부동산을 기계장치,비품과 일괄취득 하였으므로 취득가액에 산입되어야 한다는 주장의 당부

청구인은 ◇◇◇도 ◇◇시 ◇◇동 000-4호 대지 5392㎡과 건물 3265.12㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2002.12.24. 38억원에 취득하여 2006.3.31. 44억원에 매도한 것으로 하여 양도소득세 35,673,750원을 자진신고 납부하였다. ◇◇지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인의 양도소득세 조사결과 에 따라 양도가액은 4,390,423,113원으로, 취득가액은 2,664,233,967원으로 하여 ○○○ 세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 청구인에게 2008.1.4. 이 건 양도소득세 447,634,631원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.5. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 취득가액과 관련하여, 2002.12.11. 청구외 (주)△△직물로부터 쟁점부동산과 기계장치, 비품을 일괄취득 하였고 기계장치 및 비품 취득금액 1,135,766,033원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지출하였으므로, 그에 대한 부가가치세 매입세액 공제를 받은 것은 잘못된 것이므로 이를 공제 배제하고 쟁점금액은 취득가액으로 인정하여 이 건 양도소득세 부과처분은 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 ◇◇◇도 ◇◇시 ◇◇동 000-4 소재 토지 및 건물 취득을 위하여 쟁점금액을 지출하였으므로 필요경비로 인정하여야 한다는 주장이나 매매계약서상에 대지가액 2,200백만원, 건물․구축물 500백만원, 기계장치(별첨목록) 1,100만원으로 명확하게 구분기재하여 거래대금을 수수하였고, 이를 근거로 매입세금계산서를 수취하여 사업용 고정자산에 대한 부가가치세 매입세액을 공제받은 점으로 보아 쟁점 기계장치 및 비품은 토지 및 건물과는 별개의 자산으로 쟁점금액을 토지 및 건물의 양도가액에서 공제되는 필요경비로는 볼 수 없으며,
• 나. 청구인이 회계 및 세법을 잘 몰라 사업무관자산을 취득하면서 부당하게 매입세액을 공제 받았다고 주장하나 그 당시에는 이미 세무대리인을 선임하여 장부기장 및 세금신고업무를 위임한 상태로 청구인은 쟁점금액을 청구인의 장부에 기계장치 등으로 등재하고, 동 자산에 대한 감가상각비를 비용 계상하는 등 사업용 자산으로 사용되었음이 확인되며, 또한 청구인은 양도소득세 신고 시에는 쟁점 기계장치 및 비품이 기재되지 않은 부동산 매매계약서를 첨부하여 쟁점 기계장치 및 비품의 취득금액이 전체 취득금액 38억원에 포함되어 있음을 은폐하여 전체 취득금액 38억원을 필요경비로 공제하였고, 당초 조사 시에 기계장치 및 비품의 취득금액 1,135,766,033원을 부동산 취득금액으로 가공계상 하였음을 확인한 사실이 있는 점 등으로 보아 의도적으로 부가가치세와 양도소득세 중에서 추징세액이 적은 것을 부담하고, 체납처분(압류재산 공매처분 등)을 유예하기 위한 주장으로 판단되는 바, 쟁점 기계장치 및 비품의 취득가액을 토지 및 건물 취득과 관련된 취득 부대비용으로 볼 수 없음.
• 다. 이상과 같이 사업용 고정자산의 취득가액을 양도가액의 필요경비로 인정하여 달라는 청구인의 주장은 이유가 없으므로 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인의 기계장치 및 비품 취득가액이 양도소득의 필요경비인지 여부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다. 3) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 4) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】 [2006.03.24]

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. <개정 2005.12.31>

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 의한다.<개정 1999.12.28, 2005.12.31>

1. 취득가액을 제1항제1호 가목 본문의 규정에 의하는 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 규정에 의한 금액)에 동항제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 제1호외의 경우의 필요경비는 제1항제1호 가목 단서, 같은 호 나목, 제7항 또는 제114조제5항의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액 6) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점부동산의 양도가액 4,390,423,113원에 대하여는 청구인과 처분청 간의 다툼은 없다. 2) 조사청이 세무조사 시 징구한 원본 계약서를 보면, ‘매매대금 3,800,000,000원, 계약금 100,000,000원, 잔금 은행대출금으로 대체, 대지가액 2,200,000,000원, 건물․구축물 500,000,000원, 기계장치 1,100,000,000원’으로 구분표기 되어 있음이 확인된다.

3. 청구인은 쟁점부동산 취득시 기계장치에 대하여 1,100,000,000원, 비품에 대하여 35,766,033원에 대한 매입세금계산서를 수취하고 관련 매입세액 14,576,603원을 공제받은 사실이 2002년 제2기 부가가치세 확정신고서 사본과 세금계산서 사본으로 확인된다.

4. 청구인은 조사청의 세무조사과정에서 비품 35,766,033원과 기계장치 1,100,000,000원을 부동산 취득금액으로 가공 계상한 사실을 시인하는 확인서를 제출하였다.

• 라. 판 단

○ 조사청에서 확보한 원본 취득계약서를 보면, 대지가액 2,200,000,000원, 건물․구축물 500,000,000원, 기계장치 1,100,000,000원으로 구분 표기되어 있고, 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 소득세법 제94조 제1항 제1호 (토지, 건물)자산 양도의 경우, 취득가액과 자본적 지출액․양도비 등으로 대통령령이 정하는 것으로 규정되어 있는 바, 기계장치 취득액은 쟁점부동산 양도가액에서 공제할 수 없는 것이므로 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.