양도차익을 계산함에 있어 취득가액과 양도가액을 등기한 소유권 지분에 의하지 아니하고 실제로 투자한 금액과 수령한 금액으로 계산할 수 있는지 여부

청구인은 2005.1.20. 청구외 주식회사○○건설(이하 “○○건설”이라 하며, 청구인과 합하여 “청구인등”이라 한다)과 함께 취득(청구인 지분: 50%, ○○건설 지분: 50%)한 ○○시 ○구 ○○동 45번지 및 같은 동 45-1번지 대지 1,115.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2007.3.29. 청구외 이○○(이하 “양수인”이라 한다)에게 양도한 후, 쟁점토지의 양도가액을 1,200,000천원(이하 “쟁점양도가액”이라 한다)으로 하여 양도소득세를 신고하였다. 처분청은 청구인등이 쟁점토지를 양도한 실제 가액이 30억원임을 확인하고, 쟁점토지의 등기부 상 소유지분에 의해 청구인의 양도소득세 과세표준을 계산한 후, 2008.4.7. 청구인에게 2007년 과세연도 양도소득세 74,907,000원을 경정․고지하였다. 청구인 등은 이에 불복하여 2008.4.15. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인등은 2005.1.19. 쟁점토지에 10층 건물(건평 2,700평)의 메디칼센타를 신축하여 분양 할 목적으로 공동계약 하고 청구인 1,000,000천원(이하 “쟁점투자금액”이라 한다), ○○건설은 750,000천원을 투자하기로 하여 청구외 ○○연합회(이하 “○○회”라 한다)로부터 쟁점토지와 기존 건물을 2,320,000천원에 취득하였으며, 취득금액과 투자금액의 차액 및 취득세 등 필요경비 부족분에 대해서는 쟁점토지를 담보로 ○○건설이 대출을 받아 집행하기로 하였으나, 이후, 메디칼센타 분양사업이 무산되고 ○○건설의 채무 과다로 쟁점토지가 경매에 이르게 되자 청구인은 양수인에게 쟁점토지를 양도가액 30억원에 양도한다는 계약을 체결하고 양도하였는바, 청구인은 ○○건설을 대신하여 쟁점토지에 설정된 채무금액 1,852,588,713원(이하 “쟁점채무”라 한다)을 변제하고 남은 잔액 1,147,411,287원(이하 “쟁점수령금액”이라 한다)만을 수령하고 청구인등은 소유권을 양수자에게 이전 등기 해 주었으며, 한편, 청구인은 청구인의 소유지분에 대한 양도가액을 1,200,000천원으로 한 계약서를 양수자와 별도로 작성하여 이를 양도가액으로 하고 취득가액은 청구인의 지분을 근거로 1,160,000천원, 필요경비는 취득세 등 납부금액의 50%인 53,360천원으로 하여 양도소득세를 신고하였으나, 쟁점토지에 대해서 청구인이 실제로 수령한 금액은 쟁점수령금액이고 취득가액은 쟁점투자금액이므로 이에 따라 양도소득세를 계산하여야 함에도 처분청이 당초 양도계약서에 의한 양도가액 3,000,000천원의 50%인 1,500,000천원으로 하여 청구인의 양도소득세를 계산한 이 건 과세는 부당하다.

부동산의 양도차익을 계산함에 있어서는 투자금액의 비율에 따라 계산하는 것이 아니라 등기된 소유권의 지분대로 산정함이 타당하며, 청구인은 ○○건설의 채무를 우선 변제함으로 인하여 양도대금을 등기된 지분대로 받지 못하였다 하더라도 이는 청구인과 ○○건설과의 채권․채무관계에 불과한 것으로서 양도가액에서 쟁점채무를 제외하고 실현된 소득에 의해 양도소득세를 계산하여야 한다는 청구 주장은 타당하지 아니하므로 취득 및 양도 시에 실제 거래가액에 청구인의 등기상 소유권의 지분에 의거 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 부동산의 양도차익을 계산함에 있어 취득가액과 양도가액을 등기한 소유권 지분에 의하지 아니하고 실제로 투자한 금액과 수령한 금액으로 계산할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일 까지 양도한 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

1. ～ 5. (생략)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (이하 생략) 2) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. (단서 생략, 중략)

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것(중략)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 따른 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각 호에 따른다.

