토지와 건물양도가액을 기준시가에 의하여 안분・계산하여 과세한 처분의 당부

• 가. 청구인은 ○○○도 ○○시 ○○읍 ○○동 526-8번지 외 1필지 소재 토지 1,322㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다) 를 2004.5.21. 240,000천원에 취득하여 위 지상에 ○○주유소 건물(이하“쟁점건물”이라 하며, 토지와 건물을 합하여 부를 때에는 “쟁점부동산”이라 한다) 186.91 ㎡를 신축(2004.8.18.보존등기)한 후 2005.4.28. 황○○ 에 게 양도하고 양도소득세 예정 신고를 하면서 토지는 실거래가액인 300,000천원으로 신고하고, 건물은 양 도 가액 을 실거래가액인 1,700,000천 원으 로 취득가액은 환산가액인 1,737,000천원으로 신고 한 후, 다시 건물의 취득 가 액을 장부가액인 1,693,000천원으로 하여 수정신고 하였다.
• 나. 처분청은 장 부 가 액에 대한 증빙이 일부만 확인되고 있는 사실에 따라 과세 쟁점자 문 위원회 자 문을 거쳐 양도가액은 실지거래가액으로 취득가 액은 환산가 액으로 결정하면서, 양도일을 잔금약정일로 보아 1년 미만 단기 보유 양도로 인한 세율을 적용하 여 2008.2.1. 양도소 득세 233,089,280원을 청구인에게 고지 하였

• 가. 토지와 건물을 구분하여 매매계약을 체결하였으므로 각각 양도소득을 구분 계산하여 통산하여야 한다.

1. 청구인은 2005.4.2. 쟁점부동산의 매매계약서를 작성하는 과정에서 쟁점토지 를 300,000천원으로, 쟁점건물을 1,700,000천원(세차기 등 독립시설 포함)으로 해서 매매계약서를 각각 별지로 작성하였다.

2. 쟁점토지는 2004.5.21. 240,000천원에 취득하여 2005.4.28.(잔금예정일, 등기접수일 2005.6.3.) 양도하기까지 1년밖에 안된 토지로 지가상승이 크게 안 되었다는 점에 토지, 건물 합산 총 양도차익 202,705,680원 중 약 1/3(30%)인 60,000천원을 토지분 양도차익으로 하여 300,000천원을 토지 양도가액으로 한 것이며,

3. 쟁점전물은 2004.8.18. 청구인이 주유소를 직접 건축하는 과정에서 총 공사비 가 1,557,294,320원(장부가액)이 소요되었고, 토지, 건물 합산 총 양도차익 202,705,680원 중 약 3분의 2(70%)인 142,705,680원을 건물 양도차익으로 하여 1,700,000천원을 건물 양도가액으로 한 것이다. * 건물 양도차익 142,705,680원에는 양도소득세 과세 대상이 아닌 세차기 등의 거래가액 136,000천원이 포함 된 것으로 순수한 건물양도차익 은 142,705,680원에서 세차기 취득 및 양도가액 136,000천원을 공제한 6,705,680원임

4. 청구인은 부동산 중개업소의 자문을 얻어 쟁점부동산 가액을 주유소 건물 신축가액과 토지의 주변시세를 탐문하여 토지와 건물가액을 확정하였고 이를 토대 로 매매계약서를 각각 별지로 작성하였다. 5) 소득세법 제102조 제1항 에 의하면 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의한다고 되어 있으며, 이 과정에서 “취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 환산가액으로 하여야 한다.”라는 소득세법 제97조 제1항 제1호 다목 규정에 따라 토지와 건물가액이 명백히 구분되어 기장되어 있는 동 건에 대해서는 각각 별지로 작성된 매매계약서에 의거 토지 300,000천원과 건물 1,700,000천원 (별도 부대시설 포함)을 양도가액으로 하여 양도소득세가 계산되어야 하는 것이다.

• 나. 쟁점부동산의 공급시기와 관련하여

1. 쟁점토지의 계약서에 의하면 잔금약정일이 2005.4.28.이며, 잔금 중 800,000천원은 기존 청구인의 대출금을 승계하는 것으로 약정하였다.

2. 청구인의 은행차입금 800,000천원을 쟁점부동산 매수자인 황○○에게 승계하는 과정에서 잔금예정일까지 차입자의 승계를 진행하였으나 당초 예정과 달리 매수자 황○○의 은행신용등급과 추가 담보제공 능력 부재, 차입담보물건이 쟁점부동산이 아닌 청구인의 □□주유소로 차입금의 승계가 어렵다는 기업은행의 통보에 의거 1년 만기일 까지 차입자를 청구인으로 계속 유지하고 건물 부가가치세 명목 으로 기선입된 120,000천원을 차감한 680,000천원에 대해서만 대출금 승계하는 것으로 약정하여 2005.6.3일 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 필하였다.

