취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득 가액으로 계산할 수 있는지 여부

청구인은 1990.5.31. 청구외 오○○(이하 “오○○”라 한다)로부터 취득한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 944-4번지 대지 489.8㎡ 및 청구인이 1993.11.2. 같은 곳에 신축한 건물 1,843.51㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2006.1.2. 청구외 재단법인 ○○○센타(이하 “양수인”이라 한다)에 양도하고 실지 거래가액에 의한 취득가액을 토지 489,800천원과 건물 498,600천원, 합계 988,400천원으로, 양도가액을 1,750,000천원으로 하여 양도소득세를 신고하였다. 처분청은 쟁점부동산의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 청구인이 신고한 실지 거래가액을 부인하고 환산가액을 토지 344,515,871원과 건물 494,171,290원, 합계 838,687,162원으로 적용한 후, 2008.3.10. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 56,539,060원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.5.15. 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점부동산 중 토지는 846,000천원에 취득하였고, 건물에 대해서는 1993년 신축당시 부가가치세 환급신고를 하였으나 처분청은 환급조사 시 시공사인 청구외 ○○건설(이하 “시공사”라 한다)이 면허대여를 하였으므로 신축과 관련된 매입세금계산서 498,600천원을 사실과 다른 세금계산서로 보아 부당 환급한 매입세액을 부인하였는바, 시공사는 명의상 공사계약자일 뿐이고 실제 건축 시공자는 청구외 정○○(이하 “정○○”이라 한다)으로서 건물의 실지 취득가액은 정○○과의 도급계약에 의한 도급금액 820,000천원이 취득가액임에도 이에 따라 실지거래가액을 인정하지 않은 채 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 당초 처분은 부당하다.

실제로 건축을 시공하였다고 하는 정○○은 현재 사망자한 자로서 취득당시의 거래사실의 확인은 불가능할 뿐만 아니라 건설업 이력도 확인되지 아니하는바, 청구인은 제출한 도급계약서와 정○○을 대리한 청구외 이○○(이하 “이○○”라 한다)의 확인서 이외에는 실지거래를 증명할 만한 토지와 건물에 대한 구체적인 거래 내용 및 증빙서류를 제출하지 못하고 있어 쟁점부동산의 취득가액에 대해서는 객관적인 거래 증빙 등에 의해 확인되지 아니하는 불분명한 경우에 해당하므로 토지 및 건물의 취득가액을 환산가액에 의하여 계산하고 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도차익을 계산하면서 취득가액을 실지 거래가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액으로 계산할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일 까지 양도한 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 1.～5. (생략)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고 기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (이하 생략) 2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. (단서 생략, 중략)

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것(중략)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 따른다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문의 금액(괄호 생략)에 같은 항 제2호부터 제4호까지의 금액을 가산한 금액(중략) 3) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.(중략)

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.(중략)

⑥ 제4항의 규정을 적용하는 경우 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (이하 생략) 4) 소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액(이하 생략) 5) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(괄호 생략)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액(중략)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도 자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액(중략)

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 “양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세(이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 청구인은 양수인에게 쟁점부동산을 양도하고 취득가액은 988,400천원으로, 양도가액은 1,750,000천원으로 하여 실지거래가액에 의해 양도소득세를 신고한 것에 대하여 처분청은 쟁점부동산의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액을 기준으로 환산한 가액 838,687,462원으로 하여 이 건 양도소득세를 경정하였음이 처분청의 양도소득세 경정결의서 등을 통해 확인되며, 양도가액에 대해서는 청구인과 처분청 상호 간에 다툼이 없다.

