귀속시기 잘못 판단시 실지거래가액 신고를 배제하고 기준시가를 적용할 수 있은지

○○ 세무서장이 2008.01.07. 청구인에게 경정․고지한 2004년 과세연도 양도소득세 58,551,768원의 부과처분은 양도차익을 기준시가에 의한 방법으로 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 경기도 화성시 ○○면 △△리 ××× 답 6,149㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2004.02.24.(이하 “쟁점잔금청산일”이라 한다) 청구외 임○○외 3인에게 양도하였으나, 양도당시 쟁점토지의 거래허가 지연으로 인하여 소유권이전등기를 하지 못하다가 2007.04.18. 토지거래허가를 받아 2007.04.25.(이하 “쟁점등기접수일”이라 한다) 소유권이전등기를 하였다. 청구인은 쟁점등기접수일을 양도일로 보아 실지거래가액(쟁점토지 소재지가 2004.02.26. 투기지역으로 지정되었음)으로 쟁점토지의 양도차익을 산정하고 2007년 과세연도 양도소득세 86,452,982원을 2007.06.22. 예정신고․납부하였다. 처분청은 2007.08.20.～2007.09.14. 기간 동안 쟁점토지의 예정신고에 대한 실지거래가액 확인조사를 실시하고 별도 추징세액이 없다는 내용의 조사결과통지를 2007.11.22. 청구인에게 하였다. 청구인은 조사과정에서 확인된 쟁점잔금청산일이 쟁점토지의 양도일이고, 쟁점토지는 양도일 당시 기준시가 신고대상이므로 기준시가로 양도차익을 산정하여 2004년 과세연도 양도소득세를 경정하여 줄 것을 주장하며 2007.12.14. 이의신청을 하였다. 처분청은 이의신청 진행 중 2008.01.07. 청구인이 신고한 실지거래가액으로 쟁점토지의 양도차익을 산정하고 2004년 과세연도 양도소득세 세율을 적용하여 2004년 과세연도 양도소득세 58,551,768원으로 경정하고 청 구인이 예정신고․납부한 양도소득세 중 27,901,214원을 청구인에게 환급하였다. 청구인은 2008.01.10. 이의신청에서 청구주장이 받아들여지지 아니하여 2008.02.22. 이 건 심사청구를 하였다.

• 가. 주위적 주장

1. 청구인은 무지에 의하여 쟁점등기접수일을 쟁점토지의 양도일로 보아 쟁점토지 소재지가 2004.02.26. 투기지역으로 지정되었으므로 쟁점토지의 양도가 실지거래가액 신고대상에 해당하는 것으로 판단한바, 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 산정하고 2007년 과세연도 양도소득세율을 적용하여 2007년 과세연도 양도소득세를 예정신고․납부하였다.

2. 처분청은 쟁점토지의 예정신고에 대하여 조사 확인하는 과정에서 청구인이 제시한 부동산 양도거래내역, 차용금증서, 내용증명서 5매 등에 의해 쟁점토지의 잔금청산일이 쟁점잔금청산일임을 확인하였다.

3. 처분청은 청구인이 2007.06.22. 쟁점토지의 양도소득세를 예정신고할 당시 명백히 인지하고 있었던 귀속시기를 착오로 다르게 기재하였다고 하나 이는 사실과 다르며, 청구인은 2007년 과세연도 양도소득세를 오류 예정신고․납부한 것으로서 2004년 과세연도 양도소득세를 무신고하였으므로 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 2004년 과세연도 양도소득세를 결정함이 타당하다.