3. 계약서상 잔금예정일이 2005.4.28.로 되어 있으나 특약사항을 보면 청구인 의 은행차입금 800,000천원을 승계하는 조건부 계약으로 은행차입금 승계라는 조건 이 당초 800,000천원에서 680,000천원으로 조정되고 소유권이전등기관련서류의 전달과 접수된 날인 2005.6.3일이 상호간의 당초 거래조건인 잔금에 대한 청산 조건이 완료된 시점으로 보아야 한다. 결론적으로 은행차입금 승계조건의 부동산매매에 있어 은행차입금 승계가 완료 되었다면 등기부등본에 채무자의 지위가 청구인에서 매수인으로 변경됨과 동시에 소유권이전등기가 이루어져서 양도시기에 대해 다툴 사항이 없으나, 차입금승계업무가 1개월 이상 지연되다가 금융기관의 거부로 차입금이 승계되지 않았으므로 인해 상호 협의하여 그 승계규모와 시기를 재조정한 후 소유권 이전등기를 한 것이므로 쟁점부동산의 양도시기는 소유권 이전등기일을 기준으로 판단함이 타당하다.

• 다. 주유소의 지하시설물을 건물면적에 포함하여 건물취득가액을 환산하여야 한다.

1. 청구인은 쟁점토지의 취득가액이 240,000,000원이었고, 쟁점건물을 청구인이 직접 신축하면서 소요된 제반비용이 1,557,294,320원 소요된 관계로(총 1,797,294,320원) 이를 기준으로 쟁점부동산을 양도하면서 쟁점토지의 양도가액을 300,000,000원, 쟁점건물의 양도가액을 1,564,690,000원으로 결정하였다.

2. 이러한 사실에 대해 청구인과 매수인간에 상호협의하여 구분된 계약서를 작성하였고, 구분된 계약서에 의해 양도소득세도 자진 계산 신고․납부하였다.

3. 주유소 건축물에 대한 건물등기부등본을 보면

• 가) 제1동은 주유소와 관련된 사무실, 캐노피, 숙소로 구분 등기되어 있고 제2동은 주유소 외 기계실과 창고에 대한 면적만 구분 등기되어 있다.
• 나) 그러나 등기법상 등기가 되지 않는 지하(저유) 탱크 및 시설, 배관시설에 대한 특수부대시설의 취득가액이 장부에 크게 기입되어 있음에도 이에 대한 면적 을 감안하여 기준시가를 검토하여야 함에도 공부상만을 기준으로 건물에 대한 기준시가를 계산하는 오류를 범하였다.

4. 청구인이 주유소를 직접 시공하였는지와 전문건설업체에 의뢰하여 신축 하였 는지에 대해서는 처분청이 천안시청에 공문으로 조회한 회신문에 의거 청구인 이 직접 시공한 사실확인이 확인된 것으로 알고 있다.

5. 주유소 건축시 필수적으로 공사할 내용 및 비용으로는

• 가) 주유소 인허가비용, 임야 평지작업(취득 당시 임야) 등 토지조성비 및 관련 토목공사비용, 주유소 지하 탱크구입 및 시설공사비, 캐노피공사비, 사무실 및 숙소건축비, 폐수처리시설공사비, 진출입로 등 도로공사 및 포장비, 전기공사비, 농수로 오수차단시설공사비(주변이 농지인 관계로), 주유기구입비, 방화벽 공사비, 외관도색비, 도로변 축대공사비, 조경공사비 등이 필요하다.
• 나) 이런 공사 중에서 청구인이 직접 시공할 수 없는 부분은 위험물로 전문성 을 반드시 필요로 하는 지하 저장시설공사비, 유류탱크구입비, 폐수처리시설공사비, 캐노피설치공사비, 전기공사비, 주유기 구입비 등은 청구인이 직접 할 수 없어 외부 전문업체에 외주의뢰하고 매입세금계산서를 정상적으로 수취하여 세무신고를 필하였다.
• 다) 나머지 위험성과 전문성이 필요 없는 사항에 대해서는 청구인이 직접 현장 에 가서 직접 인부와 중기들을 동원해 저렴하게, 부가가치세 없이 자재를 사서 직접 시공한 사실에 대하여 처분청은 단순히 증빙이 없다는 이유로 공사비용을 인정하지 않고 있으나 세금 계산서를 수취한 내용을 면밀히 검토해 보면 주유소 신축에 필요한 제반 공사내용 (특히 임야 개간 비용 및 인허가 비용)과 비용이 빠져 있음을 알 수 있을 것임에도 세금계산서 등 객관적 사실을 입증할 수 없어 인정할 수 없다고 함은 부당하다.
• 라) 그럼 나머지 공사는 누가 한 것인지와 공사를 하였음에도 공사비용을 확인 할 수 없는 경우 소득세법에서 취득가액을 환산하여 적용함이 타당하다 할 것인바, 이에 대하여 보면