1. 취득가액을 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 본문의 금액(괄호 생략)에 같은 항 제2호부터 제4호까지의 금액을 가산한 금액(중략) 3) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용 에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.(중략)

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 따라 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.(중략)

⑥ 제4항의 규정을 적용하는 경우 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다. (이하 생략) 4) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(괄호 생략)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액(중략)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도 자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액(중략)

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 “양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과 증권거래세법에 의하여 납부한 증권거래세(이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 청구인등은 2005.1.20. 쟁점토지와 교육연구 건물 1,767.3㎡를 ○○회로부터 취득가액 2,320,000천원(이하 “쟁점취득가액”이라 한다)에 취득하였으나, 건물에 대해서는 취득 후인 2005.4.29. 공급대가 55,000천원에 철거공사를 하고 멸실하였다.

2. 메디칼센타 신축사업이 무산됨에 따라 청구인은 양수자에게 쟁점토지를 양도하고 쟁점취득가액에 청구인의 지분(50%)을 적용한 금액 1,160,000원을 취득가액으로 하고 양도가액은 쟁점양도가액으로 하여 양도소득세를 신고한 것에 대하여 처분청은 쟁점토지의 실제 양도가액이 3,000,000천원임을 확인하고 등기상 소유 지분(50%)을 적용한 1,500,000천원을 청구인의 양도가액으로 하여 이 건 양도소득세를 경정하였음이 처분청의 양도소득세 경정결의서 등을 통해 확인된다.

3. 한편, 청구인등은 쟁점토지 1,115.8㎡를 2005.5.3. 같은 동 45-1번지 대지 1.6㎡로 분할하였다가 분할된 토지를 포함하여 양수자에게 30억원에 양도한 사실이 확인된다.

4. 또한, 청구인등은 2007.2.13. 쟁점토지를 3,000,000천원에 양수․도한다는 계약을 체결하였는바, 동 계약서에 대금 지급일자 및 특약사항은 다음과 같이 기재되어 있다.

• 가) 양도대금의 지급일자를 보면, ‘계약금 3억원은 계약시에 지급한다 하여 이를 청구인이 전액 영수한 것으로 서명날인 되어 있고, 1차 중도금 18억원 및 2차 중도금 6억원은 지급일자가 특별히 없으며, 잔금 3억원은 2007.3.30.에 지급한다.’라고 되어 있고,
• 나) 특약사항에는 ‘중도금은 소유권이외 권리부분을 정리 해지시 건건별 양자 합의하여 지급하며, 잔금은 중도금 정산에 따라 증감 변경될 수 있고, 당 토지의 건축은 청구외 주식회사△△건설(대표자는 청구인)에서 시공하되 건설계약은 별도 계약에 의한다.’라고 작성되어 있다.

5. 청구인은 위 4)의 계약서의 작성일과 다른 2007.3.5. 매매계약서를 양수인과 단독으로 다시 작성하였는바, 동 계약서에는 쟁점토지 중 청구인의 지분을 1/2로 하고 양도가액은 쟁점양도가액인 1,200,000천원으로 기재되어 있는바, 계약금은 1억을 계약시 영수하고 잔금 11억원은 2007.3.30. 한꺼번에 지불하는 것으로 기재되어 있음이 확인된다.

6. 청구인은 쟁점토지의 양도대금이 입금된 내용은 다음과 같다고 청구인의 예금통장 사본 등을 제출하였다.

• 가) 계약금 300,000천원에 대해서 청구인은 2007.2.13. 수표로 50,000천원을 수령하고, 2007.2.14. 청구인의 △△은행 계좌로 250,000천원이 입금되었다.
• 나) 중도금은 2007.3.29.에 500,000천원과 2007.3.30.에 204,956,647원, 합계 704,956,647원이 청구인의 ○○은행 계좌로 입금되었다.
• 다) 잔금에 대해서는 소유권이전 등기된 2007.3.29. 이후인 2007.6.21.에 200,000천원이 △△은행 계좌로 입금되고 청구인은 2007.6.21. 수표로 4,058,660원을 수령하여 합계 204,058,060원이 입금됨으로써 쟁점토지의 양도한 대금 중 청구인에게 입금된 금액은 총 1,209,015,307원으로 확인된다.

7. 그리고, 쟁점토지의 청구인등의 소유권은 2007.3.29. 양수인에게로 등기 이전되었는바, 이와 관련된 사실관계는 다음과 같다.