2. 청구인이 양도한 쟁점부동산 중 토지에 대한 취득가액을 보면,

• 가) 청구인은 1990.5.14. 오○○로부터 토지 640.6㎡를 총 매매대금 640,600천원에 매매하였다는 부동산매매계약서를 제출하였는바, 오○○는 토지를 양도하고 기준시가에 의해 양도소득세를 신고하였음이 국세통합전산망 자료에 의해 확인된다.
• 나) 그러나, 청구인은 당심의 청구이유서에 토지를 846,000천원에 취득하였다고 하고 있고, 청구인이 2006.2.10. 양도소득세 과세표준을 당초 신고할 때에는 토지의 취득가액을 332,417,262원이라고 하였는데 상기 취득가액에 대한 구체적인 증빙서류를 제출한 사실은 없다.
• 다) 청구인은 2006.3.28. 수정신고 시 토지의 취득가액을 상기 부동산매매계약서 상의 ㎡당 10,000천원의 단가를 적용하여 489,800천원으로 신고하였다.
• 라) 청구인은 쟁점부동산에 대해 부동산 임대업으로 사업자등록을 하고 부가가치세 및 종합소득세를 신고하고 있었는바, 종합소득세 신고 시 첨부되어 있는 1995.12.31. 현재의 표준대차대조표와 2005.12.31. 현재의 표준합계잔액시산표에는 쟁점부동산의 토지의 가액이 181,440천원으로 기재되어 있다.

3. 또한, 쟁점부동산 중 건물의 취득가액에 대해 살펴보면,

• 가) 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 1995.12.31. 현재의 표준대차대조표에 건물의 가액은 515,061,510원으로 기재되어 있고 표준손익계산서에는 감가상각비로 15,138,698원이 계상되어 있으며, 2005.12.31. 현재의 표준합계잔액시산표에는 건물의 가액이 515,061,510원으로, 감가상각비는 267,210,769원으로, 미상각잔액은 247,850,741원으로 기재되어 있는바, 쟁점부동산 중 건물에 대한 감가상각비는 종합소득세 신고 시 필요경비에 산입되었음이 확인된다.
• 나) 청구인은 양도소득세 과세표준 신고 시 건물의 취득가액이 573,147,723원이라고 신고하였다가 2006.3.28. 수정신고 시에는 시행사와 체결한 아래 다)의 공사도급계약서 상 공급가액 498,600원으로 신고하였는데 당초신고 및 수정신고 시에도 건물의 취득가액에 대한 구체적인 증빙서류를 제출한 사실은 없다.
• 다) 1993년 2월 시행사와 청구인은 건설공사도급계약을 “공사명: ○○동 ○○ B/D 신축공사, 공사기간: 착공 1993.2, 준공 1993.10.31, 계약금액: 548,460천원(공급가액 498,600천원, 부가가치세 49,860천원)”으로 체결하였다.
• 라) 청구인은 상기 공사도급계약서와는 달리 실제로는 정○○이 실제로 공사하였다고 하면서 1993.1.27. 체결된 공사도급계약서를 당심에 추가로 제출하였는바 이를 살펴보면,

(1) “공사기간: 착공 1993.1.28., 완공 1993.10.31., 도급금액: 820,000천원, 발주자는 청구인, 수급자는 정○○, 대리인은 이○○”로 서명 날인되어 있다.

(2) “공사비 지불방법: 1993.1.27. 계약금 1억원, 1993.3.20. 기성금 1억원, 1993.6.10. 기성금 1억원, 잔금은 건물임대료(임대보증금 및 월세포함)를 우선하여 지불 한다”라고 되어 있다.

(3) 청구인은 공사비 중 잔금은 청구외 ○○통신과 ○○학원의 보증금으로 지급하였다고 하나 그에 따른 지급영수증, 금융증빙은 물론 건물 신축공사에 따른 기성내역 및 공사 진행에 관련된 증빙서류를 전혀 제출한 사실은 없다.

(4) 한편, 정○○은 1975.1.30.부터 2000.6.30.까지 부동산 임대업으로 사업자등록을 하고 사업을 계속 영위한 것으로 확인되고 현재는 사망자임이 국세통합전산망자료에 나타난다.