(1) 기준시가 계산의 문제점 (가) 주유소 신축내용을 자세히 살펴보면 주유소에 필요한 사무실, 캐노피, 숙소 등의 사무동건물 건축과 유류저장에 필요한 저유탱크 및 배관시설공사 및 유류공급장치를 위한 기계실과 각종 창고로 크게 구분됨을 알 수 있다. (나) 부동산등기법에 의하면 등기대상부동산을 토지와 건물로 한정하고 있는 데, 건물에 대해서는 특별한 규정이 없이 등기건물의 표시규정에서 그 종류, 구조, 면적을 등기부에 등재한다고만 되어 있을 뿐 건축물의 부대설비가 독립적인 등기대상이 되어 등기된다는 규정이 없다. 따라서 등기와 관련된 등록세 관련규정인 지방세법 제104조 제4호 의 건축물의 범위에 지하시설에 대한 등기의무 사실이 없는 관계로 등기법상 지상(옥외)에 있는 건축물에 대해서만 등기되고 있음을 알 수 있으므로 주유소에 있어 가장 중요한 저유시설에 대한 등기는 원천적으로 배제되고 있는바, 미등기된 시설물에 대해서도 그 가액이 양도가액에 포함되어 있는 한, 그 시설면적에 대해서는 건축물기준시가를 별도로 산정함이 타당하다. 따라서 처분청이 공부상에 나타나지 않는다는 이유로 기준시가를 계산을 배제하는 것은 잘못이다. (라) 지하 저장시설물에 대해서는 소방서와 ○○시청에 제출된 설계도면이 있어 이를 첨부함과 동시에 이를 토대로 면적을 환산하였다. (마) 기준시가 안분비율의 부당성 구분 취득 기준시가 세금계산서, 계약서에서 확인 가능한 취득가액 청구인 주장 자본적 지출액, 공사가액 금 액 비율(%) 금 액 비율(%) 금 액 비율(%) 쟁점토지 120,698,600 62.4 240,000,000 27.4 540,000,000 30.3 쟁점건물 72,710,046 37.6 634,432,000 72.6 1,237,984,320 69.7 계 193,408,646 100 874,432,000 100 1,777,984,320 100

① 쟁점토지와 쟁점건물의 안분비율이 기준시가를 기준으로 하면 62.4%: 37.6%, 세금계산서(계약서) 등에서 확인 가능한 기준으로 하면 27.4%: 72.6% 이고, 청구인 주장(자본적지출액 포함)을 기준으로 하면 30.3%: 69.7%

② 쟁점토지의 계약서상 금액 240백만원과 기준시가 120,698,600원과의 비율 은 50.3%이고 청구인의 자본적 지출금액을 포함한 주장가액(540백만원)과의 대비는 22.4%

③ 쟁점건물의 세금계산서상 금액 634,432,000원과 기준시가 72,710,046원과의 비율은 11.5%이고 청구인의 총공사 주장가액(1,237,984,320)과의 대비는 5.9%이다. (바) 상기 ①, ②, ③의 제반 비율을 감안하여 보면 쟁점토지와 쟁점건물의 구성비율이 법에서 정한 기준시가로 안분함이 현실과 크게 동떨어져 있음을 볼 때 쟁점건물에 대한 기준시가 계산에 크게 잘못이 있음을 알 수 있다.

6. 쟁점토지와 쟁점건물을 양도하면서 실질적으로 구입한 토지가액과 지출된 공사가액을 기준으로 각각 구분하여 양도한 것이므로(이에 대한 안분비율은 세금 계산서 수취한 금액만을 기준으로 한 안분비율과 거의 일치) 처분청에서 주장하는 바와 같이 세금을 탈루하기 위해 토지와 건물을 청구인이 임의로 구분한 것이 아니며,

7. 처분청에서는 건물신축과 관련하여 지출한 비용에 대한 객관적으로 입증되는 관련증빙이 없어 인정할 수 없다고 하였으나, 그 당시 청구인은 각종 비용을 절감할 목적으로 직접 시공하는 과정에서 인허가 비용, 굴삭기와 토사운반비용 등의 영수증 미수취와 각종 건축자재를 싸게 구입하면서 세금계산서를 교부받을 수 없었고, 건축물 신축과 토목과 관련하여 투입된 작업인부들의 비용을 일일이 기록하지 않았고, 도로포장과 도색공사, 도로 포장 공사비, 조경공사비 등의 제반비용 지출에 대해 기록하지 않았던 사실에 대한 잘못은 인정하지만 이에 대한 비용을 인정하지 않는다는 것은 납세자의 현실을 감안하지 않고 과세관청입장만 주장하는 것은 아닌지, 그렇다면 처분청이 주장하는 내용에서 누락된 상기공사내용의 공사비용 없이 주유소 신축이 가능한 것인지를 고려하여야 할 것이다.