• 가) 쟁점토지에는 ○○건설의 채무가 과다하게 설정되어 있으므로 양수인은 소유권 이전 등기를 위하여 채무금액 1,790,984,693원(청구외 방△△의 가등기 채무 250,000천원, 청구외 나△△의 근저당채무 530,000천원, △△ 설정 근저당채무 969,740,223원, ○○세무서 압류금액 34,732,120원, △△보험 압류금액 6,512,350원)을 직접 대위변제 하였다.
• 나) 또한, 청구인은 소유권을 이전해 줄 목적으로 ○○건설의 채무금액 61,604,020원(△△ 압류금액 12,588,900원, △△청 압류금액 4,432,120원, △△ 대출에 대한 연체이자 44,583,000원)을 직접 대위변제 하였다.
• 다) 결국, 청구인은 매매대금 3,000,000천원에서 ○○건설의 채무를 청구인과 양수자가 대신하여 변제한 금액 1,852,588,723원(쟁점채무)을 차감하고 쟁점수령금액인 1,147,411,287원을 수령한 후 청구인등은 양수인에게 소유권이전 등기를 경료하여 주었다.

8. 또한, ○○회로부터 취득한 쟁점토지의 매매계약서와 등기부 등본을 보면, 쟁점토지는 ○○회와의 매매계약 일자인 2004.8.27.부터 2005.1.20.소유권 이전 등기 시는 물론 2007.3.29. 양수인에게 양도될 때까지 청구인과 ○○건설의 공유자 명의로 그 지분이 2분의 1로 계속 유지되었음이 확인된다.

9. 한편, 2007.9.18. 청구인이 처분청에 제출한 ○○건설의 소명서 내용은 다음과 같다.

• 가) ‘쟁점토지를 취득하고 난 후 모든 사업을 당 법인이 추진하였으며 철거비, 건축설계비, 취․등록세, △△융자금에 대한 이자 등 모든 비용을 당 법인이 부담하였다.’라고 하고,
• 나) ‘메디칼센타 분양사업의 금융PF가 무산되고 자금조달이 어려워 이자 연체 등 사업이 위기에 처하고 쟁점토지가 법원 경매에 이르게 되어 청구인이 매매 하게 되었으며, 청구인이 당 법인을 대신하여 연체이자 약 44,583천원을 한번 부담하였다.’라고 하고 있으며,
• 다) ‘쟁점토지의 양도금액은 3,000,000천원이며 청구인은 양도대금에서 쟁점토지에 설정된 당 법인의 금융부채 및 개인 근저당설정 채무, 압류된 체납세액 등을 제외한 잔액을 청구인이 수령하였으며, 채무 변제금액은 약 1,800,000천원 정도로 되어 있어 청구인은 12억원으로, 당 법인은 18억원으로 구분한 부동산매매계약서를 추가로 작성하였다.’라고 소명서를 제출하였다.
• 라. 판 단 이상의 사실을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점토지를 양도하고 실제로는 쟁점수령금액을 수령하였으며 메디칼센타를 분양하기 위해 투자한 금액은 10억원이므로 이를 취득가액으로 보아 이에 따라 양도소득세를 과세하는 것이 타당하다고 주장하고 있으나, 청구인등은 양수인에게 쟁점토지를 30억원에 매도한 사실이 확인되는바, 실지거래가액에 의해 양도소득세를 경정 또는 결정하는 경우 그 양도가액은 양도대금 수령 여부와 관계없이 양도대상 물건의 거래 당시에 실제 약정된 양도금액 전부를 말하는 것이므로 양도소득세를 계산함에 있어서는 양도금액 전부에 대해서 소유권의 등기지분에 의해 계산하여야 하는 것이며, 또한, 공유자 당사자 간의 미지급 대금에 대해서는 채권의 형태로 청구인의 권리가 존속하고 있는 것이므로 청구인이 양도대금의 본인 지분 일부를 현재까지 지급받지 못하였다고 하더라도 양도가액은 실제로 지급받은 금액만을 기준으로 할 수는 없다고 판단된다. 한편, 청구인은 쟁점토지에 ○○건설이 설정한 채무를 청구인이나 양수인이 대위변제하였으므로 양도가액에서 이를 제외하여 달라는 주장을 하고 있으나, 실지거래가액으로 양도소득세를 경정함에 있어서 쟁점채무를 설령 청구인이 모두 대위변제하였다 하더라도 양도가액에서 이를 차감하고 실제로 수령한 금액만을 양도가액으로 한다는 법적 규정이 없을 뿐만 아니라, 쟁점채무의 대위변제액이 필요경비로 산입할 수 있는지의 여부에 대해서도 살펴보면, 청구인과 양수자가 대위변제한 금액은 소득세법 시행령 제163조 에 양도 자산의 필요경비로도 규정되어 있지 않으므로 처분청이 쟁점채무를 양도가액에서 공제하지 아니하고 또한 필요경비로도 인정하지 아니한 채 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.