• 나. 예비적 주장

1. 처분청의 주장과 같이 청구인이 2007.06.22. 예정신고시 단순히 귀속시기만을 착오로 기재하였다고 하더라도 쟁점토지의 양도일은 쟁점잔금청산일이고 양도일 당시 쟁점토지는 기준시가 신고대상이다. 2) 소득세법 제105조 제1항 제1호 단서 및 소득세법 제110조 제1항 의 규정에 의하면, 쟁점토지의 소재지는 토지거래허가지역에 해당하고 쟁점토지거래의 허가 지연으로 쟁점토지의 소유권이전등기를 하지 못하였으므로 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세 확정신고기간은 2008.05.01～2008.05.31.이고, 청구인은 확정신고기간 전인 2008.02.21. 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 2004년 과세연도 양도소득세를 확정신고하였다.

3. 처분청은 쟁점토지의 예정신고에 대한 조사에서 당초 청구인이 신고한 2007년 과세연도 양도소득세 신고서상의 양도가액 및 취득가액의 실지거래가액을 인정하였고, 단순히 2004년 과세연도 양도소득세 세율을 재적용하여 양도소득세를 경정하였는바, 청구인은 확정신고기간까지 쟁점토지에 대해 기준시가로 양도소득세를 신고할 수 있다. 4) 소득세법 제114조 제4항 단서조항에 의해 양도소득세를 실지거래가액으로 신고한 경우로서 신고가액이 실지거래가액과 다른 경우에는 확인된 가액으로 경정하지만, 허위 계약서 작성 등의 부정한 방법으로 취득 또는 양도한 경우가 아니라면 기준시가 과세대상 자산을 실가로 예정신고한 데 대하여 조사 확인된 실가로 과세한 상태에서 확정신고기간 전에 기준시가 과세로 확정신고서를 제출한 경우 기준시가에 의한 방법으로 경정되어야 함이 타당하므로(심사양도2005-0065) 청구인이 쟁점토지의 양도와 관련하여 확정신고기간 전에 기준시가 과세로 확정신고서를 제출하였으므로 기준시가로 경정하여야 할 것이다.

• 가. 소득세법 제96조 제1항 제6호 에 의하면 “양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 양도가액 및 취득가액은 실제로 거래한 가액에 의한다”라고 규정되어 있는바, 청구인이 쟁점토지의 양도소득세 예정신고 당시 명백히 인지하고 있었던 귀속시기를 착오로 다르게 기재하였을 뿐 소득세법 제105조 제1항 제1호 단서조항에 규정된 예정신고 기한내에 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 적법하게 자진신고를 이행한 것이며, 청구인에 대한 양도소득세 조사당시 처분청에서도 청구인의 신고내용이 적정하다고 이를 인정하여 경정․통지한 사항으로서, 쟁점토지의 양도․취득가액에 대해 기준시가를 적용할 여지는 없다.
• 나. 또한 소득세법 제114조 제4항 단서 규정에 의하면 쟁점토지가 기준시가 신고대상이라고 하더라도 거래금액이 확인되면 확인된 금액으로 양도소득세를 경정하는 것이므로 청구인이 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 산정하여 양도소득세 예정신고한 사실에 대해 처분청에서 신고 적정여부를 조사한 후 청구인이 신고한 내용을 인정하여 경정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여야 하는지 아니면 실지거래가액으로 산정하여야 하는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. 민법 제245조 제1항 의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해부동산의 점유를 개시한 날 3) 소득세법 제105조 【양도소득과세표준 예정신고】

① 제94조제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 국토의계획및이용에관한법률 제117조제1항 의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다.

2. 제94조제1항제3호 각목의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2월

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다.

③ 제1항의 규정은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 때에도 적용한다. 4) 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조제1항제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 5) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. 1.～5. 생략

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 6) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. 7) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조제1항제6호 및 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

• 다. 사실관계

1. 청구인이 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 산정하고 비사업용 토지에 대한 2007년 과세연도 양도소득세 세율 60%를 적용하여 2007년 과세연도 양도소득세 86,452,980원을 2007.06.22. 예정신고․납부한 사실이 국세통합전산망 및 청구인이 제시한 양도소득세 신고서에 의해 확인된다.