8. 공사비용은 있으나 취득원가가 불분명한 경우 법에서 취득가액을 환산규정을 제정하여 정하는 것은 아닌지? 이에 대한 재검토를 요청하는 바이다.

• 가) 쟁점건물과 쟁점토지를 처분청에서는 함께 양도하면서 그 가액을 임의로 정하였다 하였으나 이는 상기내용과 같이 임의로 정한 것이 아니고 실지 투입비용을 기준으로 분명히 구분한 것이며, 설사 처분청(조사관서) 주장대로 그 가액을 불분명한 것으로 본다면 기준시가에 의한 토지, 건물 안분비율과 수취한 세금계산서만을 토대로 한 안분비율과 청구인이 주장하는 실질공사비용에 대한 안분비율과 너무 큰 편차를 보이고 있다 는 점을 재검토하여야 할 것이다.
• 나) 처분청에서는 공부상 면적이 없어 기준시가를 산출할 수 없다고 한 주유소 의 필수시설인 지하저유시설(저장탱크 및 배관시설)이 등기법상 옥외저장시설이 아닌 관계로 등기되지 않고 있는 사항을 감안하여 지하에 매설된 지하저유시설 과 배관시설에 대해서는 특수부대시설로 그 면적을 환산하여 기준시가에 반영하여야 할 것이다.

• 가. 소득세법 제98조 및 같은법 시행령 제162조의 규정에 의거 양도시기는 대금 을 청산한 날(대금을 청산한 날이 분분명한 경우 등기접수일)이므로 이 건 부동산 양도와 관련하여 대금청산 여부를 확인하여 양도시기를 결정하여야 할 것이며,
• 나. 또한 건물(주유소)에 대한 기준시가 산정시 지하 시설물에 대하여도 평가를 하여야 한다고 주장하고 있지만 주유소는 특수 용건물로 분류가 되고 건축물 면적 계산시 지상 건축물만 계산하고 있어 지하저장소의 면적도 기준시가 계산시 포함 하여야 한다는 청구 인의 주 장은 이유가 없다.

• 가. 쟁점

① 쟁점부동산의 양도에 있어 토지와 건물 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 그 취득가액과 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분계산하여 양도소득세 과세한 처분의 당부

② 쟁점부동산의 양도시기를 등기접수일로 볼 것인지 또는 잔금 지급약정 일로 볼 것인지(약정일로 보면 단기 양도에 해당)

③ 기준시가에 의한 취득가액 환산시 주유소의 지하시설물을 건물면 적에 포함 할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 등 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.(2000.12.29. 개정)

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2006.12.30. 법명개정) 2) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. (2002.12.18. 단서개정)

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우 (2002.12.18. 개정)

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우 (2000.12.29. 개정)

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우 3) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산 의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.(2000.12.29. 개정)
• 나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 에 소요된 실지거래가액(2000.12.29. 개정)
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확 인 할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2002.12.18. 개정)

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000.12.29. 개정)

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것(2000.12.29. 개정)

② 양도자산보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동 산 임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비 에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것 을 그 취득가액으로 한다.(1994.12.22. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 의한다. (1999.12.28. 개정)

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 또는 동호 나목의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항 제2호 내지 제4 호의 금액을 가산한 금액 (1999.12.28. 개정)

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문, 동호 다목, 제7항 또는 제114조 제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액 (1999.12.28. 개정)

④ 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 자산 기타 대통령령이 정하는 자산의 양 도차익을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 제3항의 규정 에 의하되, 취득가액은 당해 배우자의 취득당시 제1항 제1호 각목의 1의 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제3항의 규정에 불구하고 필요경비에 산입한다.(2000.12.29. 개정)

⑤ 취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산등 필요경비의 계산 에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(1996.12.30. 신설)

⑥ 제4항에 규정하는 연수는 등기부상의 소유기간에 의한다.(1996.12.30. 신설)

⑦ 제1항 제1호 가목 단서의 규정을 적용함에 있어서 제96조 제1항 제1호 의 규정 에 의한 고가주택을 양도한 거주자가 당해 주택의 취득당시 대통령령이 정하는 방법에 의하여 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 당해 거주자의 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 당해 주택에 대한 전소유자의 양도가액이 제114조의 규정에 의하여 경정되는 경우에는 그러하 지 아니하다. (2002.12.18. 개정) 4) 소 득 세법 제99조【기준시가의 산정】

① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다. (2005.12.31. 개정)

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물 (2000.12.29. 개정)

• 가. 토 지 (95.12.29. 개정) 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건 물 (99.12.28. 개정) 건물(다목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격ㆍ구조ㆍ용도ㆍ위치ㆍ신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액 5) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불 분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 6) 소득세법 제102조 【양도소득금액의 구분계산 등】

① 양도소득금액은 다음 각호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금은 이를 다른 호의 소득금액과 통산하지 아니한다. (2003.12.30. 개정)

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호 의 규정에 의한 소득 (2000.12.29. 개정)

