용하고 이미 납부한 양도소득세를 환급할 것을 경정청구 하였다.
2. 처분청은 2007.12.10. 청구인의 경정청구에 대해서 재재산-189(2004.2.12.) 등의 유권해석 사유를 들어 거부 통지하였다.
3. 쟁점아파트는 ○○시에 소재하고 있고 건물면적은 127.61㎡이며 양도가액은 1,250,000천원으로서 양도당시 고가주택에 해당됨이 확인된다.
4. 청구인이 제시한 조합원분담금 납부계약서를 보면 청구인은 ○○재건축조합의 사업 승인일인 2000.12.6. 현재 ○○재건축조합의 조합원이고 또한, 집합건축물대장를 보면 쟁점아파트는 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 이후인 2004.12.14. 사용승인 되어 같은 날에 청구인에게 소유자로 등록되었다가 2005.2.4. 소유권이 보존된 사실이 확인된다.
5. ○○재건축조합은 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택에 대해 2001.12.13. 공개분양 하였고, 청구인이 제출한 조합원이외의 자인 청구외 남○○와 ○○재건축조합과 체결한 주택공급계약서를 보면, 2001.12.28. 쟁점아파트의 인근 106동 902호의 아파트에 대해 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 확인된다.
○○재건축조합의 조합원인 청구인이 취득한 쟁점아파트에 대하여 신축주택취득기간 경과 후인 2004.12.14 사용승인을 받았으나 ○○재건축조합이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내인 2001.12.28. 잔여아파트에 대한 매매계약을 체결하고 그 계약금을 납부 받았으므로 쟁점아파트는 조세특례제한법 제1항 제1호 에서 정한 양도소득세의 감면대상인 신축주택에 해당한다고 보아야 할 것이고, 한편, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된조세특례제한법부칙 제29조 제1항에서, ‘이 법 시행 전에 구 조세특례제한법 제1항 의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 신축주택을 이 법 시행 후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 조세특례제한법 제1항 의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하며, 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 당시의 고급주택 기준을 적용 한다’는 경과 규정의 내용 및 조세특례제한법 제1항 의 객관적 해석에 비추어 볼 때, 이 건 쟁점아파트에 대하여는 위 경과규정에서 양도소득세 감면 등의 판정 및 계산의 기준으로 삼고 있는 ○○재건축조합과과 조합원 외의 자 사이의 잔여주택에 대한 매매계약 체결 및 계약금 납부 당시인 2001.12.28. 현재의 구소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호 및 구소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조 제2호가 적용된다고 보아야 할 것이므로 쟁점 아파트는 위 법령에서 정한 양도소득세 비과세대상에서 제외되는 고급주택의 면적 요건에는 미달함으로써(대법2007두 13371, 2008.6.12, 대법2006두15738, 2006.12.22. 같은 뜻임) 이 건 청구인이 쟁점아파트를 양도하고 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 요건이 충족되었음을 사유로 감면을 적용하고 경정청구를 한 것에 대해서 처분청은 이를 거부할 수는 없다고 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.