• 마) 청구인이 당심에 제출한 이○○가 2008.4.30. 작성한 사실 확인서에는 이○○는 “청구인이 정○○ 사장님과 1993.1.27. 공사도급계약을 체결하여 준공한 쟁점부동산 건물 신축공사의 도급금액 전액을 발주자인 청구인으로부터 수령하여 정○○ 사장님에게 전액을 전달하여 드렸음을 확실히 인정합니다.”라고 확인서를 제출하였으나, 정○○과 이○○도 건물 신축공사의 진행 내역과 대금수령에 관련된 증빙서류를 전혀 제출하지 아니하였다.
• 라. 판 단 이상의 사실을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점부동산의 양도소득세를 계산함에 있어 토지 및 건물의 취득가액은 실지거래가액이 분명히 확인됨에도 환산가액으로 양도소득세를 과세하는 것이 부당하다고 주장하고 있으나, 우선, 토지의 취득가액에 대해 살펴보면 청구인은 양도소득세 과세표준 수정신고 시에 취득가액에 대한 부동산매매계약서를 제출하였는바 양도자 오○○는 기준시가에 의해 양도소득세를 신고하였고, 청구인은 당심 청구이유서에 토지의 취득가액을 846,000천원에 취득하였다고 하고 있는 반면 최초 양도소득세 과세표준의 신고 때에는 토지의 취득가액이 332,417,262원이라고 신고하였다가 양도소득세 과세표준 수정 신고 때에는 취득가액을 489,800천원이라고 신고하였으며, 또한, 청구인의 종합소득세 신고 시 첨부된 토지의 가액은 181,440천원으로 신고 되어 있을 뿐 청구인은 토지에 대한 부동산매매계약서 이외에는 토지대금에 관련된 구체적인 증빙서류는 제출한 사실은 없는바, 이는 쟁점부동산의 양도소득세를 계산함에 있어서 토지에 대한 실지거래가액이 확인된다 할 수 없고, 다음으로, 건물의 취득가액에 대해 보면 청구인은 건물 취득가액에 대해 공사한 구체적인 증빙서류를 제출한 사실은 전혀 없고, 종합소득세 신고 내용을 보면 건물에 대한 감가상각비를 필요경비에 산입한 것이 확인되므로 청구인의 쟁점부동산의 양도소득세를 계산할 때에는 건물의 취득가액은 미상각잔액인 247,850,741로 계산하여야 할 것이나, 청구인은 양도소득세 과세표준의 당초 신고 때에 건물의 취득가액이 573,147,723원이라고 신고하였다가 수정신고 시에는 시행사와 체결한 공사도급계약서 상 공급가액 498,600원으로 신고하였는바, 건물가액 모두가 서로 달라 어떤 가액이 분명한 가액이라 판단할 수 없으므로 쟁점부동산의 건물 취득가액을 미상각잔액이라고 단정할 수는 없다 할 것이며, 한편, 청구인은 실제로 정○○과 820,000천원에 공사도급계약하고 건물을 신축하였으므로 이를 취득가액으로 인정하여 달라고 하고 있는바, 정○○은 건물 신축당시부터 부동산 임대업을 계속 영위한 자로서 건물을 시공할 능력이 있다고는 보이지 않고 또한 현재는 사망하여 공사를 한 사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 공사와 관련된 구체적인 증빙서류는 청구인과 정○○ 모두 제출하지 아니한 사실과 단순히 청구인이 제출한 정○○의 대리인 이○○의 사실 확인서만으로 정○○이 건물 신축공사를 수행하고 청구인은 신축 공사대금 820,000천원을 지급하였다는 사실을 입증하는 것에 그 신빙성이 없다 할 것이므로 이 또한 쟁점부동산의 양도소득세를 계산함에 있어서 건물에 대한 실지거래가액이 확인된다고는 할 수 없을 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 토지와 건물의 취득가액이 객관적인 거래 증빙에 의해 확인되지 아니하는 불분명한 것으로 보고 취득가액에 대해서 환산가액을 적용하여 과세표준을 경정하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.