2. 제94조 제1항 제3호 의 규정에 의한 소득 (2000.12.29. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득금액을 계산함에 있어서 양도차손(讓渡差損)이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각호별로 당해 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 감안하여 대통령령 으로 정한다. (2003.12.30. 신설) 7) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가 액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또 는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 8) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외 하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도 소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득 세 및 양도소득세 의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.(98.12.31.개정)

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일(2001.12.31. 개정)

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한 다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

② 이하 생략

• 자. 소득세법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】

⑤ 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 의한 기준시가가 고시되기 전에 취득한 건물의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. (2000.12.29. 개정) 국세청장이 당해 자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 × 당해 건물의 취득연도ㆍ신축연도ㆍ구조ㆍ내용연수 등을 감안하여 국세청장이 고시한 기준율 9) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분 이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정 에 의하여 안분계산한다. 10) 소득세법 시행령 제176조 의 2【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매 매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 제1호 내지 제7호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제 취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건 물 및 부동산 을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가 제3항 제1호의 × ─────────────── 매매사례가액 양도당시의 기준시가(제164조 또는 동항 제2호의 제7항의 규정에 해당하는 감정가액 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액 에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아 니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다) 에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인 정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내 인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

11) 부가가치세법 시행령 제48조 의 2【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조 에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액 은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가 액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조 에서“기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기 준시가 에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액 (지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가 액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한

• 다. 12) 국심2005서0902, 2005.9.12. 청구인은 대차대조표상 주유소건물가액을 임의로 계상하였다고 주장하나, 청구 인이 기장사업자로서 동 건물가액에 의하여 감가상각비를 계상하여 필요경비로 산입해 왔고 평당가액도 2,022천원으로 신빙성이 있으므로 처분청이 이를 실지취득가액으로 본 것은 잘못이 없으며, 그렇다면 소득세법 제97조 제2항 에 의하여 위 가액에서 감가상각비를 공제한 금액을 취득가액으로 하여 주유소건물에 대한 양도차익을 산정하여 과세한 이 건 처분은 정당함
• 다. 사실관계

1. 쟁점건물의 매매계약서를 보면 총매매대금 1,700,000천원(부가가치세 별도)에 계약금 100,000천원은 계약 당일일 2005.4.2. 지급하고, 중도금 600,000천원은 2005.4.18.에 지급하는 것으로 하며, 잔금은 2005.4.28. 지급하는 것으로 약정되어 있음 이 나타나며, 특약사항에는 “잔금 중 8억원은 매도인이 책임지고 승계해 주기로 한다. 만일 승계 가 안 될 시는 매도인이 일부 승계하고 이억원 정도는 1년 후에 매도인에게 주기로 한다.”는 내용이 기재되어 있다.

2. 처분청이 청구인에 대한 양도소득세 조사시 확인한 금융거래 내용을 보면 매매 계약서의 내용과 같이 2005.4.2. 계약서 작성일 하루 전인 2005.4.1.에 계약금으로 200백만원을 수표로 받고, 2005.4.18.에 중도 금 으로 600백만원을 수표로 받았으며, 2005.4.28.에 잔금으로 400백만원 이 청구인의 계좌로 입금된 사실이 확인되고 있는바, 이는 쟁점부동산의 총 매매금액 2,000백만원 중 청구인이 1,200백만원을 받 고 차액 800백만원 중 매수인에게 선입금된 120백만원을 차감하고 680백만원을 부채승계금액 으로 하였는바, 계약서의 내용과 큰 차이는 나지 않음을 알 수 있다.

3. 쟁점부동산의 등기부등본을 보면 잔금약정일인 2005.4.28. 이후부터 매수인인 황○○ 명의로 근저당이 설정된 2006.5.30.까지 청구인 명의로 근저당이 설정되어 있었음이 나타난다.

4. 쟁점부동산의 취득 및 양도 현황에 대하여 청구인이 주장하는 내용은 다음과 같은데 이 중 토지 취득에 대해서는 다툼이 없고, 건물의 경우 등기부상 면적에 대해서 는 다툼이 없으나 등기가 불가능한 지하 저유시설 등에 대해서는 달리 파악할 수 있는 방법이 없어 청구인이 주장하는 면적을 그대로 적시한다.

• 가) 쟁점토지

• 면 적: ○○리 526-8호 1,287㎡, ○○리 526-10호 35㎡(총 1,322㎡)

• 취득일자: 2004.5.21

• 취득가액: 240,000,000원 (공시지가: 120,698,600원)

• 양도일자: (신고일자) 2005.4.28.(등기 접수일자: 2005.6.3.)