2. 쟁점토지의 잔금청산일은 쟁점잔금청산일임이 청구인이 제시한 차용금증서, 내용증명서 5매, 청구인과 청구외 한○○의 예금계좌내역 및 수표사본에 의해 확인되고, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

3. 처분청은 쟁점토지의 예정신고와 관련하여 2007.08.20.～2007.09.14. 기간 동안 신고내용 확인 조사를 실시하고 청구인에게 2007.11.22. 별도의 추징세액이 없다는 통지를 한 사실이 국세통합전산망 및 처분청이 제시한 통지공문 에 의해 확인된다.

4. 청구인은 조사과정에서 확인된 쟁점잔금청산일이 쟁점토지의 양도일이고, 쟁점토지는 양도일 당시 기준시가 신고대상이므로 기준시가로 양도차익을 산정하여 2004년 과세연도 양도소득세를 경정하여 줄 것을 주장하며 2007.12.14. 이의신청을 하였고, 처분청은 이의신청 진행 중 2008.01.07. 청구인이 신고한 실지거래가액으로 쟁점토지의 양도차익을 산정하고 비사업용토지에 대한 2004년 과세연도 양도소득세 세율 40%를 적용하여 양도소득세 58,551,768원을 경정하고 청구인이 예정신고․납부한 양도소득세 중 27,901,214원을 청구인에게 환급하여 준 사실이 이의신청서 및 국세통합전산망에 의해 확인된다.

5. 청구인이 제시한 쟁점토지의 부동산매매계약서를 살펴보면, 청구인은 쟁 점토지를 청구외 임○○외 3인에게 매매대금 2억5천만원에 양도하고, 계약금은 3천만원을, 중도금은 1억원을(2003.12.30.), 잔금은 1억2천만원을(2004.01.20.) 지급받기로 2003.12.08. 계약하였음을 알 수 있다.

6. 쟁점토지의 부동산등기부등본을 살펴보면, 2007.04.18. 매매를 등기원인으로 하여 쟁점등기접수일에 소유권이전등기 접수되었고, 거래가액은 2억5천만원으로 기재되어 있음이 확인된다.

7. 2008.01.10. 결정한 이의신청 결정서에 의하면 2007.04.18. 쟁점토지에 대한 거래허가가 있었고, 2007.04.20. 관할시청에서 부동산거래계약신고필증이 교부되었음을 확인한 사실을 알 수 있다.

8. 청구인이 2007.06.22. 예정신고시 양도소득세를 기준시가로 신고하였다면 납부할 세액이 5,267,201원이고, 실지거래가액으로 신고하였다면 58,551,768원이다. 라. 판단 쟁점토지의 잔금청산일이 쟁점잔금청산일이라는 점과 쟁점토지의 양도 및 취득 실지거래가액이 청구인이 신고한 실지거래가액이라는 점에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나, 청구인은 쟁점등기접수일을 양도일로 보아 2007년 과세연도 양도소득세를 예정신고한 것은 오류 신고한 것이고, 2004년 과세연도 양도소득세는 무신고한 것이므로 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하여 경정하여 줄 것을 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 쟁점토지 양도에 대한 2004년 과세연도 양도소득세를 기준시가로 예정신고할 경우 5,267,201원이고, 실지거래가액으로 신고할 경우 58,551,768원인바, 청구인이 스스로 많은 세금을 내는 방법으로 신고하였다는 것은 사회통념에 반하는 것이므로 쟁점토지의 양도소득세 예정신고는 없었다 할 것이다. 설령 처분청의 주장대로 청구인이 단순히 양도일자만을 착오로 기재하여 신고하였다 하더라도 청구인이 쟁점토지의 양도소득세 확정신고 기한내에 기준시가로 신고하였으므로 2004년 과세연도 양도소득세는 기준시가로 경정함이 타당하다고 판단된다.(같은 뜻 심사양도2005-0065)

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.