• 양도가액: 300,000,000원 (공시지가: 181,114,000원)

• 나) 쟁점건물

• 면 적(등기): (①+②=총 231.72㎡) (지하시설 면적 미등기되어 별도 산출)

① 건물 제1동(위험물저장 및 처리시설: 주유소) 1층 주유소 사무실 54.62㎡, 주유소 캐노피 80.18㎡ 2층 주유소 숙소 58.58㎡(총 193.38㎡)

② 건물 제2동(위험물저장 및 처리시설: 기계실, 창고) 1층 기계실 19.17㎡ 2층 창고 19.17㎡(총 38.34㎡) (미등기 223.47㎡포함 총 262.81㎡) 탱크 및 지하(저유)시설 면적 제외되어 등기(도면첨부) 건축사사무실 의뢰 면적산출 (가로 24.72m × 세로 9.04m: 223.47㎡)

• 취득일자: 2004.8.18.(자가신축)

• 취득가액: 장부가액 1,557,294,320원, (환산가액: 1,598,148,470원) (*등기상 면적에 따른 취득 기준시가 72,710,046원)

• 양도일자: (신고일자) 2005.4.28. (등기 접수일자: 2005.6.3.)

• 양도가액: 1,564,690,000원 (등기상 면적에 따른 양도 기준시가: 71,214,724원) 기준시가 산출시 등기법상 등기의무 없는 지하시설(구축물)에 대한 면적(223.47㎡)을 감안하여 재평가하여야 함

5. 청구인은 2004.5.21. ○○시 ○○읍 ○○리 526-8 공장 용지 토지 1,322㎡ 를 이○○으로부터 240백만원에 취득하여 2004년도 에 주유소 건물 186.91㎡를 신축 하여, 2005.4.28일 황○○에게 2,000,000천원 (토지 300,000천원, 건물 등 1,700,000천원) 에 양도하고 2005.6 월 양도소득 세 자진신고 하였으며 그 후 2차에 걸쳐 수정 신고 하였다. <표 1> [양도소득세 신고 내역] (단위: 백만원) 구 분 양도가액 취득가액 양도차익 납부세액

① 당 초 2,000 1,977(환산가) 15 5

② 1차수정 2,000 1,933(장부가) 61 21

③ 2차수정 1,864 1,797(장부가) 61 21 < ① 당초 신고 2005.7.18.> 양도가액 토지: 300,000천원(시가), 건물 1,700,000천원(시가) 취득가액 토지: 240,000천 원 (시가), 건물 1,737,000천원(환산가) < ② 1차 수정신고 2005.8.4. > 양도가액 토지: 300,000천원(시가), 건물 1,700,000천원(시가) 취득가액 토지: 240,000천원 (시가), 건물: 1,693,000천원 (장부가) < ③ 2006.5.17. 2차 수정신고> 양도가액 토지: 300,000천원(시가), 건물 1,564,000천원 (시가) <세차장은 건물과 분리된 시설로 세차기 차감 1차신고 1,700,000천원 —136,000천원 = 1,564,000천원 > 취득가액 토지: 240백만원 (시가), 건물: 1,557백만원 (장부가) ※<세차장은 건물과 분리된 시설로 세차기 차감 1,693—136 = 1,557백만원>

6. 처분청의 조사복명서에 의하면 쟁점부동산의 기준시가에 의한 양도가액가 취득 가액의 계산은 다음과 같다.

• 가) 토지 및 건물의 양도가액이 포괄양도임에도 임의로 토지와 건물을 구분하여 부동산매매계약서를 작성하였으므로 소득세법 시행령 제166조 제4항 의 규정에 의거 부가가치세법의 과세표준안분계산방법에 따라 토지와 건물의 양도가액을 계산함 7) 쟁점부동산의 매매와 관련하여 청구인과 매수인 황○○가 2005.4.2. 토지와 건물 에 대하여 각각 작성한 매매계약서를 보면 잔금청산일이 2005.4.28.로 확인되고 있으며, 소유권이전등기 접수일자는 2005.6.3.임이 등기부등본에 의하여 확인되고 있으나 실제 잔금청산일을 확인할 수 있는 증빙은 제시하지 않았다. 8) 청구인은 1990년～1993년 사이에 ○○주유소, 1994년～1996년 기간 (자)○○ 석 유, 2000년 ～ 2001년 기간 ○○에너지(주), 2003년～2005년 기간 □□□주유소 등을 운영했던 것으로 국세전산망에 의하여 확인된다.

9. 취득가액(장부가액)에 대하여 관련매입세금계산서 제출내역을 확 인한바, 토지 취득가액 240백만원은 전 소유자 이○○의 신고된 양도가액과 동일하여 취득가액은 적정하나, 주유소 신축과 관련하여 실제 수취한 매입세금 계산서는 795백만원으로 납세자가 주장하는 장부가액 1,693백만원과는 898백만 원의 차이가 있음이 확인된다. <표 2> <공사비용(취득가액) 현황> (단위: 천원) 공사내용 업체명 세금계산서 수취 납세자 소명내용 차 액 (증빙불비) 외주공사 직영공사 주유소 인허가추진 100,000 100,000 임야 평지작업 공사비 200,000 200,000 평지작업후 축대 및 배수로공사 100,000 100,000 주유탱크시설공사 코스모스건설 (주) 350,000 350,000 주유탱크구입비 (주)에스에치기 업 54,000 54,000 (유류)폐수처리시설공사비 (주)성지환경 30,000 40,000 10,000 캐노피공사비 150,000 150,000 사무실 및 직원숙소 건물공사비 150,000 150,000 진출입로 확장 및 도로포장비 150,000 150,000 전기공사비 등 (주)무한 40,000 23,172 -16,828 농수로 오수차단 공사비 50,000 50,000 주유기 구입비 (주)소모정공 25,260 50,000 24,740 방화벽공사비 30,000 30,000 외관 도색비 20,000 20,000 도로변축대공사 및 조경공사비 50,000 50,000 비품 19,310 19,310 기타비용 20,812 20,812 세차기 한림기계(주) 136,000 136,000 위험물배관공사 공성엔지니어 링 150,000 -150,000 지하수관정공사 대화지하수 10,000 -10,000 계 795,260 793,294 900,000 898,034

10. 처분청은 당초 청구인이 토지양도가액 300,000천원 건물 1,700,000천원으로 구분하여 신고한 양도가액을 청구인이 임의로 구분하여 계약서를 작성하였다고 판단하여 이를 부인하고 소득세법 제100조 제2항 및 동법 시행령 제166조 제4항 의 규정에 따라 부가가치세법 제48조 의 2 제4항 단서의 규정을 준용하여 취득가액 및 양도가액을 모두 안분계산하여 양도차익을 계산하였는데 그 내용은 다음과 같다. <표 3> (천원) 구 분 취득 기준시가 양도 기준시가 환산가액 양도차익 금 액 비율(%) 금 액 비율(%) 취득가액 양도가액 쟁점토지 120,698 62.4 181,114 71.8 882,387 1,324,063 441,676 쟁점건물 72,710 37.6 71,214 28.2 531,558 520,627 △10,931 계 193,408 100 252,328 100 1,413,945 1,844,690 430,745 ※ 총 양도가액 2,000,000천원 중 19,310천원(비품)+136,000(세차기)=155,310천원은 제외한 1,844,690천원을 양도가액으로 함

11. 청구인은 쟁점부동산을 인수받은 황○○(○○주유소)의 지급이자 원장 (2005.5.8. 649,788원, 2005.5.18. 256,438원 지급)과 대출금원장조회표를 제시하였는데, 동 조회표 에는 2005.5.18. 256,438원은 인출된 것으로 나타나나, 2005.5.8. 인출된 649,788원은 인출된 사실이 확인되지 않는다.

12. 청구인이 제시한 ○○주유소의 2005.6.3.자 대체전표에 의하면 토지, 건물, 시설장치 등의 고정자산으로 2,000,000천원이 계상되고 동 자산의 취득자금으로 현금 1,320,000천원이 지출되고 차액 680,000천원은 장기차입금으로 계상하였음이 나타난다.

• 라. 판단 <쟁점①> 부동산의 취득가액과 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분계산하여 양도소득세 과세한 처분의 당부

1. 청구인은 토지와 건물을 구분하여 매매계약을 체결하였으므로 각각 양도소득을 구분 계산하여 통산하여야 한다고 주장하는바, 이를 살펴보면 청구인은 쟁점토지는 300,000천원으로, 쟁점건물은 1,700,000천원(세차기 등 독립시설 포함)으로 구분하여 신고하였으나, 청구인이 제시한 자료만 으로는 그 구분이 객관적으로 타당한지를 알 수 없어 청구주장을 받아들이기 어려 운 것으로 여겨진다.

2. 청구인은 쟁점건물의 취득가액을 장부상 취득가액인 1,712,604천원(세차기 136,000천원 및 비품 19,310천원 포함)으로 제시 하고 있으나, 동 취득가액이 실지 취득가액인지를 입증할 수 있는 세금계산서 등의 객관적인 증빙에 의한 취득가액 은 795,260천원(<표 2> 참조)밖에 되지 않는바, 장부상 취득가액을 쟁점건물 의 양도 가액을 1,700,000천원으로 결정하여 매매계약을 체결한 합리적인 근거로 삼기에는 부족한 것으로 판단된다.

3. 그리고 쟁점토지에 대하여 보면 취득가액이 240,000천원인 점에 대해서는 다툼이 없으나, 취득시점인 2004.5.21. 쟁점토지의 기준시가는 120,698천원이고 양도당시인 2004.4.28.(잔금약정일)의 기준시가는 181,114천원으로 그 상승률을 보면 150.0%로 실지 취득가액 240,000천원 에 대하여 이 상승률을 적용하면 쟁점토지의 양도당시의 시가는 360,000천원 정도로 추정할 수 있을 것임에도 청구인은 쟁점토지의 양도가액을 별다른 사유 없이 300,000천원으로 하였는바, 이는 객관적인 근거 없는 임의의 가액으로 적정한 양도가액으로 보기 어렵다 하겠다.

4. 그렇다면 처분청이 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 합리적인 근거 없이 청구인이 임의로 구분함으로써 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명하다고 판단하여 쟁점부동산의 취득 및 양도가액을 소득세법 제100조 제2항 및 동법 시행 령 제166조 제4항 의 규정에 따라 부가가치세법 제48조 의 2 제4항 단서의 규정 을 적용하여 안분 계산한 것은 정당하고 달리 잘못이 없다 할 것이다. <쟁점②> 단기양도인지 여부

1. 소득세법상 양도소득을 산정함에 있어 양도시기에 대하여 소득세법 시행령 제162조 제1항은 원칙적으로 대금을 청산한 날로 보도록 하고 있고, 동 제1호에서 대금을 청산 한 날이 불분명한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일, 동 제2호에서 대금을 청산하기 전에 소유권 이 전 등기(등록 및 명의의 개서를 포함한 다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명 부 등에 기재된 등기접수일로 보도록 규정하고 있다.

2. 쟁점부동산의 경우 매매계약서에 의하면 양도시기는 잔금지급일이 2005.4.28. 로 명시되어 있고, 청구인도 양도소득세 신고시 매매일자를 2005.4.28. 로 하여 신고한 사실에 대해서는 서로 다툼이 없다. 이에 대하여 처분청은 잔금약정일 인 2005.4.28.이 잔금 680백만원을 금융채무로 인수하기로 한 날로 보아야 되므로 이때를 잔금청산일로 보아야 한다고 주장하는 반면에 청구인은 쟁점부동산(토지 및 건물 제1동호)에 청구인 명 의로 설정된 근저 당권이 소유권이전등기 접수일로부터 1년여가 지난 2006.5.30.에야 말소되었고 같은 날 매수인 황○○ 가 새 로운 근저당권 을 설정한 사실이 등기부등본에 의하여 확인 되고 있어 쟁점부동산의 소유권이전등 기 접수일이 실질적인 잔금청산 일이라고 주장하고 있다.

3. 청구인의 주장은 황○○ 명의로 근저당권이 설정된 2006.5.30. 잔금 680백만원 에 대한 부채가 승계된 것이므로 소유권이전 등기 접수일을 양도시기로 보아야 된 다는 것이나, 이 건 매매계약서상의 특약사항에는 잔금은 매도인이 책임지고 승계해 주기로 한다는 사항이 약정되어 있고, 쟁점부동산에 담보 설정된 채무는 우선순위가 보장되는 범위 내에서 쟁점부동산 양수인이 부담하여야 할 채무이므로 비록 채권자 인 금융기관이 채무인수에 대한 동의를 하지 않았다고 하더라도 채무가 승계되었다고 봄이 타당하다 할 것인바, 약정된 잔금청산일인 2005.4.28. 은행차입금 승계도 확정되었 다고 보 아야 할 것이다.

4. 또한 청구인이 제시한 황○○의 지급이자 원장을 보면 2005.5.8. 지급이자 649,788원, 2005.5.18. 256,438원이 지급된 것으로 나타나는바, 동 지급이자는 매수인 인 황○○가 2005.4.28. 쟁점부동산을 인도받은 이후에 발생한 지급이자를 사실상 부담한 것으로 보여 실질적인 금융부채 승계 일자는 2004.4.28.로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서 쟁점부동산의 소유권이전등 기 접수일이 실질적인 잔금청산 일이라는 청 구 주장은 받아들이기 어렵다. <쟁점③> 지하저장시설의 면적을 건물면적에 포함할 수 있는지 청구인은 주유소의 특성상 다른 건축물 과 달리 지하주유탱크시설, 폐수 시설, 위험 물배관공사 등의 공사비가 실질적으로 주요경비로 지출되었 으 므로 쟁점 건물 의 기준시가 계산시 지하 시설물의 면적을 포함하여 계 산하여야 한다고 주장하고 있으나, 건물 의 신축과 관련하여 장부가액 중 일부 증빙이 없는 등 건물의 취 득가액 이 불분명하여 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항의 규정 에 의거 토지, 건물 을 기준시가에 비례 하여 환산취득가액으로 결정할 수밖에 없고, 건물의 취득가액을 계산함에 있어 공부상에는 나타나지 않는 지하저장시설물은 건물에 포함된 부속시설인 구축물 에 불과하고, 그 면적 또한 청구인이 제시한 설계도면 외에는 확인할 길이 없고 없으며, 이러한 불확실한 구축물의 면적을 구축물의 공부상의 건물면적에 더하여 건물면적을 산정하는 것은 객관성이 없으므로 처분청이 지하저장 시설물 의 면적을 포함하지 않은 공부상 면적을 기준으로 기준시가에 의하여 그 취득 가액을 산정하여 이 건 양도소득세 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.